例如，欺诈检测，罕见药物不良反应的预测，以及基因家族预测。因为类别不平衡的原因就会导致预测不准确，降低了分类模型的性能。...目录如下所示： 代码库/框架 Python R Java Scalar Julia 论文 综述 深度学习 数据重采样（Data resampling） 成本敏感学习（Cost-sensitive Learning.../en/stable/ 论文地址：http://10.187.70.34/www.jmlr.org/papers/volume18/16-365/16-365.pdf 这个库是一个 python 编写的提供了一些常用于数据集的重采样技术.../caret/index.html Github：https://github.com/topepo/caret 实现了随机欠采样和过采样方法 ROSE 官网：https://cran.r-project.org.../web/packages/ROSE/index.html 文档：https://www.rdocumentation.org/packages/ROSE/versions/0.0-3 实现了随机过采样方法
在真实世界中，不管是二分类或三分类，不平衡数据的现象普遍存在，尤其是罕见病领域。...不平衡数据集的主要处理方法 这里我们主要介绍目前常用的方法。 对数据集进行重采样 评价指标选用召回率 接下来，我们将进行案例展示，随机产生5000份样本数据，预测变量为2分类。...下面的例子都使用随机森林模型。 1.1原始数据 首先我们不对Traning数据集进行任何的采样，使用10 x 5的重复交叉验证进行随机森林建模。然后在测试集中测量最终模型的性能。...我们可以使用R中的PRROC包来计算5个模型的精确查全率曲线下的面积area under the precision-recall curve (AUPRC)。...然而，rose采样分类器在这些预测中的效率更高，因为预测为少数群体类的观察结果中有50%实际属于少数群体类，而对于原始分类器，预测为少数群体类的观察结果中只有25%实际属于少数群体类。
告诉shiny如何在server函数构建对象，该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步：加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族，将R对象转换成在UI中的输出，每个函数创建特定类型的输出...接下来，需要告诉shiny如何构建对象 就是在server函数中提供构建对象的R代码 server函数在shiny的处理中扮演一个特别的角色，他会构建一个类似列表(list)的对象，被命名为output...，包含所有用来更新app中R对象的代码，每个R对象在list中要有自己的条目（名字） 在server函数中，可以通过在output定义一个新元素来创建条目，如下，元素名字应该与ui中反应元素使用的参数一致...当用户改变小工具，shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出，重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应，通过连接input列表中的值到output中的对象。...能反应的）app 在server中使用render*函数告诉Shiny如何构筑你的对象 在每个render*函数中，用{}抱住R表达式 将render* 表达式的结果保存到output列表，每个反应对象对应其中的一个条目
R海拾遗-shiny4 概述 shiny基础终章，shiny反应表达式学习 代码 在工作目录中创建一个名为stockVis的新文件夹 下载以下文件放在stockVis中 app.R：https://shiny.rstudio.com...依赖quantmod包中的两个功能: getSymbols: 直接从雅虎财经和圣路易斯联邦储备银行等网站下载金融数据。...chartSeries 图表中显示价格 同时需要使用helps.r脚本，脚本包含一个根据通货膨胀调整股票价格的函数。...，当你选择第一个框的时候，shiny会重新从雅虎获得数据，相当于运行了下面的程序，并重新绘制图片，这可能会导致运算变慢，同时雅虎会认为数据异常，从而封闭访问 output$plot 反应表达式时，该表达式将其结果保存在计算机的内存中。
上面是shiny团队的稿件 l5-更复杂的反应app 创建一个更复杂的依赖R脚本和额外数据的有灵魂的（能反应的）app 使用R脚本和数据 此篇旨在展示如何载入数据，R脚本，包，用来构建app。...地区分布图使用颜色展示变量的地区差异 此例中，helpers.R 将会创建一个percent_map ，一个设计用于匹配counties.rds数据的函数，下载 脚本将会使用maps和mapproj包，...，还载入了两个包library(maps)和 library(mapproj) 使用shiny也会这样调用这些函数，但是写法略有不同 source和readRDS需要文件路径，文件路径的使用方式在shiny...shiny只会运行这些代码一遍，包含了所有你在server函数中的表达式要调用的东西。 在server函数中定义用户特定的对象，当时不包含在render*函数之中，这种对象是每个用户都需要个人副本的。...构建参数值 如何放置这些设置参数的代码 赶紧先自己做做吧 回顾 如今，你已经可以使用R脚本，数据集，包创建复杂的app了 有几个要点 对于shiny app 来说，app.R脚本所在的路径就是工作目录
本文会介绍处理非平衡分类数据集的一些要点，并主要集中于非平衡二分类问题的处理。一如既往，我会尽量精简地叙述，在文末我会演示如何用R中的ROSE包来解决实际问题。...特别地，代价曲线被认为有以图形方式描述分类器误分类代价的能力。但在90%的场合中，ROC曲线已经足够好。 在R中进行不平衡数据分类 我们已经学习了不平衡分类的一些重要理论技术。是时候来应用它们了！...在R中，诸如ROSE包和EMwR包都可以帮助我们快速实现采样过程。我们将以一个二分类案例做演示。...因此我们很有必要在建模前将数据集修正平衡。在本案例中，决策树算法对于小类样本无能为力。 我们将使用采样技术来提升预测精度。这个包提供了ovun.sample()的函数来实现过采样和欠采样。...为了得到更好的结果，你可以使用一些更前沿的方法，诸如基于boosting 的人工数据合成。 来源：R语言中文社区
上面是shiny团队的稿件 L6-反应表达式 用反应表达式，快速构建，模块化app ⚠️此篇的线上数据可能有时无法顺利抓取，要多试几次 使用反应表达式 用户会赞叹快速的app，但是你的app有大量运算影响速度了该怎么办呢...，意味着在server函数中你可以使用input 和 adjust找到他们。...创建反应表达式使用reactive函数，把R表达式用花括号括起来，就喝render*函数一样 例如，获取数据的反应表达式 dataInput 在renderPlot中调用dataInput()你能用表达式获取价格数据。...，让用户能切换价格是否适应通货膨胀 helper.R 中的adjust函数使用由圣路易斯联邦储备银行提供的Consumer Price Index 数据，将历史价格转为当前价格，是如何用代码实现呢？
在不平衡的数据中，任一算法都没法从样本量少的类中获取足够的信息来进行精确预测。因此，机器学习算法常常被要求应用在平衡数据集上。那我们该如何处理不平衡数据集？...本文会介绍处理非平衡分类数据集的一些要点，并主要集中于非平衡二分类问题的处理。一如既往，我会尽量精简地叙述，在文末我会演示如何用R中的ROSE包来解决实际问题。...特别地，代价曲线被认为有以图形方式描述分类器误分类代价的能力。但在90%的场合中，ROC曲线已经足够好。 在R中进行不平衡数据分类 我们已经学习了不平衡分类的一些重要理论技术。是时候来应用它们了！...在R中，诸如ROSE包和EMwR包都可以帮助我们快速实现采样过程。我们将以一个二分类案例做演示。...因此我们很有必要在建模前将数据集修正平衡。在本案例中，决策树算法对于小类样本无能为力。 我们将使用采样技术来提升预测精度。这个包提供了ovun.sample()的函数来实现过采样和欠采样。
本文对于学习 R 编程调试也是有帮助的。 当你开始编写应用程序时，几乎可以确定会出错。导致大多数错误的原因是我们心里的 Shiny 设计模型与 Shiny 实际的运行情况的不匹配。...当出现这些情况时，这很令人沮丧，但是你可以将它们变成练习调试技能的机会。 在下一部分中，我们将介绍另一种重要的技术，以最小的可重现性为例。如果你陷入困境并需要别人的帮助，创建一个最小的示例至关重要。...如果我们可以通过删除有效的代码来缩小问题代码的范围，则可以更快地迭代解决方案。这是我一直使用的技术。 阅读错误追踪 每个错误都伴有一个追溯或调用堆栈，它实际上是追溯导致该错误的调用堆栈。...： 1: f("a") 2: g(x) 3: h(x) 您可能已经熟悉 R 中的 traceback()。...此功能可以在发生错误之后以交互方式运行以查看导致错误的调用顺序。我们无法在 Shiny 中使用此功能，因为我们无法在应用运行时以交互方式运行代码，而是 Shiny 会自动为我们打印调用堆栈。
Web Service 这个概念比较成功了， 在SOAP服务之后， Restful服务的普及， 使得数据库的CRUD操作通过网络无限延伸。...——————— 二、ui.R+server.R+global.R 看到网上大多给你扯ui.R+server.R，很少会提到global.R，笔者在自己实践的时候遇到的了global.R的使用问题，...ui.R：搭框架，控件； server.R：每个控件背后的算法代码； global.R:server.R中，万一有很长的代码与调用很多其他packages就可以用global写一个函数集合，然后统一在...举个例子， server.R返回一个数据绘图， 但是每次运行需要重新读取数据。 但是当如果输入没有变化的时候， 这种重复的数据读取会极大的延迟反应， 浪费资源。...reactive像一个带cache的模块， 并且当reactive检查到数据输入没有任何变化， 那么输出也不会有变化的时候， reactive就会使用缓存的数据，避免了重复运算， 加速了反应。
六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。...展示反应过程 Reactivity Visualizer for shiny • reactlog 展示使用记录 dreamRs/shinylogs: Logs for Shiny apps Packrat...纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行 一些文章和书 他们也许因为软件版本的迭代，在操作环节有一点点过时 在亚马逊服务器上部署 DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with...开发者视频讲座 Shiny Developer Series 一个shiny例子集合 dreamRs shiny gallery js在shiny中的运用 JavaScript 4 Shiny - Field...tips and walk-through a real example 什么是模块化 A beginner's guide to Shiny modules | Emily Riederer R中的js
Shiny应用程序中控件选中的值可以通过生成响应式输出来显示。用户切换控件的值，输出的文本也随着控件的值自动响应。...下面将添加对控件值的响应。 创建响应式输出主要分为两步： 1.将R对象添加到ui用户界面。 2.在server中构建响应式对象并调用控件的值。...每个*Output函数都需要一个参数：一个Shiny将用于反应的元素名称的字符串。 步骤2：提供R代码来构建对象。 在ui中设置Shiny在哪里显示对象后，接下来，需要告诉Shiny如何构建对象。...可以通过server中的output定义一个输出元素，元素名称应与ui中创建的反应性元素的名称一致。...server函数包含2个参数，input和output，output作为一个类似列表的对象，存储了在应用程序中构建R对象。input是也是一个类似列表的对象。它存储控件的当前值。
不同点： Shiny是RStudio公司开发的一个包包，定位于交互式呈现数据，更加动态，Shiny包内建了Shiny-server，所以在本机运行没有问题，如果你想发布shiny Rscript（也叫Shiny...免费和商业版的比较) 实际使用上看来，有不少SCI文章所提到的数据库是用shiny展示的，实际效果不佳，反应缓慢，如果仅仅是展示数据或简单的R脚本，可以用FastRWeb。...FastRweb FastRWeb也是一个框架，原理是调用R脚本生成图片后用base64回传，适合展示没有很强交互需求的图像，比较适合数据挖掘相关的图表。...Mining Using R，侧重的就是用R数据挖掘。...-1) (这是echarts的demo-1) (这是我用echarts随便画的图) 或许go bigger的路上不一定需要shiny，可以考虑利用FastRWeb处理数据，然后再用开源的js库来画图
当包括此字符的行或者包含此字符的列被高亮时（也就是oddball范式中的靶刺激），要求受试者对此做出反应，予以计数，会产生P300波形；当不包含此字符的行或者列加亮时，被试不做出反应，不予计数，不会产生...在实验过程中，设备通过位于受试者脑部头皮上的64个采样电极，以240Hz的采样频率记录脑电信号。并将记录的信号分为三节，每节信号又根据英文单词或字符组的不同分成许多段。...每段数据存储为一个Matlab数据格式文件，如第一节第四段的实验数据存储为文件“AAS010R04”，第二节第六段的实验数据存储为文件“AAS011R06”。...2、AAS011R06中有多个数组，数据集中的信号存放在signal的2维数组中，64个电极的采样点 P300数据集 MATLAB处理数据集 1、代码包含绘制cat的时域图，字符的时域图。...2、如cat，把64个电极采样结果平均，再把字符c的15个周期取平均，就得到了字符c在一个字符矩阵显示周期的时域图了 load('AAS010R01.mat'); y=sum(signal,2)/64;
可以在任何R环境中运行（R命令行、Windows或Mac中的Rgui、ESS、StatET、RStudio等） 基于Twitter Bootstrap的默认UI主题很吸引人。...采用websockets包，做到浏览器和R之间快速双向通信。 采用反应式（reactive）编程模型，摒弃了繁杂的 事件处理代码，这样你可以集中精力于真正关心的代码上。...开发和发布你自己的Shiny小工具，其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中 安装 Shiny可以从CRAN获取， 所以你可以用通常的方式来安装，在R的命令行里输入： install.packages...Hello Shiny是个简单的应用程序，基于faithful 数据集画直方图。...用户界面是在源文件ui.R中定义的： ui.R library(shiny) # Define UI for app that draws a histogram ---- ui <- fluidPage
我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。...今天我们就来看看spotBinning 在空间数据中的应用，主角是：同属于Seurat生态的schex ，起初，schex 拟解决单细胞转录组图谱（tsne/umap）中细胞重叠的问题。...而空间位置的点，往往是均匀分布的，所以每个bin（箱子）可以看作是重采样的过程。...本文提出的问题其实是在空间数据中如何重采样? 在单细胞转录组中重采样的话，随机抽取就可以了，但是在空间中如果随机抽取的话，势必把好不容易得到的空间信息采的稀烂。...其实空间数据的获得本身就是空间位置分箱采样的过程，不信请看： ? Binning 在空间数据中的应用： ?
托管这个zip文件到网页连接，任何获取这个连接的人都可以从R中启动这app library(shiny) runUrl( "") runGitHub 如果没有自己的网站，免费的代码托管网站...然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。...在一个方便的位置共享Shiny应用程序，R Markdown报告，仪表板，绘图，Jupyter Notebook等。...恭喜你 您已经完成了整个Shiny开发过程。您可以构建复杂的反应式应用程序，进行部署并与他人共享。用户可以与您的数据进行交互，并以新的方式关注您的故事。 下一步是练习，然后探索Shiny的高级功能。
我们知道，空间分析中常见的是解析每个spot中的细胞数，这是往细了做。而临近的细胞放到一个bin中获得概览，不仅是在可视化方面，在数据集大了之后，这种分箱的操作可以减少维度。...今天我们就来看看spotBinning 在空间数据中的应用，主角是：同属于Seurat生态的schex ，起初，schex 拟解决单细胞转录组图谱（tsne/umap）中细胞重叠的问题。...当然，如果我们把pca空间换成空间位置信息，自然也是可以做类似的操作的。而空间位置的点，往往是均匀分布的，所以每个bin（箱子）可以看作是重采样的过程。...Spatial_snn_res.0.8", type="counts", feature="Cck", action="mean")+theme_bw() 本文提出的问题其实是在空间数据中如何重采样...在单细胞转录组中重采样的话，随机抽取就可以了，但是在空间中如果随机抽取的话，势必把好不容易得到的空间信息采的稀烂。
该研究促进了对复杂性状遗传力的认识，并证明了图泛基因组在作物育种中的作用。...论文链接: 10.7554/eLife.75181 博文资讯 5、用R语言解读传染病模型[4] 本文结合传染病学的专业知识，通过R语言的技术手段，通过相应的代码解释了传染病传播的一些底层原理。...图的简单方法 Circos图使科学家能够轻松地在全基因组尺度上探索生物大数据，但繁琐的输入数据准备和复杂的参数配置限制了其应用。...该工具在保留线性参考基因组的坐标同时，使用基于图形的数据模型和相关格式来表示多个基因组，可以有效的构建图形化泛基因组，表示当前基因组中缺失的变异体。...使用的技术如下： MySQL：数据存储 next.js：前端页面框架 nest.js：服务端框架 tiptap：编辑器及文档协作 可访问云策文档帮助中心，查看更多功能文档。
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