在一个规则中聚合所有通配符的未确定数量的文件
，可以使用通配符来匹配文件名的模式。通配符是一种用于匹配文件名的特殊字符，可以代表一个或多个字符。常见的通配符包括：
- *（星号）：匹配任意数量的字符，包括零个字符。
- ?（问号）：匹配一个任意字符。
- [ ]（方括号）：匹配方括号中列举的任意一个字符。
- { }（花括号）：匹配花括号中列举的任意一个字符串。
通过使用这些通配符，可以在规则中聚合所有通配符的未确定数量的文件。例如，如果要匹配所有以.txt结尾的文件，可以使用.txt作为通配符模式。如果要匹配所有以a开头、以b结尾的文件，可以使用ab作为通配符模式。
在云计算领域，通配符在文件管理、数据处理和批量操作等方面非常有用。它可以帮助用户快速筛选和处理大量的文件，提高工作效率。
腾讯云提供了丰富的云计算产品和服务，其中包括对象存储、云函数、云批量处理等，可以满足用户在文件管理和数据处理方面的需求。以下是一些相关产品和介绍链接：
- 腾讯云对象存储（COS）：提供高可靠、低成本的云存储服务，支持通配符匹配文件名等功能。详细介绍请参考：腾讯云对象存储（COS）
- 腾讯云云函数（SCF）：无服务器计算服务，可以根据触发条件自动执行代码逻辑，支持对文件进行处理和聚合。详细介绍请参考：腾讯云云函数（SCF）
- 腾讯云云批量处理（BatchCompute）：提供高性能、高可靠的批量计算服务，支持对大规模文件进行处理和聚合。详细介绍请参考：腾讯云云批量处理（BatchCompute）
通过使用这些腾讯云产品，用户可以方便地实现对通配符匹配文件的聚合和处理，提高工作效率和数据处理能力。
相关·内容
谢谢你提前提供帮助。
我试图使用Snakemake检查点功能在目录中生成数量未知的文件，我已经使用了文档中描述的模式来工作，但是我不想在之后执行任何类型的聚合规则，我希望有对每个单独文件执行操作的规则(当然，通过通配符来并行)。
下面是我的问题的一个简单的可复制的例子：
from os.path import join
rule all:
input:
"aggregated.txt",
checkpoint create_gzip_file:
output:
directory("my_directory/
浏览 6提问于2022-07-13得票数 0
我正在运行一个带有主Snakefile的工作流，其中包括rules文件夹中的规则，并从这些包含的规则中调用rscript。
下面是几行代码及其特定的文件：
Snakefile：
samples = pd.read_table("samples.csv", header=0, sep=',', index_col=0)
rule extract:
input:
'summary/umi_expression_matrix.tsv'
include: "rules/extract_expression_single.s
浏览 1提问于2018-01-06得票数 1
我试着用snakemake制作一个简单的管道，从网上下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。
我认为能起作用的是以下代码：
dwn_lnks = {
'1': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa',
'2': 'https://molb7621.github.io/workshop/_downloads/sample.fa'
}
import os
# association between chromosom
浏览 1提问于2017-06-22得票数 3
回答已采纳
1回答
我们正在使用AWS IoT。
我们有预定义的主题(+/device/)，设备在其中发布消息。
但是有一种可能性，设备可以发布消息到任何其他主题。
我想要计算由这些独立的设备发布到所有主题的消息的数量，并实现节流。
我尝试使用通配符主题名( +/*或/)创建IoT规则，但这些通配符主题似乎都不起作用。
是否有通配符主题名称，可以用来捕获来自所有主题的消息？
或者是否有任何方法可以将所有消息转储到DynamoDB或S3中的所有主题上，并计算特定时间段内来自各个设备的消息数量？
浏览 7提问于2019-11-08得票数 0
回答已采纳
我用snakemake编写了这个管道，以处理我的fastq文件并获取原始计数，但由于某些原因，我在最后一条规则(特性计数)中不理解这个错误：
WildcardError在/mnt/c/Users/manso/Desktop/hel/pe.py的第175行:无法从输出文件中确定输入文件中的通配符：'sample‘
其他规则使用与featureCounts规则相同的输入，因此我不明白为什么它会返回该特定规则的错误。
我真的很感谢你的帮助。
这是我的蛇形：
(SAMPLE,FRR) = glob_wildcards("rawReads/{sample}_{frr}.fastq.g
浏览 7提问于2022-07-03得票数 0
回答已采纳
我有输入文件：
Bob_1.fastq.gz
Bob_2.fastq.gz
Bob_3.fastq.gz
Bob_4.fastq.gz
Ron_1.fastq.gz
Ron_2.fastq.gz
Ron_3.fastq.gz
Ron_4.fastq.gz
我在一个snakefile中运行多路分解和修剪步骤，如下所示：
workdir: "/path/to/dir/"
(SAMPLES,) =glob_wildcards('/path/to/dir/raw/{sample}.fastq.gz')
rule all:
input:
expa
浏览 0提问于2020-11-13得票数 0
将(2021年)第二个或更高的正斜杠的行为概括为robots.txt文件中的通配符全局(星号)是真的吗？
在另一种方法中，确实可以说/MY_NAMESPACE:/可能是regex：/MY_NAMESPACE:*？
浏览 0提问于2021-05-30得票数 1
回答已采纳
1回答
我目前正在使用Snakemake作为一个生物信息学项目。给定人类参考基因组(hg19)和bam文件，我希望能够指定多个具有相同名称但扩展名不同的输出文件。这是我的密码
rule gridss_preprocess:
input:
ref=config['ref'],
bam=config['bamdir'] + "{sample}.dedup.downsampled.bam",
bai=config['bamdir']
浏览 7提问于2022-06-28得票数 1
我正在尝试编写一个Makefile来进行一些文件聚合。如下所示:我有几天关于早餐、午餐和晚餐吃什么的数据。文件的命名如下：
monday_breakfast.meal
monday_lunch.meal
monday_dinner.meal
tuesday_breakfast.meal
...
或者，如果处理数字使其变得更简单：
00_00.meal
00_11.meal
00_22.meal
11_00.meal
...
目标是将每一天的三个文件聚合为一个文件，但所有的日子都要这样做。有可能写一条这样做的规则吗？最棘手的部分是我不知道当我运行make时会有多少天的文件价值，所以我希望它是通用
浏览 3提问于2015-10-31得票数 0
回答已采纳
我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。一个例子是：
chipseq-greylist --outdir out_dir A.bam
这一行将产生三个输出文件：A-greystats.csv, A-greydepth.tsv and A-grey.bed。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。
由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。我知道将目录指定为输出()是可能的，这将完全符合我的要求。但是，当我以一个目录作为输出制定
浏览 0提问于2018-08-24得票数 0
2回答
我被困在如何和蛇相处的问题上了。
首先，说我的“全部”规则是：
rule all:
input: "SA.txt", "SA_T1.txt", "SA_T2.txt",
"SB.txt", "SB_T1.txt", "SB_T2.txt", "SB_T3.txt"
注意，SA有两个_T#文件，而SB有三个这样的文件，这是其中的一个关键元素。
现在我想写一条这样的规则来生成这些文件：
rule X:
output: N="S{X}.txt"
浏览 0提问于2018-03-16得票数 3
1回答
我的web.config中有一个URL重写。重写指令的目的是做两件事：
如果URL引用的是实际文件(如css文件或图像)，如果index.php?request={R:1}不引用实际文件，则不要重写，请重写到
案例2工作得很好。但是，如果请求的文件存在，我将得到一个通用的IIS响应，指示错误：HTTP Error 500.50 - URL Rewrite Module Error. -而没有其他详细信息。错误代码只是指示一个通用重写模块错误。
我做错了什么？这是IIS 10.0
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?&g
浏览 8提问于2020-01-06得票数 0
我的数据库中的每个记录都有一个json列表，我试图从这个列表中返回每个元素中的一个值。
我想要回来
environmental services, energy & utilities
从…
[
{
"key": "environmental services"
},
{
"key": "energy & utilities"
}
]
和。
construction
从…
[
{
"key": "construction"
}
]
其中
浏览 0提问于2019-05-24得票数 0
我在snakemake中有这样一条规则：
output:
RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/predictions_{e}_{n}_{h}_run{r}.csv"
dir=directory(RESULTS + folderdestination + "/{feats}/{edges}/{labels}/")
我需要传递给另一个规则，仅仅是文件夹：
dir=directory(RESULTS + folderdestination +
浏览 48提问于2020-03-11得票数 0
回答已采纳
基本上，我有三个snakemake规则(规则全部除外)，尽管有检查点资源，但无法解决这个问题。
第一条有我的第一个，也是我唯一开始的文件。它将有x个输出(数字根据输入文件的不同而变化)。这些x输出中的每一个都需要在规则2中单独处理，这意味着规则2将运行x个作业。然而，这些作业中只有一些子集y会产生输出(该软件只为超过某一阈值的输入编写文件)。所以，虽然我希望这些输出在作业3中作为一个单独的作业运行，但我不知道规则2中会产生多少个文件。第三条规则也会运行y作业，规则2的每个成功输出都有一个。我有两个问题。第一个问题是如何编写规则3的输入，不知道第二条规则会产生多少文件？第二个问题是，当输入文件没
浏览 1提问于2021-03-03得票数 1
回答已采纳
1回答
我有一个具有这种层次结构的防火存储桶。
-Bucket
--UserData
--Folder A
--Folder B
--Folder C
--Folder D
我想对文件夹A、文件夹B、文件夹C、文件夹D应用这些规则
match /{allPaths=**} {
allow read;
allow write;
}
但是对于UserData文件夹，我想应用这些规则
match /UserData/{user_id} {
allow read;
allow write: if request.auth
浏览 3提问于2022-08-31得票数 0
回答已采纳
如果我的问题措辞不太清楚，很抱歉。
我正在运行下面这个简单的查询
SELECT count(cg)
FROM all_data
WHERE cg is null
结果是0。当我运行这个查询时
SELECT cg
FROM all_data
WHERE cg is null
得到一堆符合标准的记录。很明显，有许多记录的cg值为null，但它们不会出现在count()查询中。
这有什么原因吗？我做错了什么吗？
谢谢你的帮助
浏览 10提问于2017-06-22得票数 1
回答已采纳
我试图在Teamcity中创建一个在另一个构建步骤上有一个Artifact Dependency的构建步骤。
前面构建步骤的工件可以作为.zip文件使用。
构建步骤能够检索工件，并将它们下载到：
C:\BuildAgent\work\27f84e3eca3a33d5\artifactdir\artifacts.zip
显然，.zip文件对我没有多大用处，我需要对这些文件进行解压缩，以便构建步骤能够访问构建文件。
如何让TeamCity解压缩工件？
浏览 2提问于2011-03-20得票数 29
我有多个研究，我必须为n个研究做两个文件(一个.notsad和.txt文件)。在创建这些文件之后，我必须运行一个命令，运行每个染色体，并在给定的研究中对每个染色体使用相同的两个输入文件(.notsad，.txt)。所以：
mycommand.py study1.notsad study1_filter.txt chr1.bad.gz --out chr1_filter.bad.gz
mycommand.py study1.notsad study1_filter.txt chr2.bad.gz --out chr2_filter.bad.gz
...
mycommand.py study2.n
浏览 0提问于2018-06-12得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个在shell参数中使用循环的规则。不确定这是否是snakemake在shell部分使用循环的最佳实践。也许有人能告诉我是否是这样的。我还根据这样的规则生成了许多文件，但是我无法利用该规则的通配符属性。以下是代码：
def create_chrom():
chroms = ['chr'+str(i) for i in range(1,23)]
chroms.extend(['chrX','chrY'])
return chroms
rule split_by_chr:
input:
vcf
浏览 3提问于2022-07-27得票数 2
回答已采纳
我有几个SRA文件，我从NCBI网站下载。现在，我想将它们添加到我的snakemake工作流中。但是，如果没有可用的prefetch，我希望保留下载它们的能力。我有个简单的规则，
BASE = "/path/to/working/folder"
rule all:
input: [f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_1.fastq", f"{BASE}/fastq/SRR000001.sra_2.fastq"]
shell:
"echo Finished"
rule get
浏览 1提问于2020-09-03得票数 1
mySql查询和max()函数有问题。如果我这样做了：
Select * from Data group by experiment having min(timestamp)
此查询返回我想要的内容，并更正值。我拿到了这个：
+----------+---------+----------+---------------------+----------------+------------+
| id | mote_id | label_id | timestamp | value | experiment |
+----------+--
浏览 3提问于2014-05-14得票数 0
回答已采纳
我试过做我的研究，但我无法理解这一项。我可以在一个文件夹中组合多个.txt文件。没问题：dir C:\Users\XXXX\AC1\22JUN *.txt | get-content | out-file C:\Users\XXXX\22JUN\AC1_22JUN.txt
但是，我有14个目录，每个目录都有子目录。(一年中的几个月)，这种情况只会持续增长。如何将其写入AC1 - AC14目录，然后查看每个文件夹JAN，并在每个子目录中为AC1_22JUN、AC2_22JUN AC1_22JUL、AC2_22JUL等创建一个组合文件？
是否还有一种方法可以用数据重命名输出文件，例如组合的.tx
浏览 8提问于2022-07-27得票数 1
回答已采纳
1回答
我有几个域，比如abc.blah.com、xyz.blah.com、2a.blah.com、3b.blah.com等等。在我的haproxy.cfg文件中，我只想处理几个域，剩下的留给它们预定的目的地。
例如：
将abc和xyz重定向到不同的目的地
abc.blah.com == 10.1.1.11
xyz.blah.com == 10.1.1.12
但不是2a.blah.com、3b.blah.com或*.blah.com。让他们被引导到实际目的地。
这意味着2a.blah.com应该去2a.blah.com
这是haproxy.cfg
global
log /dev/log
浏览 0提问于2017-03-30得票数 1
我想为我的项目创建自动的跨平台安装生成器。出于这个原因，我创建了这个文件myprojectpackage.qbs：
Product {
type: "mypackage"
Depends { name: "myproject" } // <- this one has type "application"
Depends { name: "applicationpackage" }
}
applicationpackage.qbs使用一些子模块，如下所示：
Module {
name: "a
浏览 2提问于2018-01-15得票数 0
回答已采纳
我试图找出为什么我不能指定一个目标在不同的目录中。
我正在尝试从json文件中生成一些php类，但是我已经将实际生成php的行更改为一个虚拟echo语句，这样其他人就可以复制粘贴并测试它们是否非常慷慨。
还有两件事要添加到包含makefile的目录中：
一个名为PatientDbPath.jsonA目录的虚拟依赖文件，名为out
如果我有一个makefile，其中包含以下内容：
.SUFFIXES: .php .json
.json.php:
echo "HelloMe" > PatientDbPath.php
PatientDbPath.php: Patien
浏览 3提问于2010-11-09得票数 6
回答已采纳
我试着运行一个命令，这个命令看起来像这样，
minimap2 -a -x map-ont -t 20 /staging/reference.fasta fastq/sample01.fastq | samtools view -bS -F 4 - | samtools sort -o fastq_minon/sample01.bam
类似地，我有多个示例(参考文件夹中的fastq/sample01.fastq) )。
但是，我为自动化这种行为而编写的snakemake文件是在命令中一次解析所有文件，如，
minimap2 -a -x map-ont -t 1 /staging/referenc
浏览 2提问于2020-05-05得票数 0
回答已采纳
我试图将/company/ (包括根/company/本身)中的任何页面重定向到另一个页面。
到目前为止，我得到的是：
<httpRedirect enabled="true" exactDestination="true" httpResponseStatus="Permanent">
<add wildcard="*/company/*" destination="/another/page/" />
</httpRedirect>
但是，这样做会产生副作用，即重定向路
浏览 3提问于2016-06-20得票数 0
因此，我面临的问题是，在使用UAC提示符获取管理员权限之后，甚至只是让批处理文件“以管理员身份运行”之后，以下命令将在“run”命令提示符中正常工作，而不是在批处理文件中工作。上述命令如下所示。
WMIC PROCESS WHERE name="Agent.exe" CALL Terminate
WMIC PROCESS WHERE "name like '%Battle.net%'" CALL Terminate
这两个命令在命令提示符下工作，而不是在批处理文件中工作之后，我还删除了两个目录，这两个目录都失败了，因为所讨论的应用程序仍然在运行。
浏览 0提问于2018-04-28得票数 2
回答已采纳
2回答
是否有一个工具可以用来验证我的web.config？我问的原因是该文件似乎是有效的XML，而IIS则抱怨文件无效。没有解释或说明原因。
提前谢谢。
编辑：
HTTP错误500.19 -内部服务器错误请求页无法访问，因为该页的相关配置数据无效。详细错误信息:模块IIS Web核心通知未知处理程序尚未确定错误代码0x8007000d Config错误
配置文件\?\C:\DignityFiles\Source\simplicity\Simplicity\web.config请求URL 物理路径
登录方法尚未确定登录用户尚未确定Config来源：
-1: 0：
更多信息:当读取Web服务器或Web应
浏览 2提问于2017-08-16得票数 8
非常感谢您在Snakemake工作流方面的帮助。我一直在使用函数为我的第一个Snakemake规则定义输入文件，从一个样本数据中识别成对的fastq文件。这个效果很好。
# fastq1 input function definition
def fq1_from_sample(wildcards):
return samples_df.loc[wildcards.sample, "fastq_1"]
# fastq2 input function definition
def fq2_from_sample(wildcards):
return samples_df
浏览 12提问于2022-03-18得票数 0
VBA -作为典型的问题开始，我是新的(全新的) VBA。我想打开一个电子表格，它允许我从一个文件夹中打开多个文件(数量未确定)。然后，它将从每个文件中选择某些单元格，将它们复制并粘贴到我的原始电子表格中。当然，然后关闭所有其他文件。
浏览 1提问于2013-11-09得票数 0
我正在使用maven docker image构建maven项目。Maven项目非常大，喜欢300mb以上的源代码。因此，当我运行docker build时，它需要将所有构建上下文源代码发送到Docker守护进程。问题是假设如果我已经构建了maven项目，那么源代码大小将超过5 5gb，包括所有目标目录。
因此，在.dockerignore中，我需要忽略所有的/target/目录。
我试过了，但不起作用
.git
**/target/*.*
浏览 1提问于2020-07-16得票数 2
我一直在研究一个我无法解决的造蛇问题。给定一个示例文件，例如：
tissue type replicate file
ear rep1 H3K4me3 00.data/chip_seq/H3K4me3/ear_H3K4me3_rep1.fastq
ear rep2 H3K4me3 00.data/chip_seq/H3K4me3/ear_H3K4me3_rep2.fastq
ear rep1 input 00.data/chip_seq/input/ear_input_rep1.fastq
ear rep2 input 00.data/chip_seq/input/ear_input_rep2
浏览 11提问于2019-07-11得票数 2
回答已采纳
2回答
对于ftp服务器中的通配符文件处理，linux有没有等价物？
假设我有一个日期20120520的文件，我想立即删除它
在FTP服务器中可以做这样的事情吗：
delete *20120520*
这将删除ftp服务器目录中该日期的任何/所有文件。
我的意思是，在FTP中总是有删除旧文件的方法，但只是想知道是否存在FTP的通配符功能，这将使任务更简单
谢谢。
浏览 14提问于2012-09-27得票数 1
回答已采纳
我创建了批处理(.bat)脚本，在其中我将findstr与if / else语句一起使用。
最有效的部分是：
如果我键入一个与要搜索的文件中的一行相匹配的有效字符串，它将带我到IF <- -这是OK
如果输入无效字符串，它将带我到ELSE<- -这是OK
不能正常工作的部分是：
如果我键入点的而不是字母(的长度相同的)，它就会带我到IF。例如，如果输入....，则字符数与字符串blue匹配。
为什么？这些点与我文件中的任何字符串不匹配，所以我应该转到ELSE。我的密码怎么了？
我的searchable_file.xml
dev
curren
浏览 5提问于2020-12-08得票数 0
回答已采纳
当使用通配符时，不能使用某些方法(例如ArrayList.set)，并返回类似于
方法集(int，捕获#3-of ?)在类型列表中不适用于参数(int、String)。
我读过，情况就是这样，我想知道这是如何做到的。这就是编译器如何知道某些方法是适用的(例如List.get(int))，而另一些方法则不适用？
浏览 4提问于2013-01-08得票数 2
回答已采纳
考虑以下目录树：
root/include/file.hpp
root/source/file.cpp
root/images/file.png
命令行位于目录root中。
在vimrc文件中，有set wildignore=*.png。
如果在文件夹root中打开Vim并运行:next */file.*，则只打开file.hpp和file.cpp。
但是，如果使用vim */file.*从命令行启动Vim，则会打开所有三个文件。
那么，当给它一个文件名时，它首先加载文件，然后是vimrc？在通过命令行使用Vim打开文件时，是否有一种忽略扩展名的方法？还是让Vim先加载vimrc？
浏览 1提问于2016-01-07得票数 2
回答已采纳
3回答
我试图用以下命令将数千个文件上载到：
gsutil -m cp *.json gs://mybucket/mydir
但我知道这个错误：
-bash: Argument list too long
处理这件事最好的方法是什么？显然，我可以编写bash脚本来迭代不同的数字：
gsutil -m cp 92*.json gs://mybucket/mydir
gsutil -m cp 93*.json gs://mybucket/mydir
gsutil -m cp ...*.json gs://mybucket/mydir
但问题是，我事先不知道我的文件名是什么，所以编写该命令并不简单。
是否有
浏览 3提问于2017-06-27得票数 6
回答已采纳
我已经把这条规则写在我的蛇形里了
rule extractfeat:
input:
'/path/to/file/{genome}.gbk'
output:
'{genome}_{locus_tag}_{gene}_{substrate}.fasta'
shell:
'''
extractfeat {input} {output} -value {wildcards.genome}_{wildcards.locus_tag} -type CDS -de
浏览 2提问于2022-07-14得票数 0
我必须删除文件名为fcrjlog-11-21-2019-1.txt格式的文件夹中的所有文件。我想要删除文件夹中具有这种文件名的所有文件。
浏览 0提问于2019-11-27得票数 0
回答已采纳
我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流，从它收集以前未知数量的输出文件。然后，Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务，将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好，除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件，此时抛出：
SyntaxError:
Not all output, log and benchmark files of rule plasmid_spades contain the same wildcards. This is crucial though, in order to avoid that two or mor
浏览 5提问于2022-07-01得票数 1
我正在尝试将保存在一个目录中的所有".sh“文件复制到另一个目录中。
我可以使用以下命令复制整个目录
cp -rp ~/Documents/ToCopy ~/Documents/CopyToHere
但是我不知道如何只选择.sh文件
是否也可以更改复制文件的文件名？
浏览 0提问于2011-02-13得票数 1
回答已采纳
1回答
我是新做的。我试着运行示例make，如下所示。
CC=gcc
CFLAGS=-I.
OBJ = hellofunc.o hellomake.o
SRC = hellofunc.c hellomake.c
DEPS := $(OBJ:.o=.d)
%.o: %.c
$(CC) -MT $@ -MMD -MP -MF $(patsubst %,%.d,$(basename $@)) -o $@ -c $(CFLAGS) $<
test:
@echo "inside test target"
hellomake: hellomake.o h
浏览 0提问于2018-12-04得票数 0
2回答
我的疑问是
SELECT count(crm_clients.client_id) as count, (((sum(expectd_rev)/1000) +((COALESCE((sum(COALESCE(client_rating,0))/count(crm_client_assign.client_id)),0)*100)/5))/392.10000000)*100 as val
FROM (`crm_clients`)
JOIN `crm_project_assign` ON `crm_clients`.`client_id` = `crm_project_assign`.`clien
浏览 2提问于2014-07-24得票数 0
回答已采纳
1回答
C++11类成员初始化
、、、、
刚刚从C++11切换到C++03，我想知道，下面是否定义为始终为零初始化所有元素的数组data？
template<size_t COUNT>
class Test {
public:
uint32 data[COUNT] = {};
};
浏览 3提问于2017-09-03得票数 1
回答已采纳
1回答
我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963"
> "PB0212,PB0202"
> "PB0199,PB0205"
> "PB0215,PB0219"
> "PB0197,PB0211"
> "PB0204,SRR10694964,PB0214"
> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
现在，我正在使用"*.*"提取所有文件类型的文件。它工作得很好，它的文件名中有点。有时，我会在压缩文件夹中有一些二进制文件，没有文件扩展名。
在这种情况下使用的正则表达式是什么而不是"."？
浏览 2提问于2017-03-15得票数 0
回答已采纳
1回答
我的src目录中有一个makefile。makefile应该构建DataStructures/中的数据结构，然后在计算/中遍历所有cpp文件，并在./bin/ .so中创建相应的cpp文件。
我尝试了以下语法：
DAST = DataStructures/
COMPS = computations/
BIN = ../bin/
OBJECTS = ${DAST}Atom.o ${DAST}Molecule.o
COMPILE = g++ -Wall -g -c -std=c++0x -I/usr/local/include/openbabel-2.0 LINK = g++ -Wall -
浏览 3提问于2011-04-06得票数 0
1回答
我正在尝试将规则名称、通配符和外部作业id包含到管道的日志文件名中，以使调试过程更加流畅(例如：snakejob.<rulename>.<wildcard>.e<jobid>)。我找不到一种方法来合并规则名称或作业id。默认的日志文件名包含作业id，所以我认为一定有办法做到这一点。下面是我的snakefile中的规则示例：
rule index_input:
input:
vcf = "{region}/example.vcf"
output: "{region}/example.vcf.tbi"
浏览 4提问于2019-07-16得票数 1
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
实时音视频活动推荐
腾讯云开发者
