在HPC节点上使用Pycharm - qrsh和run命令解决sh脚本中的问题？
在HPC节点上使用Pycharm - qrsh和run命令解决sh脚本中的问题。
首先，让我们了解一下HPC节点、Pycharm、qrsh命令和run命令。
- HPC节点（High-Performance Computing）：HPC节点是指高性能计算节点，它是一种专门用于处理大规模计算任务的计算机节点。HPC节点通常具有强大的计算能力和高速的网络连接，用于执行复杂的科学计算、数据分析和模拟等任务。
- Pycharm：Pycharm是一款专业的Python集成开发环境（IDE），提供了丰富的开发工具和功能，方便开发人员进行Python代码的编写、调试和测试。
- qrsh命令：qrsh命令是HPC集群中的一个命令，用于在计算节点上启动一个交互式的Shell会话。通过qrsh命令，用户可以在计算节点上执行命令和脚本，并利用计算节点的计算资源进行高性能计算。
- run命令：run命令是Pycharm提供的一个功能，用于在远程服务器上执行Python脚本。通过配置Pycharm的远程解释器，可以将代码和依赖项传输到远程服务器，并在服务器上执行代码。
现在，我们来解决sh脚本中的问题，使用qrsh和run命令。
- 首先，确保你已经在HPC集群上登录，并且已经安装了Pycharm。
- 打开Pycharm，并创建一个新的项目或打开一个已有的项目。
- 在Pycharm中，点击菜单栏的"File"，然后选择"Settings"。
- 在Settings窗口中，选择"Project: [项目名称]"，然后选择"Project Interpreter"。
- 在Project Interpreter设置中，点击右上角的齿轮图标，选择"Add"。
- 在Add Python Interpreter窗口中，选择"SSH Interpreter"，然后点击"Next"。
- 在SSH Interpreter设置中，填写HPC节点的连接信息，包括主机名、用户名、密码等。点击"Next"。
- 在Configure Remote Python Interpreter设置中，选择"Deployment Configuration"，然后点击"Next"。
- 在Deployment Configuration设置中，点击左下角的"+"按钮，添加一个新的部署配置。
- 在新的部署配置中，填写HPC节点的连接信息，包括主机名、用户名、密码等。点击"OK"。
- 在Deployment Configuration设置中，点击"Next"，然后点击"Finish"。
- 返回到Project Interpreter设置中，选择刚刚配置的远程解释器，然后点击"OK"。
现在，你已经成功配置了Pycharm的远程解释器。接下来，我们可以使用qrsh和run命令解决sh脚本中的问题。
- 在Pycharm中，打开你的sh脚本文件。
- 点击工具栏上的"Run"按钮，然后选择"Edit Configurations"。
- 在Edit Configurations窗口中，点击左上角的"+"按钮，选择"Python"。
- 在Python配置中，填写脚本文件的路径和参数等信息。在"Interpreter options"中，输入以下命令：
- 在Python配置中，填写脚本文件的路径和参数等信息。在"Interpreter options"中，输入以下命令：
- 这个命令将使用qrsh命令在HPC节点上启动一个交互式的Python会话。
- 点击"OK"保存配置。
现在，你可以点击工具栏上的"Run"按钮来运行你的sh脚本了。Pycharm将使用qrsh命令在HPC节点上启动一个交互式的Python会话，并执行你的脚本。
需要注意的是，qrsh命令的参数可能会因HPC集群的配置而有所不同，具体的参数设置请参考你所使用的HPC集群的文档或咨询管理员。
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我正在尝试让PyCharm在远程HPC集群的工作节点上运行。我只能从pycharm通过SSH登录到头节点，在终端上运行脚本之前，我通常会从那里手动qrsh到工作节点，但我希望能够使用PyCharm的运行/调试功能。我不能在我的本地计算机上调试，因为我在Windows上，而软件正在运行专门针对Linux环境的子进程。
我可以使用远程配置通过Pycharm运行，但它将使用head节点运行。我询问了PyCharm支持人员，他们建议将sh脚本设置为远程python解释器(代码如下)。然而，这是一种极具魅力的方式。手动运行sh我可以看到，python只有在我退出节点并返回到头节点之后才会执行，所以假设下
浏览 30提问于2020-02-28得票数 1
我试图在SGE中运行一个简单的代码。但是，当从交互式会话(qrsh)或通过qsub运行时，我从相同的代码中得到了非常不同的结果。大多数情况下，许多代码无法从qsub运行(没有任何警告或错误)。
是否在批处理提交中设置交互会话(在qsub中运行qrsh )？
qsub test.sh
-V
-cwd
source MYPATH
qrsh
MYCODEHERE
`
浏览 8提问于2019-10-17得票数 1
3回答
我通过SLURM向我们学校的HPC集群提交了几个工作。因为所有shell脚本都具有相同的名称，所以作业名称看起来完全相同。看起来像是
[myUserName@rclogin06 ~]$ sacct -u myUserName
JobID JobName Partition Account AllocCPUS State ExitCode
------------ ---------- ---------- ---------- ---------- ---------- --------
12577766 run.sh gene
浏览 0提问于2014-07-05得票数 15
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我写了一个脚本，根据照片被记录的日期来重命名我的照片。它在mac上运行，并使用的CLI。
造成问题的命令如下：
os.popen("exiftool " + file path)
我使用Pycharm编写了脚本。我使用exiftool是因为它产生了最好的结果，并且是当时最容易使用的。使用上面提到的命令，我得到了由exiftool很好地格式化的所有元数据，它只需要分开并放入一个列表中。在编写脚本之前，我尝试了Pycharm控制台中的所有内容。
Pycharm的脚本和控制台都运行良好。但是，最近我尝试使用python中的空闲代码来运行脚本。脚本失败，因为来自控制台的返回始终是空字符
浏览 5提问于2020-07-03得票数 0
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我有一个100个节点的CentOS 7.5hpc集群，我希望每个人都可以在所有节点上运行根用户拥有的脚本，/usr/sbin/Drocaches.sh。
登录到所有100个节点并执行visudo将是非常痛苦的，并且容易出错。
是否可以在head节点上创建/etc/sudoers.d文件，并将其仅发送到集群中授予每个人执行/usr/sbin/Drocaches.sh权限的每个节点？
非常感谢M
浏览 1提问于2018-11-15得票数 0
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2回答
假设我有10个.R脚本(或任务)，我希望使用一个HPC集群同时运行这些脚本。
HPC集群使用slurm作为批处理/排队系统，我知道要运行多个任务，应该使用命令srun。
但是，我没有运行多个任务与高性能HPC并行的经验，所以我希望您能帮助我建立一个简单的job.sh脚本，通过slurm提交给HPC。
下面是一个用于运行单个job.sh脚本的.R脚本的示例：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --partition=part_x
#SBATCH --nodelist=node888
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --c
浏览 30提问于2019-12-17得票数 2
我想让您知道是否可以(如果是的话)调整下面的bash文件。
我有一个主Matlab脚本main.m，它反过来调用另一个Matlab脚本f.m。
应该使用不同的输入多次执行f.m。
我将其构造为数组作业。
我通常使用名为td.sh的bash文件将数组作业执行到我校的HPC中
#$ -S /bin/bash
#$ -l h_vmem=5G
#$ -l tmem=5G
#$ -l h_rt=480:0:0
#$ -cwd
#$ -j y
#Run 237 tasks where each task has a different $SGE_TASK_ID ranging from 1 to 23
浏览 1提问于2018-12-05得票数 0
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2回答
我正在使用PyCharm在SSH服务器上执行python的远程部署和执行。但是，我也希望能够以同样的方式直接运行其他文件。例如，我希望通过S批处理“运行”一个"job.run“脚本，将其提交给HPC服务器。
我可以看到PyCharm为python运行以下类型的命令
ssh://username@server:22/home/username/anaconda3/bin/python -u /home/username/project1/main.py
我希望有另一个名为"job.run“的文件运行如下
ssh://username@server:22/home/username
浏览 18提问于2022-04-13得票数 3
3回答
我想在hpc中提交一个作业，该作业正在运行java应用程序。我编辑pbs_script文件如下：#/bin/sh #PBS -q序列#PBS -l nodes=1:ppn=4模块加载java-jdk/1.7.0-17 java myjavapp
我提交了作业$qsub pbs_script，但是作业返回一个错误:找不到或加载主类myjava。但是我使用相同的命令在命令行下运行java程序。有什么问题吗？
浏览 0提问于2014-04-03得票数 1
我试图在mpi4py python脚本: hello.py上运行16个实例。我存储在这类的s.txt 16命令中：
python /lustre/4_mpi4py/hello.py > 01.out
我是通过aprun命令在Cray集群中提交的，如下所示：
aprun -n 32 sh -c 'parallel -j 8 :::: s.txt'
我的目的是在time.The脚本中的每个节点运行8个这样的python作业，运行时间超过3个小时，并且没有创建任何*.out文件。从PBS调度器输出文件中，我得到了以下内容：
Python version 2.7.3 loaded
浏览 5提问于2017-04-20得票数 1
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1回答
我想使用pymongo将查询并行化到MongoDB数据库。我使用的是HPC系统，它使用Slurm作为工作负载管理器。我有一个在单个节点上运行良好的设置，但是当任务分散在多个节点上时会失败。
我知道问题在于mongodb绑定到我启动的节点，因此其他节点无法连接到它。
我特别想知道如何在使用多个HPC节点时启动并连接到mongodb服务器。谢谢!
一些额外的细节：
在启动python脚本之前，我会像这样启动mongodb：
numactl --interleave=all mongod --dbpath=database &
我收到警告信息：
** WARNING: This server
浏览 0提问于2020-06-04得票数 1
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1回答
我试图使用“focal_hpc”包中的R函数spatial.tools来并行R中的一个函数。我在SLURM服务器上使用这个脚本。这是我运行的一个例子。
f_mean = function(x){mean(x)}
sfQuickInit(cpus=6)
res_mean<-focal_hpc(x=raster,fun=f_mean,window_dims=c(7,7))[[1]]
sfQuickStop()
但是，我确实得到了以下错误，我不明白为什么：
Error in e$fun(obj, substitute(ex), parent.frame(), e$data) :
wor
浏览 6提问于2020-01-08得票数 0
1回答
我有下面的bash脚本，它使用slurm在HPC上运行
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name test
#SBATCH --ntasks 10
#SBATCH --time 00-01:00
#SBATCH --output out
#SBATCH --error err
#SBATCH --array=0-9
readarray -t VARS < list_VAR.txt
VAR=${VARS[$SLURM_ARRAY_TASK_ID]}
export VAR
bash data_0_"$VAR".sh
上面的bash脚本向HPC发送10个
浏览 0提问于2022-05-27得票数 1
我想在校园的HPC上为我的工作文件创建一个管理员。如果我的磁盘使用量超过50 an，我希望我的所有作业停止(并可能收到一封有关这方面的电子邮件)。我想做的是这样的事情：
#!/bin/bash
run=1
while [ $run -gt 0 ]; do
a=du -sh ~
if [ $a -gt 50GB ]; then
run=0
break
fi
done
qdel j*fd
qdel j*fd
#send email in some way
我被困在两件事上：
我不能在脚本中使用du -sh，我得到了一个错误：
-sh:找不到命令
我不知道如何
浏览 1提问于2012-07-17得票数 0
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我想将OpenVino setupvars.sh添加到PyCharm项目中？
我正在做一个项目usig OpenVino，现在为了使用OpenVino，我在.bashrc中使用了以下bash脚本
source /opt/intel/openvino/bin/setupvars.sh
然而，我想在这个项目上使用PyCharm，这使它更容易处理的项目，因为它变得更大。
如何在PyCharm项目中使用OpenVino。
浏览 1提问于2019-06-20得票数 3
我试图在hpc集群上启动一个奇异容器。我一直在本地运行projectNetv2.sif和sandbox，没有问题。将它们导出到hpc后，我会得到以下错误。
(singularity) [me@hpc Project]$ ls
examples projectnet_image_v2.tar.gz projectnet_sandboxv2 projectNetv2.sif
(singularity) [me@hpc Project]$ singularity run projectNetv2.sif
INFO: Converting SIF file to temporary san
浏览 4提问于2021-09-29得票数 3
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1回答
我有一个大型脚本，它依赖于输入参数(带有getopts)。其中一个参数是包含文件的目录(全部命名为*bam) --这个脚本有两个部分：
Part1:基于输入*bam文件，计算一个特定的数字。要明确的是，结果是每个文件只有一个数字，而不是一个数字。
第2部分:使用part1中的数字，对每个*bam文件执行一系列操作。
现在，最初，part1非常快，从计算上讲。所以我的设计是：
在终端上运行脚本: bash script.sh
在script.sh中，对于part2，为每个文件提交一个HPC作业。
然而，现在我需要分析比原来计划的更多的文件，我意识到Part1在计算上也会很繁重，因此我也需要在高性
浏览 0提问于2018-08-21得票数 0
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1回答
hpc的每个节点都有尽可能多的核，等于24个，但它们并不是所有可用的，所以我想在4个节点上运行代码，每个节点有20个核(而不是24个)。
这是正确的使用MPI吗？
#!/bin/sh
#
# Replace <ACCOUNT> with your account name before submitting.
#
#SBATCH --account=aaa # The account name for the job.
#SBATCH --job-name=job_name # The job name.
#SBATCH -N 4
浏览 0提问于2018-04-25得票数 0
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我可以访问一个使用SLURM调度作业的HPC集群。我想评估让Jenkins向集群提交作业。
作为一个简单的测试，它将HPC登录节点添加到Jenkins，并配置一个在登录节点上执行srun ... ./myprogram的Jenkins作业。srun命令告诉SLURM分配一个计算节点并在其上执行./myprogram。
这不是一个理想的解决方案。每个Jenkins作业都必须编写为使用srun。多个命令的脚本很困难。计算节点没有运行Jenkins代理，因此功能有限。
每当作业在队列中时，我是否可以让Jenkins按需生成新节点？然后，它可以在登录节点上执行srun ... jenkins-agen
浏览 0提问于2021-04-28得票数 1
1回答
我已经在Ubuntu中创建了一个.py脚本。我想直接从Bash把这个脚本打开到PyCharm中。有人能告诉我怎么做吗？
提前感谢！
编辑:
如果我们假设我已经创建了一个项目和一个脚本。我的项目名为LearnPython，我的脚本名为Test.py。所以路径是/home/jeremie/PycharmProjects/LearnPython/Test.py。然后我的问题是:我如何从终端直接启动Test.py到PyCharm (例如./pycharm.sh /home/jeremie/PycharmProjects/LearnPython/Test.py (它不工作！))？
浏览 2提问于2017-01-08得票数 0
因此，我对我的自定义npm脚本与它们运行的bash脚本之间的关系感到困惑。编辑:我不认为这是一个孤立的巴什问题。通过将echo $2 $1写入.sh文件并直接从终端运行，我可以产生下面描述的预期行为
例如
"scripts": {"report":"echo $2 $1"}
如果我从终端：npm run report "first" "second"运行它，因为在我的npm脚本中，我在$1之前调用了$2，我希望它输出如下：second first，但出于某种原因，它总是首先打印$1：first second(编
浏览 3提问于2015-12-06得票数 3
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我的flask应用程序从环境变量获取其DB凭据。我通过运行一个小的bash文件run.sh在本地运行它，该文件只调用带有几个选项的flask run。
我希望能够在PyCharm中同时运行'dev‘和' prod’配置，使用不同的PG_URL环境变量调用相同的bash脚本(告诉它连接到本地或远程暂存/生产数据库)。我不想将凭据放在git中，但可以将它们放在PyCharm运行配置中。
不幸的是，在编辑shell脚本的运行配置时，没有地方指定环境变量(而python脚本有这个选项)，所以我不确定如何设置。这似乎是一个相当基本的特性，我是否遗漏了一些显而易见的东西？我该如何设置？
浏览 2提问于2021-05-18得票数 0
1回答
我正在用最新的RaspbianOS开发RaspberryPi。安装在Pi上的最新版本的Gammu-smsd。我可以通过gammu-smsd收发短信。我正在尝试将ssh`s (使用sshpass)文件运行到远程Ubuntu机器中，并调用远程机器上的python脚本。我在Pi上设置了gammu配置文件“/etc/gammu smsdrc”，如下所示： # Gammu library configuration, see gammurc(5)
[gammu]
# Please configure this!
port = /dev/ttyS0
connection = at
# Debugging
浏览 47提问于2021-08-24得票数 0
2回答
PBS下的MPI主机文件
、、、
我正尝试在PBS资源管理下的集群上运行MPI作业。集群指南说，我不应该担心把任何东西传递给mpiexec，因为PBS应该会处理这个问题。对于单个节点上的作业，这是正确的，并且作业运行良好。
当我提交需要多个节点的作业时，作业退出，并表示无法识别主机。我在PBS脚本中包含了一个例程来解析$PBS_NODEFILE，并使用正确的DNS后缀重新构建主机文件。PBS现在可以识别主机。
现在问题来了:我生成的主机文件没有正确地传递给mpiexec。有关我传递的hosts文件和MPI进程的输出，请参见下面的内容。
我的主机文件：
cx1-25-2-2.cx1.hpc.ic.ac.uk
cx1-25-2-2
浏览 3提问于2014-06-02得票数 1
我正在Windows 32位主机上运行 (Debian )设备在VirtualBox中。
在Debian来宾中，我做了一些修改，使它能够运行自己的NodeJS应用程序，而不是默认的应用程序。
我还修改了示例run.sh脚本，以便它不是直接运行node，而是运行命令，该命令依次运行node，这样我就可以将输出记录到文件中，并使节点以为它在使用TTY，以便在日志输出中保留颜色转义序列，正如前面讨论的、和。
这一切都很好，除非是关闭nodejs服务的时候-- script、sh和node进程都在服务停止后继续运行。
知道为什么会这样吗？我猜想包含的并不打算像这样使用，但是我不知道第一件事就是修改它来
浏览 3提问于2014-03-01得票数 0
我试图在一个每个节点有8个核心的hpc中分发进程，我也有一个有2个节点的分区。
我已经完成了这个csh测试脚本：
#!/bin/tcsh
foreach i (`seq 30`)
srun csh -c "echo 'running${i} into:'; hostname; sleep 10;echo 'end ${i}'" &
end
echo "waiting for jobs completion"
wait
我想用salloc来运行它：
salloc -N2 -p mypartition testsall
浏览 7提问于2013-08-12得票数 0
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1回答
我正在Windows HPC群集上运行Python脚本。脚本中的一个函数使用multiprocessing包中的starmap来并行化某个计算密集型进程。
当我在一台非集群机器上运行该脚本时，我获得了预期的速度提升。当我登录到一个节点并在本地运行该脚本时，我获得了预期的速度提升。但是，当作业管理器运行该脚本时，multiprocessing带来的速度提升要么完全减轻，要么有时甚至减慢2倍。我们已经注意到，在调用starmap函数时会发生内存分页。我们认为这与Python的multiprocessing的性质有关，也就是说，每个内核都有一个单独的Python解释器。
由于我们成功地从控制台从单个
浏览 0提问于2016-05-14得票数 4
2回答
我在HPC上使用Centos运行我的代码。我通常有一个包含run_calc文件的文件夹，这是我希望以以下方式运行的：
qsub run_calc
现在，我想编写一个脚本" submit_all.sh“，它提交当前目录中所有子文件夹中的所有run_calc文件，而不是从运行submit_all.sh脚本的父文件夹中提交。
我在这里发现了类似的问题-- 和，这似乎是对这个问题的部分回答。在找到解决方案之前，我并不自信地提交脚本，这就是为什么我会问：
在第二个链接中，我找到了这个解决方案：
for i in {1..1000}; do
cd "$i"
qsub
浏览 0提问于2018-02-02得票数 1
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2回答
我想直接用ssh连接到远程运行的Docker容器。一般情况下我可以
$ ssh -i privateKey user@host
$ docker ps #which will list all running containers
$ docker exec -it ***** bash deploy.sh # ***** is container id and this line run a deployment script
但是我需要在Jenkins管道上运行这个脚本，在那里我只有一次机会。经过多次尝试，我想出了这个
$ ssh -tt -i ~/privateKey user@hos
浏览 0提问于2018-09-19得票数 5
回答已采纳
我在Windows 10上安装了PyCharm社区版，我的Windows也安装了WSL。
我们知道Linux上的PyCharm可以创建和运行PyCharm脚本，因为PyCharm在Linux上使用/bin/bash。
但是在Windows上，PyCharm不知道在哪里可以找到/bin/bash。因此，我在Windows 10上更改了PyCharm上的设置。
在文件->设置-->工具->终端中，将外壳路径从cmd.exe更改为bash.exe。
完成后，我可以像这样在PyCharm终端中运行Linux命令：
📷
我们可以看到文件路径已更改为/mnt/c/Users/pcl/Py
浏览 0提问于2019-08-27得票数 1
我遵循了网页上的建议： Moving files with an extension into a location 具体地说，在HPC集群上，我使用了： find . -name '*.R' | xargs -I files mv files target
find . -name '*.sh' | xargs -I files mv files target 我丢失了所有扩展名为".R“或".sh”的文件。 如何恢复具有这些扩展名的文件？谢谢！
浏览 98提问于2021-11-18得票数 0
16回答
我通常是通过bin/pycharm.sh安装py魅力的，但我犯的错误是执行bash pycharm.sh，而py魅力目录位于下载文件夹中。
稍后，我将目录移到/opt/Pycharm/。这导致每次我尝试使用统一启动器(在最初安装PyCharm时添加的)失败(如预期的那样)。
如何从统一启动程序中重新添加pycharm.sh作为一个值得称赞的应用程序？我知道pycharm.sh文件的位置。我试图将它添加到/usr/bin/中，但这并没有改变任何事情。
我仍然可以通过bash /usr/opt/Pycharm/bin/Pycharm.sh发布py魅力。但这太乏味了。
更新
我已经尝试使用以下脚本为
浏览 13提问于2013-11-02得票数 76
回答已采纳
我有一个命令，当我在本地主机上运行它时，它需要根目录在JenkinsFile.But中，这会导致.The JenkinsFile在源代码中"sudo command“这一错误。
stage('Install packages') {
sh("docker run --rm -v `pwd`:/app -w /app node yarn install")
sh("sudo chown -R jenkins: ./node_modules")
}
我已经试过了。在每个构建上创建临时sh脚本。而错误是
/var/jenkins_hom
浏览 1提问于2018-11-08得票数 1
回答已采纳
我想为一个包含多个外壳脚本(${SHELLTOOLS})的文件夹的BBmap套件创建一个docker镜像。我已经在下面创建了一个docker文件来创建docker映像，但我还想使用助手脚本entrypoint.sh。如何使此docker文件与entrypoint.sh一起运行？有人能建议我需要向这个docker文件和entrypoint.sh添加/更改什么吗?这样我就可以创建docker镜像并使用下面的命令运行它。 我的Docker文件： FROM openjdk:8-jre
RUN apt-get update \
&& apt-get install -y
浏览 23提问于2020-11-07得票数 2
1回答
我在解压docker镜像上复制的文件时遇到了一个问题。我尝试使用RUN unzip /file.zip和我遇到的其他技术，但似乎都不起作用。 因此，我尝试将解压缩操作添加到我用作docker图像入口点的shell脚本中。 以下是用于构建的yaml文件： RUN mkdir jobs
COPY test_0.1.zip /jobs/test_0.1.zip
COPY entrypoint.sh /jobs/
RUN cd jobs/
CMD [ "/jobs/entrypoint.sh" ] 下面是shell脚本的代码： function setup()
{
echo "
浏览 113提问于2021-09-28得票数 0
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2回答
我在~/trevor目录中有一个程序。使用Ubuntu，如果我cd到这个目录，那么我可以用$./program执行这个程序 但是，我希望能够从Python脚本中执行此程序，但是当我尝试使用 import subprocess.run
subprocess.run("./program") 我得到以下错误： OSError: [WinError 193] %1 is not a valid Win32 application 我该如何解决这个问题呢？ 我正在通过Pycharm的终端运行python脚本。我想到我可以通过Ubuntu的终端运行python脚本，但我在Ubuntu找
浏览 61提问于2020-06-11得票数 0
我通过qsub将这个简单的工作提交给SGE。我如何才能看到作业的输出，这是我的终端中的一个简单回显。我的意思是，我希望它直接出现在屏幕上，而不是将输出转移到日志文件或其他什么地方。
下面是存储在Dummyjob中的作业：
#!/bin/sh
#$ -j y
#$ -S /bin/sh
#$ -q long.q
sleep 30
echo "I'm done!"
下面是qsub命令：
qsub -N job_1 -cwd./Dummyjob
谢谢!
浏览 0提问于2016-03-23得票数 3
我正在使用Linux 19运行一台计算机，我使用LM的软件中心安装了PyCharm Community。
现在，有一个PyCharm的更新，但我不能安装它。当我帮助>检查更新时，打开的窗口说："PyCharm没有/app/py魅力的写访问权限，请有特权的用户运行它来更新。“
因此，我认为我必须在sudo中运行PyCharm才能应用更新。
问题:这台计算机上没有/app文件夹。在/usr/bin或/opt或其他任何文件中都没有py魅力文件(我对pycharm.sh进行了完整的OS搜索)。
当我签入LM的菜单编辑器(启动PyCharm时运行的命令)时，它是：
/usr/bin/fla
浏览 0提问于2018-09-27得票数 0
请看我的脚本，获取并解析xmltv数据：
#! /bin/bash
/bin/rm -f /home/hts/webgrab/multiple/out/*.xml
/home/hts/webgrab/multiple/1/run.sh &
/home/hts/webgrab/multiple/2/run.sh &
/home/hts/webgrab/multiple/3/run.sh &
/home/hts/webgrab/multiple/4/run.sh &
/home/hts/webgrab/multiple/5/run.sh &
/home/
浏览 0提问于2020-01-27得票数 1
我想在运行python脚本之前运行一个脚本。因此，我在“运行/调试配置”-“启动前:外部工具”中添加了参数pyuic5的脚本~/folder/test.ui。
当我运行脚本时，控制台显示命令pyuic5 ~/folder/test.ui与预期一样，但后面跟着来自pyuic5的错误消息：
Error: No such file or directory: "~/folder/test.ui"
但是文件存在，当我将命令复制到终端时，它工作得很好。PyCharm是否以某种方式编辑命令？
编辑：
对于其他命令，我也有同样的问题：
例如，带有参数sh的命令test.sh打印：
sh: 0
浏览 1提问于2015-09-17得票数 1
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所以我开始研究一些基本的HPC主题。但是，我有一个非常基本的问题:如何在slurm脚本中分配正确的(或所需的)核数？
我理解这是一个相当基本的问题，但我在网上或教科书中找不到任何帮助我克服问题的东西。slurm脚本的一个部分的图像：
任何帮助都是非常感谢的。
浏览 8提问于2021-11-24得票数 0
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3回答
我正在使用Ubuntu16.04，我有两个shell脚本：
run_roscore.sh :这个在一个终端上触发一个roscore。
run_detection_node.sh :这个节点启动另一个终端中的对象检测节点，并且应该在run_roscore.sh初始化roscore之后启动。
我需要这两个脚本在系统启动后立即执行。
我让这两个脚本都是可执行的，然后将以下命令添加到cron：@reboot /path/to/run_roscore.sh; /path/to/run_detection_node.sh，但它没有运行。
我还尝试将这两个脚本添加到启动应用程序中，使用以下命
浏览 1提问于2018-01-25得票数 0
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我的package.json中的脚本当前如下所示：
"scripts": {
"test": "./spec/run-local-tests.sh",
"coverage": "istanbul cover jasmine-node spec",
"start": "gulp"
}
测试脚本运行这个.sh文件：
#!/bin/sh
echo "Renaming database file produced by previous test run"
mv
浏览 0提问于2016-12-13得票数 2
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我很难使用PyCharm运行我的Django测试。过去我很容易使用"python运行配置“来运行它们，我在OSX上使用python2.7，Django <= 1.7，Pycharm <= 4。现在我在Linux上，我使用Python3.4.3、Django 1.8.2和PyCharm4.5。我总是使用virtualenv管理我的项目。现在，通过从Pycharm运行"manage.py测试“，没有找到测试(它会打印”空测试套件“)。但是测试是存在的，如果我从shell运行命令，它们就会被执行。所以我真的不明白发生了什么。实际上，我能够使用我创建的“hack”启动测试，
浏览 8提问于2015-06-01得票数 2
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我想在HPC上使用Slurm调度程序并行一个R脚本。
SLURM配置为SelectType: CR_Core_Memory。
每个计算节点有16个核心(32个线程)。
我将R脚本传递给Slurm，配置如下，使用作为SLURM的接口。
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name={{ job_name }}
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --output={{ log_file | /dev/null }} # you can add .%a for array index
#SBATCH --error={{ log_file | /dev
浏览 0提问于2019-02-27得票数 3
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例如，如果我有一个python脚本test.py，其中包含
import time
print 'foo'
time.sleep(5)
print 'bar'
time.sleep(5)
和包含以下内容的shell脚本run_test.sh
#!/usr/bin/env bash
python test.py
然后在PyCharm (2016.1)中运行后者(例如使用Run菜单项)，直到整个脚本完成(大约10秒后)才会输出输出。
是否有方法在我的shell脚本运行时打印输出？
浏览 3提问于2016-07-16得票数 2
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我有一个R脚本，通过并行和未来的包使用并行计算。在R脚本中设置并行配置的代码是：
cl <- parallel::makeCluster(100)
future::plan(cluster, workers=cl)
我在HPC中运行R脚本，其中每个节点都有20个CPU。什么是SLRUM配置，以跨多个节点将R脚本作为一个作业运行。威尔：
--cpus-per-task=100
就够了吗？
谢谢
浏览 3提问于2022-03-20得票数 2
我在我全新的Ubuntu13.10笔记本电脑上安装了PyCharm。
要启动PyCharm，我发现我必须导航到py魅力所在的目录，并以这样的方式执行它：
cd home/matt/software/pycharm/bin sh pycharm.sh
我希望这不是要求太多，但我希望能够点击一个图标在启动程序启动。
当应用程序运行时，我尝试右键单击启动程序中的PyCharm图标，并选择"Lock To Launcher“，但这不起作用(固定之后，当我尝试以这种方式运行软件时，图标会以非常尴尬的方式跳动几次，而什么也不做)。
有传言称，一款名为Alacart的小应用程序很有用，但我不知道它是
浏览 0提问于2013-12-16得票数 208
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我正在使用MPI (mpi4py)编写mpi4py python代码，并且我希望在一个HPC集群中的队列中实现我的代码跨多个节点(每个节点有16个处理器)。
我的代码结构如下：
from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
count = 0
for i in range(1, size):
if rank == i:
for j in range(5):
res = some_function(some_
浏览 3提问于2017-05-25得票数 4
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我跟随本教程在我的Ubuntu14.04上正确地执行Aptana：
3中的命令菜单在ubuntu 14.04中不工作
因此，我已经安装了Oracle，并最终创建了这个必须执行Aptana的run.sh文件：
!/bin/bash
export UBUNTU_MENUPROXY=0 /home/andrea/Programmi/Aptana_Studio_3/AptanaStudio3
问题是，当我试图用shell执行这个脚本时，我会得到以下错误消息：
andrea@andrea-virtual-machine:~/Programmi/Aptana_Studio_3$ sudo sh run.
浏览 0提问于2014-08-03得票数 6
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