如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中,出现了一些关于Matrix package的问题,可以看看本文。...我使用的是macOS, x86_641) SueratObject v5.0.0是基于Matrix 1.6-1 package的,所以我在CRAN官网:https://cran.r-project.org.../web/packages/Matrix/index.html 下载了安装包, 官网有两个1.6-1 版本。...: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)(我暂时没有理会这样的报错,我当时也不知道解决的办法。)...所以我得回到2)的位置,考虑一下compilation的问题Error: compilation failed for package "Matrix"通过搜索,我发现R包有时候是需要编译器的 (这里我不知道描述的是否准确
当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,「如果有包安装不上,那就不安装了」。...头脑风暴 我有一个设想: 用root权限,新建一个环境R4.1,然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑: 不确定我用root新建的环境...用'q()'退出R. > 可以看到,R4.1.0安装成功。 5....,结果发现报错,类似这样: 显示上面的包都安装失败,那我就分开安装,然后都安装成功了,最后这两个包也安装成功了。...Rstudio画图报错:version ZLIB_1.2.9 not found 其实,在R终端下,载入上面的软件包没问题,但是在Rstudio中载入就出错: > library(clusterProfiler
当你到了我这个年纪(破罐子破摔),你就会知道,「如果有包安装不上,那就不安装了」。...头脑风暴 我有一个设想: 用root权限,新建一个环境R4.1,然后在里面安装R4.1 在R4.1中安装那几个包 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1 我的顾虑: 不确定我用root新建的环境...用'q()'退出R. > 可以看到,R4.1.0安装成功。 5....显示上面的包都安装失败,那我就分开安装,然后都安装成功了,最后这两个包也安装成功了。 胜利的喜悦: ? 8....Rstudio画图报错:version ZLIB_1.2.9 not found 其实,在R终端下,载入上面的软件包没问题,但是在Rstudio中载入就出错: > library(clusterProfiler
MacOS 上安装 R 包 install.packages("data.table") 后面提示是否安装需要编译的版本: Do you want to install from sources the...y/n 选择了 y 之后,报错 clang: error: unsupported option '-fopenmp' 网上找到的解决方法是: 安装 clang-omp brew install clang-omp...'-fopenmp' 发现,执行的是 clang,而不是 clang-omp,所以在命令行执行 ln -s /usr/local/opt/llvm/bin/clang /usr/local/bin/clang...-6.0: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 最后解决方法: mkdir ~/.R cd...` 保存,再重新在 R 中安装:install.packages("ddalpha") 即可。
,且没有error,就继续点run 我这个r包biomanager 一直安不上 从这个日志来看,应该是你已经安装成功了呀,没有error就不用管 15号那天的最后一部分内容,二进制文件安装,源代码安装...跳过就好,你一行行run之后,最后面library代码运行没有error就好了 网络是国外的 那就重启一下Rstudio,然后跳过前面option 的代码 老师这个包我装不上,把包下下来本地装也装不上...我看二代测序的原理,测的好像都是dna扩增,dna测序,但是实际上是不是rna转为dna再测序的 是rna反转录为cdna再测序,因为rna不稳定不能进pcr仪加热 请问一下,这里DESeq2安装为什么出错呀...),如果中止命令或者强行退出r,再次重新library(eoffice)又会出现第一次的报错,请问该怎么办呢 管理员方式打开rstudio 这是因为电脑上M1 Pro的cpu么 没有安装 X11,OS...老师,我在R4的环境中安装R包之后library,发现有个error,该怎么处理呢 缺啥补啥就好,如果用conda安装的话,conda install r-rvcheck;可以通过搜索关键字找到安装的命令和在
,主要有两种方式,第一种是将shiny应用发布在shinyapps上,第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上,前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的,而后者虽然麻烦,...2.2 安装最新版R 首先我们需要安装最新版的R(写作此文时最新的稳定版本为3.6.1),查看R官网对于ubuntu安装最新版R的介绍: ? ...可以看到熟悉的界面,就是个在线版的Rstudio,可以通过它来方便地修改服务器上的R代码。...这时可以发现右侧下方的应用没有正常显示,但这里并没有明确显示具体的报错信息,为了在shiny应用出错时能显示具体的错误信息,我们需要修改shiny server的配置文件,执行下列命令打开shiny server...如图所示位置添加上两行语句用于设置shiny应用出错时显示具体错误信息,保存退出,重新访问刚才的页面: ?
R4.0的安装借助于conda,并创建R4的环境安装4.0的R包,参考《遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办?》...之后登录http://8.130.51.225:8787/,用户名和密码就是前面adduser时设置的,可见R版本为3.6.3,R包的安装位置比在shell终端多了一个"/home/scR2021/R/...后续R包的安装可以在RStudio Server的这个界面进行,也可以在shell终端敲“R”进入R界面进行,安装的位置可能有所不同,但设置好了都是可以调用的。...conda安装: 参考《遇到不省心的Rstudio Server安装R包总是失败怎么办?》...r error 4 #网页上需要退出(Quit the current R session)并重启(Start New Session) #可以看到R_LIBS的值为/home/scR2021/miniconda3
在 Linux 上安装软件,一般有源码安装和包管理器安装两种方式,后者在 CentOS 上就是 yum 了,然而软件源提供的软件一般版本较低,有时需要使用前者,这就比较依赖 wget、git、gcc 和...来忽略这步,所以这里的 python3 没有升级,具体操作步骤在安装 clang-format 时介绍。...也可以直接在命令行输入 :Lazy sync 来切换到 Sync 标签: 其它也类似,不再赘述。当所有插件安装结束后,q 退出界面。...在 CentOS 上默认没有这个命令,需要安装一下,默认的 yum 源没有,需要源码安装: wget https://github.com/rizsotto/Bear/archive/refs/tags...上面的动图,展示的是 gh 命令查找所有调用点,在弹出的浮窗中,右侧按文件列出所有调用点,进入文件下面每个调用点时,左侧可以预览,回车时跳转到调用点。
: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) make: *** [Matrix.so] Error...关于Homebrew Homebrew 是一款用于在 macOS 上安装和管理软件包的包管理器。它使得在 macOS 系统上安装、更新和删除软件变得更加简单。...用于编译和链接 Fortran 语言的源代码。 在终端中可以使用 gfortran 命令调用。...在 macOS 上,gcc 实际上是一个指向 clang(LLVM 编译器)的符号链接。 当你在终端中使用 gcc 命令时,实际上是在调用 LLVM 的 Clang 编译器。...在 macOS 中,由于默认情况下系统使用 LLVM 的 Clang 作为 C/C++ 编译器,gcc 实际上是一个指向 Clang 的符号链接。
3这是第13行和第36行的运行结果,提示 error 不知哪里出错了 第一个运行结果,提示你已经安装过了,不需要额外操作。 第二个运行结果,为报错,需要注意,缺什么就安装缺的包。...14我的R是4.3.0版本,这个安装包是要求4.3.1,我怎么升级我的R版本到4.3.1,不影响之前包的使用啊 ? 这不是报错 不用管~ 15Rstudio服务器版能给非root权限用户使用吗?...这里能不能加个什么条件让这条命令统计FALSE? 没错,你可以理解成,T是1,F是0,所有的1加起来的长度。第二个问题可以用“!”取反集。 25小洁老师使用的截图软件是这个么 对。...26“=”和“<-”可以理解为是具有同样的赋值功能么 是的,这两个是等价的。 27我想问一下这个位置就是显示的已经安装过的R包吗? 对的。 28这个会有关系嘛 没关系,保留安装它。...57请问大家在rna环境中安装multiqc这个软件时会有安装不上的情况吗,具体表现为一直在solving environment,但切换安装同一环境下的其他软件时却可以 可能是遇到了软件之间的冲突 如果持续遇到相同的问题
: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) make[3]: *** [libtvm_runtime.dylib...] Error 1 make[2]: *** [CMakeFiles/tvm_runtime.dir/all] Error 2 make[2]: *** Waiting for unfinished jobs...在Mac下,有两套编译工具链,GNU的和Apple(通过Xcode安装)的,GNU的以gcc为代表,而Apple的则以clang为代表,在这两个核心编译工具周围,又有很多别的小的编译工具。...所以在搜索可执行文件时,先找到了GNU的ranlib,而这个又与Apple的编译工具链不兼容。导致编译出错。 那ranlib是干什么用的呢?...其实我不记得在PATH中添加过/usr/local/opt/binutils/bin这个目录,应该是安装某些包后自动更新的。 那这个问题该怎么解决呢?
test.c:(.text+0x13): undefined reference to `func' collect2: ld returned 1 exit status 因此,在链接命令中给出所依赖的库时...备注:在MAC上可以正常编译通过。...o ld: symbol(s) not found for architecture x86_64 clang: error: linker command failed with exit code...在c++代码中链接c语言的库 代码同示例一的代码一样,只是把main.c更改成了main.cpp。编译test.c,并打包为静态库。...: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) 原因就是main.cpp为c++代码,调用了c语言库的函数
【软件安装】您要我们把R 和 RStudio安装在C盘里,但我去年就已经安装在D盘里了,这影响大吗?需不需要把D盘里的卸载,重新安装在C盘? 最好重新安装。 【软件安装】请问R的版本下载哪个为好?...【软件安装】请问R和RStudio以前装过老版本想更新只能删了重装吗 卸载重装或者直接重装。 【R包安装】这样的报错怎么办 warning 的 信息可以不管。error提示的R包,需要重新安装一下。...看看你是小鼠还是大鼠,然后检索一下对应的包 【实战】想问下如果log之后还有负值以及nan值怎么办呀?哦不,是有负值和nan值 log不了 都加 1,或者你上ppt里找负值那一页看看。...【R包安装】我把R安装在了E盘,但是我的二进制包都在C盘,然后我卸载重新安装R在C盘的默认位置,用 .libPaths()命令来查看R包的安装位置,如下,显示有两个位置,【1】还是我以前的R的二进制包存放的路径...,【2】是新下载的R在的位置,那么这样我再重新安装R包的时候,R的二进制的包会存到【1】还是【2】里,怎样可以删除原先这个【1】的路径呢?
练习和思考ppt上的内容!【要在接受这个体系知识的基础上去思考去创新去拓展】二、课堂内容之:R语言与Rstudio1.【解释】R语言的世界是关于函数与数据的世界=简单来说就是利用函数去处理数据。...【最初了解Rstudio步骤】最初学习的步骤:安装R包--读写文件--函数与数据有什么规则【安装R包出现的问题】按照上课需要,安装了一些R包,而R包是需要install(安装)后,在console(控制台中...是集成开发环境【是一种图形界面----对初学者友好、R语言中的“>”(大于号)是命令提示符号,只有在>后写代码才有用!...【对象/变量列表】&history【历史命令】右下角4.文件、图片、帮助、包2.在控制台console与系统进行交流使用语言:代码----括号前面的字母、单词是函数;函数后面通常带括号,括号里放数值比如...>号的地方出现+,代表命令不完整【解决方式:能补全时可补全/不能补全时在console中按esc键终止】8.出现提示信息,可忽略!!没有error就可忽略!!9.需要去看看提示信息,需要回答!
生成安装包。...使用 Terminal 进入 Zeal.app 所在目录,运行如下命令生成 Zeal.dmg 文件: macdeployqt Zeal.app -dmg macdeployqt 命令在 Qt 安装目录下能找到...,比如我的这个命令在 /Users/mazhuang/Qt5.5.0/5.5/clang_64/bin 目录下。...: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation) make[1]: *** [....."/usr/bin/make"退出,退出代码 2 。
但是,这种模式有一定的失败率,比如以下一些情况,都会可能导致构建失败: 项目代码自身存在缺陷,导致编译错误 项目代码不支持当前平台 构建脚本存在缺陷 缺少特定的配置参数 缺少依赖库,需要用户手动安装 编译器版本太低...,不支持部分代码 而 TryBuild 模式通常处理这些情况,但是在新版本中,我们对 TryBuild 模式引入了一种新的机制,通过复用 xmake-repo 仓库中的构建脚本,来改进构建逻辑。...它大概得处理流程是这样子的: 在第三方源码库目录执行 xmake 命令 Xmake 获取目录名,尝试解析项目名和版本 尝试从 xmake-repo 仓库匹配现有的包 如果匹配成功,直接采用包中构建逻辑来构建...shared library linker (sh) ... clang++ checking for clang++ ......现在,我们还可以在包管理仓库中,添加自定义构架规则脚本,实现跟随包进行动态下发和安装。
其实这个问题比较好解决,大家如果测试过的话,可能会发现这个报错只会在一个特定场合出现:一个已经打开过的R或Rstudio项目,且上次退出时保存过R数据,而且大概率是你这些R数据直接/间接依赖了一个dbplyr...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R,为避免可能的编译错误,建议将这所code的输出隐藏,比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码: suppressWarnings(library...而且此时在Rprofile.site文件里面已经添加了载入dbplyr包的代码,包括手动载入dbplyr包也会正常载入,但是在这种情况下这里依然报错dbplyr包的NULL subclasses error...手动安装R包 手动安装源码包可以通过两个方式,一个是R里面使用install.packages函数,另一 个是使用命令行工具R CMD INSTLAL。...pkgs参数传递的就是是刚才重新压缩的R源码压缩文件,注意repos = NULL不可省略。 (2) R CMD INSTALL 在命令行或者shell下,也可以使用R CMD INSTALL安装。
RStudio Server 是一个 Linux 服务器上的应用程序,提供了在服务器上运行的 R 环境,而用户通过浏览器来访问。...server加装rJava包 Rstudio server是搭载在linux之上的,rJava在Rstudio server 下载,需要先在Linux下安装JDK(Java环境),然后才能安装rJava...library()和require()的最大区别:找不到包时,library()抛出错误,require()打印警告信息并返回FALSE。...在rstudio下,安装包时,默认的库路径是"/home/enn_james/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library/3.2",而R软件本身的默认路径是/usr/local...2、查看包安装路径 在R的命令窗口输入 library() 可以看到全部的包,分为系统包和用户包,用户包在 "/home/enn_james/R/x86_64-unknown-linux-gnu-library
4【R包】安装的时候遇见这个error 该如何解决呢?...你一直在点run或者输入了别的。你重新运行回答一个yes就可以了。 5【R包】我重新下载了R后,hug133plus2这个包安装不上了 把这个包对应的安装代码重新运行一遍。...29【Rstudio】在Rstudio的左上角输入代码后用什么快捷键run?...,如果运行失败,说明大家的r包版本有问题哦,因为上面的代码是测试数据和示例代码,理论上任何人的任何的电脑设备都是联网就可以运行的。...,是告诉上一条命令,“上一步的输出要放到这个位置”,如果不设置的话默认是在最末尾的。
但是如果任务比较复杂,代码量比较大,则应该将代码写在 R 脚本中,保存脚本时,通常以.R结尾。...rm(list = ls())命令会删除当前工作空间中的所有对象。 退出 R 时,如果选择保存工作空间,R 将会在工作空间所有文件夹中创建两个新文件。...所有运行过的命令都被保存到一个名为“.Rhistory”的文件中,所有对象被保存到名为“.Rdata”的文件中。当 R 重新启动后,将自动恢复上一次保存的工作环境以及使用过的命令。...建议不保存工作空间,因为代码才是最重要的,命令和对象都可以通过代码重新生成。...R 包有 3 种类型: 基础包,在 R 启动时就自动调入内存,可以直接使用; 推荐包,这些包已经随 R 安装好,但需要使用 library()或 require()函数调入内存后才能使用; 其他第三方包
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