在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...如果你使用roxygen2[1]，那么你可以利用注释代码块 #' @importFrom ggplot2 （注意，这对数据集mpg不起作用）。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...在Suggests 如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
在本教程中，我们将深入探讨重建此地图的具体细节。我们将使用全球河流分类 （GloRiC).GloRiC对世界野生动物基金会HydroSHEDS的全球河流网络进行监督分类，以在全球层面创建河流覆盖类型。...我们在下面使用 mutate 来创建宽度，并使用case_when来分配宽度。后者在SQL用户中是众所周知的。在此上下文中，如果满足条件，它会根据宽度列分配一个值。 # 2....边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...在本教程中，我们将使用世界等距圆柱投影来展平地图。因此，我们首先定义此投影，然后转换坐标。 # 3....在本教程中，您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里，克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。
首先是构造一份数据集 library(ggplot2) df<-data.frame(x=c(1,1), y=c(1,2), label=c(...image.png 文本框的四周默认是带有圆角的，如果不想要圆角可以使用参label.r ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label=label...image.png 这样就变成了直角 如果不想要文本框四周的黑线，可以使用label.size=NA参数 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label...image.png 调整带颜色的背景的大小，可以使用label.padding参数 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label=label,...暂时没有找到参数来调节 如果要调节文本框的位置可以使用nudge_x和nudge_y参数 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label=label
在HTML中，使用语义化标签可以使得网页结构更加清晰和易于理解。以下是一些正确使用语义化标签的方法： 使用合适的标题标签（h1-h6）来标识网页的标题，以及页面中的各个区块的标题。...网页标题 区块标题 使用段落标签（p）来组织和呈现文本内容。 这是一个段落。 使用列表标签（ul、ol、li）来呈现列表内容。... 列表项1 列表项2 有序列表项1 有序列表项2 使用表格标签（table... 网页标题 版权信息 使用语义化的标签来标识页面中的主要内容，比如文章内容使用（article...使用语义化标签可以提高网页的可访问性和搜索引擎优化效果。
LaTeX是一种文本标记语言，也可以说是一种文档编撰系统。在很多大学或者机构中普遍作为一种标准来书写专业的科学文献、毕业论文或其他类似的文档。...在这篇文章中，我们会看到如何在Ubuntu 14.04中使用LaTeX。...LaTex初学者模板 http://www.linuxidc.com/Linux/2013-03/81040.htm 在 Ubuntu 14.04 或 Linux Mint 17 中安装...Texmaker编辑器 你通过上述链接下载到的是一个.deb包，因此你在一些像Linux Mint，Elementary OS，Pinguy OS等等类Debain的发行版中可以使用相同的安装方式...如果你想使用像Github式的markdown编辑器，你可以试试Remarkable编辑器。 希望Texmaker能够在Ubuntu和Linux Mint中帮到你。
1、点击[编辑区] 2、点击[L] 3、点击[dvi pdf]
ggplot2的主题系统可以让我们更好的控制图形 非数据元素 的细节，通过更加精细的修改来提升图像的美感，ggplot2 的主题系统自带多个 element_ 功能 element_text( ) element_line...( ) element_rect( ) element_blank( ) 本节来介绍主题元素element_text() ,使用它控制绘图中文本元素的许多部分，如字体大小、颜色和字体类型。...ggplot2的element_text()剖析 element_text() 控制的元素列表 axis.title.x: 自定义 x 轴标签/标题 axis.title.y : 自定义 y 轴标签/标题...: 自定义图像主标题 plot.subtitle: 自定义图像副标题 plot.caption: 自定义图像的脚注 plot.tag: 自定义绘图的标签 加载R包 library(tidyverse)...library(palmerpenguins) 依旧还是使用企鹅的数据集，接下来使用element_text() 函数来调整图像的文本元素 p% drop_na() %>
在多个案例研究中，popV 能够自信地注释大多数细胞，同时突出显示通过标签转移难以注释的细胞群体。...在这个区域，不同的算法对正确的边界存在分歧，但所有算法都预测这些细胞具有其中一个标签。 我们发现肺泡毛细血管2型内皮细胞表达EDNRB和HPGD，而毛细血管内皮细胞表达FCN3和IL7R。...因此，这是一个需要人工审查以确定这些细胞正确标签的区域。 事实上，在Lung Cell Atlas的原始注释中——这些注释未提供给popV——这些细胞被标注为毛细血管中间体1和2。...我们认为这一过程是浪费资源，并实现了我们自己的版本，在第二步后对所有细胞输出标签。 Harmony 和谐 Para_01 在整个手稿中没有使用 Harmony。...Seurat 不是 popV 的一部分，因为将数据框复制到 R 可能是一个耗时的步骤，特别是对于大型数据。 然而，我们比较了 popV 和 Seurat 在肺细胞图谱上的性能。
数据分析中经常使用R语言以及相关R包，写文章时就需要引用。这里介绍两种方法。 1....默认的citeation函数 1.1 引用R语言 包括R版本和相关信息： 注意，函数中什么参数都不添加，会返回R语言的版本和相关信息。...LaTeX的用户的BibTeX条目是 @Book{, author = {Hadley Wickham}, title = {ggplot2: Elegant Graphics for.... ❞ 注意：如果R包没有在引号内，会报错： > citation(ggplot2) Error in system.file(package = package, lib.loc = lib.loc)...使用pacman更友好的形式 2.1 R语言引用 「两种方法：」 p_cite() p_citation() library(pacman) p_citation() 2.2 R包引用 「四种方法：
R语言在作图时难免会用到公式，往途中添加标签公式的方法有很多，R基础包自带的expression函数就是一个，除此之外还有latex2exp可以在R语言中使用latex的命令来给图片添加公式。...main = "手动添加公式",las = 1) text(3,1,labels= tt, cex=1.5,col = "red") # 添加公式 data("faithful") library(ggplot2...model.lm)[1], digits = 4)), b = as.numeric(format(coef(model.lm)[2], digits = 4)), r2...= format(summary(model.lm)$r.squared, digits = 4), p = format(summary(model.lm)$coefficients...[2,4], digits = 4)) eq R)^2~"="~r2~","~italic
部分脚本 注意： 为了方便查看，我将自己论文所需函数都放到了all_function.r脚本中，然后使用source()将其进行加载。脚本中参数修改主要是numbers，sigma，nums和it。...在每个 R 脚本中存储所有 Rdata 和数据集 代码如下： write.xlsx(sheets, paste("....如果对ggplot2绘制还存在一定难度的朋友，可以在公众号输入[可视化文稿]得到教程文稿，再结合我的b站（账号：庄闪闪）“R可视化教程”，进行快速的入门学习。...()加入图片的标签，再使用cowplot包中的plot_grid()将图片进行合并。...具体教程参考：R语言统计与绘图：给组合图形添加ABCD小标签；R可视乎｜合并多幅图形；R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配；paletteer包：拥有2100多个调色板！
)) ) } 参数解释 data: 输入的数据框，通常包含需要注释的文本标签。...scales: 这个参数通常由 ggplot2 内部处理，在这里并没有具体使用。 r: 圆的半径，默认为 3。这是文本标签围绕的圆的大小。 x0: 圆心的 x 坐标，默认为 0。...这个对象继承自 ggplot2 的 Stat 类，并定义了一些自定义的行为和属性，用于在 ggplot2 中实现圆形文本布局。...hjust = hjust, ...) ) } geom_textcircle <- stat_textcircle ❝stat_textcircle 函数是一个自定义的统计变换函数，用于计算文本注释在圆形布局中的位置...默认情况下设置为 ggplot2::GeomText，这意味着文本注释。 2.mapping：通过 aes() 或 aes_() 创建的美学映射。这个参数描述了数据中的变量如何映射到视觉属性。
R包export可以轻松的将R绘制的图和统计表输出到 Microsoft Office (Word、PowerPoint和Excel)、HTML和Latex中，其质量可以直接用于发表。...将统计分析的输出保存为Excel、Word、PowerPoint、Latex或HTML文档的表格形式。 自定义R输出格式。 安装 export包可以在Windows、Ubuntu和Mac上跨平台运行。...bmp文件中 graph2png: 将当前R图保存到png文件中 graph2tif: 将当前R图保存到TIF文件中 graph2jpg: 将当前R图保存为JPEG文件 使用帮助信息如下： graph2bitmap...转换格式之后的，在console中的数据： ? 文件(csv和excel)中表格数据： ? ?...standAlone:导出的Latex代码应该是独立可编译的，还是应该粘贴到另一个文档中。 add.rownames:是否应该将行名添加到表中(在第一列之前插入一列)。
提高生产力的R包 blastula[3]是用于在R中创建漂亮的自定义电子邮件的程序包。...bookdown[4]有助于使用R Markdown编写书籍和长篇文章/报告。在https://bookdown.org/上有一些书本和书本中的书籍示例。...emo[6]可用于轻松地将表情符号添加到R Markdown文档中。 equatiomatic[7]从lm()函数中提取输出，用LaTeX写出方程。...ggrough[17] 使用javascript库，可将ggplot2图转换为粗糙/概略图表。 用于创建表的软件包 ? gt[18]使用R编程语言创建漂亮的表。...fortunes[25] 包括来自R社区的财富和智慧的集合，可从CRAN获得。 fun[26] 可以在R中玩扫雷游戏，也可从CRAN获得。
虽然面部特征的计算分析已广泛用于一般的安全应用，但尚未被用于医疗诊断。前期的初步研究结果表明，使用面部分析和机器学习技术识别与遗传综合征相关的面部畸形是可行的。...研究团队开发出一种基于深度神经网络和面部统计模型的遗传病筛查技术，并评估了其在儿童遗传综合征预测层面的性能。...文章 1、在ggplot2散点图中自动添加回归系数或回归方程、R2、P值等 有时候使用ggplot2绘制散点图展示两组变量的关系时，同时也做了一些描述二者关系的统计，如相关性分析、回归分析等，并期望将相关系数或回归方程...、R2、P值等也添加在ggplot2的散点图中，该如何实现呢？...这包括表头、存根、列标签和跨组列标签、表主体和表脚。 4、gtExtras[15] gtExtras的目标是提供一些额外的辅助函数来帮助使用gt创建漂亮的表。
在单细胞数据分析过程中，我们经常会遇到不同样本之间整合的批次效应和细胞类型注释的困难，projectLSI包利用term frequency–inverse document frequency (TF-IDF...9、showyourwork - LaTeX中完全可复制的、开源的科学文章[6] showyourwork 是一个用于开源科学文章的工作流管理工具。...这里有个快速开始教程：https://showyourwork.readthedocs.io/en/latest/quickstart ，使用Latex或者喜欢开放科学的读者不妨试试。...12、Roadmap路径图的资源集合[8] 13、hrbrthemes - ggplot2主题和字体的拓展资源[9] hrbrthemes是一个ggplot2主题的扩展R包，本文展示了该包中的一些特色主题及字体...: https://github.com/erblast/easyalluvial [6] showyourwork - LaTeX中完全可复制的、开源的科学文章: https://github.com
二、什么是宽表格和长表格 示例数据说明：例子使用内置于R中的空气质量数据集（airquality）。...Wide- to long-format data: the melt function 例子使用内置于R中的空气质量数据集（airquality）。首先，我们将列名更改为小写方便使用。...Graphpad，经典绘图工具初学初探 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包） 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 -...R语言可视化学习笔记之ggridges包 利用ComplexHeatmap绘制热图(一) ggplot2学习笔记之图形排列 用R在地图上绘制网络图的三种方法 PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据...绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置、存储导出 9绘图需要的数据整理技术
背景介绍 单细胞转录组学可以在一次实验中分析数千个细胞，并在各种组织和生物体中识别新的细胞类型、状态和动态，从而创建多细胞系统中细胞异质性的全面图谱。...这里小编带大家一起学习对应的基于R语言的实践操作。 由于每个单细胞图谱注释情况都会有所不同，并且可能不需要使用所有这些工具。...在基于参考数据集进行注释之后，对于出现的冲突标签情况，采取“大多数”原则构建一致的集群注释集。 基于特征基因的自动注释：导入与特定细胞类型相关的标记基因列表。使用工具有SCINA。...其他参考数据集可以在 GEO 或文献中查找。...而细胞类型标签位于名为“cell_type1”的列中'。
装饰物包括一些标准元素，如图例、注释、颜色条、文本等，但你也可以专门为你的画布设计自己的元素。今天云朵君和大家一起学习标准元素(注释和文本)以及特定元素(使用垂直标记在x轴上报告的根)的混合。...ax.legend() 使用文字注释 k = np.argmax(Ji) # 获取曲线最大值的索引 # 在曲线最大位置上面标注 ax.text( X[k], Ji[k] + 0.05..., label, color=color, usetex=True, # 使用Latex语法 ha="center", va="bottom", size...因此在视觉效果上更加清晰分辨二者。...[3] 查看是否安装成功 latex --version或者which latex latex的使用参考文档[4] 第三步：MacTex安装成功后打开Tex Live Utility app然后将里面可更跟新的全部更新
生存分析相关推文： 生存分析和KM曲线：R|生存分析（1） 分析结果一键输出：R|生存分析-结果整理 时间依赖生存分析：R|timeROC-分析 一 载入数据，R包 R-survival包生存分析，R-survminer...为了复现方便，使用内置lung数据集 #载入所需的R包 library("survival") library("survminer") #载入并查看数据集 data("lung") head(lung...可以很容易的发现与文献中的差异，部分可优化点： 1）区分两条线的颜色和legend 2）坐标轴，标题，主题优化 3）Risk table 4）P值，OR值，CI值等注释信息 三 KM曲线“美颜” 1 survminer...以上基本就完成了KM曲线颜色，线型大小，标签，横纵坐标，标题，删失点等的修改，Q2搞定！ 注意：中位生存时间表示50 ％的个体尚存活的时间，而不是生存时间的中位数！...3）添加其他信息 可类似上述annotation得方式，使用ggplot2添加文字，箭头，公式等其他信息，下面为你可能需要的ggplot2的几个知识： ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2
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