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MetaLogo|序列比较工具

我们在研究基因或者病毒的时候,经常会得到一堆未知的序列来进行分析。比如要比较不同的 COIVD 病毒的序列相似性,或者查看某一个蛋白家族序列之间的相似性。这类的分析的话,一般都可以进行进化分析来进行展示。之前我们介绍过如果解读一个进行树 [[为什么要做进化分析]] ,同时也介绍了 [[如何下载数据构建进行进化分析]],另外也介绍了一个 [[一站式进化分析]] 工具。 对于上面那个工具,在我们只是想简单的看一眼多个序列之间的差异的时候就显得有一些麻烦了。所以今天就介绍一个简单好用的的工具 MetaLogo: a heterogeneity-aware sequence logo generator and aligner: http://metalogo.omicsnet.org/about

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GATK流程_diskeeper怎么用

一、使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25)。下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/download。 (3)在GATK使用过程中(见下面图),有些步骤需要用到已知变异信息,对于这些已知变异,GATK只提供了人类的已知变异信息,可以在GATK的FTP站点下载(GATK resource bundle)。如果要研究的不是人类基因组,需要自行构建已知变异,GATK提供了详细的构建方法。

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