首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    aglient芯片原始数据处理

    以及 oligo包可以处理agilent芯片吗,这个作业难度非常高,不过我们生信技能树优秀讲师:小洁在繁重的授课压力下抽空整理了相关数据处理经验分享给大家,下面看她的表演: 本文讲的是aglient芯片原始数据的处理...GEO数据库下载的表达矩阵不符合预期,比如是空的,或者是有负值的,那我们就处理一下它的原始数据。aglient的芯片应用也很广泛,举个OSCC的栗子:GSE23558,跟着学习学习。...HealthyControl"),"normal","tumor") group_list <- factor(group_list, levels=c("normal","tumor")) 1.2 读取原始数据...这个原始数据下载,在GEO主页,可能对大家的网络有一点点要求,可以参考:下载GEO数据太慢?

    3.5K32

    安捷伦芯片原始数据处理

    双通道芯片有时候实验设计挺复杂的,agilent的原始数据数据处理在中文互联网上也不算常见。...本文借助limma的帮助文档,完成一篇使用agilent双色表达分析,研究肺鳞癌早期肿瘤发生和免疫逃避机制的nature的原始数据处理和文章复现。...RG <- read.maimages(txt, source="agilent",green.only = F) 原始数据读进来是一个「RGList」对象,由limma包产生。.../no_normalize_MAplot") #可以看到读入原始数据和画MAplot是限速步骤,因为122个样本量太大了,把读好的数据存成.Rdata方便日后取用 save(RG,GSE_number,...SCC_normal_DEG) DEG_volcano(high_normal_DEG) DEG_volcano(low_normal_DEG) 结果还行 我们这篇推文就到此结束了,内容主要是agilent双色芯片的原始数据读入和预处理

    63510
    领券