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我正在使用python开发SVM (支持向量机)。
我的输入是pdb文件。我已经看到了许多获取数据集的示例。但是，在我的例子中，我想解析protien的3d结构(.pdb文件)。如何从pdb获取svm？
浏览 7提问于2014-01-06得票数 0
现在我使用"b linenum“作为一个workaround.but，因为我经常修改我的代码，linenum changes.So如何在python中的类成员函数上创建断点?我在谷歌上搜索并阅读了python手册，但没有直接的answer.thanks！
浏览 0提问于2011-11-22得票数 10
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我有一个pdb文件，我想使用python解析pdb，并且我想在pdb中找到残差的以下内容：2. interface topology我试过使用pybelallmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_n
浏览 1提问于2014-01-17得票数 0
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我想使能够读取文件(修改后的文件被原子电荷和radius替换为占用率和B因子)。ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 1.00 48.46 N0.1010是电荷，1.8240是半径
那么，如何避免"PDBConstructio
浏览 6提问于2012-11-13得票数 2
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我有一个python脚本，我想用进行调试。我在中读到，我可以用M-x pdb调试我的python脚本，但是我得到了以下错误：
我可以在微型缓冲区中的提示符中提供python -m pdb my_source_file.py，但是如果Emacs可以直接从运行M-x pdb的文件中推断出这个命令，那就太
浏览 6提问于2012-02-06得票数 14
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是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所使用的改进软件。我看过Biopython，但他们在FAQ中明确表示：“如果您对PDB头文件的数据挖掘感兴趣，那么您可能想看看其
浏览 6提问于2016-08-17得票数 0
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我不知道当我运行addItem()时为什么会收到一条错误消息：我关闭了对文件的所有读写，并且使用raw_input函数
浏览 2提问于2015-05-29得票数 2
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相反，我认为如果我可以直接读取C文件并解析我的结构来获得结构成员名称，将会更加灵活。
有没有一个工具/函数可以让我读取C文件，并枚举我的结构中的各种元素？
浏览 1提问于2014-09-01得票数 1
import pdb c=100 pdb.set_trace() print a,b
浏览 0提问于2016-07-13得票数 2
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我知道它是Palm OS中的一个数据库，因为它的开发正在转向webOS。有没有第三方javascript库来做这项工作？还是需要手动编写？
浏览 4提问于2009-08-05得票数 0
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我正在使用pdb调试emacs中的一些python代码，并得到一些导入问题。依赖项安装在我的bespoked环境中。Pdb顽固地使用/usr/bin/python，而不是我的虚拟服务器上的python进程。>>> print sys.path
这指向我的所有虚
浏览 7提问于2010-09-17得票数 23
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他想出的最有用的程序之一是接受pdb文件(本质上是一个很大的1000+行文本文件)，并根据他想要查看的内容只过滤以某个单词开头的行。每一行都有相同的格式/长度，这应该会让它更容易。
浏览 2提问于2014-08-15得票数 0
我正在尝试为.pdb文件(它们显示蛋白质结构)编写一个快速解析器。癌症中常见的)，这里是：第一个元素“原子”意味着它与蛋白质中的一个实际原子有关我需要的输出是这样的(下面的"1“对应于原子计数，而不是一般计数)：MET A 1 63.645 97.355 31.526
更复杂的是，有时原子计数(本例中的第二个"1“)是负数。最后，对于我原始
浏览 2提问于2012-04-26得票数 5
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我发现有两种方法可以调用pdb。
在OS的shell中，运行pdb myscript.py，它会立即调用pdb，并允许在运行myscript.py时运行pdb命令。在myscript.py中，导入pdb模块，并在myscript.py中从pdb模块中添加一些功能。然后运行不带pdb的myscript.py作为python myscript.p
浏览 8提问于2015-12-17得票数 0
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我有一个巨大的CSV文件，有将近6K个条目，文件看起来像这样：1ET4我的最终目标是显示给定关键字的输出，如下所示：PDB ID NDB ID Structure Title Citation Title Abstract
浏览 1提问于2013-07-17得票数 2
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根据这个的公认答案，我正在尝试使用pdb进行调试。我可以使用以下语法成功启动调试器：但更倾向于在答案中提供的另一个选项(不起作用)：Windows上是否支持第二种语法？该错误是“不能识别为内部或外部命令、可操作的程序或批处理文件”的标准。
浏览 2提问于2017-04-21得票数 0
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在python模式下，当我编辑一个python文件时，如果我输入M-mode，它会显示Run pdb (像这样)：pdb filename.py，但是它不能工作，我将不得不把它改为python -i -m pdb filename.py。我希望默认格式是python -i -m pdb filename.py。如何做到这一点？
浏览 0提问于2015-10-21得票数 0
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