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科普---图像细胞分割错误对后续分析的影响

作者,Evil Genius今天我们来分享一下关于图像分割的内容,其中目前主流有三种分割方式。1、核分割,这是目前最成熟的分割方法。...2、核扩展分割,在核分割的基础上扩展一定的距离(5um),代表整个细胞。3、细胞分割,完整的分割,需要染细胞膜。现在Stereo-seq、HD、Xenium、CODEX等平台都有了图像分割的做法。...弥补了一定的损失,但是一刀切的扩展也有问题。那么不正确的细胞分割会给分析带来多大的影响?用空间转录组回答生物学问题,取决于准确分割细胞的能力。...细胞注释,基因表达的差异均发生了错误,掩盖了细胞状态的真实差异。细胞之间的互作与协调分析也发生了严重的错误如果一个细胞的状态持续受到附近其他细胞类型的影响,则可以推断出两种细胞类型相互作用。...由于分割错误往往会在相邻细胞之间错误分配分子,导致分析结论出现严重错误,从而产生虚假信号。分子邻域等个性化分析均受到影响可见大家做细胞分割还是要慎重,方法不成熟的情况下, 得到的分析结论都是错误的。

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    妹子给了我一个了乱码的Excel,我差点误会了...

    咳咳 人生的三大错觉之一 就是她喜欢我 为了解开粉丝的疑惑 让他面对现实 今天我就来给大家揭秘 乱码背后那些不为人知的事 首先 我们要意识到 『乱码』 本质上是编码与解码的方式不一致 举个例子 当用拼音的方式来解读英文...到底是个什么东东 (非战斗人员可以撤离了) 首先,我们都知道 数据都是以二进制存储的(在电脑中) 因此 按照不同的编码方式 同一句话被编码后的 01 字符串不同 (正如我们前面所说的 UTF-8...直到 Unicode 的出现 Unicode 的制定就是为了 将世界上所有的符号都纳入其中 每一个符号都给予一个独一无二的编码 如此一来就可以解决乱码问题 (虽然到现在并没有解决) 回到 UTF...-8 它其实是 Unicode 字符集的一种编码方式 UTF-8 由 肯·汤普逊 和 罗勃 · 派克 发明 其中 肯·汤普逊 是名副其实的大佬 听听 这是人话吗 知道了 UTF-8 的来历...UTF-8 作为一种可变长的编码方式 也就是说 不同的字符占用的字节数不同 2003年11月 UTF-8 被 RFC 3629 重新规范后 使用 1- 4个字节来进行编码 规则其实很简单 看不懂没关系

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    我的网站被攻击了,运维大佬给了我自动封禁ip的脚本。

    我的网站被攻击了,发现友圈最近出现这种情况的还不少,真是神奇了,这事也能扎堆发生。...调研了一下云平台的安全服务,还挺贵,弃疗了。 我还是自己写吧,不是为了提升技术水平,单纯的为了省钱! 实现思路 首先,我的小网站访问量不高,如果某位大哥一天访问超过10次我就觉得有鬼了。...除非你是在爬我的数据~ 还是你就是吃饱撑的! 有些ip定位是酱紫的,你可控制住自己,别太自由喽~ 综上分析,我的实现思路如下: 监测log日志,分析访问ip。...编写定时任务,每10分钟执行一次封禁ip脚本 思路是如此的清晰,奈何我并不擅长编写shell脚本,于是请教了群里的大佬,最终的实现如下: 具体实现 1....如果你有更好的方案,欢迎赐教我这个“被攻击的萌新”。

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    New PMC 田原: 开源给了我一个接触非业务系统的机会

    在 Apache IoTDB 中主要贡献的内容: 1.单元与多元序列兼容的时序数据库存储引擎和查询引擎的设计与实现 2.单条查询内部的并行化 3.TsFile V3版本的设计与实现 4.查询的内存控制和缓存管理...给予我在开源上的启蒙 在这之前,我对开源社区的认识还比较简单,认为它只是一个可以给大家免费用的软件,也只知道像 Spark、Hadoop 这样的明星产品。...对技术能力提升的帮助上是巨大的 就我个人来讲,本科接触的比较多的还是业务系统,能接触到像 IoTDB 这种底层开发而非业务系统的机会是很少的,而且也没有人可以指导你去更加深入地了解数据库的相关技术。...做出首个贡献 刚加入社区的时候,我做的第一个工作是做一个 Hive 的连接器,也就是让 Hive 能够识别 IoTDB 底层存储的文件格式 TsFile ,能够通过hive查询到tsfile里存储的数据...封闭开发持续了一周,把原来查询引擎实现比较混乱和冗余的地方进行重构,设计并实现了底层公用的 Scan 算子,对上层屏蔽了复杂的顺序与乱序文件Scan 时的读取逻辑,提供了统一的接口。

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    图像背景校正操作错误,结果千差万别......

    在进行图像定量分析之前,必须首先对图像背景进行校正。如果不作此操作,有时可能会出现极大或极小值,批量分析后得到的数据是不可信的。 ▼1. 背景校正的原理是什么?...◣ 1.3 显微镜光路上的灰尘在图像上留下杂点,影响分析; ◣1.4 封片剂在玻片上分布不均一,拍照后得到的图像对焦不准,影响分析 以上列举的种种问题都会对图像分析产生极大影响,定量分析前必须进行图像预处理操作...荧光图像分析其实就是在单通道下(红或绿或蓝),对灰度值的分析。反映出在此通道下,图像上分析目标的灰度值,以灰度值的差异代表某物质量的差异。 ?...◣3.2 荧光染色图像背景校正 (1)先打开一幅需要校正的荧光图像,然后打开一幅无任何组织或细胞的图像(空白图像)。...一般来讲,第一种背景扣减是最常用的,适用于绝大多数适合灰度分析的图像。其原理就是将从目标图像中扣减背景灰度平均值,这样生成的新图更利于定量分析。 ?

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    【MATLAB】图像导出 ( 导出绘制的图像 | 图像设置 )

    文章目录 一、导出图像 1、生成的图像 2、复制图形 3、保存 4、另存为 二、复制选项 1、复制选项 2、图形属性 3、导出设置 一、导出图像 ---- 1、生成的图像 2、复制图形 选择 matlab...生成的图形界面 " Figure 1 " 的菜单栏 , " 编辑选项 " , 点击 " 复制图形 " , 可以将图像拷贝到 Word 文档中 ; 打开 Word 文档 , " Ctrl + V "...可以粘贴到 Word 文档中 ; 3、保存 点击工具栏中的保存按钮 , 磁盘形状 ; 界面闪烁以下之后 , 会在代码所在目录 , 生成代码对应的 png 图片 ; 点击 " 打开文件 " 按钮 ,...可以打开生成的 png 图片所在目录 ; 4、另存为 选择 " 菜单栏 / 另存为 " 选项 , 可以选择保存的格式 , 一般选择 png 格式作为导出的图片 ; 另存为的图片 : 二、复制选项...; 3、导出设置 选择 " 菜单栏 / 文件 / 导出设置 " 选项 , 可以弹出导出设置选项 , 通过大小设置 , 可以缩放图像的大小 ; 缩小后的图片 : 原图片 :

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    StarGAN - 图像到图像的翻译

    生成器把图像和目标领域标签作为输入,生成一张非真实的图像.(b) 生成器试图根据所给的原始领域标签,把非真实图像重构为原始图像。...这里,为了生成器能够产生与真实图像难以区分的图像且该图像可以被判别器分类为目标领域,判别器不仅要区分非真实性,而且要对一张图像作出它相应领域的分类。...在位于判别器顶部的辅助分类器的帮助下,判别器也可以预测输入给它的图像的对应领域。 辅助分类器的作用是什么? 有了辅助分类器,判别器能够学习到原始图像的映射以及它在数据集中所对应的领域。...当生成器产生一张指定目标领域c(比如棕色头发)的新图像时,判别器可以预测所产生的图像的领域。因此生成器会产生新图像直到判别器给出对应的目标领域c(棕色头发)的预测为止。 ?...生成器将根据所给原始领域标签把生成的非真实图像重构为原始图像。我们将使用单一的生成器两次,第一次把原始图像翻译成目标领域的图像,第二次把翻译图像再重构成原始图像。 ?

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    【图像篇】OpenCV图像处理(五)---图像的色彩空间

    前言 大家好,在上一期的文章中,我们简单的讲解了图像的切割与ROI获取(【图像篇】OpenCV图像处理(四)---图像切割&ROI选取),这样做的目的是,使我们能够对图像的局部进行处理,而不是整个图像...一、图像的色彩空间 在前面的图像知识中,我们认识到了图像有两种基本的色彩空间,RGB图像和灰度图像,然后图像还有别的色彩空间,比如:BGR,LAB, HSV等等。...,接着就是对图像分通道获取矩阵,np.dstack()函数是比较注意的地方,按照代码中的操作解读,就是将不显示的通道进行赋零操作,然后将真正的通道图像显示。...3.效果展示 如上图可以看到,RGB图像分通道的真实效果是这样的,在上上期的文章中,我们并没有讲到这次补上了。...二、色彩空间转换(BGR to RGB) 在前期的文章中,我们了解到opencv读取的图像格式是BGR格式,现在就让我们一起来将其转换为RGB图像吧,同时看看他们的显示的不同。

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    图像分割的原则_常用的图像分割方法

    在对处理后的图像数据进行分析之前,图像分割是最重要的步骤之一。它的主要目标是将图像化分为与其中含有的真实世界的物体或区域有枪相关性的组成部分。...根据目标可将图像分割分为: 完全分割 —— 结果是一组唯一对应于输入图像中物体的互不相交的区域。 部分分割 —— 区域并不直接对应于图像物体。...基于边缘的图像分割 基于区域的图像分割 一、阈值化 灰度阈值化是最简单的分割处理。很多物体或图像区域表征为不变的反射率或其表面光的吸收率,可以确定一个亮度常量——阈值,从而来分割物体和背景。...(一)边缘图像阈值化 在边缘图像中几乎没有0值像素,但是小的边缘值对应于由量化噪声、弱不规则照明引起的费显著的灰度变化。可以对边缘图像做简单的阈值化处理排除这些小的数值。...这种方法是基于图像的边缘幅度由合适的阈值处理实现。 (二)边缘松弛法 由于边缘图像阈值化方法得到边界受图像噪声的影响很大,经常会遗漏重要的部分。

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    图像的滤波与图像增强的Matlab实现

    空间噪声滤波器 C.用滤波器祛除图象噪声 目的 了解 MATLAB 工具箱中的滤波器。 掌握空间滤波 学会对图像的空间变换 内容 A....用滤波器祛除图象噪声 在数字图像处理中,常常会遇到图像中混杂有许多的噪声。因此,在进行图像处理中,有时要先进行祛除噪声的工作。最常用的祛除噪声的方法是用滤波器进行滤波处理。...MATLAB 的图像处理工具箱里也设计了许多的滤波器。如均值滤波器、中值滤波器、维纳滤波器等。...空间噪声滤波器 %用函数imnoise2 生成具有表5.1 中的CDF 的随机数 function R=imnoise2(type,M,N,a,b) if nargin ==1 a=0;b=1; M...数字图像处理(MATLAB版)[M]. 北京:电子工业出版社, 2014. [3] 冈萨雷斯. 数字图像处理(第三版)[M]. 北京:电子工业出版社, 2011.

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    图像的直方图

    灰度直方图的定义 灰度直方图定义为数字图像中各灰度级与其出现的频数之间的统计关系,用公式表示为P(k)=\frac{n_k}{n}, \quad k=0,1,......,L-1且\sum_{k=0}^{L-1}P(k)=1式中,k为图像f(m,n)的第k级灰度值;n_k为f(m,n)中灰度值为k的像素个数;n为图像的总像素个数;L为灰度级数。...直方图与图像清晰度的关系 总的来说:直方图反映了图像的清晰程度,当直方图均匀分布时,图像最清晰。...具体说来: 暗图像对应的直方图组成成分集中在灰度值较小(暗)的左边一侧; 亮图像的直方图则倾向于灰度值较大(亮)的右边一侧; 对比度较低的图像对应的直方图窄而集中于灰度级的中部; 对比度高的图像对应的直方图分布范围宽而且分布均匀...直方图均衡化 直方图均衡化就是通过原始图像的灰度非线性变换,使其直方图变成均匀分布,以增加图像灰度值的动态范围,从而达到增强图像整体对比度,使图像达到清晰的效果。

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    【CCD图像检测】3:图像的调试方法

    CCD图像检测 作者:一点一滴的Beer  指导教师:Chen Zheng   单位:WHU 四、相关调试手段     在嵌入式系统中摄像头调试的目的是使摄像头的机械和电气参数在满足系统要求下能产生质量最高的图像数据...4.1.1基于串口通讯的图像显示软件。 图24:图像显示软件     以上软件的主要作用是:在小车静止时利用串口通讯将摄像头所见在PC机上直观呈现出来,而且能导出数据供用户分析。...不同位置的矩形块颜色对应着不同位置的数字图像矩阵数据,这样就能将数据还原成图像直观再现。 3.利用CFile类,将接收到的图片灰度数据以矩阵式排列导出保存为文本文件。...可以观测小车的动态信息。而且一些图像处理算法可以在此仿真,比如:图像分割阈值的选取,图像中心线的提取等等。...此显示方法,可以用来先对摄像头镜头调焦,使成像清晰,也可以用来测量摄像头的视野参数,为图像校正提供计算依据。 4.2.2基于HCS12芯片SPI读写FLASH存储图像数据。

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    基于图像分类的动态图像增强

    然而现有的图像增强算法大多是为了满足观察者的感官质量,在本文中我们学习能仿真图像增强和复原的CNN结构来了提高图像的分类效果而不仅仅是人类的感官质量。...本文中提出的方法 动态增强滤波器 本部分的模型根据端到端学习方法中的输入图像和输出增强图像对来学习不同的增强方法中有代表性的增强滤波器,目标是提高分类效果。...我们发现滤波器可以学到期望的变换并正确的增强图像,图5可以看到动态增强后的图像纹理。 ?...这部分的输出为一系列增强后的亮度图像及对应的权重,再与色度通道结合转换回RBG图像\({I_{\rm{k}}}’\) 二、分类阶段 K种图像增强方法增强后的图像\({I_{\rm{k}}}’\)和原始图像一一作为分类网络的输入...总结 本文最大的创新之处在于一般的图像增强方法没有评判标准,所以本文将图像增强与分类任务结合起来,以提高图像分类正确率作为图像增强的标准,更具有实际意义。

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    【图像处理】图像去雾的前世今生

    前言 其实之前对图像去雾也没有什么深入的理解,只是了解,实现过一些传统的图像去雾方法而已。...基于图像增强的去雾算法。基于图像增强的去雾算法出发点是尽量去除图像噪声,提高图像对比度,从而恢复出无雾清晰图像。...首先求取输入图像RGB三通道中的最小值,即求取暗原色通道图像,然后对暗原色通道图像进行均值滤波,然后求取其中灰度值最大的点,接着求取输入图像RGB三通道中值最大的通道图像,然后求取出灰度值最大的点,然后将两个点的灰度值的平均值作为全局大气光...而基于CNN的去雾需要训练集是成对的,即同时有有雾图像与无雾图像。而一个有效的去雾模型应该能够学习无雾图像到有雾图像的映射,无需使用成对监督。...收集了具有挑战性的数据集,包含800多个自然模糊图像与1000个无雾的室外场景图像。 通过对合成和真实图像的数据集的广泛实验来评估感知图像去雾。 一句话总结,将GAN用于去雾。

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    【CCD图像检测】4:图像的简单校正

    CCD图像检测 作者:一点一滴的Beer  指导教师:Chen Zheng  单位:WHU 五、 图像的校正。 5.1.纵向校正 5.1.1纵向理论校正。...如果采用等间距采样,则在2m的前瞻视野时,会出现近处20cm就占了40行图像数据中的绝大部分,近处AD行极度稠密,而远处两个AD行之间又极为稀疏。...采用校正后的结果进行采样,在对用黑线贴成的由一定大小的正方形组成的网格板进行拍摄,还原的数字图片因镜头有一定程度上的球面失真,仍会造成近处的图像密度更大,这个基本无法利用现有的技术进行理论分析。...图29:图像的横向校正原理图 5.2.2横向实际校正。    ...因为镜头的失真和采样行本身的不等间距,在对网格线进行拍摄时,实际结果仍然不满足要求,通过对校正系数调整,使校正后,网格板纵向黑线应都在校正后图像的竖直方向上,得到的最后校正系数即为工程上和实际比较吻合的系数

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    图像处理之灰度模糊图像与彩色清晰图像的变换

    第一种 自我激发型   基于图像处理的方法,如图像增强和图像复原,以及曾经很火的超分辨率算法。都是在不增加额外信息的前提下的实现方式。 1. ...图像增强   图像增强是图像预处理中非常重要且常用的一种方法,图像增强不考虑图像质量下降的原因,只是选择地突出图像中感兴趣的特征,抑制其它不需要的特征,主要目的就是提高图像的视觉效果。...图像增强中常见的几种具体处理方法为: 直方图均衡   在图像处理中,图像直方图表示了图像中像素灰度值的分布情况。为使图像变得清晰,增大反差,凸显图像细节,通常希望图像灰度的分布从暗到亮大致均匀。...用于直方均衡化的变换函数不是统一的,它是输入图像直方图的积分,即累积分布函数。 灰度变换   灰度变换可使图像动态范围增大,对比度得到扩展,使图像清晰、特征明显,是图像增强的重要手段之一。...当有了关于图像本身的先验知识时,可以建立原始图像的模型,然后在观测到的退化图像中通过检测原始图像而复原图像。 3.

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