在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
) 由于数据过多，我们感兴趣的是年份为2007年的数据，所以使用dplyr包进行数据处理，具体数据处理案例可见我写的另一篇推送：[R数据科学]tidyverse数据清洗案例详解。...使用ggplot2，可以通过geom_point()函数构建气泡图。aes()设定至少三个变量:x、y和size。其实就是散点图绘制的升级版吧，aes()中多了一个参数。...k可将点的透明度进行调整（geom_point(alpha=0.5)） 为了避免在图表顶部出现大的圆圈，可以将数据集进行排序(arrange(desc(pop)))，代码如下。...带数据标签 这里使用ggrepel包中的(geom_text_repel())，可以给每个点自动加入标签，我这里是加入了各个国家名字，其他可以根据你实际需求进行设置。...plotly包[6]绘制可以互动的气泡图 ?
快速计算点密度的度量并将其显示在地图上通常很有用。在本教程中，我们将使用 ggmap R 包中包含的德克萨斯州休斯顿的犯罪数据来演示这一点。 我们将从加载库开始。...请注意，由于 Google 提供地图的方式发生了变化，本课程中不再使用 ggmap 包来生成底图，但本教程中使用的数据包含在 ggmap 包中。...让我们用 ggplot2 绘制犯罪地点。...让我们来绘制一个密度估计。计算密度的方法有很多种，如果密度估计的机制对您的应用程序很重要，那么研究专门用于点模式分析的软件包（例如spatstat）是值得的。...scale_fill_viridis_c() + theme(legend.position = 'none') 作为替代方案，我们可能会考虑使用 alpha 透明度绘制原始数据点，以便我们可以看到实际数据
大家在做数据挖掘时，做完数据预处理，差异分析以及功能富集分析后，往往会挑选一些关键基因，绘制其在组间的差异以及判断两组差异性能的ROC曲线，下面借用人工智能来看看吧。...首先，我们可以问一下人工智能大模型：在 R 编程语言里面如何绘制一个箱线图？ 在 R 编程语言中，绘制箱线图主要有以下几种常用方法： 1....使用 base R 的 boxplot 函数 这是 R 语言自带的绘图功能，无需额外安装包。...使用 ggplot2 包 ggplot2 是 R 语言中一个非常强大的绘图包，能够绘制出更加美观和复杂的图形。...gp <- group_list boxplot(v~gp) 结果如下： 方式二：使用 ggplot2 包 这中绘图方式也是我们最常使用的，前面我们也介绍过多组的组间差异绘制小技巧：带有疾病进展的多分组差异结果如何展示
第一次提问：在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中，你可以使用ggplot2包来绘制箱线图，或者使用基础图形系统中的boxplot()函数。...第二次提问；还有ggpubr包，ggstat等吗 在R语言中，除了ggplot2包之外，还有几个扩展包可以用于绘制包含统计信息的图形，包括箱线图。...这个包简化了为ggplot2图形添加p值和显著性标记的过程，并且支持多种图形的绘制，如箱线图、点图、条形图和线图等。...在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...根据搜索结果，这个问题可能与数据处理方式有关，尤其是在使用dplyr包的select()函数时。 解决这个问题的一种方法是确保在进行选择操作时，所选的列名是唯一的。
二、渲染性能优化避免过度绘制（Overdraw）检测工具：开发者选项 → "调试GPU过度绘制"（蓝色为正常，红色表示过度绘制严重）。优化方法：移除不必要的 background 设置。...二、使用 ConstraintLayout 来减少嵌套层级优化 Android 布局性能的关键在于减少视图层级和避免过度绘制，而 ConstraintLayout 是 Google 推荐的扁平化布局工具...使用 merge 标签：在根布局为 ConstraintLayout 时，用 消除冗余父容器。延迟加载：对非立即显示的视图使用 ViewStub。...六、总结ConstraintLayout 通过约束关系和辅助组件，能够在单层布局中实现复杂 UI，是减少嵌套的首选方案。关键在于：熟练使用 chains、Guideline、Barrier 等特性。...在简单布局中，避免过度使用 ConstraintLayout（如单按钮场景可直接用 FrameLayout）。
分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。需要注意，ggplot2包在定义组或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面，并进行绘图。...最后，一个地毯图设置在左侧以指示薪水的一般扩散。 当几何函数组合形成新类型的图时，ggplot2包的真正力量就会得到展示，让我们利用singer数据集再来一探究竟。...分组 在R中，组通常用分类变量的水平（因子）来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸和线条类型的视觉特征的分组变量来完成的。...遗憾的是，这些对ggplot2图形没有影响，该包提供了特定了函数来改变其图形的外观。 坐标轴 ggplot2包会自动生成基本所需要的图形参数。当我们需要更大程度定制时，需要了解相应函数的用法。...将多个ggplot2包的图形放到单个图形中最简单的方式是使用gridExtra包中的grid.arrange()函数。我们需要事先安装这个包。 让我们创建3个ggplot2图并把它放在单个图形中。
一 载入R函数包及数据集 library(ggplot2) data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型...二 ggplot2绘制火山图 2.1 绘制简单的火山图--点图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val))) + geom_point...3） 标示重点显著差异基因 上图是不是有点像了，新增sign列，利用ifelse函数添加重点显著差异基因，然后使用geom_text参数添加到图上， data$sign <- ifelse(data$adj.P.Val...4） 解决基因名重叠问题 基本和paper一致，但是因为差异表达基因太多，存在重叠情况，现使用R语言的ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题。...那可不可以在“paper”级静态火山图的基础上，实现交互式呢？当然可以！！！ ?
二、什么是宽表格和长表格 示例数据说明：例子使用内置于R中的空气质量数据集（airquality）。...Graphpad，经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 -...R中的实现 一文看懂PCA主成分分析 富集分析DotPlot，可以服 基因共表达聚类分析和可视化 R中1010个热图绘制方法 还在用PCA降维？...R语言可视化学习笔记之ggridges包 利用ComplexHeatmap绘制热图(一) ggplot2学习笔记之图形排列 用R在地图上绘制网络图的三种方法 PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data
一 载入R包，数据 library(ggplot2) library(openxlsx) library(dplyr) #绘制火山图数据 data 绘制火山图（标示最显著的基因） 2.1 先根据阈值分出上调和下调基因； data$change 绘制火山图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val), color = change)) + geom_point(alpha...了解一下ggplot2绘图的方式，标示的基因就是各个基因的text，然后想办法将其赋予到一个 aes 中即可。 三 标示指定基因 和上面类似，将指定基因添加到绘制数据中即可。...增加了geneList列，为了后面使用text的方式添加上基因。
KM法是这样估计生存曲线：首先计算出活过一定时期的病人再活过下一时期的概率（即生存概率），然后将逐个生存概率相乘，即为相应时段的生存率。...，其中给出了一些对传统KM-plot的意见，比如在图下方加入扩展表以及在曲线周围加入CIs等，这些建议得到了广泛的认可，作者同时也开发了R包用来绘制KMunicate风格的KM-plot。...R包安装 BiocManager::install("KMunicate") library(KMunicate) 可视化展示 01 Data 在这里我们使用了R包中自带的数据集：brcancer。...data("brcancer", package = "KMunicate") str(brcancer) 02 Single-Arm Plot 首先使用survival包中的 survfit 函数拟合...绘制是非常简单的，我们根据代码可以看到需要设置的参数非常少，并且通过‘.xxx'的参数形式还可以和ggplot2包进行交互，让绘图更加的个性化，值得大家收藏哟！
一 载入R包，数据 1）载入数据处理的tidyverse包，使用qqman中gwasResults示例数据集 #载入R包 #install.packages("qqman") library(qqman...原始数据中重要的“元素”都有了 ，我们自己的数据也是只需要这四列就可以了。...基本图形出来了，但是有点怪；不急，一点点改进： 横坐标标签设置在每个chr中间位置； 背景色去掉，线去掉等 去掉点和X轴之间的 “gap” （很多地方可用） 添加阈值线 2 绘制加强版Manhattan...当然了既然是ggplot2绘制的Manhattan图（点图），那么关于点，线，坐标，主题的设置当然都可以设置了，看这里 ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化...以上就是ggplot2绘制一些常见的Manhattan图，好处当然就是兼容ggplot2的参数，也就可以根据需要自行设置。
导语 GUIDE ╲ ggcorr是一个可视化函数，可以用于将矩阵绘制为ggplot2图片 背景介绍 在进行生物信息学分析的过程中，经常需要通过计算得到一些连续变量的相关性矩阵，这种相关系数可以通过...今天小编就将给大家分享一个精美的R语言绘制相关系数矩阵的软件包：ggcorr。ggcorr函数主要用于绘制相关矩阵图，它的主要依赖包是ggplot2。...它使用ggplot2包中的“grammar of graphics”来实现可视化，其结果在图形上接近corrplot函数的结果。...)##依赖包为ggplot2 ggcorr的使用 01 函数介绍 ggcorr( data,##包含连续数据的数据框或矩阵 method = c("pairwise", "pearson")...包的扩展，能够绘制常用的相关性矩阵图形。
前言 ggplot是一个拥有一套完备语法且容易上手的绘图系统，在Python和R中都能引入并使用，在数据分析可视化领域拥有极为广泛的应用。...本篇从R的角度介绍如何使用ggplot2包，首先给几个我觉得最值得推荐的理由： 采用“图层”叠加的设计方式，一方面可以增加不同的图之间的联系，另一方面也有利于学习和理解该package，photoshop...和对应的函数即可在R中找到函数说明文档和对应的实例 在R和Python中均可使用，降低两门语言之间互相过度的学习成本 基本概念 本文采用ggplot2的自带数据集diamonds。...箱线图 统计学中展示数据分散情况的直观图形，在探索性分析中常常用于展示在某个因子型变量下因变量的分散程度。...当研究某个连续型变量的箱线图涉及多个离散型分类变量时，我们常使用分面facetting来提高图表的可视性。
这里有一些实用的建议：评价模型的适用性时，可以绘制初始响应变量的预测值与残差的图形、还可以列出帽子值(hat value)、学生化残差值和Cook距离统计量的近似值以及绘制这些统计量的参考图，当然你还可以找一些辅助函数...，比如包car中的函数influencePlot()（这个函数会绘制一个综合的诊断图，帮助你判断模型适用性）。...在解决过度离势问题之前，推荐另一个检验poisson回归的过度离势的方法，即qcc包中的函数qcc.overdispersion.test()，这个函数的结果也说明这个回归模型确实存在过度离势的问题。...当考虑过度离势，并控制基础癫痫数和年龄时，并没有充足的证据表明药物治疗相对于使用安慰剂能显著降低癫痫发病次数。 图7，过度离势的解决方法 ?...同样的poisson回归也有很多扩展的形式，如时间段变化的poisson回归（需要使用glm()函数中的offset选项）、零膨胀的泊松回归（pscl包中的函数zeroinfl()可做零膨胀泊松回归）、
非常精美，且绘制图像的自由程度堪比ggplot2，其为R也提供了接口，在plotly包中，但对于已经习惯用ggplot2进行可视化的朋友而言，自然是不太乐意转向plotly的学习，有趣的是plotly的...R包中有着函数ggplotly()，可以将ggplot2生成的图像转换为交互式的plotly图像，且还可以添加上ggplot2原生图像中无法实现的交互标签，最重要的是其使用方法非常傻瓜式，本文就将结合几个小例子来介绍...可以观察到，经过ggplotly()处理后的ggplot2图像通过R-studio中的viewer窗口打开，即当前的图像是网页文件，而随着我们鼠标的放置，可以在保留原有ggplot2外观的情况下，进行plotly...式的交互操作，注意上图中我们鼠标放置点位对应显示的悬浮标签，其中的内容是默认的格式，即在这张ggplot2图像中所涉及到的所有信息，在上图中即为横纵轴对应的数据，以及在定义形状和颜色时使用到的分类属性信息...可以看到悬浮标签内的信息如我们所愿，但ggplot2中的某些部件在plotly中是相冲突的，例如图例： p_changed <- ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width
介绍一个主要用于绘制动画的ggplot2的扩展包---gganimate包。...下面尝试使用 gganimate 包和 gapminder 数据集，实现类似可视化过程。...加载R包，数据 #R包安装 install.packages("devtools") library(devtools) install_github("thomasp85/gganimate"...数据集包括全球主要国家在1952-2007年的人均GDP增长、预期寿命以及人口增长的数据 。...二 ggplot2绘制 使用ggplot2绘制 theme_set(theme_bw()) p <- ggplot(gapminder, aes(x = gdpPercap, y=lifeExp,
转录组中我们有一个前提假设，相互比较的样本之间总的基因表达量是一致的，绘制箱线图时其整体数据分布也是一致的 （如下右图）。...当然，如果两组样品的Alpha多样性整体没有差异，也不能说明菌的构成都一致，可能是部分菌上调了，部分菌下调了，上下调幅度在计算Alpha多样性时相抵了 （可结合上面标准化部分理解）。...这个图除了可以用函数ggbeeswarm绘制，还可以利用ggplot2包的 geom_boxplot+geom_jitter生成。 ?...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP...- 富集分析和表达数据可视化 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 学习津贴 单篇留言点赞数的第一位（点赞数至少为8）可获得我们赠送的在线基础课的9折优惠券。
，主要用于显示元素集合重叠区域的图示，如下图所示： Venn Diagram Example 那么，我们如何使用R或者Python实现Venn Diagram(韦恩图)的高效绘制呢？...Venn Diagram(韦恩图)的R绘制方法 R-ggvenn包绘制 使用R绘制Venn Diagram图，首先想到的肯定是ggplot2,而ggvenn包作为ggplot2的拓展包且有geom_*(...ggvenn包主要使用ggvenn()函数和geom_venn()绘图函数(ggplot2图层语法类似)绘制。...ggvenn() 和 geom_venn() 函数绘制了韦恩图，更多细节，感兴趣的小伙伴可参考官网进行理解哈~ R-ggVennDiagram包绘制 R-ggVennDiagram包和ggvenn包一样也是...ggplot2的拓展包，其可以支持2~7维的韦恩图绘制，这里小编直接通过使用ggVennDiagram()绘制韦恩图进行解释。
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