一句话来说下，unittest和pytest脚本在pycharm中使用基本是一样的。...基本是两种：第一种：直接运行脚本【运行】-【Run】,选择需要运行的脚本即可图片图片第二种：选择运行框架【文件】-【设置】-【Python Integrated Tools】-【Default test...runner】，选择默认的运行框架即可：比如选择pytest，鼠标放在类或test开头的方法上，并右键，“运行（U）pytest in xx.py”的字样图片图片写一个unittest框架的脚本，在test_a...下新建一个脚本test_u.py,脚本如下：# -*- coding:utf-8 -*-# 作者：NoamaNelson# 日期：2021/9/3 17:13# 文件名称：test_u.py# 作用：xxx...unittest，再次运行，发现显示的是“运行（U）unittests in xx.py”的字样图片
版本号：maven-resources-plugin:3.1.0 bootstrap.yml spring: application: name: ...
这个脚本用到了 Pool python多线程处理，主要学习这个内容 遇到的问题一 如果是在windows系统下运行脚本 python vcf2fasta.sjf.py -v new.vcf -op...abc -nt 4 abc是一个文件夹，需要在当前目录下存在 这里会遇到报错NameError: name 'dict_run' is not defined 这里的dict_run是使用global...定义到函数里的一个变量，linux系统下就没有这个问题，windows学习通下的python是3.8.3，linux系统下的python版本是3.9.1 遇到的问题二 使用脚本的时候linux系统下不知道为啥用...tab键不能补全文件名，暂时不知道是什么原因 遇到的问题三 脚本里定义了每种基因型对应的碱基序列 image.png 这里非纯合的位点定义为M R W这些是为啥，暂时想不明白 这个脚本有局限是，他定义了...vcf文件的基因型 image.png 如果vcf文件的基因型不是这些的话就会报错keyError python多线程的一个简单小例子 from multiprocessing import Pool
V init启动脚本,您可以通过运行以下命令作为root用户来设置许可证服务器,使其在系统启动时自动启动:1.创建并自定义配置文件:配置文件通常为/etc/sysconfig/licsrvr;但在Ubuntu...要做到这一点,请以root用户身份运行以下命令:1.如果您使用doc文件夹中的licsrvr.service许可证服务器启动脚本,您需要创建脚本所需的必要文件,包括使用sentieon用户名:•/home...例如，在TNseq®和TNscope®中，肿瘤和正常样本BAM文件的RG ID都是"1"。在使用BAM文件之前，您需要编辑它们以使RG ID唯一，例如通过将SM名称添加到RG ID中。...当QualCal的输入BAM文件在RG字段中没有正确的字段时，可能会产生此警告。...fasta文件不兼容，文件中的contig不存在于参考中。
System V init启动脚本，您可以通过运行以下命令作为root用户来设置许可证服务器，使其在系统启动时自动启动： 1. ...如果您使用doc文件夹中的licsrvr.service许可证服务器启动脚本，您需要创建脚本所需的必要文件，包括使用sentieon用户名： /home/sentieon/release/latest...例如，在TNseq®和TNscope®中，肿瘤和正常样本BAM文件的RG ID都是"1"。 在使用BAM文件之前，您需要编辑它们以使RG ID唯一，例如通过将SM名称添加到RG ID中。...当QualCal的输入BAM文件在RG字段中没有正确的字段时，可能会产生此警告。...fasta文件不兼容，文件中的contig不存在于参考中。
在序列比对环节使用了bwa软件，而后续操作比对产生的bam文件，会用到samtools软件。...references目录用于存放参考基因组相关文件，work用于存放样本的序列文件和分析结果，scripts用于存放软件运行所需的脚本，restriction_sites用于存放参考基因组酶切图谱。...juicer可以在单机或者集群系统上运行，其中间脚本也对应了不同的系统，示意如下 ? 其中的CPU目录就是单机服务器，而AWS, LSF, PBS等对应公有云和不同的集群系统。...准备参考基因组文件 在reference目录下为参考基因组相关文件，其实就是对应的fasta序列文件和bwa 索引，示意如下 hg19.fasta hg19.fasta.sa hg19.fasta.ann...在restriction_sites目录下参考基因组酶切图谱，通过jucier内置的generate_site_positions.py脚本可以产生，该脚本位于源代码中的misc目录下，支持直接输出以下
我们将使用 seq-seq-pan 构建泛基因组比对，使用一些自定义 Python 脚本来解析输出，并使用 R 来可视化比对。...您还可以在左侧看到“导出数据”按钮。这允许您将序列导出为 .fasta 文件。使用此功能，您不仅可以尝试导出 optix 基因，还可以导出它周围的 2,000,000 bp 区域。...该共识文件划分了泛基因组的坐标空间，当我们想要将原始基因组中的任何位置（例如TE位置）映射到泛基因组时将使用该共识文件。 .xmfa 文件包含局部共线块 (LCB) 的列表。...为此，我们将使用自定义 Python 脚本，可在此处获取。...2 c 705604 706407 运行映射函数： seq-seq-pan map -c seq-seq-pan_out/SeqSeqPan_erato_melp_optix_consensus.fasta
脚本获取方法 关注下方微信公众号【微因】，后台回复关键字【脚本】 （不含中括号哟），建议粘贴复制，避免出错，获取脚本与测试文件。...Bio 中的 SeqIO：Biopython 库的一部分，用于读取和写入生物学序列文件格式。...base_count(seq, counters)：计算序列中核苷酸碱基（A、T、G、C、N）的出现次数。...主要部分: 使用 argparse 模块处理命令行参数。调用 calculate_statistics 函数，并提供输入文件路径和输出文件路径作为参数。...例如，要运行脚本：python script_name.py -i input.fasta -o output_statistics.txt此脚本计算各种统计信息，如总序列数、总碱基数、最小和最大序列长度
，且输出中没有 CIGAR minimap2 ref.fa query.fq > approx-mapping.paf #2、在PAF文件中制造CIGAR的cg标签 minimap2 -c ref.fa.../p/d1868194b65e racon使用案例 Tips：一般需要多次纠错，建议使用脚本进行循环操作，这里介绍编写racon脚本的方法 # 通过vim创建一个名为racon的脚本文件 vim racon.sh...# 在脚本中输入以下信息，保存退出 # correct表示需要纠错的序列，original表示原始测序数据 correct=$1 original=$2 # minimap2比对 minimap2 -..._3.fasta # 运行脚本(assembly.fasta为需要纠错的基因组，nanopore.fastq.gz为测序原始序列） sh racon.sh assembly.fasta nanopore.fastq.gz...racon主要结果文件 racon_minimap_1.fasta # 第一次纠错后的文件 racon_minimap_2.fasta # 第二次纠错后的文件 racon_minimap_3.fasta
，database目录下是所有的数据库文件，包含HLA CDS序列，HLA 基因序列，不同HLA Allel共享的蛋白结构域文件，在database目录下还有对应的bash脚本，可以用于更新数据库。...在bin目录下，封装了一系列的bash脚本，可以简化软件的调用。 1....这些脚本都会读取一个名为patient.fof的配置文件，内容示意如下 rd1.fq rd2.fq 里面保存的是每个样本R1端和R2端fastq文件的路径。.../database/HLA_ABC_CDS.fasta 输出结果的文件名为HLAminer_HPTASR.csv，当多个样本同时运行时，由于生成的中间文件名字相同，为了保证顺利并行，必须在不同的文件夹下运行...HPRArnaseq_pacbioSEclassI.sh HPRAwgs_classI.sh HPRAwgs_classI_SE.sh HPRAwgs_classI-II.sh HPRAwgs_classI-II_SE.sh 脚本中不同文字的含义和
_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/dataHic Pro 使用如果已经完成 config-hicpro.txt...HiC Pro 所在目录，可根据 使用章节中的介绍判断，例子中为 Docker 环境中的所做目录。...samtools faidx Homo_sapiens_assembly19.fasta生成的文件名为 fasta 文件的文件名加 .fai 文件后缀，如上例子中得到：Homo_sapiens_assembly19...环境时，下载文件和解压文件所做的目录（例如在用户家目录中安装，则为： ~/HiC-Pro-3.1.0）。.../data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data 如上命令执行分析，-c 为配置文件在路径， -o 为分析结果存放目录，-i 为 分析文件所在目录
：只展示.delta比对中best匹配（在一对多模式中） --fat：只展示使用fattest比对的序列 -p|prefix：设置输出结果的文件前缀，默认为'out' -rv：x11格式结果背景颜色反转...在脚本里添加-D后的align文件给出了gap处的碱基差异，如下所示： ④较相似序列的比对，run-mummer1和run-mummer3更多地关注两个序列之间的区别，而nucmer关注的是什么是相同的...--nosimplify：不简化比对，当使用序列与自身比对来寻找重复时可以选此选项，默认关闭 -p, --prefix：输出结果delta文件的前缀，默认为out --sam-short：保存SAM短格式到文件路径...--sam-long：保存SAM长格式到文件路径 -t, --threads：程序运行使用的核数 使用nucmer对两个基因组进行比较分析： MUMmer4.0/bin/nucmer --mum -g...500 -c 100 -p 1171_142 142_armatimo.fasta 1171_armatimo.fasta 运行后得到一个delta格式的文件，它的作用是记录每个联配的坐标，每个联配中的插入和缺失的距离
如果需要转化的文件很多，可以借助python中的dendropy这个模块，然后写python脚本完成批量转化。 今天有人发邮件问批量转化nexus格式为fasta格式。..." nex.write(path=out_file_path,schema='fasta') print("OK") 使用方法 将需要转化的nexus格式文件放到input_nexus文件夹中...，然后运行脚本 python ....，然后运行脚本 python ....，然后运行脚本 python .
/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data Hic Pro 使用 如果已经完成 config-hicpro.txt...3.1.0 为 HiC Pro 所在目录，可根据 使用章节中的介绍判断，例子中为 Docker 环境中的所做目录。...samtools faidx Homo_sapiens_assembly19.fasta 生成的文件名为 fasta 文件的文件名加 .fai 文件后缀，如上例子中得到： Homo_sapiens_assembly19...环境时，下载文件和解压文件所做的目录（例如在用户家目录中安装，则为： ~/HiC-Pro-3.1.0），如果是 Docker 环境: /HiC-Pro_3.1.0 (注意 3.1.0 为软件版本，后续可能改变.../E234/data 如上命令执行分析，-c 为配置文件在路径， -o 为分析结果存放目录，-i 为 分析文件所在目录（fasta 所在目录） 相关参考链接 https://lxz9.com/2021/
小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。...，使用浏览器下载序列能把人逼疯 今天小编就把我最近下载序列时用到的python代码分享给大家，希望小伙伴能够提升科研效率，多发paper。...[Default:./] 脚本参数说明 -a 输入序列登录号文件，如下图所示 -o 结果文件输出路径，如果路径不存在脚本会自动创建，此参数可以省略，如果省略，结果文件会保存在当前路径下 实战演练...脚本运行结果 结果解读 1.genbank_sequence.fasta文件为fasta序列文件，结果如图： 2.genbank_annotation.tsv文件为序列注释文件，结果如图所示： 3....download_erro_genbank_accession.tsv如果提供序列的登录号在GeneBank中没有，则将这个登录号输出到这个文件中，方便使用浏览器进行校验，如图所示：
已经公布在NCBI的叶绿体基因组中通常没有反向重复区的信息。这个时候就需要我们自己重新注释。...image.png 很快就可以运行完，下载标注的文件用于后续分析 ? 这个文件里包含里两个反向重复区的位置信息 ?...运行脚本 python .\extract_LSC_SSC_IRs_from_cp_genome.py ....\NC_036368.fasta 31 然后利用输出文件NC_036368.1_1.fasta重新去注释 注释完以后再来运行第一个脚本 python ....结果文件分别是： LSC_region.fasta SSC_region.fasta IR_region.fasta 如果需要以上脚本，在我的公众号留言就可以了！！
，vep为apache2.0 licence，可以随意使用Pipeline用到的软件由预先安装改为docker+conda首次使用时安装，初次运行初始化环境下载必要文件，迁移更方便二、 流程概览图如下?...并尝试初次运行时初始化安装所需软件下载所需文件（作为代价首次运行时间会较长，切需网络通畅），即实现自动初始化的分析流程。...查看docker是否正常运行,docker-compose.yaml目录下运行docker-compose ps# 或者docker psdocker 容器使用，类似于登录远程服务器# 登录docker...使用vep注释突变结果:#conda检测环境是否存在，首次运行不存在创建该环境并安装软件if [ !...编写脚本匹配whitelist基因，突变过滤后vcf文件，vep注释后的文件，得到最终结果#需借用gatk环境中的python来运行 source activate gatkpython ${envs}
「注意，这个教程的软件运行环境为linux，没有相关环境需要使用docker或者虚拟机，而且，经过测试，python版本要求为2.7， biopython=1.67，在不停报错的教训中得到的结论。」...开场 工作目录 创建一个新目录，该目录将存储在本实验中创建的所有文件。...最后，我们可以运行一个小的python脚本来过滤BLAT不能可靠地与我们的载体污染数据库中的任何序列比对的reads。...从此输出文件中，我们需要使用脚本来过滤rRNAreads： 从此输出文件中，我们需要使用脚本来过滤rRNAreads： /Users/zd200572/Miniconda/envs/py2/bin/python...然后，您将运行以下python脚本以提取与microbial_all_cds.fasta数据库的高可信度比对并生成reads基因映射表。
fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 目录 一：下载安装该软件 二：准备数据 三：运行命令 四：输出文件解读...cp * /home/jmzeng/my-bin/bin/ 我把my-bin添加到了我的PATH，所以可以直接使用这些程序了 二：准备数据 只需要fasta文件的数据即可，query和target都可以是该...fasta文件，可以随便找两个fa文件做测试 三：运行命令 1，建库，用makeblastdb，标准是 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids...：tabular格式输出结果的条数 -num_threads：线程数 四：输出文件解读 重点是-outfmt 6，也就是之前版本的m 8格式 结果中从左到右每一列的意义分别是： [00] Query id...二：准备数据 数据就是我们测序得到的fastq文件的reads，压缩包也可以直接运行 三：运行命令 我习惯了批处理解决问题，脚本如下： for id in *fastq do echo $id /home
然后使用conda进行软件安装（vcf2maf和VEP） conda create -n vep -y conda activate vep conda install -y -c bioconda...有意思的是，我下载的这几个最新版数据库文件居然会报错？？后来我还是使用的默认的 homo_sapiens_vep_88_GRCh38.tar.gz 版本文件。...单独运行VEP VEP的全称是variant_effect_predictor，就是把vcf文件里面的每个变异位点的坐标，根据VEP软件自带的数据集，进行overlap后，就能给出每个变异位点的一些注释信息...vcf格式，这样的注释，通常是针对germline的突变信息； 最后运行 mskcc的vcf2maf 因为mskcc的vcf2maf运行的时候也是会调用VEP，所以需要先测试VEP软件是否成功，然后使用下面的脚本...如果是多个vcf文件批量转maf 写一个脚本，我的脚本如下： 针对varscan软件的somatic的snp： ls *_varscan.snp.Somatic.hc.vcf |while read id
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