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卡方检验x2什么意思_卡方检验和方差分析

） 式中TRC是表示第R行C列格子的理论数，nR为理论数同行的合计数，nC为与理论数同列的合计数，n为总例数。...四、行×列表的卡方检验（x2test for R×C table） 适用于两个组以上的率或百分比差别的显著性检验。...其检验步骤与上述相同，简单计算公式如下： 式中n为总例数；A为各观察值；nR和nC为与各A值相应的行和列合计的总数。...当理论数太小可采取下列方法处理：①增加样本含量以增大理论数；②删去上述理论数太小的行和列；③将太小理论数所在行或列与性质相近的邻行邻列中的实际数合并，使重新计算的理论数增大。...例如表20-16是28份咽喉涂抹标本，每份按同样条件分别接种在甲、乙两种白喉杆菌培养基中，观察白喉杆菌生长情况，试比较两种培养基的效果。

5.7K20

R语言单、双因素方差分析及结果可视化的简单小例子

(1234) PlantGrowth %>% sample_n_by(group, size = 1) 函数sample_n_by()加载和检查数据，按组显示随机的一行 显示分组变量的levels levels...1、3 统计 按组计算均值与标准差 PlantGrowth %>% group_by(group) %>% get_summary_stats(weight, type = "mean_sd"...1.6计算 res.aov % anova_test(weight ~ group) res.aov p<0.05,表明各组之间有显著性差异 1.7多重比较 pwc...group_by(gender) %>% anova_test(score ~ education_level, error = model3) 受教育程度”对工作满意度的简单主效应在男性和女性中均有统计学意义...group_by(gender) %>% emmeans_test(score ~ education_level, p.adjust.method = "bonferroni") pwc1 各组男性和女性的工作满意度得分均有显著性差异

5.5K51

GEO数据挖掘-基于芯片

在差异基因表达分析中，设计矩阵是一个非常重要的步骤。设计矩阵描述了实验设计和样本分组信息，为后续的线性模型拟合提供基础。注：因子变量 GroupGroup 是一个因子变量，表示实验分组。...deg = topTable(fit, coef = 2, number = Inf)：提取所有基因的差异表达结果，coef = 2 表示第二个因子的系数（通常是对照组和处理组之间的比较）。...topTable：这是 limma 包中的一个函数，用于提取差异表达分析的结果。coef = 2：指定要提取的系数。在设计矩阵 design 中，每个因子（即实验组）都有一个对应的系数。...5.2.5 差异基因热图过滤和重命名表达矩阵 exp = exp[deg$probe_id,]：将 exp 矩阵的行过滤为 deg 数据框中 probe_id 列对应的行。...show_rownames = F：不显示行名。 scale = "row"`：按行标准化数据，使得每个基因的表达值在同一范围内进行比较。

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245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

样本聚类按分数（左）拆分，EC样本按生物学重复分组。分离株按其在大多数野生型EC样品中存在（稳定定植菌）或在大多数野生型EC样品中的不存在（零星或非定植菌）进行分组。...列表示按治疗后反应分组分为R分组和NR分组的患者，并将它们按照多样性进行了排序；行表示细菌OTU，根据其相对于R与NR的富集和/或消减，分为三组，然后按每组内的平均丰度进行排序。...集合1（在R中富集），集合2（未富集）和集合3（在NR中富集）。（B）在目水平的（A）中描述的每个集合内的OTU的分类组成。...图片元素解读 图A左上方展示了作者通过影像学评估对病人分为治疗后有效组(responder, R) 和 治疗后无效组(noresponder, nr)，用以表示样本的差异。...KO与WT组中差异ASV热图。 行分为两个簇，分别为KO组中显著富集或消减的ASV。列分为两个簇，正好与样本分组对应，表示样本可以非常好的聚类，组间差异明显。

2.7K01

Linux shell 程序设计3——命令行程序

r file1：按ascii码值减少的顺序 sort -n file1：按字符串比较 sort -k 2 file1：按字符串比较每行的第二个字段 sort -nk 2 file1：按数值比较每行的第二个字段...2个及其以后的字符 cut -d: -f3,4 passwd：从文件passwd中抽出每一行的第3个和第4个字段，-d：表明:为分割符 10、paste：把两个文件按行合并，默认以Tab分割 paste...-e 'wadfadfdf' filename ：表示在filename 中查找wadfadfdf行并显示其后的200行 13、 tee：从标准输入读取数据，显示在标准输出上，并将内容写在指定的文件中...按ctrl+D组合键，输入的数据就存储在filename中。...开启一个子shell去执行该组命令 E、{ 命令1；命令2；... } 在现行的shell中执行该组命令，{右和}左有至少一个空格 18、script:：记录命令执行内容。

1.4K60

从一封情书来谈matlab高效编程

恰巧小编头几天在搜索有关矢量化与循环计算效率的内容时，看到这么一个问题：同样的矩阵，按整行取值计算和按整列取值计算所花费的时间是不一样的。...接下来通过一个实例来看看按行计算和按列计算到底有什么差异，不同配置的电脑运行的时间会不尽相同，但两者差异肯定是明显的。...(注：以下示例程序只是为了说明按行计算和按列计算的耗时差异，并不是该程序的最优写法) clc;clear; % 定义矩阵行数 C = 10000; % 令行数等于列数，方便比较 R = C; % 定义自变量...上图是在小编电脑上运行的耗时结果，从上图不难看出，按行计算耗时大约是按列计算耗时的5倍。...因此，建议大家在日常存储数据时同类数据优先采用按列存储，计算过程中优先采用按列计算，虽不能大幅提升效率，但还是比不优化强嘛。

68410

2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记

win才要 有几行返回的是加号 光标定位到左下角窗口，按一下ESC键，重新运行这一行。...e并且h的逻辑值的话，是不是需要多个函数计算？...分别写两个str_sectect，& 富集分析结果的内容中，GeneRatio数值的分母，仍旧没理解。“能够对应到数据库中的差异基因总数”是否可以理解为，这个数据库总的差异基因总数固定为468？...老师 我对比了别人的和我的 readme.txt 的文件，是我的这个文件有问题，但我不知道是什么意思 你的文件是在windows中处理过再上传到服务器的，行末的换行符编码格式已经变了 想问下加载完r包后如何退出啊...最后的两行里fastqc和multiqc是调用程序，不过最开始讲使用绝对路径的时候没有使用。

2.6K30

【V课堂】R语言十八讲(十二)—-方差分析

另外,我们在回归分析之前还讲到了假设检验,T检验,如果你不记得了,可以去看看第九讲.我们知道T检验是检验两个总体是否有显著差异,那么,如果总体变成了3个甚至是四个,我们该怎么检验这四个总体是否有显著差异了...,那么,根据上表,我们做组别差异分析,要么是将字段y按字段x分组,要么按字段Z分组,或者按字段ｘ和字段ｚ分组．我们先来讲讲简单的， １．单因素方差分析： 如果ｙ按字段ｘ分组，我们可以得到下表 字段Y\因子...上面是部分数据,接着用R实现: ? ? 方差分析给出了,一个答案,就是组别之间有没有显著差异,但是这里有三组到底是哪两组有显著差异,还是都有显著差异了?...此时我们需要两两比较,三组总共要进行3次两两比较,当组数多了之后,根据排列组合知识我们知道其两两比较的次数会变得很大,这时R有一个函数能帮我们解决这件事: R实现: ? ?...R实现:部分数据和代码 ? ? 检验:这时除了要多检验一个假设,回归斜率想同.由下图可以看见斜率基本相同.

1.1K70

unix命令大全详解-完整版_command方式：

a 在光标位置后开始加字，结束时按ESC键。 A 在光标所在行的最后面开始加字，结束时按ESC键。 o 在光标下加一空白行并开始加字，结束时按ESC键。...修改光标文件的字符 R 从光标位置开始修改，结束时按ESC键 new 更改n组字符，结束时按ESC键 ncc 从光标所在位置开始更改n行，结束时按ESC键 重排各行长度 i 并按Enter将该行由光标所在处断开...:r filename 将指定文件的内容读入光标所在行下。 nY 将光标所在位置开始的n行数据暂存 p 复制暂存数据在光标的下一行 P 复制暂存数据在光标的上一行 其他命令 ....dc 桌面计算器 dd 转换和复制文件 delta SCCS实用程序 deroff 去掉排版格式 devnm 标识设备名 df 显示可用磁盘空间 diff 显示两个文件的差异 diff3 显示三个文件的差异...计算表达式值 factor 因式分解 false 返回FALSE fgrep 在文件中查找指定模式 file 确定文件类型 find 查找符号条件的文件 fmt 安排简单的文本格式 fold 折行 for

1.1K10

R语言中的apply函数族

前言 apply函数族是R语言中数据处理的一组核心函数，通过使用apply函数，我们可以实现对数据的循环、分组、过滤、类型控制等操作。...但是，由于在R语言中apply函数与其他语言循环体的处理思路是完全不一样的，所以apply函数族一直是初学者玩不转的一类核心函数。...apply函数可以对矩阵、数据框、数组(二维、多维)，按行或列进行循环计算，对子元素进行迭代，并把子元素以参数传递的形式给自定义的FUN函数中，并返回计算结果。...MARGIN：表示对行(1)或者是对列(2)应用函数。 FUN: 可是R自带函数，如mean，sum等。也可以是自己编写的函数。 ... ：FUN中的额外参数。...，但如果传入的数据集是一个向量或矩阵对象，那么直接使用lapply就不能达到想要的效果了，lapply会分别循环矩阵中的每个值，而不是按行或按列进行分组计算。

4.4K52

如何试用 R 语言绘制散点图

R语言绘制基因表达基因的“对称散点图 转录组分析中，计算了两组间差异表达的基因后，通常怎样表示？您可能第一时间想到可以使用火山图。...的确，火山图是使用频率最多的，在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值，识别和判断差异表达基因概况。...treat）和对照组（control），图中的点代表各基因在两组中的平均表达值（已经作了log转换）。...treat组和control组相比，上调基因以红色表示，下调基因以绿色表示。图中的虚线代表了|log2FC|=1时的阈值线。 在该图中，我们可以很轻松地观察差异基因整体分布状态和数量比较的信息。...这样可以很方便地看出，在两组中的表达值差异越大的基因，p值越小，二者趋势是一致的，重在描述了差异倍数和p值的关系。

1.4K20

Linux命令篇（一）：文件管理部分

1、cat命令 cat命令主要用于查看和连接文件，需要所有者的使用权限，基本语法格式如下： cat [选项] 文件 常用参数 -n：会在输出的每一行前面增加行号 -b：也是显示行号，只不过是只对非空行显示行号...755 rwx / 7 r-x / 5 r-- / 4 -rwxr-xr-- 754 5、cmp命令 cmp命令主要是比较两个文件是否有差异，返回的信息只提示有无差异，如果没有差异不显示任何信息，如果有差异显示差异的字符或列的编号...differ: char 4, line 1 6、diff命令 diff命令主要是对文件以行的形式做对比，从而比较两个文件的差异 常用参数 -b：不检查空格字符的不同 -B：不检查空白行 -c ：显示全部内文...比价两个日志的差异，按并排的格式输出差异信息 diff test1.log test2.log -y -W 60 7、file命令 file命令用于辨别文件的类型 举例说明 查看test.log文件的类型...file test.log test.log: UTF-8 Unicode text 8、find命令 find命令用于在指定目录下查找文件和目录，它可以使用不同的选项来过滤和限制查找的结果，命令格式如下

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R语言学习笔记-Day08

因子对照组的levels在前#默认的levels按首字母顺序排序，允许自己设置factor(Group)#没设置levels，采用默认按照首字母设置#相当于unique(Group)并按首字母排序levels...的第一个单词作为差异分析的对照组，一定要提前检查并确认levelslevels设置方法：factor(Group, levels = c("Normal","Disease"))#手动对levels进行赋值确保...levels顺序正确，对照组在前设置好后将样品名和分组放到一起进行检查设置是否正确data.frame(pd$title,Group)获取探针注释library(tinyarray)gpl_number...,Species,.keep_all)2* 保留行和/行平均值最大的探针apply(test,1,sum/mean)3* 取多个探针的平均值apply(test,2,mean)抽样sample(1:100,10...pheatmap(n,#以n中数据作图 show_colnames = F,#不显示列名 show_rownames = F,#不显示行名 annotation_col

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R语言nlme、nlmer、lme4用（非）线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

最大的比例差异是3.1%（在比例参数中）。...对于该图，最好是按组指定参数重新进行拟合，而不是按基线+对比度进行拟合。...诊断图 ##放弃条件模式/样本-R估计值 diagplot1 %+% dp2 也许这暗示了两个实验组中更大的差异？...似然分析 计算一个( sigma^2_R ) 似然函数的代码并不难，但运行起来有点麻烦：它很慢，而且计算在置信度下限附近的几个点上出现了非正-无限矩阵；我运行了另一组值，试图充分覆盖这个区域。...我们可以尝试在xmid和scale参数中加入随机效应。 在组间或作为X的函数的方差（无论是残差还是个体间的方差）中可能有额外的模式。

82600

scRNA-seq marker identification(一)

识别在特定群集之间差异表达的标记 我们的聚类分析产生了以下群集： ? 我们在聚类分析中有以下问题： 群集7和20的细胞类型是什么？ 与相同细胞类型相对应的群集是否有生物学意义的差异？...针对每种情况计算基因水平的p值，然后使用MetaDE R软件包中的meta分析方法进行跨组组合。 在开始标记鉴定之前，我们将明确设置默认测定，我们希望使用原始计数，而不是集成数据。...DefaultAssay(seurat_integrated) <- "RNA" 注意：虽然此函数的默认设置是从“RNA”插槽获取数据，但我们建议您运行上面的代码行，以绝对确保万一活动插槽在您的分析中的上游某处发生更改...请注意，为每个组（在我们的 Case,Ctrl和Stim）计算相同的统计信息集，最后两列对应于这两个组中的组合p值。...在查看输出时，我们建议寻找在 pct.1 和 pct.2 之间表达差异较大且logFC较大的标记。例如，如果 pct.1 =0.90和 pct.2 =0.80，则可能没有那么令人兴奋的标记。

4K42

R语言入门之非参数假设检验

前言 在往期内容中，我已经和大家讲解了t检验和方差分析（ANOVA）在R语言中如何实现，这里需要注意：使用t检验和方差分析时，需要样本服从正态分布，并且方差齐性，或者经过变量变换后服从正态分布和方差齐性...<- iris[which(iris$Species=='versicolor'),] #提取versicolor类的鸢尾花 mydata <- rbind(setosa,versicolor) #按行合并数据集...其实，一般差异比较明显的数据，使用参数检验和非参数检验的结果不会有很大的变化，但是对于一些边际值，我们在进行统计检验和做出结论时需要非常非常慎重！...从结果可以看出，臭氧浓度在不同月份间存在着差异（p-value < 0.05）。...，有兴趣的朋友可以将数据制成表格，在R中进行计算，我在这里就不演示了。

2K20

pseudobulks单细胞差异基因分析

Pseudobulk 分析概念：● Pseudobulk分析将单细胞RNA测序数据中的细胞按特定的条件（如样本、群体、时间点等）聚合为“伪散装”样本，然后对这些聚合样本进行差异表达分析。...这里需要思考一下，我们使用的kp，这里的kp其实代表的是bs中的ID，所以按照这个数据而言，分别是对CA组和NL组的数据的基因表达矩阵进行行求和。...简单来说，它会告诉你每个 bs 列表中的样本ID在 phe 数据框中的位置。...：apply 函数在矩阵的每一行（1 表示行操作）上应用给定的函数。...sum(x > 1) > 1：对于每个基因（每行），计算在多少个样本（列）中该基因的表达量大于1，如果该数量大于1（即至少在两个样本中有表达量大于1），则保留该基因。

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