在本机Python中解析DICOM文件

DICOM 文件解析

DICOM（Digital Imaging and Communication in Medicine）是一种医疗领域的文件格式。它包括医学影像、诊断报告、电子病历等结构化信息。本节将介绍在 Python 中解析 DICOM 文件的常见方法，并将讨论 DICOM 标准以及如何在本地环境中搭建所需的工具和环境。

DICOM 标准

DICOM 标准是由 ACR 和 NEMA 联合制定的，用于存储、传输、显示、打印和存档医学图像和信息。DICOM 文件通常包含以下元素：

• Header：描述文件的元数据，以及图像的位置、大小等信息。
• Dataset：包含具体的图像数据，包括像素矩阵和像素类型等信息。
• Error Reporting：用于记录文件中的错误信息。
• Other Data Elements：其他附加信息，例如曝光参数、序列索引、注释等。

常见的 DICOM 解析库

• pydicom: 一个广泛使用的、支持 Python 2和 Python 3 的 DICOM 解析库，主要用 C++ 和 C# 编写。

import pydicom as pdicom

# 读取 DICOM 文件
dicom_file = pdicom.read_file("dicom_file.dcm")
# 解析各个子元素
header = dicom_file.header
dataset = dicom_file.dataset

• DCMTk: 一个用于 DICOM 数据处理的广泛使用的 C++ 库，可以解析和操纵 DICOM 文件、图像、数据集和元数据。它支持 DICOM 标准中的所有 IHE 配置和扩展，例如 C-FIND、C-MOVE 和 C-STORE 等应用协议。

在本地环境中搭建所需工具和环境

1. 将 DICOM 文件下载到本地计算机。这些文件可以从医疗机构或图像存档和通信系统（PACS）获得。
2. 安装必要的 Python 库和第三方库：

• pip install pydicom
• 或者，安装 dcmtk: https://github.com/dcmtk/dcmtk/wiki/Install-dcmtk

1. 在本地计算机上编写 Python 脚本以解析 DICOM 文件。例如：

import os
import numpy as np
import sys

from pydicom import dcmread
from pydicom.dataset import Dataset

if sys.version_info[0] < 3:
    dicom_file = file(sys.argv[1], "rb")
else:
    dicom_file = open(sys.argv[1], "rb")

# 获取 dicomFile 的内容
dicom_content = dcmread(dicom_file)

#### 接下来可以根据需要解析文件

#### 将 DICOM 数据转换为 NumPy 数组并写入磁盘
####...

# 关闭文件
dicom_file.close()

综上所述，在 Python 中解析 DICOM 文件并不复杂。pydicom 和 DCMTk 是两种广泛使用的 DICOM 解析库。在开始解析文件之前，确保您已安装了正确的库。在本地环境中使用正确的库来解析 DICOM 文件后，您就可以从文件中提取感兴趣的信息并将其用于进一步分析和应用程序开发。