参考链接： Python程序按字母顺序对单词进行排序 我想在文件内部按字母顺序排序。我当前执行此操作的代码不起作用，文件保持不变。这个程序本身就是一个基本的调查问卷，用来实验读写文件。...在import time import sys name = input("What is your first name?")....在
3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...) #读取文件rt = read.table(inputFile, header=T, sep="\t", check.names=F) #按FDR排序labels=rt[order(rt$FDR,decreasing...常用还有npg，aaas，jama，jco legend = "right", #图例位置 sort.val = "asc", #倒序，顺序改为...desc sort.by.groups=TRUE)+ #按组排序scale_y_continuous(expand=c(0, 0)) + scale_x_discrete(expand...关注公众号「生信初学者」回复【barplot】领取示例数据和代码
作者：庄闪闪 在同一页面上混合多个图形是一种常见的做法。 它可以在同一数字上总结大量信息，例如，它被广泛用于科学出版物。...x <- rnorm(50) y <- rnorm(50,2,2) 随便模拟产生数据，并对数据绘制一些简单的图，用该函数将一页中对他们进行全部展示。...rep.int(1, ncol(mat)), heights = rep.int(1, nrow(mat)), respect = FALSE) mat 参数为一个矩阵，提供了作图的顺序以及图形版面的安排...0代表空缺，不绘制图形，大于0 的数代表绘图顺序，相同数字代表占位符。 widths 和 heights 参数提供了各个矩形作图区域的长和宽的比例。...这里有 4 个 例子来说明 gridExtra 是如何工作的: library(ggplot2) library(gridExtra) 这里我们用ggplot绘图，并存在变量名称（g1,g2,g3）中
ggplot函数所制作的图表默认设计风格虽然经过设计师的精雕细琢，但是并不是尽如人意。 毕竟在这个大众审美水平水平越来越高的时代里，企业中的各式报告也强调与企业的VI相互统一，形成自身风格与特点。...当然ggplot函数中是支持这种多样性的订制需求的，甚至像那些知名的咨询或者顶级财经媒体的御用图表模板已经被制作成了图表主题分享在R语言的主题包之中。...接下来要介绍关于图表主题设置的一些细节： 关于柱形图与条形图的转化问题： 这个问题昨天已经提到了，R语言是不区分柱形图、条形图的，两者都叫Barplot，只是开口方向不同。...柱形图/条形图按照指标顺序排序： 默认情况下柱形图指标顺序非常混乱，我们可以通过参数设置让柱形图按照指标由高到低或者由低到高排序。...我们从ggplot默认自带数据集mtcars中取前8条记录作图： data<-mtcars[0:8,] ggplot(data, aes(row.names(data), qsec))+ geom_bar
由于微信不允许外部链接，你需要点击文章尾部左下角的 "阅读原文"，才能访问文章中链接。 一、基础柱状图 1. barplot 命令 基于barplot基础柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...包绘制柱状图 使用ggplot2包的柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...library('ggplot2') p1ggplot(data=mtcars,aes(x=cyl,col=cyl)) + geom_bar(stat="count",fill="white") +...geom_text(aes(label=Freq),vjust=-0.3, color="black", size=5) gridExtra::grid.arrange(p1,p2,nrow=1) 2.2 按组绘制柱状图...- barplot1》》，STHDA Winston Chang，《ggplot2- barplot2》，Cookbook for R Chris Wetherill，《Building Barplots
require(pkg,character.only=T,quietly = T)直接传递包名称（不加引号）require(ggplot2) # 加载ggplot2包包名称存储在字符串变量中（需要加引号并使用...为什么需要character.only = TRUE当包名称存储在一个变量中时，比如package_name ggplot2"，变量package_name包含的是一个字符串。...交集 s 包含了同时出现在 pd 和 exp 中的样本名称。根据交集重新排序表达矩阵和临床信息数据框：exp = exp[, s]重新排列表达矩阵 exp 的列，使其顺序与交集 s 中的样本顺序一致。...pd = pd[s, ]重新排列临床信息数据框 pd 的行，使其顺序与交集 s 中的样本顺序一致。这样做的目的是确保在后续分析中，每个样本的表达数据和临床信息能够正确对应。...scale = "row"`：按行标准化数据，使得每个基因的表达值在同一范围内进行比较。
我前面的甲基化教程主要是针对450k这样的芯片，所以champ流程就绰绰有余，很多小伙伴在咱们公众号后台咨询甲基化测序数据分析，恰好最近实习生投稿: 下面是去年实习生的分享 前言 前阵子复现单细胞数据，...sunnyzwu/stromal_subclasses 学习了单细胞的小伙伴也可以做下练手，一起交流下（还可以参加曾老师的独家单细胞分享会，只此一家，千万别错过哦） 腾讯会议 会议主题：单细胞学徒培养2022 会议时间...：2022/01/02-2022/07/20 21:00-21:30(GMT+08:00) 中国标准时间 - 北京, 每天 (周三周四休息哦) 点击链接入会，或添加至会议列表： https://meeting.tencent.com...不知道r语言如何操作，就直接在excel完成 可视化 确定标签及倾斜角度 # 在excel中手动添加按顺序添加id data <- read.csv('data_for_go.csv',row.names...开头的直方图有变化，但运用到整个弦图没变化 用par设置ggplot2参数？这个可以有！
本次我们选择复现的文章是2023年发表在《Nature Communications》上的一篇研究，题为《Single-cell analysis reveals prognostic fibroblast...subpopulations linked to molecular and immunological subtypes of lung cancer》，研究聚焦于肺癌肿瘤中的成纤维细胞（CAFs）...我们首先完成Figure1的复现，下图为文献中的截图，接下来我们跟着作者的代码看 。...xlab("Mural vs Fibroblast (log2[FC])") Fig_1E 为了进一步区分这些细胞，随后使用已发表的人肺细胞图谱的scRNA-seq（HCLA）数据鉴定了人肺组织中成纤维细胞和壁细胞之间差异表达的基因...= guide_legend(override.aes = list(size = 2))) Fig_1HIJ 以上是文章Figure1的复现情况，Figure1的数据是作者自测所得，证明了NSCLC中成纤维细胞存在异质性
ggplot barplot and error bars sunqi 2020/8/3 barplot 主要的函数和参数 geom_col() 绘图函数 color, fill, width: same...10, 29.5)) dataset <- list(df=df,df2=df2) return(dataset) } dataset <- build_data() library(ggplot2...theme_set( theme_classic() + theme(legend.position = "top") ) # 基本绘图单元 p % ggplot...使用geom_text p1 <- p + geom_col(fill = "#0073C2FF") + geom_text(aes(label = len), vjust = -0.3) # 在条图内部添加标签...fill = "white") + # 自定义填充颜色 scale_color_manual(values = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07")) # 按组改变
其实除了GO、KEGG还有很多其他的数据库，如pubmed、wiki等等，可以在GSEA上浏览 功能注释：查询感兴趣的基因/基因集合参与哪些可能的生命过程，起到了什么作用 手动查询某个基因的功能 差异分析筛选基因...Systems information Genomic information Chemical information Health information 其中Systems information中的...options(stringsAsFactors = F) library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(GSEABase) library(ggplot2...值顺序排列，形成一个ranked gene list 将不同的通路的基因集合gene set在list中查找，并富集到对应的位置，形成热图 https://docs.gsea-msigdb.org/#GSEA...stringsAsFactors = F) # 加载包 library(GSEABase) library(clusterProfiler) library(enrichplot) library(ggplot2
这个是很长时间之前写的内容了，忘记了有没有在公众号发过，正好有人在公众号留言问这个环形的柱形图应该如何实现，就想到了这篇笔记，在公众号发一下 一下是笔记的内容 偶然间找到了一份教程利用ggplot2绘制环状柱形图...，个人感觉非常适合用来展示叶绿体基因组蛋白编码基因的dn/ds值，因为不仅能够通过柱状图的高低来比较dn/ds值的大小，还能够通过环状展示蛋白编码基因在叶绿体基因组上所处的位置 A circular barplot...is a barplot where bars are displayed along a circle instead of a line....接下来重复教程 https://www.r-graph-gallery.com/297-circular-barplot-with-groups/ 代码 #准备数据 df<-data.frame(individual...Rplot07.png 标签看起来有些乱，自己没有想到解决办法，模仿教程中的解决办法：为参数hjust和angle赋予数据来调控标签的位置 df$angle<-96-df$id*6 ggplot(df,
epi_anno <- readRDS("seurat_objects/epi_anno.RDS") 读取亚群细分的水平变量 下面为了对epi这个分群进行细分，加入了几种水平变量，也是为了后面的亚群在细分...bischofp/single_cell_lung_adenocarcinoma, computation time ~12h) ##加入scna读数，对epi的分群结果进行评估，并将结果整合到meta.data中...results", width = 11, height = 8, units = "cm") 这里应该是需要调节字体大小的，但是我懒得调了，因为我只是学思路，也不是搬运换图的代码，后期自己需要的话，我在改.../results", width = 15, height = 15, units = "cm") 下面的是组织来源的样本亚群可视化结果。...15, height = 15, units = "cm") [Fig2A_tissuetype.png] 对每个类型的count值进行可视化 ##首先是将这三个不同来源的分组合并到counts矩阵中
经过几天的研究，小魔方已经发现了如果将各种高质量配色包中的主题色板通过函数的形式在高级绘图系统和低级绘图系统之间相互共享）。...R语言系统中内置了657中带有自定义名称的颜色（就是我们平时所熟知的blue、red、grey等）。...当然，这里还没有讲解到那些已经做得很成熟的主题配色包，比如ggthemes（专为ggplot2开发的主题包）、RColorbrewer（里面存放着大量高质量的配色方案）、以及ggtech（是一个科技主题的配色包...，主要供ggplot函数调用）。...通过scales包中的brewer.col，我们可以提取出以上各包的配色主题，来用于我们的可视化图表中，不光是ggplot绘图系统，即便是在基础绘图系统（base::plot）中也是可以调用这些色彩方案的
天气篇 统计的基本天气类型：雪、雨、晴、阴，优先级顺序也是这样，就是说如果是雨雪天气，记为雪，晴转多云记为晴，另外多云和阴都记为阴，这里有个链接说明了气象中阴和多云的差别，主要是云量大小的差异，http...苏州天气，晴天的时间除了2013年都在30%以下，2013年天气都挺好的？后面可以看下气温在2013年有没有什么异常。 ? ? 那么不同月下雨有什么差异呢？能看出集中的降雨时间吗？...分析的这四年中，2013年比较特别，雨天比较少天晴的时间比较多。而我比较关注的四月，从统计结果看起来，阴晴雨的时间看起来很平均。...因为R中周期性的时间序列数据需要每期数据项相同，但是这里2011年-2014年每年的数据项都不同（天气篇中开篇讲到了分别是354、366、365、365），所以我把这个时间序列的周期定为360，按顺序取数据的话...考虑到温度是连续型变量，小范围的变动应该不会对整体的时间序列的预测产生很大的影响。 最高温度和最低温度分别定为一个时间序列，并将其在同一个图上显示出来。
人民日报：截止北京时间3月11日12时 世界疫情地图 这是另一个例子，关于森林覆盖率和人口密度。每一根柱子代表一个州，绿色的柱子代表森林覆盖率，灰色的代表人口密度。 ?...所以我们先对图像中的State进行排序。具体的排序规则参考了原blog的代码。...排序后的环形图 然后我们在之前的基础上标记上数值： ggplot(TP, aes(x = reorder(State, RankOrder))) + geom_col(aes(y = Trees),...为了偷懒我就copy原文中的代码，没有调整参数，而是在AI中进一步调整的。...参考资料： [1]Azandis的博客: https://www.azandisresearch.com/2019/07/19/create-a-radial-mirrored-barplot-with-ggplot
6月份一直在忙期末考试，今天来迅速的学习下ggplot2包的简单绘图。...R的基础包里面也有很多画图函数，例如plot();barplot();qqplot(); 但是还有大名鼎鼎的ggplot2包，用这个包的函数画出的图比较漂亮，而且使用灵活。...以下用的数据是一份毕业生数据，来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据，一共48个样本点，9个属性 一、数据 在ggplot2中，接受的数据集必须是以data.frame格式的。..., 默认情况下为离散变量, 按默认的颜色标度标记为桃红色 比较以下三种方法 ggplot(UG,aes(score,income),colour=sex)+geom_point() ggplot(UG,...三、图层 1.在几何对象中设定映射 我们可以在在ggplot()中设定了映射了关系, 这种映射关系是默认的, 也可以在后面的几何对象中沿用已设定的默认映射关系, 也可以随时在几何对象中进行更改。
ggpubr-专为学术绘图而生 由Hadley Wickham创建的ggplot2(https://ggplot2.tidyverse.org/)非常好用的可视化包了，但是由ggplot2绘制的图形通常不能直接用于发表...含有boxplot的小提琴图-ggviolin label="p.signif"以星号展示pvalue add="boxplot"在小提琴中增加箱线图 1ggviolin(df, x = "dose",...Sportabout Hornet Sportabout 3.440 18.7 8 15#> Valiant Valiant 3.460 18.1 6 对barplot...排序 按颜色填充时,并不会按分组来排序，只会进行整体排序 1ggbarplot(dfm, x = "name", y = "mpg", 2 fill = "cyl",...low 8 14#> Valiant Valiant 3.460 18.1 -0.3302874 low 6 创建一个根据mpg的值排序的barplot
iris) plot(iris[,2],iris[,3],col = iris[,5]) # 以内部数据iris的第2、3列分别作为横纵坐标绘制点图 text(4,4, labels = 'iris') #按坐标位置进行标记...输出结果： base 作图函数 作图模板 plot() 散点图、折线图 hist() 频率直方图 boxplot() 箱线图 barplot...作图 ggplot2是与base r语言不同的作图语法，最少元素包括：指定数据、美学映射、几何对象 ggplot2 基本元素 数据：作图的原始数据 ggplot(data = ) 几何对象...color = Species))+ geom_smooth()+ geom_point() 输出结果： head(diamonds) #两种函数均可统计内置数据diamonds中cut...= diamonds) + geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))#group = 1必选 # 直方图指定映射，按比例堆叠
2.搜画图代码 3.仿制示例数据 4.套代码，调细节 plot() 多种图形 hist()频率直方图 boxplot()箱式图 stripchart()点图 barplot()柱状图 dotplot(...3],col = iris[,5]) #iris为数据框，以iris第一列为横坐标，第三列为纵坐标，第五列有多少个不同的取值则有多少种颜色 text(6.5,4, labels = 'hello')#在(...Petal.Length, color = Species))#以iris数据框作点图，x=和y=分别表示行名和列名,Sepal.Length为数据框中的列名...Sepal.Length,y=Sepal.Length,color=Species))+ scale_color_manual(values=c("blue","red","yellow")) 5.单分面：将大图按Species...(~Species) 6.双分面 dat = iris dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T)#sample表示取样，从abcde中取150个样
在果蝇中，PcG蛋白被募集到由多个 DNA 结合蛋白的结合位点组成的 Polycomb 反应元件（ PRE ）。...而本张图用来证实相应突变体中 Spps 和 Pho 表达确实降低了。...注： 当我测基因突变体的 RNA-seq 时候，我们自然在获得表达量时候第一件事情是去查看，这些想对于的基因在突变体中是否真的被抑制或者不表达了。 ?...加载本次分析所涉及的包 rm(list = ls()) # 日常运行代码前清理一下环境 library(ggpubr) library(stringr) library(ggplot2) library...` 来绘制，这个包也是基于 `ggplot2` 来的，所以对于我来说没啥区别，反而还变麻烦了。
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