PyMol由 Warren L. DeLano所创造,目前由薛定谔公司所维护,是结构生物学方面重要的可视化软件之一,简单易上手。大家所熟知的PyMol已经于3月12日进行了一次更新,此次版本为PyMol 3.0,之前的PyMol2 版本仍然会得到薛定谔的支持。PyMol 3.0 支持全平台,可以直接从官网下载安装,并且申请学术版本license,此处不再赘述。
在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。
Pymol是一个开源项目,现在由Schrödinger开发、支持和管理,现在已经更新到2.4版。有企业版、政府和学术版、教学版,还有开源版。除了开源版和教学版外,其他都是需要付费购买的。目前从网络上下载的Edu版的pymol有很多功能限制,对于要发表文章需要图片渲染等高级功能的用户来说极为不便。本文就讲解下免费开源版PyMOL的安装教程,适用于window系统32位和64位系统,PyMOL 有2.1,2.3和2.4等版本。Window系统的pymol运行需要依赖python环境,PMW模块。 什么是pymol:
我们这里处理蛋白文件需要借助pyMOL这个软件,我在前面提到过,我也上传到了网盘,有2个版本,一个2.2,一个2.4,前面说安装时需要安装2.0序列的Python,这是针对2.2版本的pyMOL,如果你安装2.4版本,需要安装Python3.7。我用的是2.4的版本,有点喜新厌旧啦。
– 开源版本:https://sourceforge.net/projects/pymol/
来,先看原网攻略:https://pymolwiki.org/index.php/Jupyter
PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具,也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营,软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印,商业版要收费,但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容,可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol,但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol,就只能在Github上面下载源码进行编译构建。
Docking非原生配体 在前面的例子中,AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象,验证了这一预测方法的准确度。下面,我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦,来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点。这个过程可以进一步地凝练和扩展作为“虚拟筛选(virtual screening)”的步骤。 重复上述步骤执行docking 获取nelfinavir.pdb:为教程提供的pdb文件(可从1OHR.pdb获得) 按照上述步骤对配体文件进行预处理获得pdbqt格式文件。
简介: 使用Chimera进行vina的对接,本来是想使用,ADT或者pymol进行vina的对接,结果ADT的界面太丑(严重影响了我的心情?),中间还可能莫名的发生某些错误,而Pymol的第三方插件
由于创建软链接这个事情,在算法开发的日常中使用到的并不是很多,因此本文也是做一个简单的回顾。这里我们使用的案例是通过TMalign这个蛋白质打分文件,在编译好可执行文件之后,可以使用建立软链接的方法快捷的使用该可执行文件。
RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用,用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。2006年6月Rational Discovery被关闭,但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前,RDKit的开源开发由诺华积极贡献,其中包括诺华捐赠的源代码。
UCSF Chimera是一个用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析工具。主要包括:密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果,轨迹和构象整合。也可以生成高质量图像和动画。
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html
简单的记录一下pymol的使用,就当是今天的笔记了。 首先下载和安装的过程就一笔带过了 📷 首先演示用pymol打开一个.pdb文件 这里我已经本地下载好一个7qbb.pdb的文件 用记事本打开就是如下图所示 📷 点击pymol的file->open 然后在弹出的窗口选择我们要使用的pdb文件 📷 📷 然后点击打开 📷 现在就是成功打开了这个pdb文件对应的蛋白质的结构 如果想知道该蛋白质的序列(sequence) 则点击: 📷 就会出现蛋白序列 📷 我们可以往后滑 就可以看到完整的序列 📷 D
在官网下载centos 7 最新ios镜像,用VM进行安装,具体安装步骤在这里不做赘述,可以翻阅网上其他教程。
Pymol是一款操作简单,功能强大的分子以及蛋白的可视化软件,由薛定谔公司研发,科研人员可以从官网申请最新教育版本,同时pymo的开源版(https://github.com/schrodinger/pymol-open-source),可以直接从网站上下载,但是版本较老。所以,根据需求选择版本进行下载。
Ubuntu系列弹性云服务器默认没有安装图形化界面,如果需要图形化界面,需要进行安装。
安装软件时,经常会遇到包或类库的依赖性问题,为此,我们可以通过yum命令安装软件,尽量避免出现繁琐的软件依赖关系。
文件格式解释 PDB文件 (详细格式描述) 基本信息部分 HEADER记录: 包括分子的分类、提交日期、PDB ID TITLE记录: 为该结构的描述,如果有多行,除第一行外,其它行有连续的数字标示。 COMPND记录: 包含分子数目、名字、链特征、分子是如何获得的等。 SOURCE记录: 大分子的生物或化学来源 KEYWDS记录:关键字 EXPDTA记录:实验信息 JRNL记录:文献引用信息 REMARK记录:更为丰富的记录信息 HEADER HYDROLASE (ACID PROTEINASE)
文章更新: 20161019 初次成文 问题提出: 在写这篇文章之前,小苏本身有一台腾讯云的学生主机,但是因为域名没有备案的原因,小苏一直没有把网站部署在腾讯云上。最近小苏比较有时间,于是就在腾讯云申请了域名备案。在写这篇文章的时候,小苏已经通过了域名备案初审在等待幕布到货了。 根据管局要求,域名备案期间要求网站不能正常访问才可以通过备案,所以这篇文章可能是mlapp.cn这个域名在备案之前的最后一篇文章了。 于是写篇文章来纪念一下(这个理由也太牵强了吧)。 解决方案: 在这篇文章中,
一般公司都用Linux来搭建服务器,Linux安装软件时能够用yum安装依赖包是一件非常简单而幸福的事情,因为你只需一个简单的安装命令yum install []即可安装相应的软件,yum工具会自动的从网上yum源中下载相应的依赖包,并以正确的依赖关系一个个安装依赖包。下面简单介绍一下CentOS下安装yum源的流程和操作。
YUM的全称是:Yellowdog Updater Modified,是一个基于RPM包管理的Shell前端软件包管理器。由于是基于RPM包管理器,那么使用的场景也就和RPM类似,主要支持的Linux操作系统为:RedHat、CentOS、Fedora。YUM还提供了图形化前端工具:yumex和kyum,需要在yum正常工作的前提下使用。
这个是默认文件格式的打开方式,你可以全部注册,也可以选择其中一两个文件格式注册,注册完成之后,你下一次打开此文件时,会默认使用PyMOL打开
最近在安装centos6上通过yum下载vsftpd时,无法下载成功,查了很多资料说需要更好yum源,查了一些资料,很多yum源都过期了,无法解决问题,经常报下面错误。是执行下面yum命令报错的。
当在linux上使用yum时,提示错误,This system is not registered to Red Hat Subscription Management,这是因为如果使用redhat的yum源是需要注册付费的。因此咱们就要更改yum源来使它免费,咱们来使用163的源。
yum更换国内源 由于系统自带的yum源几乎全部来自国外,当你下载一个大点的文件+安装包需要等待很长时间,为了节约时间,现在更换成国内的yum源! # cd /etc/yum.repos.d/ # rm -f dvd.repo //如果已经做了yum本地源,建议删除掉 然后也需要删除centos核心的yum源,# rm -rf CentOS-Base.repo 然后下载一个国内的yum源: # wget http://mirrors.163.com/.help/CentOS7-Base-163.
CentOS 6已经随着2020年11月的结束进入了EOL(Reaches End of Life)。所以在2020年12月2日,CentOS官方停止了对CentOS 6的所有更新,并且下架了包括官方所有的CentOS6源,目前阿里、163、清华等CentOS6源已无法使用。
Emm,想错了 竟然忘掉了要抓重点 PyMol中cmd指令很多,常用的写一下就好 我又不是遍历hhh alter web:https://pymolwiki.org/index.php?title=
linux中软件包的管理随着系统发行版本的不同而不同,RPM和DPKG为最常见的两类软件包管理工具,分别应用于基于rpm软件包的linux发行版和基于deb软件包的linux发行版。 本文只描述RPM的使用方法,另一种命令不同,但用法类似,就不做介绍了。
我应该先把pymol cmd的指令汇总放在这里 https://pymol.org/pymol-command-ref.html alias 描述: “alias”将常规使用的命令输入绑定到新的comman关键字。 简而言之,这个指令可以设置一个快捷方式,以便运行某些复杂的指令 使用 alias 快捷名字, 复杂指令 参数 name = 字符串: 新的关键词 command = 字符串:用分号分隔的复杂命令的字符串输入。 案例 alias my_scene, hide; show ribbon, polym
LigPlot是EMBL-EBI开发的软件,用于以2D方式展示分子对接结果,LIGPLOT,绘制蛋白质和小分子之间的相互作用;DIMPLOT,绘制蛋白之间的相互作用;Antibody plot,绘制抗原抗体之间的相互作用。其余软件还有PLIP和PoseViewer,我后续再补上。
在配置yum前首先得说说rpm,在redhat和centos linux系统上,rpm作为软件包管理工具,可以方便的安装、查询、卸载软件包。常见命令如下:
CentOS 是 Redhat 企业 Linux(RHEL)的复制品,CentOS 是一个稳定版本,与 Fedora 不同的是它是 RHEL 的 beta 版本,CentOS 提供定期更新和像 Redhat 一样的安全补丁,CentOS 是开源平台,任何人都可以免费下载使用和分发。
参考微信公众号:MoleDesign药物设计 http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=1227#lastpost(ledock论坛) 1,下载安装文
小Q:山外青山楼外楼,西湖歌舞几时休;暖风熏得游人醉,只把杭州比汴州。 --林升··题临安邸
在这之前,民工哥也给大家介绍过一款开源的SQL管理工具:自动补全、回滚!介绍一款可视化 sql 诊断利器。
最近有关于台湾大神爆出的PHP的GD库漏洞,该漏洞可通过上传构造后的GIF图片,可直接导致CPU资源耗尽,直至宕机。
CentOS 项目去年(2020年12月20日)宣布了「 CentOS 战略的转变」:CentOS 8 将于2021年结束。说明在这之后不会出现CentOS 9系统了,取而代之是CentOS Stream这个叫滚动发行版本。在这不久之前才刚刚宣布「CentOS 6停止所有更新」,并且下架了包括官方所有的 CentOS6 源,包括阿里、163、清华等在内的 CentOS 6 源已无法使用。
项目场景: 运行 yum install xxx出现下面异常 问题描述: Could not retrieve mirrorlist http://mirrorlist.centos.org/?r
最近在筹备Docker系列课程,其中涉及到在CentOS 7中安装Nginx。 然而,当使用以下命令安装Nginx时,发现无法安装成功。 yum install -y nginx 需要做一点处理。 安装Nginx源 执行以下命令: rpm -ivh http://nginx.org/packages/centos/7/noarch/RPMS/nginx-release-centos-7-0.el7.ngx.noarch.rpm 安装该rpm后,我们就能在/etc/yum.repos.d/ 目录中看到一个
yum卸载后软件安装很麻烦,所以重新安装yum,先找到rpm包下载地址。 下载地址:http://mirrors.163.com/centos/7/os/x86_64/Packages/ (我的是centos7 64位,所以是这个路径,看网址就可以知道每个路径是干嘛的,下载自己版本所需的即可, 各个包小版本有变化,注意进行选择)
使用 ambari 来搭建 hdp 集群,前前后后搭了不下10遍,之前一直没有完整的总结整个过程,最近有空正好记录一下。
Kangle+Easypanel+Mysql的集合脚本,已率先支持CentOS8操作系统
说明: 执行完curl命令后,原有yum源文件CentOS-Base.repo被替换成CentOS7-Base-163.repo。查看该yum源文件:
大家都知道Centos8于2021年年底停止了服务,大家再在使用yum源安装时候,出现下面错误“错误:Failed to download metadata for repo ‘AppStream’: Cannot prepare internal mirrorlist: No URLs in mirrorlist”
其他关于旧版本Docker卸载以及测试开发版本Docker安装的帮助,可以参考官方文档的说明进行安装
https://www.cnblogs.com/guanbin-529/p/11980400.html
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