我想知道如何在Snakemake规则中使用本地目录作为包装器。我已经阅读了此Use Github URL for wrapper in Snakemake rule，并尝试遵循以下命令 rule index: "/public
浏览 39提问于2020-03-30得票数 1
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我知道在Snakefile中定义基于包装的规则的三种工作方法： wrapper:
"0.0.8/bio/samtools_sort每个包装器的示例都可以在位于Snakemake包装库的包装器子目录中的README中找到。但是，我还没有找到一种方法来使用
浏览 1提问于2019-02-19得票数 2
当与snakemake脚本一起使用时，它们是每次从远程URL中获取还是存储在本地？我没有看到它们存储在.snakemake目录中的任何地方，这使我认为每次都会获取它们，即使每次都使用相同版本的包装器脚本。
浏览 6提问于2020-03-11得票数 1
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作为我正在构建的Snakemake管道的一部分，我必须使用不允许我指定输出文件的文件路径或名称的程序。例如，当在工作目录workdir/中运行程序时，它会产生以下输出：workdir/output.txtrule NAME:
input: "path/tosnakemake工作目录中获得一个额外的文件output.txt，如果<e
浏览 10提问于2021-08-25得票数 1
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背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。问题：我的管道有许多小的单CPU作业，我用Snakemake规则指令group绑定了这些作业。以下是错误：
Workf
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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我想写一个snakemake wrapper，能够根据主snakefile中定义的变量的值来调整其行为。 这似乎不是简单的工作，当我尝试在包装器中使用这样的变量时，我得到了一个NameError。特别是，我想让包装器在shell命令周围添加module load ...和module unload ...命令，当运行在使用这种机制的集群上时，根据配置文件中定义的信息将一些程序放在PATH中<
浏览 49提问于2019-06-04得票数 0
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我的目标很简单:我想保持某些规则仅限于本地，而不是，而不是上传输出到我们的亚马逊S3桶。Snakemake目前就像亚马逊S3和我的本地硬盘之间的一面镜子。
作为参考，这就是我们如何建立亚马逊S3与Snakemake。# run command
浏览 9提问于2022-02-04得票数 1
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我想知道是否有任何方法来配置snakemake，以便某些规则可以在本地运行，而其他规则则在集群上运行。编辑:我应该更彻底地阅读文档。我上面所说的可以使
浏览 7提问于2022-02-01得票数 2
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Q1:有没有办法将其更改为：
EXITING: FATAL INPUTFATAL ERROR, exiting我应该考虑在星号后面添加一个排序模块吗？Q2:如何从包装器回购中获取模块并使其成为本地模块，允许我编辑它？"
fq1 = [<
浏览 1提问于2018-11-15得票数 0
我的最终目标是在可以作为snakemake模块访问的GitHub存储库上托管一个snakemake工作流。我在托管它之前正在本地测试，但我遇到了一个问题。我无法访问snakemake模块目录中的脚本。它在当前的snakemake目录中本地查找脚本，如果我的最终目标是远程托管模块，那么我显然不能将其移动到本地。在访问远程目
浏览 12提问于2021-03-26得票数 1
snakemake --use-conda --conda-prefix ~/.conda/myenvs，它将解析和下载以下规则中指定的conda环境(从复制)： input我只知道yaml文件的内容(在使用--reports时也会报告)。另外，由于list依赖于其他软件，例如R，我不知道使用该环境对给定规则使用了哪个R版本，因为yaml文件没有列出间接依赖项。理想情况下，我希望在工作流结果中<
浏览 1提问于2020-09-24得票数 1
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我正在构建一个管道，它既可以访问snakemake的官方包装器存储库中的包装器，也可以访问托管在我自己的GitHub存储库中的自定义包装器。当使用不同的短语时，假设一个特定的前缀会方便得多(例如，"main/wrapper/dir"将指向我的GitHub，而任何其他简写将指向包装器代码库)。我偶然发现了--wrapper-p
浏览 15提问于2021-11-12得票数 0
每当我以奇异的方式使用snakemake并希望创建一个目录或文件时，如果我尝试在snakemake目录之外编写，就会遇到只读错误。hello.txt在snakemake目录中创建。但是，如果我的touch命令试图在snakemake目录之外创建一个文件： docker://some_image
浏览 4提问于2022-06-21得票数 0
我正在编写一个snakemake文件，它的输入文件位于特定的位置，具有特定的文件夹名(在本例中为barcode9[456])。我需要更改这些目录中的命名约定，因此我现在想要向我的snakemake添加第一个规则，它将把原始位置(FASTQ_PATH)中的文件夹链接到snakemake工作目录中的输出文件夹。此目录中链接文件夹的名称来自python dictiona
浏览 50提问于2021-06-22得票数 1
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我想让Snakemake为单个规则设置绑定内存限制。根据snakemake文档，mem_mb参数似乎可以工作，但作业使用的内存比我分配的要多。
下面是一个使用几GB内存的简单规则。我希望规则一旦达到内存限制就停止，但它完成时没有问题。我在本地使用snakemake，而不是使用批处理调度器或容器设置。
浏览 101提问于2020-02-26得票数 4
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我试着在本地电脑上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw:输入：“原始/快速”输出：“输出/fastqc_raw/a.html”外壳："fastqc {input} -o {output-t 4’返回的非零退出状态2.文件“/User/01/Desktop/Snakemake/Snakefile”，第13行，在
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我正在从另一个蛇形文件中的github“导入”一个snakemake模块，这是本地的。这似乎打乱了当地蛇形动物的目标。当第二个snakefile被导入时，目标不再是规则'all‘所指定的目标，而是由一些任意的(?)规则在导入的snakefile中，即使导入的snakefile不包含任何相关规则。使用github中的snakemake模块
在本地克隆此回购，并使用<
浏览 4提问于2021-10-06得票数 1
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我正在与SLURM调度程序在共享计算空间上使用snakemake。我的大多数规则只需要很少的资源/CPU，而有几个规则需要很多资源。我想设置snakemake为每个规则使用最少的资源，除了需要大量资源的规则。根据我的测试，在集群模式下提交每个规则作为子作业时，snakemake将始终使用config.yaml中的核心计
浏览 25提问于2021-09-18得票数 0
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我在snakemake --cluster "python qsub_script.py"中使用集群提交包装器脚本。我需要传递一个来自config['someVar']的全局变量。这应适用于所有规则。我可以将它添加到每个规则的params中，然后使用job_properties['params']['someVar']访问它，但这可能不是最好的解决方案。是
浏览 4提问于2022-03-15得票数 1
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TLDR I得到以下错误：
我创建了一个Snakemake工作流，并通过shell:将shell:命令转换为基于规则的包管理。但是，我遇到了在高性能计算机上运行此程序的问题，其中一位HPC支持人员强烈建
浏览 5提问于2020-09-21得票数 1
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