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Structure | 评估AlphaFold2在肽结构预测上的表现

计算预测方法已经被用于许多可溶性和膜蛋白的建模,但这些方法在肽结构建模上的表现尚未进行系统性研究。 肽结构预测有多种方法,包括从头预测、同源建模、分子动力学(MD)模拟和基于深度学习的方法。...AF2在CASP14中所做的一些相对较差的预测其中包括由NMR确定的蛋白质结构,这引发了一个问题:对于灵活的肽结构是否也会观察到类似的模式。因此,需要全面的基准来评估AF2在肽结构建模中的实用性。...虽然正在进行关于评估AF2预测肽-蛋白质复合体结构的性能的工作,但AF2在小肽结构预测上的表现仍未被探索。...可溶性α-螺旋肽的异常值再次表明AF2在预测螺旋-转角-螺旋结构时遇到困难(图2D)。此外,对于1AMB,AF2完全未能预测α-螺旋结构,RMSD为每个残基0.369埃(图2D)。...DSRP显示了一个紧密的、略微双峰的高斯直方图,峰值在平均值之上两个标准差的地方,每个残基0.068埃(图4C)。异常值未能预测正确的二硫键模式。

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在NVIDIA Jetson上开发要知道的知识点

本周二晚,针对参加NVIDIA Jetson开发大赛的开发者们,NVIDIA做了一个内部培训,我们把培训讲座整理了一下,Highlight几个关键点(尤其是几个规格对比图,大家一定要保存): NVIDIA...全系列模组的规格比较(这里少了Orin NANO) 我们从这三张图中可以看到: Orin系列全部为安培架构, GPU是同一型号,这对于软件开发做适配是很有帮助的,因为不同的架构,你做适配,在算法或者优化上都需要做调整...AV1开发的主要目标是在保持实际解码复杂性和硬件可行性的同时,在最先进的编解码器上实现显著的压缩增益。...Orin系列,JetPack可以升级到JetPack 5.X,基于Ubuntu 20.04 注意一点:JetPack 5.0以上,kernel是升级到了5.1,而JetPack 4.6.2的kernel...这样很多驱动,它是基于Kernel 5.1的,就比较容易移植到JetPack 5.0.X,比如树莓派的一些外设是基于kernel 5.X,在JetPack 4.6.X 上移植可能会遇到问题。

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    MM-Vet的多模态评估标准如何评估大型多模态模型(LMM)在复杂任务上的表现

    01 — 目前大型多模态模型(LMM) 展示了解决各种复杂任务的能力,为了评估在复杂多模态任务上的集成能力,新加坡国立大学 Weihao Yu、 Xinchao Wang 联合微软Azure AI团队Zhengyuan...LMM 表现出了各种有趣的能力,例如解决黑板上写的数学问题、推理新闻图像中的事件和名人以及解释视觉笑话。 模型的快速进步给评估标准的开发带来了挑战。...例如,在图1(d)中,回答“右边的女孩会在黑板上写什么?”的问题。 MM-Vet中需要识别三个孩子的性别,在空间上定位被查询的女孩,识别女孩写的场景文本,最后计算结果。 MM-Vet中各能力所占比例。...我们使用需要更多扩展答案的问题来评估模型的语言生成能力。 数学计算能力。数学计算能力评估模型在解决书面方程式或野外问题方面的算术能力。...GT:这个模因是对拖延症和将任务推迟到特定时间的倾向的幽默诠释。表情包中的人计划在 8 点做某事,但当他们错过了最后期限几分钟时,他们决定等到 9 点。

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    EDB和Oracle在分区剪裁实践上的一点差别

    前两天碰到一个问题,在EDB数据库中创建的一张分区表,需要使用分区本地索引和分区剪裁,但查看执行计划发现没能用到分区剪裁的功能。...,并不是像分区规则中的“字符串”格式,有理由怀疑是因为两者不统一,由于某些RULE导致未能用到分区剪裁的功能。...之所以有上面这些问题,可能还是源于Oracle的一些思维,在Oracle,意识当中将日期字段作为查询条件就应该使用to_date()这类的函数 和上面相同的表结构在Oracle中的实现: ?...那么像EDB这样创建一个不用to_date函数的分区表: ? 直接报错了,提示字段类型不匹配,无法创建表。这也说明了在日期字段类型上,EDB和Oracle的一点不同。 总结: 1....对于Oracle,在创建分区规则时就已经做了严格限制,因此不存在日期条件的格式和分区规则中不一致的情况。

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    教你更科学地花钱:因果推断在增长业务ROI量化评估上的应用

    、拉活、节假日活动等,这几个业务都是需要花钱的,每年分配的预算有限,如何权衡在各项业务上的投入成本,如何花钱效率最高,将好钢用在刀刃上是需要运营管理者去思考和决策的,如何决策更科学,那就不得不提到因果推断这种科学的量化方法...最终匹配的干预组和控制组在因变量上的平均差异,即干预对所有人的平均效应。...增益效应评估 套入上述公式,即可计算得出 ATT 或 ATE。 三 倾向性加权得分在活动效果量化增益上的应用 以下以参与某活动为例,讲解倾向性加权得分方法在活动 ROI 量化增益上的应用。...1)观察变量显著性 对于不显著的变量可弱化模型在该变量上的匹配效果。...选择看日活跃率的好处是我们可以从曲线走势上看出以下两点,间接验证模型的匹配加权效果。 ① 参与活动和未参与活动用户在参与活动前是否可以看成同一个人?

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    用机器学习预测药物在靶点上的停留时间

    传统上,药物-靶点复合物形成和解离的速度,不被认为是影响药物在体内作用或持续时间的主要因素。2006 年引入了药物-靶点停留时间的概念后,这种传统的观点受到了挑战。...摘要 药物在靶点上的停留时间(即与特定蛋白靶点结合的持续时间),在某些蛋白家族中,对药效的影响比结合亲和力更重要。为了在药物发现中对停留时间进行有效的优化,需要开发能够预测该指标的机器学习模型。...噻托品与伊普拉托品相比,停留时间长50倍,两者都是M3毒蕈碱受体的配体,这意味着噻托品的用药频率可以降低。 配体在靶点蛋白上的停留时间与在非靶点蛋白上的停留时间的差异,决定了产生非靶点副作用的概率。...换句话说,在给药时,最初的选择性是由靶点蛋白和非靶点蛋白之间的结合亲和力的差异决定的,但是,随着血浆中药物浓度的降低,在靶点蛋白和非靶点蛋白上的停留时间的差异也决定了药物的整体选择性。...所有这些方法的一般精确度都在1个对数单位左右。这些研究主要是在小的数据集上验证的,使其真正的预测性难以评估。

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    解决Activiti5.22流程图部署在Windows上正常,但在linux上部署后出现中文变方块的问题

    楼主最近在做公司的工作流平台,发现一个很无语的事情,Activiti5.22的流程图在Windows环境上部署,是可以正常查看的,但发布到公司的Linux服务器上后,在上面进行流程图在线部署时,发现中文都变成了方块...在工作流的配置文件里,是正常配置了“宋体”格式 ? 经过一番对比,发现linux服务器上很多字体是没有的,例如“宋体”,“微软雅黑”等中文字体就没有。...由此可知,可以有两种解决思路—— 1.找到linux上存在的字体,在xml配置文件里把linux支持的字体替换原来的“宋体” 2.在linux上安装“宋体”字体; 在linux上安装宋体字体的步骤如下:...1.在本地Windows系统的C:\Windows\Fonts目录下,可以拿到“宋体”格式的文件simsun.ttc 2.在Linux服务器上输入echo $JAVA_HOME,找到服务器上jdk的存放路径...安装完后,重启应用,重新部署一个新的流程图,即可正常在linux上显示”宋体“中文了 ?

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    . | 通过图神经网络快速评估有机分子在金属上的吸附能量

    编译 | 曾全晨 审稿 | 王建民 今天为大家介绍的是一篇使用图神经网路快速评估有机分子在金属上的吸附能量的论文。在异质催化中进行建模需要对吸附在表面上的分子的能量进行广泛评估。...GAME-Net在一个平衡的化学多样性数据集上进行训练,其中包含了具有不同官能团的C分子,包括N、O、S和C芳香环。该模型在测试集上的平均绝对误差为0.18电子伏,并且比密度泛函理论快了6个数量级。...在测试中,通过对接算法将分子放置在不同的吸附位点和金属表面上,使用未经优化的初始几何图形生成对应的图形表示,并将GAME-Net的能量预测与经过完全松弛的DFT能量进行比较。...相比于DimeNet++和PaiNN,GAME-Net在计算成本和时间上具有明显的优势。...结论 作者构建了一个稳健、平衡且具有化学多样性的数据集,用于训练所提出的GNN模型,该模型能够预测闭壳层分子在金属表面上的吸附能。通过五折交叉验证,模型在FG数据集上的均方误差为0.18 eV。

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    关于Cocos2d-x 3.0正式版 粒子问题在IOS上正常显示,在Android下有问题的解决方式

    前几个在Cocos2d-x论坛上,有人提到粒子系统的问题。。这里列举一下解决的方法: 或许到时候大家用粒子效果的时候也会发现这个问题,如今把这个问题的解决办法说出来。...至于原因我也不知道是引擎的问题还是个人的问题,在用Xcode进行开发的时候IOS跟Mac天生对游戏的Z轴不敏感,你怎么用Z轴都没关系。...甚至不用设置都OK,可是编译到了Android平台就不行了,也不知道引擎内部是什么原理,在Android天生对Z轴敏感。这个问题非常难描写叙述,也非常难理解。...(PS:原因就是添加子对象的Z轴关系要处理好)。 总结: addChild不要偷懒。加个zOrder。

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    2021-04-30:一条直线上有居民点,邮局只能建在居民点上。给定一个有序正数数组arr,每个值表示 居民点的一维坐标,再给定

    2021-04-30:一条直线上有居民点,邮局只能建在居民点上。给定一个有序正数数组arr,每个值表示 居民点的一维坐标,再给定一个正数 num,表示邮局数量。...选择num个居民点建立num个 邮局,使所有的居民点到最近邮局的总距离最短,返回最短的总距离。【举例】arr=[1,2,3,4,5,1000],num=2。...第一个邮局建立在 3 位置,第二个邮局建立在 1000 位置。...那么 1 位置到邮局的距离 为 2, 2 位置到邮局距离为 1,3 位置到邮局的距离为 0,4 位置到邮局的距离为 1, 5 位置到邮局的距 离为 2,1000 位置到邮局的距离为 0。...这种方案下的总距离为 6, 其他任何方案的总距离都不会 比该方案的总距离更短,所以返回6。 福大大 答案2021-04-30: 动态规划。 代码用golang编写。

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    港大 | 发布 “点云” 大模型:PointLLM,旨在实现大模型在3D对象上的应用!

    然而,在文本任务上的应用只是大语言模型(LLMs)应用众多应用场景中的一个。随着研究人员开始探索多模态LLMs,它能够处理各种形式的数据,例如音频、图像等。  ...然而,尽管有其优点,点云与LLMs的耦合仍未得到充分探索。 PointLLM  基于以上背景,本文主要的工作是将大型语言模型应用在点云理解上,旨在实现LLMs在3D对象上的应用。...在处理对象点云的背景下,引导模型从点云中提取有意义的表示并响应用户指令的训练数据尤其罕见,并且手动收集可能既耗时又昂贵。...这种方法确保了3D点云的几何和外观信息与语言模型的语言功能的有效融合。 「最后,基准和评估」 作者建立了两个不同的基准:生成3D对象分类和3D对象描述,并配有多样化的评估框架,以评估模型对点云的理解。...PointLLM模型通过ModelNet40上的闭集零样本分类、Objaverse上的开放词汇分类和基于Objaverse的标注来进行对象分类。

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    【目标检测】开源 | CVPR2020 | F3Net在5个基准数据集上的6个评估指标上的性能SOTA

    与加法和拼接不同,CFM能够自适应地在融合前从输入特征中选择互补成分,有效地避免了引入过多的冗余信息而破坏原有特征。...CFD采用多级反馈机制,对前一层的输出引入不受监督的特征,对其进行补充,消除特征之间的差异。在生成最终的显著性映射之前,这些细化的特性将经过多次类似的迭代。...在5个基准数据集上进行的综合实验表明,F3Net在6个评估指标上的性能优于最先进的方法。 下面是论文具体框架结构以及实验结果: ? ? ? ? ? ? ? ?...但是,在具体计算时只采用有完整答案的样本,因而不同的分析因涉及的变量不同,其有效样本量也会有所不同。这是一种保守的处理方法,最大限度地保留了数据集中的可用信息。   ...采用不同的处理方法可能对分析结果产生影响,尤其是当缺失值的出现并非随机且变量之间明显相关时。因此,在调查中应当尽量避免出现无效值和缺失值,保证数据的完整性。

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    一个图像有n个像素点,存储在一个长度为n的数组arr里, 每个像素点的取值范围

    一个图像有n个像素点,存储在一个长度为n的数组arr里, 每个像素点的取值范围[0,s]的整数, 请你给图像每个像素点值加上一个整数k(可以是负数), 像素值会自动截取到[0,s]范围, 当像素值s,会更改为s, 这样就可以得到新的arr,想让所有像素点的平均值最接近中位值s/2, 向下取整。...答案2023-09-05: 根据代码和题目描述,可以将算法分为以下三种不同的方法: 方法一:暴力方法 • 这种方法通过枚举k的值来计算每个像素值加上k后的平均值,然后选择平均值最接近中位值s/2的k。...• 时间复杂度:O(n^2) • 空间复杂度:O(1) 方法二:优化暴力方法 • 这种方法在暴力方法的基础上进行了一些优化,采用二分查找来减少计算的次数。...• 确定k的取值范围,根据k的正负分别进行二分查找,得到最接近中位值s/2的k。

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    这篇在medium上获得5万点赞的文章,值得区块链小白耐心读一读

    从技术上讲,区块链是一个区块的链表,每个区块存储了一系列的有序的事务。如果你无法理解这句话,那你可以认为区块链其实就是一个拥有一些额外特性的特殊的数据库。...典型性:每个人都认可当前数据库存储的信息。 去中心化:没有一个中央所有者控制数据库。 其中,去中心化这个特性尤为关键,它意味着,整个系统中没有单一故障点。...这在一个中心化的系统中可能很容易实现,但是在去中心化系统中是非常困难的。你需要系统中每个节点达成共识才能对数据库进行改变。...兄弟,扫我这的二维码来更新系统(二维码相对条形码是更高版本) 取而代之,就需要所有的更新是“向下兼容的”,即更低版本的用户仍然能够正常使用系统。...但如果把注意力集中在工具上,你将陷入困难一事无成。 在某种意义上,当前区块链概念被过誉了。人们想既得到中心化系统中的控制权也去中心化系统中的安全性。这个需求当然是理想的,但是现实世界却无法完成。

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    用 GAN 生成二维样本的小例子

    可能作者自己也察觉了收敛问题,就想把方差信息也放进来,于是又写了个预处理函数(decorate_with_diffs)计算出每个样本距离一批样本中心的距离平方,作为给判别网络的额外输入,其实这样还增加了输入维度...理论上讲神经网络作为一种通用的近似函数,只要capacity够,学习多少维分布都不成问题,但是这样写法显然极大增加了收敛难度。...比如把图像中白色像素的值作为概率密度的相对大小,然后沿着x求和,然后在y轴上求出marginal probability density,接着再根据y的位置,近似得到对应x关于y的条件概率。...按照上节所述,本文例子在Dev Nag代码的基础上,把判别网络每次接受一个batch作为输入的方式变成了:每次接受一个二维样本,通过每个batch的多个样本计算loss。...C-GAN的代码实现就是GAN的版本基础上,利用pytorch的torch.cat()对条件和输入进行拼接。其中条件的输入就是多张图片,每张定义一部分分布的PDF。

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    2023-08-02:给定一棵树,一共有n个点, 每个点上没有值,请把1~n这些数字,不重复的分配到二叉树上, 做到 : 奇数层

    2023-08-02:给定一棵树,一共有n个点, 每个点上没有值,请把1~n这些数字,不重复的分配到二叉树上, 做到 : 奇数层节点的值总和 与 偶数层节点的值总和 相差不超过1。...2.确定两个目标值p1和p2,它们分别是sum的整数除法结果和向上取整结果。p1和p2代表了奇数层节点总和和偶数层节点总和的一半。 3.调用generate函数来生成奇数层节点的分配方案。...generate函数用于生成一个数组,其中包含k个数,这k个数的和为指定的wantSum。如果无法生成满足要求的方案,则返回nil。...5.如果两次调用generate函数都没有找到满足要求的方案,则返回[-1]表示无解。 6.输出生成的方案。 时间复杂度分析: • 计算sum的时间复杂度为O(1)。..... k int sumMinK = (k + 1) * k / 2; // 每个数提升的幅度 int range = n - k; if (wantSum < sumMinK

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    只要130 行代码即可生成二维样本,心动了吗?

    AI 研习社按:此前我们曾编译了一篇英文教程,详细介绍了如何基于 PyTorch 平台用 50 行代码实现 GAN(生成对抗网络),详情参见:在 PyTorch 上跑 GAN 只需要 50 行代码,不试试...可能作者自己也察觉了收敛问题,就想把方差信息也放进来,于是又写了个预处理函数(decorate_with_diffs)计算出每个样本距离一批样本中心的距离平方,作为给判别网络的额外输入,其实这样还增加了输入维度...比如把图像中白色像素的值作为概率密度的相对大小,然后沿着x求和,然后在y轴上求出marginal probability density,接着再根据y的位置,近似得到对应x关于y的条件概率。...按照上节所述,本文例子在Dev Nag代码的基础上,把判别网络每次接受一个batch作为输入的方式变成了:每次接受一个二维样本,通过每个batch的多个样本计算loss。...C-GAN的代码实现就是GAN的版本基础上,利用pytorch的torch.cat()对条件和输入进行拼接。其中条件的输入就是多张图片,每张定义一部分分布的PDF。

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    大数据基础系列 4:伪分布式 Hadoop 在 Ubuntu 上的安装流程完整步骤及易错点分析

    八、关闭 Hadoop 总结 前言 本文为大数据基础系列 4:伪分布式 Hadoop 在 Ubuntu 上的安装流程完整步骤及易错点分析,以 ubuntu-18.04.3、hadoop-3.2.1...其具体位置如下图所示: Apache Hadoop 的 2.7 版和更高版本需要 Java 7。它是在 OpenJDK 和 Oracle(HotSpot)的 JDK / JRE 上构建和测试的。...4.1、Hadoop 下载 在 Linux 系统/Ubuntu 上打开自带火狐浏览器,输入地址 https://hadoop.apache.org/,打开 Hadoop 的页面,点击 Download...由于 Hadoop 的很多工作是在自带的 HDFS 文件系统上完成的,因此需要将文件系统初始化之后才能进一步执行计算任务。 在 Hadoop 根目录执行 NameNode 初始化的命令如下: ....在正常启动时,可以得到如下类似结果,具体如下图所示: 说明:jps(Java Virtual Machine Process Status Tool)是 java 提供的一个显示当前所有 Java

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    C语言快学完了,但oj上的题大部分做不出来,都是在CSDN找的,是不是很不正常?有没有办法改?

    ,也有很多上了年纪的人拿起C语言的书籍一步步跟着网络上的教材进行学习,随着编程语言在国内的普及,编程语言的生态已经发生了很大的变化,特别是高级语言的普及化,倒是显得很多底层语言在编程领域的影响力在下降,...最好的学习编程的方式就是在掌握一定理论的基础上再去实践能够取得意想不到的效果。 ?...,这在编程属于混沌阶段一种思维在艰难认知的过程中,在这个过程中会夹杂着理论实践的层次甚至还有放弃的念头,这个阶段对于学习编程的人来讲时间长短不一样,每个真正的程序员都是从这个阶段走过来的,要顺利的度过这个阶段就要坚持做自己认为准确的事情...就当前环境下学习编程的人,大部分人还是选择网络或者线下的培训,其实培训更多是在给人指明一种学习方向,或者再通俗点就是找一群一起学习的小伙伴大家互相监督,通过集体的力量来压抑自己散漫的天性,从而达到学习编程的目的...,最终能够学好编程的最致命的关键点还是在于内心付出多少,是否从内心想要做好这件事情。

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    小蓝在一张无限大的特殊画布上作画。 这张画布可以看成一个方格图,每个格子可以用一个二维的整数坐标表示。 小蓝在画布上首先点了一下几个点:(0, 0), (2020, 11), (

    小蓝在一张无限大的特殊画布上作画。 这张画布可以看成一个方格图,每个格子可以用一个二维的整数坐标表示。...小蓝在画布上首先点了一下几个点:(0, 0), (2020, 11), (11, 14), (2000, 2000)。 只有这几个格子上有黑色,其它位置都是白色的。 每过一分钟,黑色就会扩散一点。...具体的,如果一个格子里面是黑色,它就会扩散到上、下、左、右四个相邻的格子中,使得这四个格子也变成黑色(如果原来就是黑色,则还是黑色)。...请问,经过 2020 分钟后,画布上有多少个格子是黑色的。..., for(int i=0;i<direct.length;i++) { //如果这个位置的四个周围的节点是可以访问,那么假如队列里面

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