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单细胞转录可以这样简单计算相关性

目前单细胞转录大行其道,所以很多人喜欢使用公共的单细胞转录数据集来缩小基因范围。...有了目标的5个基因就可以很方便的各种简单分析来强调他们的生物学意义。...比如去跟PDCD1基因看相关性: 很明显,因为单细胞转录数据有drop-out的特性,不能简单的拿原始的表达量矩阵去技术相关性啊,从散点图也可以看出来,每次需要计算相关性的两个基因都是各自在不同细胞里面大量表达量都是...这可以通过过滤掉表达矩阵中的零值来实现,但要注意这可能会减少可用数据量。 数据插补(Imputation): 对于dropout导致的零值,可以使用不同的插补方法来估计基因的真实表达水平。...而且面对10x这样的单细胞转录技术有95%的0值,大多数Imputation算法表现差强人意。

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ngs学数据分析上下游分析都可以基于R语言

虽然有点难度,但其实确实是可以的,对生信工程师来说,就是整理流程(把Linux命令替换成为R语言代码)工作量比较大。...:https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/RNASeqR/inst/doc/RNASeqR.html 首先是基于Linux的ngs学...160K 2月 20 10:40 SRR10574383_2_val_2.fq.gz 71K 2月 20 10:40 SRR10574384_1_val_1.fq.gz ---- 这个时候,还可以使用...第二步是比对,仍然选择hisat2或者star 仍然是需要参考基因,需要构建索引,需要一个个样品的比对。...一步法运行全部流程 如果你觉得前面的步骤有点繁琐,在你把准备工作做好了的前提下是可以一句话完成整个流程,代码如下所示: ?

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    高级性能测试系列《36.压力测试场景:1.普通线程、2.阶梯线程,阶梯线程可以看聚合报告?不看。》

    目录 一、阶梯性能场景(负载测试场景) 二、压力测试场景 1.普通线程 2.阶梯线程 三、聚合报告 一、阶梯性能场景(负载测试场景) 「阶梯线程:」 主要用来做负载测试。...增加的这个量,一定相同? 增加的量(或者叫做步长),可以相同,也可以不相同。 增加的量相同,只是一种特殊情况:stepping threads group。...在阶梯线程的执行过程中,我们的并发用户数是时刻发生变化的。 「阶梯线程设计的规律:」 缓起步,快结束。 「快结束:并不是瞬间结束。」...明显可以看到前面红色线条都是正常,后面绿色线条是明显得连续性的报错。说明肯定在这个点,服务器挂掉了。 三、聚合报告 阶梯线程可以看聚合报告? 聚合报告中的数据,都是平均值。...聚合报告是可以看到失败率。 平时去看这个图的时候,看下这个里面有连续的失败,说明服务器可能已经到达瓶颈了。 真正做性能测试的时候,这些监听器能不开启就不开启。

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    催化能力提高 3.5 倍!中科院团队基于扩散模型,开发 P450 酶从头设计方法 P450Diffusion

    在这种情况下,其分配一个由 8 个零成的向量作为间隙的编码。...「三点固定」指的是与芹菜素分子中三个枢纽的关键相互作用,包括:芹菜素分子中的 4’-OH (第一个枢纽) 由 T114 提供的氢键固定,芹菜素的 「B」环 (第二个枢纽) 由 F123 和 M248 的...经过 150,547 轮训练,预训练扩散模型可以生成各种各样的序列,与自然序列的相似性从 20% 到 50% 不等。...黄花夹竹桃苷生产方面的催化能力 直方图显示与功能性设计相关的产品的峰面积 以CYP706X1为对照 结果表明,P450Diffusion 不仅能够捕捉 F6H 催化口袋的基本设计原则,并有效生成具有...ESP 可以成功应用于训练数据中包含的广泛不同的酶和广泛的代谢物,优于为单独的、经过充分研究的酶家族设计的模型。

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    CMU机器学习学院院长Tom Mitchell:计算机模拟人脑才刚刚起步

    去年10月份,微软已经宣称了它是在相应的一个数据,也实现了主要的突破,比如前面讲到了下围棋、下象棋,人工智能突破非常快,背后主要是机器学习它的一个深层次的机器学习。...进一步通过矢量进行预测,比如这里是芹菜,这边是飞机的两个矢量,两个矢量的特征都和相应的词对应,对这个芹菜可以看到左手边是芹菜,和芹菜相关联的字数,口味和芹菜相应的一个关联度,对飞机来说,飞机出现很多的动词...我们看到在下面对任何词的神经活动,比如芹菜,把这些语义的特征组合起来,通过模型的学习,把这些特征进行关联,吃这个词和我们的芹菜这个词是关联度最高的,通过这样的研究很有意义,给到一个新词,比如说之前没有培训过...,因此强化学习的算法对机器人的控制是可以用的,或者是可以用于打败人类冠军的阿尔法狗的训练,因此通过这样的一些大脑行为的观测和检测可以帮助我们进行这样的一些人工神经网络的训练。...演讲结束后,Tom Mitchell教授回答了现场记者的一些问题。 您如何看待第三次人工智能浪潮,会否像前两次衰落?对于新入门的这些学习的学生,您现在有什么新的建议?

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    【NLP 算法岗】提前批暑期实习面(试)经(历)

    然后又拓展到强化学习、隐变量等等,幸亏会也讲过,回顾了一些。 主要还是靠我师兄前一晚传授了这位面试师兄擅长的领域,针对性的看了些东西。所谓知己知彼,才能百战不殆嘛。最后聊了一个小时。...二面(4.18) 不得不说达摩院速度真是太慢了,二面一直等到 12 天后才打来电话。...强化学习了解?解释了一下策略梯度。Skip-Gram 知道?是怎么做的?传统方法 SVM、Boosting 了解?...然后小哥哥是做机器翻译的,我说句法可以用注入到机器翻译模型中去。但是他对我这个方向不怎么看好,说句法信息用了效果不是很好。确实,我也表示非常赞同。...如果大家平时做题过程中遇到什么困难,还是可以找我交流啦! ?

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    网易公共技术Java面经

    本人弱鸡,整体面试过程给人感觉还是挺nice的,除了等待时间有时候有点久,Java一共有32个,所以不同的面试官的面试风格会有不少差距,这时候就看人品啦~ 通知的是上午10点的面试,答的一般,不过都给了下一面...,到下午4点多三面结束,实验室5人都是昨天面试,都成功面完了三面,所以觉得offer肯定还是有个选择和排序过程,下面上面经,可能不全,只能记得这么多了。。...一面: 大概10点20分一面,大约40分钟,一上来就手撕代码,本人算法弱鸡,表示有点懵逼,最后也是以手撕代码结束,去之前看了牛客好多网易Java面经,感觉我面了一个假网易 == ,下面是还记得的一些问题...不了解) 了解Hadoop,HDFS(还是不了解) 分布式事务(依旧不了解) HR hr面等到下午3点多才轮到,面了一个来小时,具体问题就不列了,大概就是那些常见的问题,不过小姐姐喜欢每个问题都让举例子

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    C#.NET 中的契约

    如何能够知道方法调用结束之后是否要对结果进行判断? T DoSomething(T parent) where T : class; ▲ 对于上面的方法,你知道 null 传入参数是合理的?...返回的参数需要判空?...} 有些静态代码检查工具也许可以根据这里的参数判断代码块来认定为此处的参数不能为 null,但这种判断代码无处不在,静态检查工具如何能够有效地捕获每一处的检查呢?难道我们真的要去翻阅文档?...有了静态分析工具以及契约代码的帮助,Visual Studio 的智能感知提示将能够直接告诉我们代码编写的潜在问题,而不必等到运行时再抛出异常,那时将降低开发效率,将增加生产环境运行的风险。...// * 操作执行完后一定满足某条件(Ensures,EnsuresOnThrows) } 以上代码中,星号(*)表示契约代码,其他表示方法内的普通代码。

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    彻底搞懂channel原理(二)

    如果没有快递柜,快递员在送快递的过程中,如果家里没人,他就得在那等着,等着有人来签收快递,他才送货结束。...客户在快递员到来之前,他也不能离开家,不然快递来了没人收,所以他也得等到快递员上门,签字收了快递,他才算收货结束。 当然,客户不止有这家快递,如果快递员A在等的时候又来一个快递员B给他送货。...还记得上一篇文章我们介绍过hchan的结构。 其中recvq表示等待接收消息的队列,sendq表示等待发送消息的队列。 我们来看waitq。...还是用上面的故事, 只要快递柜有空闲柜子,快递员就可以直接把快递放到柜子里,让客户自己去柜子拿。如果发送没有空闲的柜子,那就只能等,等到别人告诉我有空闲柜子,我再把快递放到空出来的柜子里。...对于接收者来说:只要缓冲区不为空,接收者就可以继续接收数据。一旦缓冲区空了,那么接收者就只能进入到等待接收队列中,等待有对应的发送者唤醒它。 上面还有什么问题?还真有。

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    厉害了!这个小程序,能让你说一口飘准的「普通发」

    那么,敢用这个小程序测试一下? 今天,知晓程序(微信号 zxcx0101)给大家推荐一款「普通话学习评分」小程序,它使用专业的普通话评分系统,你可以录音让它为自己的普通话打分。...按下中间的「点击录音」,并对着手机录入屏幕上的话,讲完之后手动「点击停止」结束录音,系统就可以对你的录音进行专业评测了。 ? 评测结果不仅会给出一个总体分数,还会用不同颜色标记每个字的发音标准程度。...「单音节词」可以练习单个字的读音,「多音节词」则可以练习词组的读音,每种类型的考试各有数十题目,每组包含 12 个字/词。 ?...每一种「专题」都可以进行评分,你可以从中挑选自己比较薄弱的发音类型,强化训练。 ? 最后需要提醒大家,在这个小程序中,你每点击一次「评测」都会用掉评分次数。...如果你已用完评分次数,则需等到次日「签到」,才能免费领取,「每日签到」可以增加 4-5 次。 免费评分的次数不是很多,所以呢,大家最好在有必要的时候再使用咯。 ?

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    前端入门20-JavaScript进阶之异步回调的执行时机声明正文-异步回调的执行时机

    假设,当前程序正在执行某个函数内的代码,这个时候异步请求的结果回来了,那么这个回调任务会接在这个函数执行结束?也就是,我们现在来验证下事件的粒度是否是以函数为粒度? ? ?...程序确实卡在函数 A 内部的代码 alert("A"),输出的日志上也能看到现在已经输出到 2.2,且异步请求的结果也回来了,那么这个回调任务的代码会在函数调用执行结束后,就被处理?...如果在当前 标签里的代码发起了某些异步工作,如异步网络请求,并设置了回调,那么回调任务的代码块会被单独作为一个事件,等到异步工作结束后,插入当前事件队列中。...所以,如果回调任务在执行当前 标签内的代码时就已经加入队列了,那么等到当前 里的代码都执行结束后,就可以轮到回调任务的执行。...所以,如果这时候第一个 标签内的代码发起的异步任务才结束,才将回调工作加入事件队列中,那么这个回调工作的代码只能等到第二个 标签内的代码都执行结束后才会被处理。

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    百度莱茨狗刚出就有人卖到了1W+!百度狗领养指南及运营解析!

    Anyway又是一波有水平的自黑,大家看看是否可以对号入座~ 中午下班看到路边上有捆芹菜,不知道谁掉的,捡起来准备回家炒肉,忽然一想需要去买肉。...难道拼的不是加班力? ? 彭蕾:哈哈,这才是所有员工的核心技术呀! 多隆:加班力?那我有多年的996经验。 ? ? 百度莱茨狗价值几何?...若是关注区块链有段时间的群友,应该知道之前风靡国外的区块链技术的养猫游戏CryptoKitties?一只虚拟的电子猫在市场上最高标价达340万美元! ?...可能很多人不理解百度区块链狗为什么要叫莱茨狗?据百度莱茨狗运营悄悄透露:莱茨狗取自英语“let's go”,场主不得不说,这届百度运营逆天了。 ? ? ?...从这里可以看出,莱茨狗已经和百度金融做了绑定。或者可以说,莱茨狗是百度金融用区块链技术在金融和游戏领域的一次大胆尝试。

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    Jmeter性能测试工具Timer定时器详解

    该定时器可以在请求之间设置一个随机延时,每个随机延时有相同的发生概率。总的延时等于随机延时 + 偏移延时值。...之间的并发独立的,处于sampler2下级,只作用于sampler2,Number of Simulated Users to Group by:设置为2,Timeout in milliseconds:0,等到...,线程数设置为2,Number of Simulated Users to Group by:设置为3,Timeout in milliseconds:1000,超过1000ms等待时,会自动运行当前等到的线程...All active threads :设置的target Throughput 将分配在每个活跃线程上,每个活跃线程在上一次运行结束后等待合理的时间后再次运行。活跃线程指同一时刻同时运行的线程。...All active threads (shared ):与All active threads 的选项基本相同,唯一的区别是,每个活跃线程都会在所有活跃线程上一次运行结束后等待合理的时间后再次运行。

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    Jmeter性能测试工具Timer定时器详解

    该定时器可以在请求之间设置一个随机延时,每个随机延时有相同的发生概率。总的延时等于随机延时 + 偏移延时值。...Synchronizing Timer 这个定时器和loadrunner当中的集合点(rendezvous point)作用相似,其作用是:阻塞线程,直到指定的线程数量到达后,再一起释放,可以瞬间产生很大的压力...,线程数设置为2,Number of Simulated Users to Group by:设置为3,Timeout in milliseconds:1000,超过1000ms等待时,会自动运行当前等到的线程...All active threads :设置的target Throughput 将分配在每个活跃线程上,每个活跃线程在上一次运行结束后等待合理的时间后再次运行。活跃线程指同一时刻同时运行的线程。...All active threads (shared ):与All active threads 的选项基本相同,唯一的区别是,每个活跃线程都会在所有活跃线程上一次运行结束后等待合理的时间后再次运行。

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    不愧是腾讯天美,面的贼细!

    (这个有些懵了)都要存,有些会存在公用的堆中(然后面试官说跳过) 说一下同步和异步 同步是指需要等待响应后继续后面的操作,异步是不需要等待响应,可以直接继续后面操作。...这里我举了个读写例子:A发出读写请求,同步的话他要等读写完成后才继续后续;异步的话发出请求后就可以继续,等到读写完成后通知A或者直接将内容发给A 追问:那谁来通知A,或者谁来检查读写完了没 由操作系统或者是对应的服务方...(这一套问题没大懂) 再追问:epoll有了解 了解过,说明不清楚.......(然后面试官说跳过) 再再追问:****硬中断、软中断有了解过 我:硬中断:中断发生后立即处理中断内容,软中断:中断发生后可以稍缓再处理(完蛋) 查到的软硬中断是触发源不一样,硬中断是硬件触发,软中断是软件模拟触发...手撕,合并区间问题,输入若干开始结束时间段,将有重叠的覆盖在一起 先说思路,按开始时间对二元们进行排序,之后就遍历合并 算法写完了,但是本地ide卡输入输出了,调试过程中面试官指出了一个问题。

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    记录年前Java岗整个历程(附字节,阿里,百度,网易,美团等面经)

    还记得当时收到四面通知的崩溃,以为结束了,都在躺尸的时候收到了四面通知。。...分布式数据库了解?      发布订阅模式,以及一个消费者集群模式怎么消费      了解Spring(不了解不清楚别问我我没看)      web下服务器怎么做负载均衡的?   ...却意外地等到了HR面,才知道前一面可能是交叉面(来自从没体验过交叉面的疑惑)~~ 面试官让我帮忙推没有面过的简历,太难找了,问了别的实验室也没有,尽力啦,等最终通知!! ---- 五....等最终通知) 初面   项目里用了什么设计模式,详细讲一下      项目ing    微服务 终面(技术+HR面)     问了研究方向....详细讲讲看      项目问题  HR问题:如果转前端可以...,学习要多久(回答的是更想做后端,害怕.jpg) ----   秋招已经基本结束了,希望遵循本心,做出一个不会后悔的选择叭~~祝大家Offer多多~

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