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R基础知识及快速检阅你的数据

R基础包中的绘图函数，但是如果图形更复杂，ggplot2就会成为更好的选择。...这是因为其提供了一个统一的接口和若干选项来代替基础绘图系统中对图的缝缝补补。本章主要帮助我们从基础绘图过度到ggplot2之中。 2.1绘制散点图 Q: 如何绘制散点图？...plot(ToothGrowth$supp,ToothGrowth$len) 当两个参数向量在同一个数据框中时，使用boxplot(),其允许我们在x轴上使用变量 组合 #公式语法 boxplot(len...boxplot：当箱线图分布值长度为奇数时，箱线图的下，上边缘分别为一分位和三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4的余数为1或者2，那么分位数等于观察值，否则则为两观察值的中间数。...异常值为大于以及小于箱线图上下边缘IQR*1.5的位置。若notch = TRUE则更重视中位数之间的比较，公式为： 2.6绘制函数图像 Q: 如何绘制函数图像？

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【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）

差异分析结果文件我们存储在DEGdata.txt文件中，使用excel打开改文件，一共有7列数据：第一列Symbol为基因名；第二列logFC为实验组比上对照组的倍数差异，其中大于0为实验组上调基因，小于...这个包是在ggplot2的基础上，整合了很多绘图函数，对用户十分友好。另外需要用到的一个包围ggthemes，这个包整合了很多ggplot2的绘图主题，对科研人员十分友好。 ?...在绘图之前，我们需要对adj.P.val进行转换，将它的值变成-1 * log10，这样的话可以拉开差异表达基因之间的间距。 ? 接下来就是绘制火山图了~ 代码如下： ?...在本文中，我们设置的过滤的条件为，adj.P.val小于0.05并且logFC大于2（4倍差异）为显著上调差异表达基因，adj.P.val小于0.05并且logFC小于-2（4倍差异）为显著下调差异表达基因...在ggplot2中，可以使用geom_hline和geom_vline分别添加横向和纵向的辅助线。 ? ?

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    R数据科学|5.4内容介绍及习题解答

    注意：和 R 一样，ggplot2也遵循不能无视缺失值的原则。...因为无法明确地绘制出缺失值，所以ggplot2 在绘图时会忽略缺失值，但会提出警告以通知缺失值被丢弃了： ggplot(data = diamonds2, mapping = aes(x = x, y...5.4 习题解答 该节的作业习题较少，就直接在内容后面附上了。 问题一 直方图如何处理缺失值？条形图如何处理缺失值？为什么会有这种区别？ 解答 直方图：当计算每个箱中的观察数时，丢失的值被删除。...在直方图中x需要是数值型的，stat_bin()按范围将观察结果分组到各个箱中。由于NA观测值的数值是未知的，它们不能被放置在特定的容器中，因此被丢弃。...解答 该命令在计算平均值和总和之前从原数据中删除NA值。

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    【Python】5种基本但功能非常强大的可视化类型

    使用数据可视化技术可以很容易地发现变量之间的关系、变量的分布以及数据中的底层结构。 在本文中，我们将介绍数据分析中常用的5种基本数据可视化类型。...因此，我们可以看到变量是如何随时间变化的，例如股票价格，每日温度。 下面是如何用Altair创建一个简单的折线图。...下一个函数指定绘图类型。encode函数指定绘图中使用的列。因此，在encode函数中写入的任何内容都必须链接到数据帧。 Altair提供了更多的函数和参数来生成更多信息或定制的绘图。...4.箱线图 箱线图提供了变量分布的概述。它显示了值是如何通过四分位数和离群值展开的。 我们可以使用Altair的mark_boxplot函数创建一个箱线图，如下所示。...A中的值范围小于其他两个类别。框内的白线表示中值。 5.条形图 条形图可用于可视化离散变量。每个类别都用一个大小与该类别的值成比例的条表示。

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    R语言入门系列之二

    ⑵特殊值 ①缺失值 在实际研究中，缺失值是难以避免的（不能将缺失值NA当做0来对待），可以使用函数is.na()来判断是否存在缺失值，该函数可以作用于向量、矩阵、数据框等对象，返回值为对应的逻辑值，如下所示...： 缺失值是无法进行比较运算的，很多函数都有参数na.rm选项来移除缺失值，如下所示： 可以使用函数na.omit()来移除变量中缺失值或矩阵、数据框含有缺失值的行，如下所示： ②日期值 在R中，...日期往往以数值形式存储，日期值可以运算比较，但是在读取数据时往往读取为字符串格式，as.Date()函数可以将字符型日期转换为数值型进行储存，如下所示： 可以看到在R中日期值是以yyyy-mm-dd形式储存...然而在微生物生态中，我们倾向于认为微生物群落是一个整体，不同样品之间物种的相对丰度是有可比较的实际意义的，因此最常用的就是总和标准化（当然在不涉及丰度比较的聚类和排序分析中各种标准化方法都可以尝试，在传统群落研究里...⑵直方图 在ggplot2中，geom_histogram()可以在图层上添加直方图，stat_density()可以在图层上添加密度曲线，我们使用ggplot内置的示例数据mpg做直方图，如下所示：

    3.9K30

    R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

    一般我们实验记录的数据格式（大多习惯用宽表格记录数据）和我们后期用R绘图所用到的数据格式往往不一样，例如ggplot2、plyr，还有大多数建模函数lm()、glm()、gam()等经常会使用长表格数据来作图...易错点 当每个单元格有多个值时（比如我们想以月而不是天来查看空气指标值，而每个月有多个数据），我们可能会犯一个错。...当我们转换数据并且每个单元格有多个值时，还需要使用fun.aggregate=告知dcast以什么方式重新组合数据，是平均值（mean）、中位数（median）还是总和（sum）。...12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出 R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置

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    R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

    在之前的教程中，我们在学习各类数据分析方法的过程中学习创建了各种各样的普通图形和特殊图形，它们大部分都是利用R的基础绘图系统创建的。...四种常见的作图系统中，ggplot2包基于一种全面的图形“语法”，提供了一种全新的图形创建方法。这个包极大地扩展了R绘图的范畴，提高了图形的质量。...分组指的是在一个图形中显示两组或多组观察结果。小面化指的是在单独、并排的图形上显示观察组。ggplot2包在定义组或面时使用因子(factor)（主要涉及函数facet_grid()）。...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。...在基础图形中，函数par()被用来调整图形参数，ggplot2中则有自己的函数来完成这些改动，比如前面例子中已经出现过的函数labs()。

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    和ggplot2一样简单绘图！这个Julia工具包真得学了...

    前言 一、AlgebraOfGraphics-Julia版的ggplot2 二、可视化学习圈子是干什么的？...AlgebraOfGraphics-Julia版的ggplot2 上一篇推文给大家介绍了Julia语言中的主要可视化工具Makie,没想到受到很多同学的喜欢，今天这篇推文继续介绍Julia语言中，小编认为比较适合科研绘图的统计可视化工具...它提供了一种直观的方式来描述数据可视化的构建过程，并支持在不同图层上添加绘图元素、应用转换操作、定义坐标轴和标尺等。它基于几个简单的构件，可以使用 + 和*行组合。...例如，您可以使用filter操作从数据集中过滤出特定的观测值，或使用scale操作来调整坐标轴的范围。...显示图形：最后，使用draw函数将图形显示在屏幕上或保存为图像文件。 此外，AoG还提供了许多其他功能和选项，例如调整图形的大小和比例、添加图例、应用主题等。

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    ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

    然而，图形语法的翻译在ggplot2中没有对应关系（它的作用是由内置的R功能发挥的）。...4.3.2 使用gglot()创建绘图时的简单概念 Ggplot2的算法很简单：您提供数据，告诉ggplot2如何将变量映射到几何，使用什么图形，它负责细节。...在ggplot2中，层负责创建我们在绘图上感知到的对象。层由四个部分组成：数据和几何映射、统计变换(STAT)、几何对象(GEOM)和位置调整(Wickham 2010)。一个图可能有多个图层。...本书第5章中解释了如何逐层构建图。 4.3.2.3 通过使用qlot()减少键入语法代码的数量 在ggplot2中，有两个主要的高级函数用于创建绘图：qlot()和gglot()。...实际上，在ggplot2中，除了颜色之外，我们还可以使用大小、形状、笔划（边界的厚度）和填充（填充颜色）来区分适当绘图中的分组。

    5.1K20

    （数据科学学习手札37）ggplot2基本绘图语法介绍

    ，在刚开始上手的时候可能稍有难度（而且官网的帮助内容比较不友好），而本文也是我在日常使用和与别人交流中摸索和总结出来的，将对ggplot2的绘图语法和绘图部件进行介绍，并附以常用的一些图形示例； 　　下面我们就来探索...更多几何图像 　　上述的散点图只是qplot中的参数geom的默认参数point（当x与y都有传入值时的默认值，只有x传入时是hist图），这个参数用来控制图形类型，值得一提的是，他几乎涵盖了所有的图像类型...，当传入的属性值非正常输入时，譬如colour中输入的是data中某列类别型变量时，整个绘图过程不会有异常，因为ggplot2内部非常“宽容”地对类别型变量进行了标度转换，如下例： qplot(displ...，该函数有两个主要的参数，对应了数据和图形属性映射，这两个参数将作为接下来绘图的默认参数，直到在新加的图层中设定了新的参数，默认值才会被修改‘；其中，数据指定绘图所使用的默认数据框且必须是数据框；映射的设定则与...'darkblue')) p 由此你可以看出，aes中的参数都是会依据变量类型进行标度转换的； 　　2、每次新图层中的数据都是在ggplot()中默认值的修改 　　在ggplot()中已经设置过aes

    7K50

    R语言之可视化（25）绘制相关图（ggcorr包）

    然而，虽然R提供了一种通过cor函数创建这种矩阵的简单方法，但它没有为该函数创建的矩阵提供绘图方法。ggcorr函数提供了这样的绘图方法，使用ggplot2包中实现的“图形语法”来渲染绘图。...在相关矩阵中需要考虑的第一个设置是选择要使用的观测值。...这些设置控制在存在缺失值时如何计算协方差。它们之间的区别在cor函数的文档中有解释。 ggcorr需要的第二个设置是要计算的相关系数的类型。...注意：尝试在颜色标度上使用ColorBrewer调色板时，调色板中的颜色比调色板中的颜色多，将向用户返回警告（实际上是两个相同的警告）。...控制内部值 由于ggcorr生成ggplot2对象，因此理解对象是如何构造的以便从中获取更具体的图可能很有用。

    7.7K31

    文献配套GitHub发表级别绘图之饼图

    此外，图形中还可能包含数据的统计变换（statistical transformation，缩写stats），最后绘制在某个特定的坐标系（coordinate system，缩写coord）中，而分面（...除此之外，ggplot2提供了众多几何对象geom_xyz()供大家选择，完整的几何对象可以下载RStudio公司总结的ggplot2 cheetsheet。...四、玫瑰图 然而，当我们的数据不是代表个体占总体的百分比，而是强调数据大小的对比时，可以用玫瑰图来展示，根据上面的代码做简单的修改即可。...function函数 学习代码的目的就是为了节省我们的绘图时间。我们可以构建function函数，下次输入自己数据就可以直接使用，不用再调整参数。...(acs) # labelposition=0.1 百分数小于10%,标签位于外部 # ratioByGroup=FALSE 按不同分组计算百分比 PieDonut(acs,aes(pies=Dx,donuts

    2K20

    手把手教你掰弯柱状图

    至此前期的简单数据整理就到这了。 ? 3 ? 提起大刀开始画图了，当然这个掰歪的柱状图采用ggplot2来画，不得不再一次佩服ggplot2的强大。...万事具备，只欠东风了，这下便可以轻松绘图了。绘图妙用ggplot2 ?...该绘图是不是很熟悉，整体框架依旧是定义好数据集，以及映射的x轴和y轴，接着用数值来映射颜色深浅，决定成为柱状图的则是一句geom_bar参数，ylim参数内的第一个参数一定小于0，决定图形可以形成中空状的样式...该图的妙用，当你做了pcr的时候，只要有两列数据，都可以画成这样，或者当你有基因的表达值，同样可以套用，比如我们定义一个基因表达列，如下 ? 最后每一个G则代表一个基因的表达高低。 ? ?...今天我们一步步讲述了如何绘制弯曲的柱状图，无非就是让他们在底层的圆上进行排列，希望能够对大家有帮助，那今天就和大家分享到这，下期再见！

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    跟我一起ggplot2（1）

    我们已经讨论了如何利用外观参数在同一图中比较不同分类的差异。...你可以将它想象成是一个三维的数组：分面构成了二维平面，然后图层给予其在新的维度上的扩展。在这个例子中，不同图层上的数据是一样的，但是从理论上来讲，不同的图层中可以有不同的数据。...ggplot 基本绘图类型： 这些几何元素是ggplot的基础。他们彼此结合可以构成复杂的图像。他们中的绝大多数对应特定的绘图类型。...ggplot2中的基本概念 将数据中变量映射到图形属性。映射控制了二者之间的关系。 ? 标度：标度负责控制映射后图形属性的显示方式。具体形式上来看是图例和坐标刻度。...总结 关于ggplot2的绘图功能还有待进一步挖掘。

    2.2K80

    数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

    两个分类变量的可视化：关联表，相对频率表，分段条形图 一个分类变量一个数值变量： 分类箱图、条形图 1 Lattice绘图系统 特点：一次成图；适用于关系变量间的交互：在变量z的不同水平，变量y如何随变量...主要变量即为图形的两个坐标轴，其中y在纵轴上，x在横轴上。变形：单变量绘图，用 ~ x 即可；三维绘图，用z ~ x*y；多变量绘图，使用数据框代替y ~ x即可。...A ~ x表示A在纵轴上展示，x在横轴上展示。 条件变量为连续型变量时，要先将其转换成离散型变量。...，在同一幅图中展示，只需要将条件变量放到绘图函数中的group声明中即可。...2 ggplot2绘图系统 ggplot2将数据、数据到图形要素的映射以及图形要素绘制分离，然后按图层叠加的方式作图，通过+进行叠加。

    4.4K30

    路径分析图「建议收藏」

    （括号中数据代表数据表中的列数），膨胀因子VIF10 ‍blocks=list(1, 2:6, 7:10, 11, 12, 13:18, 19) modes = c(“A”,”A”,”A”,”...需大于0.7；根据结果逐步去除每个模块中Loading值小于0.7的变量，直至所有变量Loading > 0.7，重新运行路径分析模型 blocks=list(1, 4:5, c(7,9,10), 11...将结果的Inner Model中，路径Pr值小于0.1作为所谓“显著”路径，并在图中用红色线条显示。...最终效果图如下： 将组合图在180*135 mm（包括了2mm的出血或天地边）画板中调至合适大小，图中路径系数最终字体大小为6.5 pt，block变量框中字体大小为7 pt，柱状图坐标轴刻度及R2字体大小为...技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍未解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

    1.7K10

    R可视乎 | 散点图系列（2）

    散点图是使用一系列的散点在直角坐标系中展示变量的数值分布。在二维散点图中，可以通过观察两个变量的数据变化，发现两者的关系与相关性。...散点图可以提供三类关键信息： （1）变量之间是否存在数量关联趋势； （2）如果存在关联趋势，那么其是线性还是非线性的； （3）观察是否有存在离群值，从而分析这些离群值对建模分析的影响。...完整代码如下： #加载包 library(ggplot2) library(RColorBrewer) #颜色 library(scales) x 10 , sd...3.3 Q-Q图的绘制 在R中可以使用CircStats包的pp.plot()函数绘制P-P图；ggplot2 包的geom_qq()函数和geom_qq_line()函数结合可以绘制Q-Q 图；另外，...绘图时，cluster来设置颜色，这样就可以很明显看出分类结果。

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