首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

在减淡的ggplot2箱图中添加组内和组间的显著性条形图

,可以通过以下步骤实现:

  1. 首先,我们需要安装并加载ggplot2和dplyr包。
代码语言:txt
复制
install.packages("ggplot2")
install.packages("dplyr")
library(ggplot2)
library(dplyr)
  1. 接下来,我们需要准备用于绘制箱图的数据集。假设我们有一个名为data的数据框,其中包含了要绘制箱图的变量(x)和组别变量(group)。可以使用以下代码生成示例数据:
代码语言:txt
复制
set.seed(123)
data <- data.frame(x = rnorm(100), group = rep(c("A", "B", "C"), each = 33))
  1. 绘制减淡的箱图,可以使用ggplot2包中的geom_boxplot()函数,并设置fill参数为透明度较低的颜色。
代码语言:txt
复制
p <- ggplot(data, aes(x = group, y = x, fill = group)) +
     geom_boxplot(fill = "lightgray", alpha = 0.5)
  1. 接下来,我们需要计算组内和组间的显著性,并将其添加到图中。我们可以使用dplyr包中的group_by()和summarise()函数对数据进行分组和汇总。下面的代码计算每个组的均值和标准误差,并将其存储在名为stats的数据框中。
代码语言:txt
复制
stats <- data %>%
         group_by(group) %>%
         summarise(mean = mean(x), se = sd(x)/sqrt(length(x)))
  1. 现在,我们可以使用ggplot2包中的geom_errorbar()函数绘制组内的显著性条形图。设置y参数为均值,ymin和ymax参数为均值减去标准误差和加上标准误差。可以将宽度参数设置为0.2或根据需要进行调整。
代码语言:txt
复制
p <- p + geom_errorbar(data = stats, aes(x = group, ymin = mean - se, ymax = mean + se),
                       width = 0.2, color = "black", alpha = 0.9)
  1. 最后,我们可以使用ggplot2包中的theme()函数来美化图表,添加x轴和y轴标签,并设置图例的位置。可以根据需要进行其他自定义设置。
代码语言:txt
复制
p <- p + theme_bw() +
     labs(x = "Group", y = "Value") +
     theme(legend.position = "none")

完成上述步骤后,可以使用print()函数打印并显示生成的图表。

代码语言:txt
复制
print(p)

对于腾讯云相关产品和产品介绍链接地址,由于我们不可以提及具体品牌商,建议查询腾讯云官方网站或使用搜索引擎进行相关信息的查找。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

可视化之为什么要使用线图?

图形解读之Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图中,我们提出图形解读一般原则:从图基本构造入手,拆解图横轴、纵轴、几何对象对象属性含义,理解图每一部分代表什么,然后再整体解读图中差异点...,Q3),表示整体数据中有75%数据少于该值; 箱体中间线代表中位数,是一数从小到大排列,居于正中间单个数或正中间两个数均值; 箱体长度代表第三四分位数第一四分位数差值,也称为四分位距...随后用条形图, 线图,小提琴图bean plot对4套数据分别进行了可视化展示。...但第一数据第四数据因为四分位数统计值相当,仅用线图看不出来两数据分布是否差别很大; 小提琴图(Violin plot)展示数据分布概率密度。...,Y轴截断图展示,更能凸显生菌多样性差异;最后每个箱体上标记字母用于展示基于Anova统计差异分析显著性结果。

2.6K31
  • 「R」ggplot2数据可视化

    ggplot函数设置图形但没有自己视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom),包括点、线、条、线图阴影区域。...分组指的是一个图形中显示两或多组观察结果。小面化指的是单独、并排图形上显示观察。需要注意,ggplot2定义或面时使用因子。 这里我们使用mtcars数据集查看分组和面,并进行绘图。...分组 R中,通常用分类变量水平(因子)来定义。 分组是通过ggplot2图将一个或多个带有诸如颜色、形状、填充、尺寸线条类型视觉特征分组变量来完成。...分面 如果图中并排出现而不是重叠为单一图形,关系就是清晰。我们可以使用facet_wrap()函数facet_grid()函数创建网格图形(ggplot2中也称为刻面图)。...mytheme.png 多重图 基础绘图中,我们使用图形参数mfrow基本函数layout()把两个或多个基本图放到单个图中,同样,这种方法ggplot2中不适用。

    7.3K10

    绘制带显著性比较bar图

    概述:本文介绍如何轻松地为ggplot图形添加P值显著性水平: 比较两或多组均值 自动地将P值显著性水平添加到ggplot图形中,如形图,点图,条形图折线图等 使用工具: R语言中ggplot2...包ggpubr包 均值比较方法 均值比较常见方法: 方法 R实现函数 描述 T-test t.test() 比较两(参数检验) Wilcoxon test wilcox.test() 比较两(...包中函数 compare_means():用于执行均值比较 stat_compare_means():用于ggplot图形中自动添加P值显著性水平 compare_means() 两样本比较...,label.x=1.5,label.y = 30) #label指定显示计算出显著性标签,这里为ns #labe.xlabel.y指定ns坐标轴位置 image.png 多样本之间比较...每一个和和ref比较 image.png 多个分组变量 除了dose分组,还有supp分组,这种由2个分组因子数据可以用以下方法进行比较 compare_means(len ~ supp, data

    4.2K01

    线图N种画法

    形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或线图,是一种用作显示一数据分散情况资料统计图。因形状如箱子而得名。各种领域也经常被使用。...下图中标示了线图中每条线点所表示含义,应用到了分位数概念。...不在上边缘与下边缘范围为异常值,用点表示。 ? 大家有没有觉得用型图表示显得即直观又美观呢,接下来小编介绍数种方式教你作图,总有一款适合你。 ?...3 ggpubr (带显著性线图) 生成数据 # 均值为3,标准差为1正态分布c1<- rnorm(100,3,1)# Johnson分布偏斜度2.2峰度13c2<- rJohnson(100...使用ggplot2语法添加显著性检验,并将wilcox.test 换成 t.test 2 # t.testggplot(data, aes(Conditon,Value))+ geom_boxplot

    3.7K22

    (数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

    刚开始上手时候可能稍有难度(而且官网帮助内容比较不友好),而本文也是我日常使用与别人交流中摸索总结出来,将对ggplot2绘图语法绘图部件进行介绍,并附以常用一些图形示例;   下面我们就来探索...x*y*z, data=data)   同样,我们也可以对图中散点设置颜色、大小、形状等参数,与plot不同是,qplot中可以使用更加丰富内容更自由赋参方法,我们可以传入类别型数据,qplot...'point','smooth'), method='rlm') 2.2.2 线图   线图作为一种经典统计图像,它以数据五数概括作为特征对数据进行可视化,qplot中,当传入x...,但仅使用了qplot()进行绘图,其局限性是只能使用在qplot()中定义一个数据集对应图形属性映射,若希望将不同数据通过不同图层构建方式来展现在一张图上,就需要使用ggplot()函数...堆叠元素并将高度放缩为1 identity 不做任何调整(就像神经网络里identity激活函数一样) jitter 给点添加扰动避免重合 stack 将图形元素堆叠起来   而上述这些位置参数通常是应用在条形图中

    6.9K50

    ggstatsplot:R统计绘图颜值天花板

    用户可以图形上添加统计建模(假设检验回归分析)结果,可以进行复杂图形拼接,并且可以多种背景调色板中进行选择,使图形更美观。...01 — 安装与基本介绍 绘图类型统计 函数 作图类型 描述 ggbetweenstats 小提琴图 /条件比较 ggwithinstats 小提琴图 /条件比较 gghistostats...(“ggstatsplot”) library(ggstatsplot) 02 — 函数介绍 (1)ggbetweenstats:小提琴图,形图 此函数用于创建小提琴图、形图或间或比较组合图...#添加新 ggplot.component = list(ggplot2::scale_y_continuous(sec.axis = ggplot2::dup_axis())), title.prefix...title.prefix = "Movie genre", plotgrid.args = list(nrow = 2) ) (6)ggpiestats 该函数用于绘制饼状图,并将列联表分析(受试者设计皮尔逊卡方检验受试者内设计麦克马卡方检验

    2.3K20

    R数据可视化之ggplot2 (一)

    学完R语言基本操作后,我们还可以继续学习R几大著名而且使用强大包,今天讲其中一个,就是ggplot2,至于这个包评价地位,我就不多说了,感兴趣可以百度,它绝对是数据可视化利器,好了,我们先来开始简单介绍一下这个包...先说说我们人手工作图方式,1,先画一个坐标轴,2,然后根据数据图上画图形3,基础图形上加一些注释,或加一些对比.基本上这就是我们作图方式,那么ggplot2就跟这差不多了,1.先设定坐标轴和数据...画基本图形之前,我先说一下qplot这个函数,这个函数是ggplot2包里面的一个函数,简单作图,他用法可以看做是基本绘图与ggplot绘图一个过渡....") #当为数据框时,一个变量表示分类,另一个表示其数 值,我们需要在第二个图层也就是geom_bar指定统计变换为""identity"即不做变化,若需要绘制计数条形图,则stat="identity...$supp, ToothGrowth$dose), ToothGrowth$len, geom="boxplot") #二个分类型,线图,图中有离群点这里是两个

    1.9K120

    数据视化三大绘图系统概述:base、latticeggplot2

    R语言不仅提供了基本可视化系统graphics包,简单图+修饰,例如:plot、 hist(条形图)、 boxplot(图)、 points 、 lines、 text、title 、axis(坐标轴...后续将分别就latticeggplot2可视化绘图系统进行简要介绍。...绘图系统 ggplot2初识 更多下期详解 引言 不同类型变量常用图表 连续数值变量 一个数值变量可以用:柱状图,点图,图 两个数值变量可以用:散点图 分类变量 一个分类变量可视化:频率表,条形图...两个分类变量可视化:关联表,相对频率表,分段条形图 一个分类变量一个数值变量: 分类图、条形图 1 Lattice绘图系统 特点:一次成图;适用于关系变量交互:变量z不同水平,变量y如何随变量...,同一幅图中展示,只需要将条件变量放到绘图函数中group声明中即可。

    4.4K30

    R语言绘图之ggplot2

    那么今天我们就为大家介绍一下目前R语言中流行绘图包ggplot2。 1. ggplot2安装:install.packages("ggplot2")。...,由斜率截距指定 geom_area 面积图(即连续条形图) geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱热图 geom_blank 空几何对象,什么也不画 geom_boxplot...线图 geom_contour 等高线图 geom_crossbar crossbar图(类似于线图,但没有触须极值点) geom_density 密度图 geom_density2d 二维密度图...一分位数线(来自分位数回归) geom_rect 二维长方形 geom_ribbon 彩虹图(连续x值上表示y范围,例如Tufte著名拿破仑远征图) geom_rug 触须 geom_segment...一分类数据可以映射成为不同形状,也可以映射成为不同大小,这就是与aes各种美学(shape、color、fill、alpha)调整有关函数。

    4.2K10

    如何在ggplot2图形上添加显著性差异注释?

    研究者常常要比较两数据是否有统计学差异,并且要将这种差异图形上通过线注释标注出来。 ? ggplot2包是一个很好可视化包,ggsignif包是ggplot2一个扩展包。...今天来学习怎么ggplot2包绘制图形上添加显著性差异注释。 1....绘制型图 3.1 两比较 比较数据集中versicolorvirginicaSepal.Length(花萼长度)是否有统计学差异。...如上图所示,可以看到两是有统计学差异,但是图中P值使用是科学计数法,其实还可以使用*或注释来表示。 通过添加参数map_signif_level=TRUE,可以将统计学差异表示为*符号。...我们图上添加3数据两两比较统计学差异P值。

    14.4K10

    stamp 分组比较

    将很多复杂统计检验模块化,只需点点鼠标即可完成,非常方便。并且可以实时生成可视化结果,包括条形图线图,热图,PCA,散点图,带误差条条形图等。...level 选择 Genera,现在我们可以看到三种肠型不同形状图中分开比较明显。...热图:显示每个 Features 样品中丰度比例,优热在于不仅显示所有样本丰度值,更可以对行 Features 列样品进行聚类显示之间关系; 线图:简单快速显示数据分布。...线图展示三种肠型中拟杆菌相对丰度分布整体统计 P 值 主成分分析 PCA:散点图低维空间显示高维数据主要差异; Post-hoc 图:多组统计检验无效假设(如 ANOVA...提供每对测量 P-value 效应大小。 扩展柱状图/事后图显示两两比较柱状图,及置信区间分布 P 值。

    1.6K30

    day4 呦呦鹿鸣——R for data science阅读笔记之ggplot()

    使用 ggplot2 可视化单个变量分布&两个或多个变量之间关系。...、质量或属性行:观测值(data point observation )——相似条件下进行测量值,包含不同变量多个值表格数据:一与相应变量观测值相关联值变量:所有企鹅属性观察值:单个企鹅所有属性...geom_形状()定义一个几何图形,表示数据几何对象形状:bar-条形图;line-折线图;boxplot-线图;point-点对于有缺失值数据,散点图内没有显示,但有报错“warning"Removed...data mapping,简洁代码表达式中会省略,Visualizing distributions分类变量#绘制条形图检测某一分类变量分布ggplot(penguins, aes(x = species...0.75两个分类变量堆积条形图可视化了 species 每个岛屿分布ggplot(penguins, aes(x = island, fill = species)) + geom_bar(

    23910

    100+SCI科研绘图系列教程(Rpython)

    科研绘图系列:线图加百分比点图展示差异-CSDN博客 科研绘图系列:线图加蜜蜂图展示间数据分布-CSDN博客 科研绘图系列:小提琴图双侧小提琴图展示差异-CSDN博客 科研绘图系列:...差异STAMP图ggplot2实现-CSDN博客 科研绘图系列:差异误差棒展示-CSDN博客 科研绘图系列:甜圈圈donut图展示比例-CSDN博客 科研绘图系列:多层圆图展示不同分组比例...-CSDN博客 科研绘图系列:带有点柱状图-CSDN博客 科研绘图系列:双侧条形图或柱状图-CSDN博客 科研绘图系列:线图(分组数目离群点现实)-CSDN博客 科研绘图系列:主成分散点图边界标记...:桑基图展示数据层流动-CSDN博客 科研绘图系列:绘制带有显著性标记误差棒图-CSDN博客 科研绘图系列:ggplot2绘制双y轴图-CSDN博客 科研绘图系列:Venn图进阶版本-CSDN博客...科研绘图系列:不同分页界面分组添加显著性标记符号-CSDN博客 科研绘图系列:剂量反应曲线图-CSDN博客 科研绘图系列:实验点图比较-CSDN博客 科研绘图系列:实验点图比较-CSDN

    24711

    R基础知识及快速检阅你数据

    最好安装最新R版本ggplot2版本哦~~ install.packages('gccookbook') library(gcookbook) library(ggplot2) library(dplyr...A: 使用library() 函数,括号直接添加加载包名字。但是要注意包与库之间区别,即库实际上是一个包含了若干包目录。...mpg))+geom_histogram()#默认距为30 ggplot(mtcars,aes(x=mpg))+geom_histogram(binwidth = 4) 2.5绘制型图 Q: 如何绘制型图以对不同分布进行比较...~supp,data=ToothGrowth) #x轴引用两个变量交互 boxplot(len~supp+dose,data=ToothGrowth) 3.ggplot2绘制线图 #基础画法...boxplot:当线图分布值长度为奇数时,线图下,上边缘分别为一分位三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4余数为1或者2,那么分位数等于观察值,否则则为两观察值中间数。

    3.9K10

    R for data science (第一章) ②

    ggplot2语法中,我们说它们使用不同geom。 geom是绘图用于表示数据几何对象。 人们经常根据情节使用几何类型来描绘情节。...例如,条形图使用条形图,折线图使用线条图,形图使用形图格栅等。 散点图打破了这一趋势; 他们使用点geom。 如上所述,您可以使用不同geom来绘制相同数据。...获得全面概述最佳方法是ggplot2备忘单,您可以http://rstudio.com/cheatsheets找到它。要了解有关任何单个geom更多信息,请使用help:?...对于这些geoms,您可以将审美设置为分类变量以绘制多个对象。 ggplot2将为分组变量每个唯一值绘制一个单独对象。...您可以通过将一映射传递给ggplot()来避免这种类型重复。 ggplot2会将这些映射视为适用于图中每个geom全局映射。

    4.4K30

    数据处理基础—ggplot2了解一下

    5.8 ggplot2简介 5.8.1 什么是ggplot2 ggplot2是由Hadley Wickham设计R软件包,它有助于数据绘图。本实验中,我们将简要介绍该软件包一些功能。...散点图,条形图形图等。 5.8.3 使用aes映射功能 该aes函数指定数据框中变量如何映射到绘图上要素。...例如,我们选择geom可以指定我们数据显示为散点图,条形图形图。 让我们看看我们图形怎样看起来像散点图。...例如,我们可以从该图中看出,基因18细胞10中高度表达,但在细胞1中低表达。 该图还为我们提供了有关聚类算法结果信息。通常,聚类算法旨在将数据点(例如,细胞)分成其成员彼此更相似的。...现在我们可以看到这些基因分为两个类 - 一8个基因在细胞2,10,6,48中相对于其他细胞upregulated ,2,10,6,4,8相对于其他细胞downregulated细胞中下调。

    1.5K30

    肿瘤免疫浸润评估资源—TIMER

    随后出现一个堆积条形图,展示TP53在所有肿瘤类型中不同sCNA状态相对比例(堆积条形图以堆积条形形式来显示同一图表类型序列,既能看到整体推移情况,又能看到某个分组单元总体情况,还能看到组成部分细分情况...提交变量后,TIMER将进行cox回归分析,图中显示每个模型标准化浸润系数。 点击下载JPG。 热图表每个单元格都对应一个独立Cox模型。单击显示相应免疫浸润癌症类型K-M曲线。...线图显示基因表达水平;差异显著性(edgeR;*:p<0.05; **:p<0.01; ***:p<0.001)。 识别与正常组织相比肿瘤中上调/下调基因。...单击单元格显示小提琴图(A1CF胶质瘤中野生型TP53突变TP53差异表达水平)。 (4) Gene_Corr:基因相关性. 探索感兴趣基因与各肿瘤类型中基因集之间相关性。...结果展示: ①表格,免疫细胞各样本中丰度值。 ②条形图直观展示样本免疫细胞浸润水平。 ③饼图展示了几种方法下每个样本中免疫细胞比例。

    2.1K41
    领券