第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...可以看到这里的多列布局只要是通过Column {data-width=400}外加三个以上的短横线组成的分割线来控制的，分割线在markdown的通用语法中往往是用于分段的意思，这里则用于分割图表模块。...Tabsets——页面切换按钮 使用flexdashoard中的tab功能可以组织页面切换效果： --- title: "Tabset Column" output: flexdashboard::flex_dashboard...Tabular Data —— 表格 表格输出一般有两种情况，仅输出原生表格或者使用shiny中的renderTable函数封装动态更新的表格。...可以实现通过全局控件交互来动态更新呈现出的图表，DT::datatable自身的交互功能的使用场景是很受限的。
Rmarkdown Rmarkdown扩展了markdown的语法，所以markdown能写的，Rmarkdown能写，后者还提供了一些新的特性，特别是图表，很nice。...名为DT的R包可以利用这个库，实现交互式操作，方便探索大数据集。...一般的图非常简单，和平常写R代码一样，不过不在.R中写，而是在.Rmd中写，将你的代码写入如下的代码框中，使用Control+Alt+i可以直接插入一个代码框。...创建Shiny交互式应用程序 shiny由RStudio开发，不同于前面的动图，它可以在web浏览器中运行。...无论是文本，图形还是表格，计算都是在render*函数中完成，目前有下面一些： shiny_vars[grep("^render", shiny_vars)] #> [1] "renderDataTable
同时在前面的一篇博客中我们介绍了使用RMarkdown去写Latex Beamer演示文档的方法，RMarkdown是由谢益辉等大神对Markdown、Latex和R语言等常用高级编程语言的结合，使得我们可以同时用这几种语言去构造一个...RMarkdown加注释 从来没想过在Markdown里面还可以加注释，但事实上确实可以操作的，可以在需要注释的行前加上[comment]:即可： [comment]:# Test1 [comment]...公式居中和缩放 续上一个章节内容，在公式使用行内显示之后，我们发现公式此时是居左显示的，而我们如果想要居中，在前面加一个\center标签即可： # Test1 ## Test2 \center $[q...： 还有众多的大小范围可调（图片来自于参考链接1）： Beamer PDF中添加动图 在前面一篇博客中，我们介绍了在Latex生成PDF时我们也可以展示一些动态过程。...RMarkdown不仅仅继承了Markdown语言的简洁便利，还允许我们仍然使用Latex中的一些高级操作，甚至我们可以在生成的Beamer演示文档PDF中去展示一些动态的效果图，这是通过PPT等工具去生成
六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。...shiny的配套设施 DT 一个表格 https://rstudio.github.io/DT/ 一个图标 Icons | Font Awesome iconfont-阿里巴巴矢量图标库 自动化画图主题...纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行 一些文章和书 他们也许因为软件版本的迭代，在操作环节有一点点过时 在亚马逊服务器上部署 DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with...中的运用 JavaScript 4 Shiny - Field Notes 没有shiny的shiny Shiny without Shiny: RTutor in RStudio’s new Visual...: tips and walk-through a real example 什么是模块化 A beginner's guide to Shiny modules | Emily Riederer R中的
★借助于R的knitr和rmarkdown扩展包的帮助， 可以在Markdown格式的源文件中插入R代码， 使得R代码的结果能够自动插入到最后生成的研究报告中。”...我们可以将Rmd 理解为，可以在md 文档中运行R 代码，并能将R 代码的运行结果最终输入到输出报告中的文件。 输出格式可以是HTML、docx、pdf、beamer等。...： library(lubridate) 这样可以在输出结果中不显示可能出现的一些警告。...rmarkdown::render()命令编译有重要差别： 用Knit图标编译，Rmd文件中的程序会在一个崭新的会话中执行， 当前会话中已经定义的函数、变量、导入的扩展包不会影响到编译结果； 用rmarkdown...注意，如果不缩小打印， 数学公式的编号以及较长的数学公式可能会被裁剪掉。 从Word文件转换成PDF格式 使用Word软件的“文件-导出”或者“文件-另存为”功能即可。
避免临时表 通过 Explain 分析 SQL 语句，尽量不要使用到临时表。...缩小数据范围 接下来进行优化第二步，将临时表缩小到最小范围。...建议写在ON条件或者子查询中。...主表的分区限制条件可以写在Where条件中（最好先用子查询过滤）。...在实际使用过程中，应该尽量避免第二种用法。
我在简书和公众号上已经分享了很多之前学习的数据分析笔记和文章，覆盖了各方面的内容，数据分析方面以后不会再个人分享特别基础的东西了。接下来我会让师弟师妹们定期分享自己的学习过程。.../git-lfs.github.com/ （https://gitee.com/help/articles/4235#article-header0） 工具 Make Snakemake Drake Rmarkdown...) 数据处理与分析 基本命令 echo/cat/grep/gzip/cut/uniq/sort/wc 控制与循环 sed/awk fread（至少知道这个可以快速读取大内存数据） 和 fwrite dt...） https://github.com/tomwenseleers/export （将各种图片导出，特别是到ppt） 汇报或记录 typora 简书 个人博客 语雀 Github markdown rmarkdown...返回思考并优化解决方案 如果程序有问题，（谷歌）搜索查找具体问题的解决方案或请教他人 解决后检查逻辑是否存在问题，代码是否可以优化（包括逻辑上和效率上） 记录结果（图片、表格等） Git与GitHub/Gitee 的使用
在标题前加上空行 除了在每个标题前加上 外，更方便的办法是直接在 .css 文件中添加样式。...数学公式 在 R Markdown 中可以用 LaTeX 语法插入数学公式，用 $ 分隔 Latex 语法： $A = (\pi * \lambda \times r^{4}) / \alpha $ 并排放两张图...隐藏代码 有时候你只想分享实验结果而非一些冗长的代码，这时就可以在 YAML 中设置参数来隐藏代码： output: html_document: code_folding: "hide"...需要用到的 css 和 header.html 可从这里下载：https://github.com/holtzy/R-Markdown-Parallax 缓存 可以在代码块的 header 中添加 cache...在网页右上角加上 Github 链接 为了实现这种效果，我一般用的是 Tim Holman 的代码[3]，把这段代码粘贴到 header.html 中，使用方法同添加 footer 代码一样。 ?
多行注释与反注释 代码折叠与展开 ⭐⭐ 有时候在函数的时候，或者Rmarkdown写代码行时，发现内容很多想把它折叠起来，这时候就可以用这个快捷键。...帮助help 复制并粘贴代码 ⭐⭐ Shift+Ctrl+D在一行代码末尾或者选中一堆代码后使用有奇效！ ?...显示第三方包的注释 重启RStudio中的R ⭐⭐ 快捷键：ctrl + shift + F10。假如运行代码卡住了可以使用噢！ ?...字体等其他设置 预览与存储图片 ⭐⭐⭐ 在此窗口中，您可以通过放大和缩小来检查图。如果要保存绘图，可以将绘图另存为PDF或图像文件。...How to Work Faster in RStudio[1] RStudio Tips, Tricks, and Shortcuts[2] 注：本篇并没有涉及Rmarkdown中的快捷键，以后整理好
使用 magick 包中的 image_read() 导入两幅图，并通过image_flip()进行转化； 设置自定义主题 my_theme，方便绘制其他图形使用； 使用 annotate() 添加文字...自定义密度函数，并使用 stat_function() 在图形中将其添加； 设置自定义主题(my_theme)，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用； 使用 annotation_custom()...添加子图； 使用 ggforce 包中的 geom_regon() 函数绘制修饰图形； 使用 expression() 函数添加带有特殊符号的公式。...使用 scale_size()修改散点的大小范围； 使用 viridis 包中的配色样式 scale_fill_viridis()； 使用 theme(legend.position = )修改图例位置...Rmarkdown视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】
RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用cheatsheet下载，可以在公众号后台回复cheatsheet，获得包括rmarkdown在内的小抄。...默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。...但是，在某些情况下，例如在经文和地址中，我们可能希望保留缩进。在这些情况下，我们可以通过以竖线（|）开头的线来使用线块。换行符和所有前导空格将保留在输出中。...这个我在文稿和教程中说的挺清楚了。
安装 MACS2 的最简单方法是使用 R 包 Herper。 Herper 允许您从 R 中管理和安装 Anaconda 包。...Bioconductorinstall.packages('BiocManager')BiocManager::install('methods')BiocManager::install('ggplot2')BiocManager::install('rmarkdown...TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene')BiocManager::install('devtools')BiocManager::install('tidyr')BiocManager::install('DT...R 中预处理 ATACseq 数据数据比对为可视化创建 bigWig图片Part_2本节演示如何使用 ATACseq 数据评估可访问性的全局变化。...会话部分：在 R 中注释 ATACseq 数据绘制无核小体和单核小体信号绘制 DNA 结合蛋白周围的切割位点图片Part_3本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。
简介 沟通文档系列第一期为：如何使用Rmarkdown制作Rbeamer。今天来介绍下另一种文档沟通形式：如何使用Rmarkdown制作私人定制版ppt！...使用教程 注意： 此输出格式仅在rmarkdown> = v1.9中可用，并且Pandoc至少需要v2.0.5。...你可以分别使用R中的packageVersion（'rmarkdown'）和rmarkdown :: pandoc_version（）检查rmarkdown软件包和Pandoc的版本。...Pandoc将阅读模板中的样式，并将它们应用到从R Markdown创建的PowerPoint演示文稿中。 可以直接用Microsoft PowerPoint官方免费的模板。...注意: wzu.pptx文件在.rmd的相同文件夹下（这里的wzu.pptx文件我只放了一页） ?
Rmarkdown 简介 Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rmarkdown 撰写文章，既可以像一般的 markdown 编辑器一样编辑文本，也可以在...rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...视频已经非常清楚的介绍了Rmarkdown如何使用，内部构造、不同的输出类型，以及其他拓展（发布，与github相连）等。我们先对此进行简单了解即可，之后几期我会详细介绍。...RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用摘要下载：(rmarkdown-2.0.pdf)[rmarkdown-2.0.pdf]。Pandoc 的文档见pandoc 网站[5]。...小编有话说 这一期内容不多，主要介绍下 Rmarkdown 的基本概念，给出一些参考资料，下一期正式进入 Rmarkdown 的手把手学习。
不需要RStudio，但建议使用RStudio，因为它可使普通用户更轻松地使用R Markdown。...接下来，Rstudio中安装rmarkdown软件包，可以通过下面任意一种方式： # Install from CRAN install.packages('rmarkdown') # Or if you...新建流程 在弹出的选项框里，可以申明rmarkdown的Title、Author以及默认的输出文件格式，一般可以选择HTML、PDF、Word格式，具体见下图。 ?...(上图2位置)，并将代码执行结果展示在markdown里。...若未指定output_format格式，则输出rmarkdown文件中output指定的格式类型。 rmarkdown::render("test.Rmd") ? 命令行导出 4.
在实际工作中，每个数据科学项目各不相同，但基本都遵循一定的通用流程。...在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...rmarkdown ：用于创建可重复性报告和动态文档 knitr：用于在PDF和HTML文档中嵌入R代码块 flexdashboard：基于rmarkdown，可以轻松的创建仪表盘 bookdown：以...自动化分析 以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务
也可以在 rmarkdown 中插入代码块，并将代码运行结果输出在 markdown 里。...RStudio 网站提供了一个 R Markdown 使用cheatsheet下载，可以在公众号后台回复cheatsheet，获得包括rmarkdown在内的小抄。...默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。...但是，在某些情况下，例如在经文和地址中，我们可能希望保留缩进。在这些情况下，我们可以通过以竖线（|）开头的线来使用线块。换行符和所有前导空格将保留在输出中。...这个我在文稿和教程中说的挺清楚了。
安装 MACS2 的最简单方法是使用 R 包 Herper。Herper 允许您从 R 中管理和安装 Anaconda 包。...BiocManager') BiocManager::install('methods') BiocManager::install('ggplot2') BiocManager::install('rmarkdown...TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene') BiocManager::install('devtools') BiocManager::install('tidyr') BiocManager::install('DT...R 中预处理 ATACseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig Session 1 Part_2 本节演示如何使用 ATACseq 数据评估可访问性的全局变化。...会话部分： 在 R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制 DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。
其中，aes() 用于将数据中的变量映射为对象的视觉属性； 可选的元素，如标尺、标题、标签、图例和主题等。 我们可以使用 geom_sf() 函数和一个简单特征对象（ sf 类）来创建地图。...更多设置 在 ggplot() 中，离散变量的默认色标是 scale_*_hue() ，这里 * 表示颜色（为点和线等特征着色）或填充（为多边形或柱状图着色）； scale_*_grey() 用来改变灰色颜色的默认比例...plotly 与 ggplot2 结合，可创建交互式地图，实现放大、缩小、移动等操作。 例子1： 我们还是使用原来那个地图作为例子，这时候使用ggplotly()将其转化为一个可交互的图形。...b 站扫该二维码，或者 b 站搜索【庄闪闪】观看 Rmarkdown 系列的视频教程。...Rmarkdown 视频新增两节视频（写轮眼幻灯片制作）需要视频内的文档，可在公众号回复【rmarkdown】 可视化推文推荐 R可视乎｜空间地理数据可视化（1） R可视乎|用R给心仪的对象表白吧
在开始写书之前，首先要把硬件配置起来：R、 RStudio、LaXTex、以及pandoc这写软件要安装起来。...bookdown把版式这一块结合tinytex做到了尽可能的极致，让写作者可以安心喻内容，而不必花太多心思在版式上。可以说解决了书籍的排版问题。...现在，bookdown可以让我们省去排版的烦恼，直接写起来，而且里面还有大量的版式可以使用。 今天主要是来初探一番bookdown，写书是思想的火花在碰撞，有了想法，版式不是问题啦。...[40] "G:/Desktop/Desktop/RStudio/Rmarkdown/Rmarkdown/tex" 在R的项目里面就可以看到： 书就在_book中放着，然后我们就可以用Markdown...也就是在写作的过程中，就可以随时了解书籍的版式是不是自己喜欢的。
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