在嵌入式Apache Tomcat 9中以编程方式启用SSL和添加证书

，可以通过以下步骤完成：

1. 生成证书： 首先，需要生成SSL证书。可以使用openssl工具来生成自签名证书或者购买商业证书。生成证书的命令如下：
2. 生成证书： 首先，需要生成SSL证书。可以使用openssl工具来生成自签名证书或者购买商业证书。生成证书的命令如下：
3. 将证书文件放置在Tomcat的配置目录下： 将生成的证书文件yourdomain.crt和私钥文件yourdomain.key放置在Tomcat的conf目录下。
4. 配置Tomcat的server.xml文件： 在Tomcat的conf目录下找到server.xml文件，并进行以下配置：
5. 配置Tomcat的server.xml文件： 在Tomcat的conf目录下找到server.xml文件，并进行以下配置：
6. 配置Tomcat的web.xml文件： 在Tomcat的conf目录下找到web.xml文件，并添加以下配置：
7. 配置Tomcat的web.xml文件： 在Tomcat的conf目录下找到web.xml文件，并添加以下配置：
8. 重新启动Tomcat： 重新启动Tomcat服务器，使配置生效。

现在，嵌入式Apache Tomcat 9已经以编程方式启用SSL并添加了证书。这样，Tomcat将使用HTTPS协议进行安全通信，提供加密和身份验证的功能。可以在配置的端口（此处为8443）上访问Tomcat服务器，通过HTTPS协议与服务器进行通信。

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请注意，以上仅为示例答案，具体配置取决于实际环境和需求，建议在实施前仔细阅读相关文档并进行测试。