简介 全球森林碳通量（2001-2023） 森林碳净通量表示 2001-2023 年间森林与大气之间的碳净交换量，计算方法是模型期内森林排放的碳与森林清除（或封存）的碳之间的平衡（兆克 CO2 排放量...碳净通量的计算方法是将每个建模像素的年均总清除量减去年均总排放量；负值表示 2001 年至 2023 年期间森林是碳的净汇，正值表示森林是碳的净源。...森林碳排放量是指在每个模拟年份发生的林分替代森林扰动所产生的温室气体排放量（兆克 CO2 排放量/公顷，2001 年至 2022 年）。...每个象素受扰动时的碳排放比例（排放因子）受多种因素影响，包括扰动的直接驱动因素、在观测到扰动事件的当年或之前是否观测到火灾、扰动是否发生在泥炭上等。所有排放均假定发生在扰动年份。...可以使用汉森树木植被损失数据将排放量分配到特定年份。 所有这三个层都是 Harris 等人（2021 年）所描述的森林碳通量模型的一部分。
（GPP；gCO2 C m-2 yr-1）以及每个 300 米网格单元内开放（非植被）水域的比例。...通量塔数据与每个土壤呼吸站强制扩散（FD）室记录的每日间隙通量观测数据一起提供。数据覆盖 NASA ABoVE 域。...ABoVE 的研究将基于实地的过程级研究与机载和卫星传感器获得的地理空间数据产品联系起来，为提高分析和建模能力奠定了基础，这些能力是了解和预测北极和北方地区生态系统对气候变化的反应以及气候变化对社会的影响所必需的...质量评估 土壤呼吸排放量来自使用 ABoVE 域新二氧化碳通量数据库（Watts 等，2021 年）训练的模型。...每个季节性随机森林模型的区域不确定性图（图 3）是用正交法得到的：sqrt（全局 RMSE2 + （像素级不确定性-全局 RMSE）2）。
我们发现亚马逊东部的总碳排放量大于西部，主要是由于一氧化碳衍生的火灾排放的空间差异。特别是亚马逊东南部，是大气的净碳源（总碳通量减去火灾排放）。...我们在研究地点探索气候变化和森林砍伐趋势对碳排放的影响，发现旱季的加剧和森林砍伐的增加似乎促进了东部的生态系统压力、火灾发生的增加和更高的碳排放亚马逊。...这与最近的研究一致，这些研究表明亚马逊地区的气候变化导致树木死亡率增加和光合作用减少。 亚马逊地区不同地区的碳通量。...2010 年至 2018 年，Gatti 等人 2 测量了亚马逊流域四个区域（亚马逊流域西北部所示的两个区域为一个区域）大气中二氧化碳和一氧化碳浓度的垂直廓线，从而计算了区域上风向的碳通量。...每个站点，以每平方米每天的碳克数为单位。
北极生态系统是全球甲烷的主要来源。收集北极冻土带连续冻土层上 CH4 的全年涡通量观测数据，是为了填补寒冷季节 CH4 排放方面的知识空白。 该数据集有 10 个逗号分隔（.csv）格式的数据文件。...收集北极苔原连续冻土层上 CH4 的全年涡通量观测数据，是为了填补寒冷季节 CH4 排放方面的知识空白。...如第 5 节所述，每个站点的土壤水分剖面列也可能有不同数量的剖面、传感器和传感器深度。...请注意，并非每个文件都包含所有这些列，如上所述，有些列的名称会有变化，有些列是为 了保持各站点的一致性而包含的，但可能会有全部缺失值。缺失值以-9999 编码。...为便于将当前站点的气象数据附加到 Oechel 等人（2016 年）的数据中，ORNL DAAC 数据中心（ORNL DAAC Data Center）将当前数据文件的变量名（在适当时）与 Oechel
图2 在RCP 4.5条件下，2015年至2100年期间每个冰川化山丘的冰川和气候演变预测。...过去，短波辐射在冰川表面能量预算中所占比重大于与气温直接相关的能量通量（如长波辐射预算和湍流通量），而在未来更温暖的气候中，情况将不同。...预计21世纪的变暖将导致入射长波辐射和湍流通量的增加，减少短波辐射在未来消融率中的重要性，从而显著改变气温变化对融化的敏感性。...实验表明，这些线性模型的局限性不仅适用于山区冰川，而且对于世界上许多其他冰川化区域也具有影响。...特别是对于冰盖，这些相关的不确定性可能更加显著，意味着目前的全球冰川质量损失预测可能对低排放气候情景过低，对高排放情景过高，这直接影响了相关的海平面上升和水资源预测。
前言 本文旨在实现WRFOUT的单层水汽通量散度和整层水汽通量散度计算方法。WRF（Weather Research and Forecasting）模式是一种广泛应用于天气和气候预测研究的数值模式。...水汽通量散度在天气和气候研究中具有重要作用。本项目将针对WRF模式的输出数据（WRFOUT）进行处理和分析，实现单层水汽通量散度和整层水汽通量散度的计算。...在实现该功能的过程中，下面将详细介绍所采用的公式原理，并给出相应的代码示例和使用说明。同时会对计算结果进行可视化展示，以便更好地理解和分析水汽通量散度的空间分布和变化规律。...概念简介 水汽通量散度是衡量水汽输送量变化的一个指标。 水汽通量散度表示单位时间内和单位面积上的水汽通量变化率。它可以反映水汽是否聚集或分散,更能准确地判断是否有利于对流天气的形成。...水汽通量散度的负值表示水汽聚集,这有利于对流天气的形成;反之,正值表示水汽分散,不利于对流天气。
化学计量矩阵对系统施加了通量(即质量)平衡约束，确保生成的任何化合物的总量必须等于稳定状态下消耗的总量（图1c）。每个反应也可以给出上界和下界，它定义了反应的最大和最小允许通量。...这些平衡和边界定义了一个系统允许通量分布的空间，也就是说，每个反应消耗或产生每种代谢物的速率。还可以添加其他约束条件。图片图1(a)首先，构建一个代谢网络重构，由一系列化学计量平衡的生化反应组成。...(c)在稳定状态下，每个反应的通量由方程Sv = 0给出。因为在大型模型中，反应比代谢物多，所以这个方程有不止一个可能的解。...这包括将最大葡萄糖摄取速率限制在生理上实际的水平(例如18.5 mmol葡萄糖gDW−1 hr−1)，并将最大氧气摄取速率设置为不切实际的高水平，这样就不会限制生长。...FBA不需要动力学参数，即使对于大型网络也可以非常快速地计算，因此它可以应用于表征许多不同扰动的研究。
在 WRF-STILT 模型中，每架飞机和观测站位置都被视为一个独立的受体，以模拟陆地表面对观测到的大气成分的影响。足迹与化学物种无关，可应用于不同的通量模型，并纳入正式的反演框架。...在 WRF-STILT 模型中，每个飞机和观测站位置都被视为一个独立的受体，以模拟陆地表面对观测到的大气成分的影响。足迹与化学物种无关，可应用于不同的通量模型，并纳入正式的反演框架。...每个足迹场都是每个受体释放的 500 个粒子的累积正表面通量贡献的网格表示，这些粒子在 10 天内的时间回溯（见配套数据集，Henderson 等人，2021 年）。...表 1.包含数据文件的 32 个 TAR/GZIP 存档的名称和说明。OCO 受体一栏表示受体数据是否从轨道碳观测站-2（OCO-2 Lite，v9）收集。...数据获取、材料和方法 该项目试图利用 WRF-STILT 耦合模型来模拟陆面排放的温室气体在大气中的移动。
基于报告基因的高通量检测方法在 Rett 综合征、阿尔兹海默症等其他脑部疾病的治疗上是一个很好的检测方向，另外还可以通过构建报告病毒的方式筛选抗病毒药物。...expression exerts therapeutic effects on human Rett syndrome neurons and Mecp2 mutant mice一文为例，作者团队通过开发建立了一种应用于神经元的高通量筛选方法...该文献中，结合使用了 CRISPR-Cas9 技术，将荧光素酶报告基因插入人 ES 细胞的内源 KCC2 基因位点中，通过检测荧光来筛选特异性增强 KCC2 达的化合物，最终从 900 种化合物中筛选出...流程：培养人类胚胎干细胞 (ES 细胞) 结合 CRISPR-Cas9 技术 → 将荧光素酶报告基因插入人 ES 细胞的内源 KCC2 基因位点 →高通量筛选出能增强 KCC2 表达的小分子 → 6...与细胞增殖检测结合的高通量筛选常用于鉴定能杀死各种癌细胞或病原体的化合物，还可以应用于细胞缺陷疾病的药物筛选。
临床对细菌耐药性的常规检测难以发现耐药异质性的菌群 肠道菌群中有很多菌种难以体外培养，因此纯培养后进行功能研究并不可行，只能借助于其他技术。...如能对微生物组进行精准有效的功能异质性分析，不仅可以为前面提到的肠道菌群耐药性研究提供助力，而且对其他方面的菌群-药物相互作用、菌群-宿主相互作用、粪菌移植、活菌药物开发等研究方向也都有着重要意义。...2、提升肠道微生物组转录组分析的精准度 宏基因组和宏转录组的分析难点之一在于判断每个测序片段的物种来源，对于一些来自相近物种、同源性强的片段，有时难以准确判断。...VITA GutMicrobiome高通量单细菌转录组产品首次实现了肠道微生物组样本的高通量单细菌转录组，能够准确判断每个测序片段的细胞来源，进而确定其物种来源，真正实现肠道微生物组转录组的精准分析。...目前，VITA GutMicrobiome产品已应用于500多例微生物组样本，极大拓展了肠道菌群研究的想象空间，将推动肠道微生物组研究在健康、临床和药物等方面产生新的突破。
高通量原位基因表达谱是组织复杂性系统研究的一个重要进展。在具有足够捕获面积和高通量的情况下应用，将有助于定义组织和生物体中基因表达的时空动态。然而，当前的技术具有相当大的瓶颈，限制了广泛的应用。...然后对阵列进行显微照相，用引物孵育并测序，以获得包含每个蚀刻DNB的坐标编码（CID）的数据矩阵（步骤二）。通过与CID杂交，在每个点上连接分子编码（MID）和含有寡核苷酸的polyT序列（步骤三）。...下一步包括组织polyA尾RNA的捕获，通过将新鲜氮气冷冻组织切片加载到芯片表面，然后进行固定、渗透，最后进行逆转录和扩增（步骤四）。...作为原理性的证明，研究人员还将Stereo-seq应用于成年小鼠的大脑和E11.5和E16.5小鼠胚胎的矢状切面，验证了其独特的功能和对其他修饰的适应性，Stereo-seq技术的开发为组织和生物体的系统化空间分辨组学表征打下坚实的基础...Stereo-seq的进一步优化将增加基因和转录本的捕获，有助于在不需要scRNA-seq数据的情况下分配单个细胞的身份和广泛鉴定亚细胞转录组特征。
每个受体位置都有一个单独的 NetCDF 文件。...ABoVE 的研究将基于实地的过程级研究与机载和卫星传感器获得的地理空间数据产品联系起来，为提高分析和建模能力奠定了基础，这些能力是了解和预测北极和北方地区生态系统对气候变化的反应及其对社会的影响所必需的...每个文件都提供了 WRF-STILT 模拟对一个粒子受体位置在 10 天内的模拟粒子轨迹。...表 1.包含数据文件的 32 个 TAR/GZIP 存档的名称和说明。OCO 受体一栏表示受体数据是否从轨道碳观测站-2（OCO-2 Lite，v9）收集。...数据获取、材料和方法 该项目试图利用 WRF-STILT 耦合模型来模拟陆面排放的温室气体在大气中的移动。
在数据归一化和适当的统计学建模后，可以探索和训练生物标志物和蛋白质组网络。PPA已被应用于许多疾病，如原发性血小板增多症和甲状腺乳头状癌。...由于在过去的一年里，具有多种智能显微镜的数字病理学得到了快速发展，最近创建了一种新的TMA方法，即高通量组织微阵列（ngTMAs）。它允许将注释直接放在数字玻片上，以获得更高的准确性。...Olink检测法已经成功应用于多个临床领域，包括2019年冠状病毒疾病（COVID-19）、创伤性脑损伤和肾脏疾病。它可以在极少量的样品（如几微升）中同时对3000多种蛋白质进行定量。...但它们通常作为单变量分析，不允许测试其他疾病相关变量的影响。相比之下，经常用作多变量分析的Cox比例风险回归模型可以在识别疾病自变量的同时测试其他变量的影响。...因此，只有前几个主成分是最有代表性的，这种每个主成分的变异性逐渐减少的趋势可以用scree图来表示。这种通过主成分降低数据集内维度表示的统计方法对于大数据集或大数据的分类和压缩非常有用。
灵敏度 综合来看低通量方法Smart-seq2和CEL-seq2的灵敏度最高，而在高通量方法中，10x-Chromium检测到的UMIs和每个细胞的基因最多。...当比较每个细胞检测到的UMI的中位数、每个细胞检测到的基因或每个细胞检测到的平均reads时，这些方法的相对排名基本没有发生变化。...在皮质细胞核样本，Smart-seq2是唯一被测试的低通量方法，测序的深度略高于其他样本，并使用了所有的reads。正如预期的那样，Smart-seq2比高通量方法在每个细胞中检测到更多的基因。...研究人员还使用混合样本来检验在一个细胞中检测到的基因是否真的来自该细胞，而不是来自其他细胞的“污染”。...此项研究既为每种方法的相对性能提供了直接的指导，也为评估未来的技术提供了实验和计算框架。对于低通量方法，Smart-seq2和CEL-seq2的表现类似，尽管后者可能更容易受到来自其他细胞的污染影响。
随着结构生物学技术的提高，现代同步辐射装置使其从手工艺发展为每月可处理数百种不同配体与蛋白质的相互作用。然而，一个将高通量晶体学数据转化为配体设计预测模型的框架是目前缺少的部分。...作者进一步假设这些蛋白质特异性修正可以从数据集中学到，数据集包括高通量结构生物学数据和相关的生物活性。作者将这种方法应用于针对SARS-CoV-2 M Pro 的高通量结构生物学实验。...这是因为完全依赖能量的方法（如对接）旨在通用，但在泛化到每个目标时能力有限。通过晶体蛋白质-配体结构，将实际的蛋白质特异性数据整合到模型中，可以学习到蛋白质特异性信息。...作者研究通过先在较大的实验蛋白质-配体结构数据集上预训练模型，然后微调到本研究的数据，考察结构驱动建模策略的预测能力是否会进一步提高。...所有的模型都是用scikit-learn来训练的。每个模型的最佳超参数集是监测四个化学系列的平均auROC值。
Learning for Efficient Analysis of High-throughput Nanopore Data 论文摘要 作为第三代测序技术，纳米孔测序已被用于DNA、RNA甚至蛋白质的高通量测序...最近，许多研究开始使用机器学习技术来分析纳米孔产生的庞大数据。不幸的是，这项技术的成功归功于广泛的标记数据，而这些数据往往会产生巨大的劳动力成本。...因此，迫切需要一种既能快速、高通量分析纳米孔数据，又能显着降低标记成本的新技术。为了实现上述目标，作者引入了主动学习，通过选择需要标记的样本来减轻巨大的劳动力成本。...这项工作将几种先进的主动学习技术应用于纳米孔数据，包括 RNA 分类数据集 (RNA-CD) 和 Oxford Nanopore Technologies 条形码数据集 (ONT-BD)。...至关重要的是，实验表明，主动学习技术可以帮助专家标记样本，并显着降低标记成本。主动学习可以大大减少大容量纳米孔数据难以标记的困境。作者希望主动学习可以应用于纳米孔序列分析中的其他问题。
一般情况下，随着吞吐量的增加，可以保持单个柄的宽度，以避免增加电极周围的组织损伤，如图7b所示。此外，高通量电极带来了扇出限制。电极上的每个记录点必须逐个连接到放大器芯片或连接到放大器系统的接口上。...随着电极通道数量的增加，电极前端和封装后端之间的尺寸不平衡将显著增加。当通道数量超过1000时，这种差异非常显著。因此，必须提升高通量电极的扇出密度。 图7. 导致高密度扇出挑战的因素示意图。a....它们基于CMOS工艺，实现了高通量电极的高密度扇出，从根本上解决了电极和外部电路互连之间的尺寸增大问题。神经像素电极将硅基微电极的记录吞吐量提高到近10000个通道。...事实上，人们已经开发出许多类型的传感器来记录其他大脑活动信号，例如用于检测多巴胺或其他重要神经递质的化学传感器，用于监测电极周围脑组织生理状态的温度计，以及用于捕捉钙荧光信号的光学传感器。...结论 目前可植入皮质内微电极还远未达到长期应用于人体的目标，但在每个阶段，可植入电极在科学研究中都有自己的应用。传统的植入式电极，如微丝电极、密歇根探针和犹他阵列，已广泛应用于急性记录。
作者主要关注微反应技术的发展，也就是利用对亚毫米级反应堆的使用，来实现高度控制的化学合成，然后应用于规模更大的流动系统。...在液滴离散变量优化的应用实例中，Kreutz等将全局优化算法纳入甲烷氧化高通量催化剂筛选中(图5)。...在完成了48次流动实验后，通过颜色指示剂评估每个反应的适用性，并应用遗传算法确定要筛选的新一代催化剂，助催化剂和配体组合，经过八代试验，确定了最佳活性催化剂体系，并与文献报道的催化剂体系一致。...将反馈应用于离散变量筛选可以节省大量的时间和成本，优化只需要在超过800万种可能的催化剂/助催化剂/配体组合中进行不到400次实验。...更快的分析方法将实现更高的通量，并且通过实时反应建模和化学信息学以及机器学习算法来增强该技术。
每个文章还会包括一些基本的信息，比如文章的作者、发表年份、单位、杂志、参考文献、关键词等等。我们可以把这些基本信息称为文章的元数据。...基于每个文献的参考文献，可以构建网络图（关于网络基础可以查看：[[9.相互作用网络分析基础]]），了解文献和文献之间的关系。...将多个方法在同一个数据上进行检测，评价多个方法的优劣。 基于文献结果的再分析 基于文章结果通量的高低可以把结果分成结果分成高通量和低通量的。...不同类型的文章是否可以联合使用： 「传统综述」可以和「文献计量学」、「meta分析」联合使用。...「公共测序数据重分析」如果是新的方向重新分析的话，则不能和其他类型联用。
高级分析包括可视化、其他RNA-seq技术和数据整合。研究人员在文章中探讨了每个步骤所面临的挑战，也评估了一些数据处理方法的潜力和局限性。...此外，他们还介绍了RNA-seq数据与其他数据类型的整合，将基因表达调控与分子生理学和功能基因组学关联起来，这种研究方式如今越来越受到研究者的欢迎。...在总数据量不变的情况下，将总数据量分配到更多的生物学重复样本中，差异分析结果的可靠性在不断提升。对于RNA-seq，生物学重复数的价值要大于单个样本测序量。...如果你的样品是多样品混合测序，每个样品要单独加上标签，每个lanes要保证足够的测序深度，为了保证所有的样品在每个lane中都有。...对低表达的基因的定量仍是一个等待解决的问题; 三代测序技术，Smart-seq和Smart-seq2应用于转录组测序，所需要的样品量少，并且可以测定单细胞内的RNA表达水平; Pacbio 技术可以直接测得接近全长的转录本
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