卡方检验/列联表资料的卡方检验在临床中非常常见！ 因为最近又有一批临床数据要进行统计，所以趁机把卡方检验的R语言实现再重新梳理一遍。...这篇文章涵盖了孙振球，徐勇勇《医学统计学》第4版 卡方检验章节 中的 所有内容。课本电子版和配套数据已上传到QQ群，需要的朋友加群下载即可。...多个样本率的比较 使用课本例7-6的数据。 首先是构造数据，本次数据直接读取，也可以自己手动摘录。 df spss("....使用课本例7-12的数据。...频数分布拟合优度卡方检验 使用课本例7-13的数据。 R语言做卡方拟合优度检验非常简单，关键是概率的计算，这里我们直接用课本中的概率。
为了根据宫颈甲基化 WID-BC-index得出区分乳腺癌女性和非乳腺癌女性的特征，本研究使用岭回归和套索回归将个体分类为病例或对照。...分类器在发现数据集的三分之二（572 例对照，217 例乳腺癌病例）上进行训练，其余三分之一用作内部验证集（297 例对照，112 例病例）（图 1）。...在癌症病例和对照中，免疫细胞比例大致均匀分布。在发现数据集中，癌症中的上皮细胞比例显著增加，而所有亚型（特别是单核细胞）的相应免疫细胞减少（图 2a）。...04 在独立数据集中进行验证 在独立验证集中，本研究为每位女性计算 WID-BC-index（图 3a），得出 AUC 为 0.81（图 3b）。...在来自内部验证集的 107 例病例和 280 例对照中，本研究发现对照中的 PRS 和 WID-BC-index 之间存在显著的相关性（图 5b），而病例中没有显著相关性。
病例对照分类:侧重诊断的病例病例对照分类研究构成了大多数自闭症预测文献(表1)。这些研究的优势在于其明确的性质:参与者被正确分类或未被正确分类。...在使用t1加权结构MRI数据的病例对照研究中，跨寿命的差异也存在，并与大脑成熟的动态性质相一致。从这些证据中，我们得出两个结论。首先，不能在不同年龄组间推广的预测模型不应被视为模型失败。...到目前为止，大多数的研究都是在遵规律性研究中进行的，而且往往以男性为中心。未来的工作应该评估不同数据集中的子类型的可靠性/可泛化性，包括更多的女性参与者，并使用休息和任务数据的组合。...在使用t1加权结构MRI数据的病例对照研究中，跨寿命的差异也存在，并与大脑成熟的动态性质相一致。从这些证据中，我们得出两个结论。首先，不能在不同年龄组间推广的预测模型不应被视为模型失败。...到目前为止，大多数的研究都是在遵规律性研究中进行的，而且往往以男性为中心。未来的工作应该评估不同数据集中的子类型的可靠性/可泛化性，包括更多的女性参与者，并使用休息和任务数据的组合。
该研究的病例组由1231名参与者组成，他们都有基因数据和心肌梗死资料，对照组由1230对应的哥本哈根城市心脏研究（the Copenhagen City HeartStudy）的 对照组成。...因此，该病例-对照研究将哥本哈根城市心脏研究的有效人数减少到8637人（原始研究有9867人-1230个对照）。 通过结合来自前瞻性、横断面和病例-对照研究的证据，该研究可以充分利用了每种方法的优点。...虽然已知病例对照研究设计存在潜在的弱点，包括选择偏倚，但可以在病例丰富的样本中更精确地估计遗传与结果的关系。...首先，在每个数据集中评估IV和MI风险之间的关联。为了解决潜在的非线性问题，IV的定义是根据kringle重复的数量将总体划分为四分位。...在前瞻性研究中，使用Cox比例风险回归对一系列协变量进行调整来评估这种关联。在横断面研究和病例对照研究中，使用了logistic回归和匹配logistic回归。
根据既往研究可知对照组总体1年生存率是45%，预期试验组总体1年生存率将达到65%。本研究计划收集病例1年，之后随访1年。...proportion lost during follow up：删失率 S1：对照组在研究终点的生存率 S2：试验组在研究终点的生存率 注：“Freedman”法可用于样本含量的粗略估计，由于未考虑时间因素...根据既往研究可知对照组总体1年生存率是45%，预期试验组总体1年生存率将达到65%。本研究计划收集病例1年，之后随访1年。...根据既往研究可知对照组总体1年生存率是45%，预期试验组总体1年生存率将达到65%。本研究计划收集病例1年，之后随访1年。...以Proportion Surviving为例： S1：对照组在T0年的生存率 S2：试验组在T0年的生存率 T0：S1和S2对应的是T0年的生存率 accrual time：病例入组时间，此处必须输入整数
方法：该研究收集了246例死产胎儿的外显子测序数据，并遵循已制定指南在疾病相关变异中识别了因果突变。这些基因包括那些与死胎明确相关基因和强候选基因。...我们还在以功能变异减少程度（此处称为“对变异不耐受”）分层的病例对照分析中评估了18653个基因的影响。...这些不耐受基因的功能缺失变异主要集中在与人类疾病无关的基因上（OR为2.22；95%CI为1.41-3.34），这与本研究中评估的两个产后临床人群的结果不同。...结论：死产（定义为妊娠≥20周时在子宫内的胎儿死亡）占所有围产期死亡的60%，在25%至60%的病例中无法解释。关于已知孟德尔疾病对死产的影响的数据有限。...2、本研究因缺少死产父母基因型数据而导致临床外显子组测序结果产量低，因此临床工作中在对死产分析应尽量包括父母样本。
在这里，我将使用流行病学术语定义具有结局事件的个体为病例（Y=1），将没有结局事件发生的个体作为对照（Y=0）。...4.1.4 回顾性研究或病例-对照研究数据 在孟德尔随机研究中，我们通常仅使用回顾性数据中未患病的个体（如病例对照研究中的对照人群）推断基因与暴露的关联。...这么做主要是因为两个方面：（1）反向因果关系：结局事件可能会使结局发生后测量出的暴露值失真；（2）在病例对照的情况下，研究人员通常会尽可能多地纳入病例，这也意味着纳入人群中的混杂因素分布与普通人群中的混杂因素分布不同...如果结局事件很普遍，并且已知其在总人群中的发病率，则可以同时使用病例和对照数据去获取基因与暴露的关联。...在这里，我们可以通过对样本加权来使加权样本中病例和对照的比例与基础人群中的比例相匹配，这样的分析就和在实际人群中进行十分接近。
但是，在截至2月11日的研究期内，每天的新疑似病例和医生使用胸部图像诊断出的那些病例（称为临床诊断病例）都保持在大致相同的水平。...研究人员使用了由中国国家卫生健康委员会和各省卫生健康委员会每日发布的2019年1月21日至2020年2月14日累计确诊病例的数据。...研究人员使用蒙特卡罗方法分析累积确诊病例估计值的不确定性，并使用所得平均值、中位数和95%置信区间（CI）表示结果。...此外，研究发现，在中国和世界范围内，2003年SARS-CoV累计确诊病例的数据也与玻尔兹曼函数非常吻合。...试验将采取随机、双盲、安慰剂对照形式开展，分为两个部分，分别评价瑞德西韦在成人住院 2019-nCoV 感染轻-中度肺炎和重症患者中的疗效及安全性，拟分别入组 308 例和 453 例患者，试验组与对照组比例为
再使用Scrublet去除doublet、污染血小板和红细胞，最终数据集中总共剩下1263676个细胞。...将另外100个病例与154例对照进行比较，发现淋巴细胞丰度显著降低，但单核细胞丰度无差异 为了评估淋巴细胞减少和SLE之间是否存在因果关系，作者将遗传数据与免疫细胞组成使用 GSMR 包进行分析。...I 型干扰素刺激 SLE 中骨髓细胞的基因表达 在病例和对照组中，髓系细胞表现出最多的DEG，为了进一步研究其异质性，作者将髓系细胞重新聚集为6个亚群： 单核细胞系（cM：CD14+；ncM：FCGR3A...使用mux-seq获得的细胞类型特异性表达谱可用于将细胞内在状态的变化联系起来，可用于预测病例和对照状态，并对SLE患者进行分子分型。...作者在骨髓和B细胞中复制了rs11080327（A>G）作为SLFN5的IFN-eQTL，但在NK或T细胞中不能复制。
假设您正在尝试构建一个模型来预测受访者，并且在您的数据集中，约有3％的人口会作出回应（目标= 1）。...幸运的是，有很多研究选项可以缓解高度不平衡数据中学习算法性能差的问题。大多数开发的方法论都是在数据的以下四个方面进行工作的：训练集大小，类别先验，成本矩阵和决策边界的放置[3]。...但是，随机过采样不会将新信息添加到数据集中，而是会复制一些小类记录。由于某些非预测性特征通过随机过采样得到重复和加重，最终可能出现过度拟合的情况，统计上不相关的因素突然出现影响。...随机过采样和欠采样 在SPSS Modeler中重新平衡数据的一个简单方法是使用Balance节点。该节点通过向少数类别分配大于1的因子来执行简单的随机过采样。...最后，您将所有这些迭代的分类器以这样一种方式进行组合，即只有被所有分类器分类为响应者/肯定的情况才会被标记为响应者/肯定。 在SPSS Modeler中实现此方法有点麻烦。
精神分裂症的神经生物学异质性了解甚少，并混淆了当前的分析。我们在一个多机构多种族队列中研究了神经解剖亚型，使用新的半监督机器学习方法，旨在发现与疾病相关的模式，而不是正常的解剖变异。...基于神经解剖数据客观地定义生物亚型对进一步研究具有重要意义。之前的“biotype”研究已经检查了其他表型，包括基因，功能磁共振成像，或电生理和认知的组合。 ...结果 3.1 HYDRA揭示了两种高度可重复的亚型 在标准病例控制比较中，体积增加和减少都出现了，但不清楚这是由所有病例还是部分病例贡献的。HYDRA解决了这个问题。...与健康对照组相比，亚型1的灰质体积较低，呈广泛分布，而亚型2的基底节区和内囊相对较大，但皮质解剖正常。这两种亚型在没有直接解释潜在神经解剖学异质性的病例对照研究或临床亚型研究中未被揭示。...通过额外的研究，这些亚型可以为精确的临床护理做出贡献，通过广泛使用的临床脑成像方法来解释诊断、预后和治疗中的生物异质性。
然后在一个包括14886名精神疾病患者和20962名健康对照组的7个ENIGMA疾病相关数据集中，健康成人被试的PC1与精神与神经疾病患者的CT差异模式进行了比较，正常成熟和衰老的被试来自于ABCD研究和...在该研究中，使用经验贝叶斯方法对数据中的扫描仪间变异性进行了调整，然后使用以性别为协变量的高阶分数多项式回归分析对年龄对区域CT的影响进行建模。...3.5 病例对照差异在ENIGMA成瘾和UKB中，分别检验了酒精依赖患者和非依赖对照组被试之间的病例-对照差异的效应量。...UKB的对照组（N = 296）从UKB的被试中选择，AUDIT 病例组匹配。接下来，我们研究了PC1似乎在酒精依赖被试和对照组之间的病例-对照比较中占主导地位的程度。...请注意，原始的病例-对照比较是在控制有害的协变量的同时对原始数据进行的。为了确保残差化不影响两种分析策略之间的比较，我们对残差化的数据进行了本探索性分析中的标准病例-对照比较。
本研究旨在探究DMN有效连接的神经生物学模型是否能在个体层面预测未来痴呆的诊断。我们采用频谱动态因果模型，对英国生物银行中一项嵌套病例-对照研究的静息态功能磁共振成像数据进行了分析。...为此，我们利用英国生物样本库（UKB）队列构建了一项嵌套病例对照研究，其中样本在神经影像学数据采集后的几年内发展为痴呆症。...病例组在四项认知测试中的表现均显著差于对照组，这些测试作为本研究的重要组成部分进行了详细分析。...鉴于病例组与对照组在认知任务数据上存在显著差异，我们还尝试仅利用认知数据来预测未来的痴呆诊断及诊断时间。...使用UKB数据集的另一个重要问题是，病例和对照的标记依赖于临床医生编码，而非标准化诊断标准。这可能导致疾病症状在诊断前阶段已经存在，从而限制了将其作为真正临床前生物标志物的评估能力。
进行了一项包括580例病例和1,101例对照的病例对照研究，以评估功能性遗传变异与膀胱癌风险之间的关联。...因此，作者进行了一项病例对照研究（580例和1,101例对照），以探讨AS相关基因变异与膀胱癌易感性之间的联系。...三.结果解读 1.所研究人群的特征 这项研究总共纳入了580例病例和1,101例健康对照样本（表S1）。 ?...表S1.膀胱癌病例与健康对照组的特征 2.SNP的选择及其与膀胱癌风险的关系 作者从CancerSplicingQTL数据库下载了膀胱癌中的sQTL 。...进行了一项包括580例病例和1,101例对照的病例对照研究，以评估功能性遗传变异与膀胱癌风险之间的关联。
“医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用、R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、临床研究设计、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。...conditional logistic regression是针对配对数据资料分析的一种方法。...在一些病例-对照研究中，把病例和对照按照年龄、性别等进行配对，形成多个匹配组，各匹配组的病例数和对照数是任意的，并不是1个对1个，常用的是每组中有一个病例和多个对照，即1：M配对研究。...使用孙振球医学统计学第4版例16-3的数据。某北方城市研究喉癌发病的危险因素，用1:2配对研究，现选取了6个可能的危险因素并记录了25对数据，试做条件logistic回归。...df spss(".
摘要：典型的病例对照研究往往忽略了精神疾病患者的个体异质性，这种研究依赖于群体均值比较。...其功能障碍与多种精神疾病有关，与年轻人一般精神病理水平升高有关，并在经典病例对照体素形态测量学(VBM)研究和功能性神经影像学研究的荟萃分析中显示出交叉障碍异常。...因此，采用不同的获取、招募和临床评估方案收集数据。为了避免引入扫描部位和诊断组之间的依赖关系，这可能会混淆病例-对照比较，我们主要关注在同一台扫描仪上获得的对照数据和临床数据。...然后使用这些估计来量化测试子集中样本的偏差，测试子集通常由从训练集的规范人口统计范围中抽样的案例组成。当使用多站点数据时，与扫描仪和站点相关的可变性会引入人为的方差，从而混淆任何后续分析的结果。样本。...注意，网络之间重叠值的比较由于网络大小的差异而变得复杂。因此，我们的分析主要集中在网络内病例和对照之间的比较，因为对照数据提供了一个关键的规范性基准，可以与病例进行比较。
Image Credit: Alina Bratosin / Shutterstock.com 在过去的几十年里，神经成像技术已经在人类脑科学的基础研究和临床研究中普遍使用。...图3：神经发育里程碑 个体化百分位数 利用与年龄相关的标准化脑图进行了基准测试，计算了个体化百分位分数。汇总数据集的临床多样性，使研究能够全面分析百分位数得分的病例-对照差异。...相对于对照组(CN)，在诊断为多种疾病的大(N>500)病例组中，百分位数得分存在显著差异（图4）。临床病例对照分析中，皮质厚度和表面积的差异，与体积组间差异的趋势类似。...精神分裂症的CMD在总体上排名第三，仅次于阿尔茨海默病和轻度认知障碍(MCI)(图4c)。 在生命周期的所有主要时期中，无论诊断类别如何，病例中的CMD始终高于对照组。...样本外百分位数在多个测试-重测数据集中被证明是高度可靠，并且对图像处理管道的变化具有鲁棒性。 图5：脑图示意图，突出样本外百分位评分方法。
在预临床试验中，电休克痉挛（ECS：动物模拟ECT）主要集中在海马区域，以探究ECT潜在的神经生物学和神经化学效应。在啮齿动物和非人类灵长类动物中，经过ECS后齿状回神经元往往会出现再生。...对于健康对照年龄超过18岁且无任何精神类疾病。并且对照组在人口学变量方面与病例组基本匹配。 对照组排除标准：具有精神疾病史，具有核磁禁忌症，脑部异常，卒中史，怀孕或哺乳，及重大躯体疾病。...需要注意的是纳入健康对照的目的是确定是否体积变化是由扫描仪器特征系统变化引起。 本研究中38人符合入组排除标准，其中病例26人，对照12人。...海马亚区所提及的数据由R软件包和SPSS进行处理。 临床效应 用汉密尔顿抑郁17项量表进行ECT治疗临床效果评定。...总共进行了51次观察，21对基线和结束数据(16例患者，5例对照)。为从数据中获得尽可能多的信息，我们采用线性混合模型进行重复测量来测试ECT对海马亚区的影响。然而，大规模的MRI研究仍是必要的。
尽管最初报告病例与武汉海鲜市场有关，但目前的流行病学数据表明，2019-nCoV正在发生人与人之间的传播。...鼻咽和口咽拭子样本用合成纤维拭子采集，每个拭子插入含有2-3毫升病毒传输介质的单独无菌管中。在血清分离管中收集血清，然后按照CDC指南离心。尿液和粪便标本均收集在无菌标本容器中。...(3)基因测序GENETIC SEQUENCING 2020年1月7日，中国研究人员通过国家卫生研究院GenBank数据库和全球共享流感数据倡议（GISAID）数据库共享了2019-nCoV的完整基因序列...发病第4天的低循环阈值表明，尽管患者最初症状轻微，但这些标本中的病毒载量水平较高。在疾病第7天获得的两个上呼吸道样本在2019-nCoV中均保持阳性，包括鼻咽拭子样本中的持续高水平。...需要进行随机对照试验，以确定remdesivir和任何其他研究药物治疗2019-nCoV感染患者的安全性和有效性（不敢说是可以治疗或抑制的有效药物了）。
在基于当前病例和对照分配的每个时间点，使用真阳性(敏感性)和假阳性率(1 -特异性)的标准AUROC评估预测的病例/对照分配。3. ...迄今为止，唯一一项使用步态测量传感器调查前驱帕金森病的研究仅限于16名参与者。此外，该研究中获得的步态数据是在指定任务期间在诊所收集的。其他数字标记物已被研究作为潜在的前驱生物标记物。...然而，在先前使用加速度计数据的研究中，没有报道到一般人群的可转移性和疾病特异性。...本研究有几个局限性，主要是缺乏外部复制，尽管进行了广泛的交叉验证以试图减轻任何队列特异性偏差。...总之，我们的研究结果表明，在普通人群中使用可穿戴设备收集的加速度计可以用于识别PD风险升高的人群，其规模前所未有，重要的是，在未来几年内可能转变的个体可以被纳入神经保护治疗的研究中。
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