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vcf文件

需要特别之处的是,不同软件产生的 vcf 会有很大的不同,有时候同样的操作命令在不同的 vcf 中会出错。...,主要分为三部分,第一部分为双井号注释的部分,为文件头信息,主要介绍文件内容以及 INFO 部分的详细解释; 第二部分单井号注释,为表头信息,基本内容分为 8 列,对于多样品可以继续添加列。...AD:Allele Depth:为 sample 中每一种 allele(等位碱基)的 reads 覆盖度,在 diploid(二倍体,或可指代多倍型)中则是用逗号分隔的两个值,前者对应 REF 基因,...:样品名,多个样品之间用逗号分隔 -S, --samples-file :样品名文件 -t, --targets :目标,染色体名字,例如 chr1,多个染色体之间用逗号分隔...-x 参数表示去除 VCF 文件中的注释信息,可以是其中的某一列,比如 ID, 也可以是某些字段,比如 INFO/DP,多个字段的信息用逗号分隔;去除之后,这些信息所在的列并不会去除,而是用

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SQL函数 TO_CHAR(二)

如果省略格式参数,则输入数值被评估为整数:前导零和前导加号被删除,前导减号被保留,并且数值在第一个非数字字符处被截断,例如逗号或期间。没有提供前导空格或其他格式。...使用的 NumericGroupSeparator 是为区域设置定义的。默认为逗号“,”。小数分隔符的右侧不得出现数字组分隔符。FMFM90.9返回一个没有前导或尾随空格的值。...,9,999在指定位置返回一个逗号。小数点右侧不能出现逗号。格式参数不能以逗号开头。.99.99返回指定位置的小数点(即句点“.”)。只有一个 ”.”在格式参数中是允许的。...,则 TO_CHAR 不返回数字;相反,它返回一个由两个或多个井号 (##) 组成的字符串。...井号的数量表示当前格式参数的长度加一。如果格式参数包含的小数位数少于输入数值表达式,则 TO_CHAR 将数字四舍五入为指定的小数位数,如果未提供十进制格式,则四舍五入为整数。

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    文件操作

    背景 一般情况下我们需要分析的数据都是存储在文件中,那么利用 R 分析数据的第一步就是将输入读入 R 语言。如果分析的数据是记录在纸质载体上,还需要将数据手动录入,然后保存为一个文件。...在 R 中分析文件一般是文件文件,通常是以逗号分隔的 csv 文件,如果数据本身包含逗号,就需要使用制表符 tab 分隔的文件。...CSV 文件由任意数目的记录组成,记录间以某种换行符分隔;每条记录由字段组成,字段间的分隔符是其它字符或字符串,最常见的是逗号或制表符。通常,所有记录都有完全相同的字段序列。通常都是纯文本文件。...:字符串是否作为因子 na.strings :空值用什么表示 三、函数读入文件 在 Rstudio 中,可以通过点击鼠标读入文件,在读入文件之前,需要对文件格式和内容有所了解...方法二:readr,xlsx,openxlsx 等包 R 中有大量可以读写 Excel 电子表格的包,使用方法与 read.table()函数类似,只需注意Excel 的电子表格分为工作簿与工作表

    2.7K10

    怎么用python打开csv文件_Python文本处理之csv-csv文件怎么打开

    从打印结果看到,text的数字100已经转换为字符串了。 代码中的newline参数很重要,在写入时,如果没有指定newline=”,则会出现空行,因为写入时在’\r\n’前加入了’\r’。...结果如下图: 默认情况下,csv分隔符为逗号,那么当字符串中也包含逗号会怎样呢?比如text中的’Python,小黑’,从上图可以看到它正确的显示在一个单元格里了,怎么实现的?...我们用记事本打开csv文件,如下图,原来是在包含逗号的字符串首尾添加了双引号,以此避免逗号混乱。...事实上,这里的分隔符逗号和引用符双引号都可以自定义,下面的代码中将分隔符设为冒号,引用符设为%: 用记事本查看csv文件,结果如下: 二、通过DictReader和DictWriter类 csv模块还提供了...看下图示例代码: 上图代码中,在写文件时,首先实例化DictWriter类,将列表keys作为列的标题,然后,writeheader写入标题,writerows写入一个字典,字典的键即是列的标题。

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    MySQL DML语句insert全表数据添加语句以及注意事项

    多个列表和多个值之间使用逗号分隔 值列表和字段名列表逐一对应 如插入的是表中部分数据,字段名列表必填 全表语法: INSERT  INTO  表名  VALUES (值列表); 需要添加表中所有的数据列信息...,id列需要使用0来占位,由于id列点了自动递增,故而不会显示0。...DEFAULT NULL,   PRIMARY KEY (`id`) ) ENGINE=InnoDB AUTO_INCREMENT=6 DEFAULT CHARSET=utf8; DML示例: # 一个井号是注释的意思...乔俞雅', '123456','15612245679',20,'女','信息安全1班大政委'); # insert语句使用总结 1、所有非中文内容均需要采用英文输入法写入 2、由于我们没有独立的写列信息...,故而添加值数量一定与列数匹配 3、数字类型直接写,而字符/字符串类型以及时间类型需要使用单引号包括 4、要输入中文,其数据库编码集一定为utf8,排序规则【utf8_general_ci】 5、

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    单列文本拆分为多列,Python可以自动化

    为了自动化这些手工操作,本文将展示如何在Python数据框架中将文本拆分为列。...示例文件包含两列,一个人的姓名和出生日期。 图2 我们的任务如下: 1.把名字和姓氏分开 2.将出生日期拆分为年、月和日 让我们将数据加载到Python中。...图4 要在数据框架的列上使用此切片方法,我们可以执行以下操作: 图5 字符串.split()方法 .split()方法允许根据给定的分隔符将文本拆分为多个部分。...看一个例子: 图6 上面的示例使用逗号作为分隔符,将字符串拆分为两个单词。从技术上讲,我们可以使用字符作为分隔符。注意:返回结果是两个单词(字符串)的列表。 那么,如何将其应用于数据框架列?...让我们在“姓名”列中尝试一下,以获得名字和姓氏。 图7 拆分是成功的,但是当我们检查数据类型时,它似乎是一个pandas系列,每行是包含两个单词的列表。

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    数据结构

    Tips:1.R的代码都是带括号的,括号必须是英文的2.显示工作路径getwd()3.向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串4.表格在R语言中改名叫数据框向量元素:数字或者字符串(用chr表示)等...or or\t) "制表符、逗号、分号等分隔符分隔的数据,要求每列必须数据对齐,不可有空项,需指定sep转换分割符为空格header=ture or false,true则第一行用于列名称,具体数据从第二行开始...的意思是修改第一列为行名数据框的导出write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号) 变量的保存与重新加载...- X[x,y]#第x行第y列- X[x,]#第x行- X[,y]#第y列- X[y] #也是第y列(不带,号单独数字仅代表列数)- X[a:b]#第a列到第b列(a到b列直接都导出)- X[c(a,b...)]#第a列和第b列(仅限a和b列导出)- X$列名#也可以提取列(优秀写法,而且这个命令还优秀到不用写括号的地步,并且支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)

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    SQL标识符

    在大多数情况下,相同的标识符名称可以用于不同类型的SQL实体; 例如,一个模式、该模式中的表以及该表中的字段都可以具有相同的名称,而不会产生冲突。 但是,同一个模式中的表和视图不能具有相同的名称。...井号(#)。美元符号($)。一些符号字符也用作运算符。在SQL中,#符号用作模运算符。...完全由标点字符组成的标识符,或以两个下划线字符(__name)开头的标识符,或包含两个井号(nn##nn)的标识符作为SQL实体名称通常是无效的,应该在所有上下文中避免使用。...在DDL运行时将SQL标识符转换为对象标识符时,“From”字符串中的字符被转换为“to”字符串中的字符。...大多数分隔的标识符名称不能包含以下字符:逗号(,)、句点(.)、插入符号(^)和两个字符的箭头序列(->);但是分隔的标识符角色名称和用户名可以包含这些字符。分隔的标识符类名可以包含句点(.)。

    2.4K10

    SQL聚合函数 XMLAGG

    通常,这是要从其中检索数据的列的名称。 %FOREACH(col-list) - 可选-列名或以逗号分隔的列名列表。 %AFTERHAVING - 可选-应用在HAVING子句中的条件。...然而,请注意,不同的col2值可以包括单个NULL作为不同的值。 返回值中将省略string-expr为NULL的行。...XML和XMLAGG XMLAGG的一个常见用法是标记列中的每个数据项。...XMLAGG和ORDER BY XMLAGG函数将来自多行的表列的值连接到单个字符串中。因为在计算所有聚合字段之后,将逐个从句应用于查询结果集,所以逐个不能直接影响该字符串中的值序列。...在某些情况下,XMLAGG结果可能会按顺序显示,但不应依赖此排序。给定聚合结果值中列出的值无法显式排序。 相关聚合函数 XMLAGG返回一个串连的值字符串。 LIST返回值的逗号分隔列表。

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    python return换行(python中的换行)

    主要的代码换行有通用的反斜杠和针对字符串起作用的三引号结构。 1.反斜杠对于一般表达式来说,反斜杠后直接回车即可实现续行, 使用的关键在于反斜杠后不能用空格或者其他符号。...井号(#)表示之后的字符为python注释2....两种情况列外一个语句不使用反斜杠也可以跨行. 在使用闭合操作符时,单一语句可以哭啊多行. 例如: 在含有小括号,中括号,花括号时可以多行书写 . 另外就是三引号包括下的字符串也可以跨行书写 ....len(s)5在转义字符的应用中,最常见的就是换行符n的… print(456),123456 in:python print 输出不换行python 版本 2.7 print123,print456加逗号缺点...使用三引号(或)可以指定一个多行字符串。 转义符 自然字符串, 通过在字符串前加r或r。 如rthis is a line with n 则n会显示,并不是换行。

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    文件&目录小技巧 | Linux后门系列

    果然和我想的一样 # 在文件中表示行开头或者注释 井号可以出现在目录中吗? ? 可以看到,井号可以放在目录的结尾,可以放在目录中间,但是不可以直接作为目录开头,需要使用引号进行引起来 ?...尖号在这里是畅通无阻的,和普通的字符一样 @ @ 符号本身是没有什么含义的,不过 $@ 是有意义的: @ 与 * 具有相同作用的符号,不过它们两者有一个不同点。符号 * 将所有的引用变量视为一个整体。..., 英文字符的逗号,经常被用作分隔 ? 逗号看起来比较随和,与普通字符差异不大 空格 空格放在后面说纯粹就是为了压轴 ? 就问你吓人不,透明的,这比点号还狠,可以说是辽北第一狠人了! ?...问号作为文件的时候还是较为平和的,基本上和作为目录时一样 # 在文件中表示行开头或者注释 井号可以出现在文件名中吗? ?...井号需要引号的帮助来创建文件,访问文件,可以放在文件名的任意位置 % 在运算式中,用来表示 “除法” ?

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    Netty系列(二):Netty拆包沾包问题的解决方案

    但如果一次请求发送的数据量比较大,超过了缓冲区大小,TCP 就会将其拆分为多次发送,这就是拆包问题,也就是将一个大的包拆分为多个小包进行发送,接收端接收到多个包才能组成一个完整数据。...发送端在每个包的末尾使用固定的分隔符,例如##@##。如果发生拆包需等待多个包发送过来之后再找到其中的##@##进行合并。如果发送沾包则找到其中的##@##进行拆分。...将消息分为头部和消息体,头部中保存整个消息的长度,这种情况下接收端只有在读取到足够长度的消息之后,才算是接收到一个完整的消息。 通过自定义协议进行粘包和拆包的处理。...Netty拆包沾包处理 Netty对解决粘包和拆包的方案做了抽象,提供了一些解码器(Decoder)来解决粘包和拆包的问题。...如果应用层协议没有使用基于长度或者基于分隔符(终结符)划分边界等方式进行处理,则会导致多个消息的粘包和拆包。

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    面试题:聊聊TCP的粘包、拆包以及解决方案

    今天这篇文章就带大家详细了解一下TCP的粘包和拆包以及解决方案。 什么是粘包? 在学习粘包之前,先纠正一下读音,很多视频教程中将“粘”读作“nián”。经过调研,个人更倾向于读“zhān bāo”。...如果一次请求发送的数据量比较大,超过了缓冲区大小,TCP就会将其拆分为多次发送,这就是拆包。 关于粘包和拆包可以参考下图的几种情况: ?...如果不足100字节可通过补0或空等进行填充到指定长度; 发送端在每个包的末尾使用固定的分隔符,例如\r\n。...如果发生拆包需等待多个包发送过来之后再找到其中的\r\n进行合并;例如,FTP协议; 将消息分为头部和消息体,头部中保存整个消息的长度,只有读取到足够长度的消息之后才算是读到了一个完整的消息; 通过自定义协议进行粘包和拆包的处理...---- 程序新视界 公众号“ 程序新视界”,一个让你软实力、硬技术同步提升的平台,提供海量资料

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    Netty之TCP粘包拆包

    2、进行MSS大小的TCP分段 3、以太网帧的payload大于MTU进行IP分段 三、解决方法 1、消息定长,不够空格补 2、在包尾添加回车换行符(也可自定义分隔符)进行分割,例如FTP 3...、将消息分成消息头和消息体两部分,消息头记录的消息的总长度 四、未考虑TCP粘包/拆包的案例 服务端: public class Server {     private int port;...Netty解决TCP粘包/拆包相关类以及功能: 1、LineBasedFrameDecoder:以\r或\r\n为分隔符 2、StringDecoder:将接收到的消息转换成字符串 3、DelimiterBasedFrameDecoder...服务端改动比较简单,只需在ChannelPipeline上添加对应的Decoder类: ChannelPipeline pipeline = ch.pipeline(); //以\r或\r\n分割字符串...如果不是以“\r”或“\r\n”结尾的字符串,可以使用DelimiterBasedFrameDecoder:自定义分隔符。 例如 :以“&”符号分隔。

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    Day5:R语言课程(数据框、矩阵、列表取子集)

    导出数据表和图以供在R环境以外使用。 1.数据框 数据框(和矩阵)有2个维度(行和列),要想从中提取部分特定的数据,就需要指定“坐标”。和向量一样,使用方括号,但是需要两个索引。...在方括号内,首先是行号,然后是列号(二者用逗号分隔)。以metadata数据框为例,如下所示是前六个样本: ?...在某些情况下,如果使用的脚本添加或删除列,则变量的列号可能会更改。因此,最好使用列名来引用特定变量,这样可以使代码更易于阅读,并且您的意图更加清晰。...write.table也是常用的导出函数,允许用户指定要使用的分隔符。此函数通常用于创建制表符分隔的文件。 注意:有时在将具有行名称的数据框写入文件时,列名称将从行名称列开始对齐。...为避免这种情况,可以在导出文件时设置参数col.names = NA,以确保所有列名称都与正确的列值对齐。 将向量写入文件需要与数据框的函数不同。

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    Jmeter(二十三) - 从入门到精通 - JMeter函数 - 上篇(详解教程)

    函数__split会通过分隔符来拆分传递给它的字符串,并返回原始的字符串。如果分隔符紧挨在一起,那么函数就会以变量值的形式返回"?"。...如果省略了此参数,函数会使用逗号做分隔符。...如果在一个测试脚本中对该函数有多次引用,那么每一次引用都会独立打开文件,即使文件名是相同的(如果函数读取的值,在脚本其他地方也有使用,那么就需要为每一次函数调用指定不同的变量名)。...2、参数 参数描述是否必填 文件名 要读取的文件名 是 列号 文件中的列号。0–第一列,1–第二列,next–文件的下一行。...如果要输入包含逗号的列,则需要通过设置属性将分隔符更改为不出现在任何列数据中的字符,修改 jmeter.properties 文件中的 csvread.delimiter=。

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    数据分析必备:掌握这个R语言基础包1%的功能让你事半功倍!(附代码)

    也就是说,在事先了解数据值分隔符号的情况下,这两个函数对分隔符和其他一些参数的默认设置会使数据导入的部分更加简单和快捷。 有一点需要特别注意,即这两个函数对小数点的处理:前者默认的小数点是“.”...由代码可知,read.csv函数将所有数据都读取到了一列中。因为按照默认的参数设置,函数会寻找逗号作为分隔列的标准,若找不到逗号,则只好将所有变量都放在一列中。指定分隔符参数可以解决这个问题。...3. read.table:任意分隔符数据读取 read.table函数会将文件读成数据框的格式,将分隔符作为区分变量的依据,把不同的变量放置在不同的列中,每一行的数据都会对应相应的变量名称进行排放。...header:设置逻辑值来指定函数是否将数据文件的第一列作为列名。默认为假。 sep:不同变量之间的分隔符,特指分隔列数据的分隔符。默认值为空,可以是“,”、“\t”等。...空白行的上部是元数据,也即解释数据的数据,这里演示的是航空公司的缩写和全名的对照。空白行的下部是数据的主体部分,航班号、起始地缩写、起飞时间。这里保留空白行可有助于区分数据的不同部分。

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    R编程代码风格

    1.符号和命名 标识符:variable.name, FunctionName, kConstantName(注意大小写和分隔号)。 2.语法 行长度:不超过 80 个字符。...缩进:用两个空格,不用制表符(我觉得只要同一篇代码用同一种缩进的方式就行了)。 操作符(=, +, -, 逗号前不要空格,后面跟一个空格。...括号:圆括号()和方括号[]前后都不要空格。花括号{}前一个用在代码同一行,后一个自己单独一行。 赋值:用箭头 <-,不用等号 =。 分号:不使用。...3.组织 注释: 所有的注释以井号 # 开头,接一个空格;行内注释在 # 前插入两个空格。 函数定义和调用:函数定义在开头应用注释说明该函数的用途,自变量,函数值。...我的R代码模板: # Script Name: # Author:

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    pandas读取数据(1)

    pandas的解析函数 函数 描述 read_csv 读取csv文件,逗号为默认的分隔符 read_table 读取table文件,也就是txt文件,制表符('\t')为默认分隔符 read_clipboard...通常情况下,缺失值要么不显示(空字符串),要么用一些标识值。pandas常见的标识值有:NA和NULL。...可以指定行和列的标签是否被写入,值为True或False;columns可以根据指定的列的顺序传入。...:指定分隔符,默认为逗号 (2)header = None:取消读取首行 (3)names:指定列名,是一个列表 (4)index_col:指定索引列,可以为单列,也可以为多列 (5)skiprows:...下一篇将介绍Excel的读取和存储。 如果觉得本文有用,可以关注公众号——python数据分析实践,会不定期更新文章。

    2.4K20

    Day3-R数据结构(初级)

    基础知识 R赋值是<-,也可以用=代替 R的括号必须是英文的 表格在R语言中称为数据框 元素指的是数字或者字符串,可以区分为标量和向量 数据类型 向量(vector) 矩阵(Matrix) 数组(Array...数据读取 读取数据常见的read.table函数和read.csv函数 区别在于默认情况下前者读取空格作为分隔符,后者读取逗号作为分隔符;前者不把第一行作为标题行,而后者会读作标题行,如下图所示 所以读取同个文件时的差异出现...查看行名列名;行数列数 colnames(df) rownames(df) dim(df) 3.导出数据框 wrtie.table(df,file = "csv.txt",sep=",",quote=F) #分隔符改为逗号...,字符串不加双引号 4....数据框的索引 df[x,y] df[x,] df[,y] df[a:b]#第a列到第b列 df[a:b,]#第a行到第b行 df[c(a,b)]#第a列和第b列 6.使用数据框变量 ## Default

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