是一种将R脚本并行执行的方法。Slurm是一种开源的高性能计算(HPC)作业调度系统,用于管理和调度大规模计算任务。
作业数组是Slurm中的一个概念,它允许用户提交一组相似的任务作为一个整体。在并行化Rscript的情况下,可以将多个R脚本任务组合成一个作业数组,每个任务执行一个独立的R脚本。
以下是使用作业数组并行化Rscript的步骤:
以下是一个示例主脚本(job.sh)的代码:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=rscript_array
#SBATCH --array=1-10
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem-per-cpu=2G
#SBATCH --time=00:10:00
#SBATCH --output=output_%A_%a.txt
# Load necessary modules
module load R
# Loop over each task in the array
for i in $(seq $SLURM_ARRAY_TASK_ID $SLURM_ARRAY_TASK_STEP 10); do
Rscript r_script_${i}.R
done
在上述示例中,--array=1-10
表示创建一个由编号1到10的任务组成的作业数组。--nodes=1
表示使用1个节点,--cpus-per-task=1
表示每个任务使用1个CPU核心,--mem-per-cpu=2G
表示每个CPU核心使用2GB内存。--time=00:10:00
表示每个任务的最长执行时间为10分钟。--output=output_%A_%a.txt
表示输出文件名采用数组作业ID和任务索引进行命名。
执行$ sbatch job.sh
提交作业数组。Slurm将自动分配资源并按照指定的配置执行每个任务。
请注意,上述示例代码仅供参考,具体的配置和参数根据实际情况进行调整。
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