如何以编程方式引用另一个Snakemake规则的属性？我需要用什么替换<whatever is in test1's input>，才能正常工作？
浏览 16提问于2021-07-02得票数 1
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我对snakemake非常陌生，我从github下载了一个利用snakemake的包，我成功地运行了它一次，但是由于我的数据太大，完成整个过程花费了27个小时，但是大约99%的时间花在执行1条规则上，所以我想跳过这个特定的规则，因为这个规则的输出文件已经存在了。如果规则所有部分中列出了该规则的输出文件<
浏览 5提问于2021-07-09得票数 2
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我已经在snakemake中创建了一个工作流，当我只想运行一个规则时，我遇到了一个问题。实际上，它为我运行规则，其中的输出是我的规则的输入，即使这些规则之前已经创建过。input A input b = output A input c = output b我怎么能只运行规则
浏览 6提问于2019-04-24得票数 6
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。据推测，Snakemake将把任
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
我想创建一个Snakemake规则，其中有:输入、日志、shell部分。没有输出，我只想捕获日志作为命令的结果。
浏览 5提问于2020-08-18得票数 1
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我想要做对齐使用星和我使用代理文件的星对齐。没有代理文件，星对齐运行也没有引用.因此，如果我将database.done的存在作为对齐过程的输入约束，则可以启动对齐过程。如何处理这种情况？我mean.Here，我创建索引，然后我整理我的数据，然后我钉钉对齐。我希望在完成所有这些步骤之后，为所有的示例启动一个新的函数，比如run fastqc。怎么才能在蛇形中破译？非常感谢耐心的帮助
浏览 7提问于2017-09-11得票数 0
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作为我正在构建的Snakemake管道的一部分，我必须使用不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。例如，当在工作目录workdir/中运行程序时，它会产生以下输出：workdir/output.txtrule NAME:
input: "path/to<e
浏览 10提问于2021-08-25得票数 1
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我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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merge_bam: R1.bamExpected output files: merge_bam: S1.bamlibrary_id = ['S1']
run_id = ['S1'] # Same as library_id这是与snakemake 6.4.1
浏览 4提问于2021-08-23得票数 1
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我的Snakefile有一个print_to_screen规则，没有显式输出文件。以下是一个简化的示例： placeholder_output # What should I put here?rule has no output "file.txt" "cat {input}"
如何编写print_to_screen 规则，以便触发其
浏览 5提问于2022-03-09得票数 1
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我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则： input:snakemake.log
我尝试在输入和输出中交换文件顺序；总是只处理第一个文件。在我的python脚本中，我将输入和
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我正在制作一个用于数据分析的Snakefile。我的原始数据的扩展名是.RCC。例如，我有的第一个输入文件是: CF30207_01.RCC。我在数据上运行的脚本是QC.py。/Snakefile: line 10: ` expand('{sample}.RCC', sample=SAMPLES)'
但我遵循了完全相同的结构。
浏览 1提问于2020-02-04得票数 0
我正在尝试使用snakemake将一个文件复制到多个目录，并且我需要能够使用通配符作为目标名称的一部分。之前我尝试过在Snakefile中指定'dirs‘(这是一个示例，实际的应用程序有15个目录)。但是，必须在规则all中提供文件名。如何更改这一点，以便在命令行上使用通配符作为部分名称来指定目标？的规则” dirs=['k_1','k2_10'] input:
浏览 16提问于2020-04-18得票数 0
我想知道为有许多中间文件的脚本编写规则的最佳实践是什么？R脚本示例如下所示：ggsave("plt2.pdf", plt2)
# No actua
浏览 0提问于2021-06-24得票数 1
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我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
据我了解，必须“手动”将东西发送到日志文件中。在我看来，使用output部分中定义的文件可以获得相同的结果。部分的真正用途是什么？
浏览 2提问于2017-03-16得票数 3
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我使用snakemake，我试图写一个工作流程，关于对齐和创造大。我想介绍一个创建后，星型对齐文件，用于给我一种方法运行假发生成，只有在所有的样本是对齐的。我有一个错误：RuleException in line 40 of /home/centosinputAlignmentsFromBAM -inputBAMfile {input.f1} --outWigType wiggle \
浏览 5提问于2017-09-06得票数 1
我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。
这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹中创建的
浏览 1提问于2017-08-10得票数 8
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"file/path/Snakefile", line 29, in __rule_get_ha_frequency File "/home/users/US
浏览 17提问于2021-08-09得票数 0
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即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledP
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
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