在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数 参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数
Linux中grep工具的使用 目录 Grep grep 支持的字符 grep -E 或 egrep 支持的字符 grep -P 支持的字符 Grep grep（Globel Search...grep的用法：grep 选项 模式 文件 grep不加引号直接过滤字符串 ；grep在进行模式匹配的时候必须加引号，单引号和双引号都可以 ；grep在引用变量的时候必须加双引号 grep的选项...，前面的 5 行 -C 5 ：显示匹配到的行时，前后的 5 行 -E ：使用扩展的正则表达式 grep支持基本正则表达式：基本正则表达式 grep -E 也支持扩展正则表达式：扩展正则表达式 grep...grep -E "^#\s\{1,\}\S" eg.text 拆开 grep -E "^# \s \{1,\} \S" eg.text 2、匹配 eg.text 中以 包含了 :一个数字: 的行...：Linux中awk工具的使用
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...("d:/Documents/.Renviron", mustWork = FALSE) 第一个参数为.Renviron文件的真实路径，然后在加载ChAMP包就可以了 >> Package version
一年前我写了一篇文章，关于在 R 中估计 GARCH(1, 1) 模型参数时遇到的问题。我记录了参数估计的行为（重点是 β ），以及使用 fGarch 计算这些估计值时发现的病态行为。...我在 R 社区呼吁帮助，包括通过 R Finance 邮件列表发送我的博客文章。 反馈没有让我感到失望。...RMetrics 套件包（包括 fGarch）由 ETH Zürich 的 Diethelm Würtz 教授维护。他在 2016 年的车祸中丧生。 Dr....我将探讨包支持的不同优化程序。我不会像我在第一篇文章中那样画图，这些图只是为了表明存在的问题及其严重性。相反，我将考察由不同优化程序生成的估计器的特性。...所以现在，如果你是一名从业者，在估计 GARCH 模型时你应该怎么做？我想说不要理所当然地认为你的包使用的默认估计算法会起作用。你应该探索不同的算法和不同的参数选择，并使用导致最大对数似然的结果。
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx grep("^[a-zA-Z][a-zA-Z0-9._]*", funlist) funlist <- funlist[idx] #...移除包含箭头 的东西 idx grep("<-", funlist) if (length(idx) !
了解war和tomcat服务器 简单来说，war包是JavaWeb程序打的包，war包里面包括写的代码编译成的class文件，依赖的包，配置文件，所有的网站页面，包括html，jsp等等。...一个war包可以理解为是一个web项目，里面是项目的所有东西。 ?...Tomcat 服务器是一个免费的开放源代码的Web 应用服务器，属于轻量级应用服务器，在中小型系统和并发访问用户不是很多的场合下被普遍使用，是开发和调试JSP 程序的首选。...解决方案 打开idea编译器，点开build，打开build artifacts，选择war包。 ? ? ?...然后把准备好的war包复制粘贴到webapps目录，返回上一级目录，找到bin，打开bin文件，在bin里面找到starup运行tomcat。运行成功如图所示。 ?
生信技能树学习笔记 Linux文本处理——grep grep：一种强大的文本搜索工具，它能使用正则表达式匹配模式搜索文本，并把匹配的行打印出来 格式：grep [options] pattern file...常见参数： -w：word 精确查找某个关键词 pattern -c：统计匹配成功的行的数量 -v：反向选择，即输出没有没有匹配的行 -n：显示匹配成功的行所在的行号 -r：从目录中查找pattern...-e：指定多个匹配模式 -f：从指定文件中读取要匹配的 pattern -i：忽略大小写 示例 问题1：精确查找某个内容 精确后-w 问题2：当单词前后有符号如何精确匹配 带着前后一起匹配 如何打空格...-e 方法二 创建关键词文件 用grep 读取 正则表达式：是对字符串操作的一种逻辑公式，就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合，组成一个“规则字符串”，这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑...换行符之外的任意单个字符 ?
如何使用grep命令在文本文件中查找特定的字符串？ 摘要 在这篇技术博客中，我将详细介绍如何使用grep命令在文本文件中查找特定的字符串。...引言 在日常工作中，我们经常需要在文件中查找特定的字符串，以便进行分析、调试或修改。而grep命令正是为此而生。它提供了丰富的搜索选项和灵活的使用方式，可以满足各种需求。...本文将深入探讨grep命令的用法，帮助您轻松应对各种搜索任务。 正文内容（详细介绍） 什么是grep命令？ grep是一个强大的文本搜索工具，用于在文件中查找匹配特定模式的字符串。...通过本文的介绍，您应该已经掌握了基本的grep命令用法，并了解了一些高级选项。在实际工作中，灵活运用grep命令能够帮助我们更高效地处理文本数据。...命令在文本文件中查找特定的字符串。
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...安装新版本的 Bioconductor R 包 Bioconductor 是与特定版本的 R 绑定的，正常来说当 Bioconductor 的包都来自同一版本时，它们的效果最佳。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...BiocInstaller 安装 我们以在 R-3.4（Bioconductor==3.6）中安装最新版本的 clusterProfiler 为例。...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。
在golang中，所有源文件都属于一个包，golang的包具有以下特性： 包可以被其他包引用 每个golang程序只有一个main包 包的主要用途是提高代码的可复用性 本节，我们将介绍包的相关概念以及使用方法...使用GOPATH时，golang会在以下目录中搜索包： GOROOT/src：该目录保存了Go标准库里代码。 GOPATH/src：该目录保存了应用自身的代码和第三方依赖的代码。 2....编译 golang中go build 命令主要用于编译代码。在包的编译过程中，若有必要，会同时编译与之相关联的包。...main包，所以在main.go文件中能正常引入lib.go文件。...Go Modules可以轻易地进行一个包的依赖管理和版本控制，go build和go install将自动使用go.mod中的依赖关系，减少了GOPATH管理时的复杂性。
可以证明，在模型2有解的情况下，可以将其化为只含有目标约束的目标规划问题，方法是给所有的绝对约束赋予足够高级别的优先因子，从这个角度来看，线性规划为目标规划的特殊情况，而目标规划则为线性规划的自然推广。...用goalprog包求解目标规划 R中，goalprog包 (Novomestky, 2008) 可以求解形式为模型(3) 的目标规划问题，核心函数为llgp()，用法如下： llgp(coefficients...例 某工厂生产两种产品，受到原材料供应和设备工时的限制，在单位利润等有关数据已知的条件下，要求制定一个获利最大的生产计划，具体数据见表在决策时，按重要程度的先后顺序，要考虑如下意见： 1.原材料严重短缺...，生产中应避免浪费，不得突破使用限额； 2.由于产品 B 销售疲软，故希望产品 B 的产量不超过产品 A 的一半； 3.最好能节约 4 h 的设备工时； 4.计划利润不少于 48 元。...该模型符合模型 (3) 的形式，可以直接调用 llgp() 函数来求解该问题，注意：R中根据achievements数据框中的 priority 来判断绝对优先级别，不用再设置 P1，P2，P3。
Laravel 中默认使用的时间处理类就是 Carbon。...2 使用 你需要通过命名空间导入 Carbon 来使用，而不需每次都提供完整的名称。 use Carbon\Carbon; 2.1 获取当前时间 可以同now() 方法获取当前的日期和时间。...如果你不指定参数，它会使用 PHP 配置中的时区： <?php echo Carbon::now(); //2016-10-14 20:21:20 ?...Carbon中你可以使用下面的方法来比较日期： min –返回最小日期。...1小时距现在 5月距现在 当比较的值超过另一个值 1小时前 5月前 当比较的值在另一个值之后 1小时后 5月后 你可以把第二个参数设置为 true 来删除“前”、“距现在”等修饰语：
写在前面 有时候各位使用R的用户不知道会不会有这样的感觉，visual studio和Rstudio由于负载过重，在打开或者加载R script时会出现加载过慢的情况，但对于很多数据工作者来说，variable...并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...的配置 Path中添加R的执行文件的路径，当然也可以选择radian.exe的路径（该路径存在于python的scripts文件夹中）。...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
本文介绍一种在 Andorid 中实现单应用、全局、优雅的抓包方法。 本文于去年端午节编写，由于种种原因，当时藏拙并未发布。现删除一些敏感信息后分享出来，希望对各位有所帮助。...背景 昨天在测试一个 Android APK 的时候发现使用 WiFi 的 HTTP 代理无法抓到包，在代理的日志中没有发现任何 SSL Alert，因此可以判断不是证书问题；另外 APP 本身仍可以正常收发数据...在日常中设置 iptables 规则的时候主要考虑的是数据包的时序，而这和 chain 的关系更大一些。...为了解决这个问题，上面使用了另一个拓展 connmark，用来匹配 tcp 连接的标志，这个标志是在第一条命令中的外发数据中进行设置的。...总结 本文主要介绍了 iptables 规则的配置方法，并且实现了一种在 Android 中全局 HTTP(S) 抓包的方案，同时借助 owner 拓展实现应用维度的进一步过滤，从而避免手机中其他应用的干扰
一、通过install.packages安装 步骤： 1、在R中先装rJava包 install.packages(“rJava”) 2、没有装JDK的要到这里去下载： http://www.Oracle.com...二、通过Rwordseg的zip包进行离线安装 不出意外，大部分版本的R都可以通过以上方式安装好Rwordseg包。 我在帮小伙伴安装的时候，也确实遇到过疑难杂症，按照步骤，依旧搞不定，不断报错。...如果您的电脑或者目前正在使用的R版本实在无法通过install.packages的在线方式安装Rwordseg包。...当然不用苦恼，有更便捷的方式，就是直接下载Rwordseg的zip包，在R中加载zip包进行离线安装，只需几秒钟即可。...方法：在程序包中选择(install packages from local files)，离线安装zip包即可。 ? 我将Rwordseg的压缩包上传至了资源中，大家可以下载进行离线安装。
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...（如果是自己制作的R包，同理在PACKAGES末尾添加包的描述信息也是可行的，未做验证有兴趣的朋友可以验证下告诉Fayson）。...4.配置R使用私有源 ---- 1.在$R_HOME/ lib64/R/etc目录下增加配置文件Rprofile.site 在Rprofile.site文件中增加如下内容： [root@ip-172-31
Golang中log日志包的使用 强烈推介IDEA2020.2破解激活，IntelliJ...IDEA 注册码，2020.2 IDEA 激活码 文章目录 1.前言 2.log包介绍 3.log包的使用 3.1 日志输出方法 3.2 自定义创建日志对象 3.3 封装自定义日志包 3.4...2.log包介绍 在Golang中记录日志非常方便，Golang提供了一个简单的日志记录包log，包中定义了一个结构体类型 Logger，是整个包的基础部分，包中的其他方法都是围绕这整个结构体创建的。...日志的输出目标，需要是一个实现了 io.Writer接口的对象，如: os.Stdout, os.Stderr, os.File等等 buf ：用于缓存数据 flag可选值 其中flag的值在log包中定义了一些常量...3.log包的使用 3.1 日志输出方法 log包中定义了如下的一套日志信息输出方法： func (l *Logger) Print(v ...interface{ }) //直接打印输出 func
lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...造纸厂到客户之间的单位运价如表所示，确定总运费最少的调运方案。 解：总产量等于总销量，都为48 个单位，这是一个产销平衡的运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...gsub一样的结果 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成三个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 #删除组织病理学分期末尾的A，B或者C等字母，例如Stage IIIA，Stage IIIB...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表
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