在ggplot2中控制小提琴图的x轴 - 腾讯云开发者社区

前情提要上期的推文VlnPlot结果及常用参数浅析整理介绍了一下小提琴图可视化marker基因，在结尾简单介绍了一下可用于美化可视化结果的参数。...分组小提琴图分组小提琴图是一种用于展示不同组别中数据分布情况的可视化图表，当有两个组别时可以很好的展示基因在两个组间的差异使用split.by参数可选择按照某一分组变量（这里是 'stim'）来分割数据...分组分半小提琴图也可以在同一个图形中绘制多个分组的分布，可以直观地比较不同组之间的数据分布情况，以便进行统计分析和推断。...或者提取需要的数据，使用ggplot2直接绘制小提琴图 1....那就ggplot2 堆叠各种元素小结这期使用VlnPlot函数的相关参数，绘制堆叠小提琴图，以及对小提琴图进行了分组分半的展示基于ggplot2在VlnPlot结果的基础上进行调整，如果想提取需要的数据

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VlnPlot结果及常用参数浅析

比如在单细胞分析中，在进行质控前，会使用小提琴图可视化nFeature_RNA, nCount_RNA, percent.mt，辅助我们选择合适的阈值进行质控 # Visualize QC metrics...：在小提琴图中，x轴代表不同的样本或细胞群组，y轴代表数值（如基因表达水平）。...通过观察各个群组的小提琴图形状和位置，可以了解MS4A1在不同细胞群组中的表达分布。小提琴图中的宽度代表了各个表达水平的细胞数量。...在ggplot2中，图层可以包括几何对象（如点、线、面等），统计变换，数据映射等。比例（scales）：定义了图形的比例尺，例如x轴和y轴的取值范围和断点。...fill.by：根据'feature'或'ident'对小提琴图进行着色。 flip：翻转图表方向（身份类别在x轴上）。

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一文掌握小提琴图的所有画法

导语 GUIDE ╲ 我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。...ggstatsplot 首先向大家介绍一个小编最喜欢的小提琴图绘图方法ggstatsplot包里的ggbetweenstats，绘制的是箱式图和小提琴图的组合，而且自带统计分析。...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...element_blank(), #去除外框线 axis.line = element_line(colour = "black",size=2) #将x轴和...y轴加粗显示 ) 2. library(hrbrthemes)#ggplot2的主题和相关组件包 library(viridis) #是Matplotlib的新默认颜色映射 ggplot

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scRNA分析| gghalves绘制单细胞数据的豆荚图对半小提琴图

前面分别介绍过了单细胞常见的可视化方式DimPlot，FeaturePlot ，DotPlot ，VlnPlot 和 DoHeatmap的优化方式本次介绍ggplot2 - gghalves 绘制豆荚图.../对半小提琴图的方法。...') #y轴标题本文内容修改 p2 更多调整细节ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解，ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢” ，ggplot2|详解八大基本绘图要素等...= gene ,y = 'Expression Level') } # 列表中的所有图绘制到一张图中 combined_plot 轴标题本文内容修改 p52 到这里就完成了分组情况下的对半小提琴图的绘制，geom_half_violin 该函数这种有 geom_half_boxplot

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（数据科学学习手札38）ggplot2基本图形简述

abline()、hline()与vline() 　　在R的基础绘图系统中我们可以在已绘制的图床上通过abline来添加线条，在ggplot2中当然也有类似的方法： geom_abline()：　　...我们主要使用两个参数控制线条的位置，slope控制斜率，intercept控制截距，下面是一个简单的例子，我们在散点图层上叠加截距为20，斜率为2的直线： library(ggplot2) p x轴，则可以使用geom_vline()来快捷地添加垂直线条，xintercept传入的参数即为线条在x轴上的位置，若传入向量则可同时添加多条线条： library(ggplot2) p <- ggplot...", hjust = "inward") 2.10 violin() 　　小提琴图是一种功能和箱线图类似，但增加了核密度估计功能的图形，且更为美观，ggplot2可以绘制出与seaborn中的小提琴图同样优美的图形...，因为涉及的内容比较复杂，我准备在之后单独开一篇来介绍，下面仅展示一张简单的小提琴图： library(ggplot2) data <- mtcars p <- ggplot(data, aes(factor

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R语言从入门到精通：Day17 (ggplot2绘图)

这里，变量wt的值映射到沿x轴的距离，变量mpg的值映射到沿y轴的距离。...在散点图的例子中，函数geom_point()在图形中画点，创建了一个散点图。最后，函数labs()是可选的，可添加注释(包括轴标签和标题)。图1，散点图 ?...为了给大家展示这些选项的作用，这里给出两个例子（图5，6）。图6中将小提琴图和箱线图结合起来，这对于基础图形来说，就很难实现了。表2，几何函数中的常见选项 ? 图5，展示常见选项的图例 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。...首先是可以灵活控制坐标轴外观的函数，如图13（用到函数scale_x_continuous()等，具体见代码）。图13，坐标轴改动示意图 ?

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【R语言】散点图+直方图+密度曲线（二）

前面给大家介绍 ☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）今天小编给大家介绍第二种方法，绘制散点图，并且在散点图上添加直方图和密度曲线。我们还是使用☞【R绘图】散点图+直方图（密度图）里面使用的数据。...这次我们使用的R包叫ggExtra #安装相应的R包 BiocManager::install("ggExtra") BiocManager::install("ggplot2") #加载相关的包 library...#添加拟合直线 labs(x = "SATV", y = "SATQ") + #设置x轴和y轴名称 theme_bw()+ #黑白背景 theme...(legend.position="none") #删除图注 p 我们可以得到下面这张散点图接下来我们在这张图的基础上本别来添加直方图或者密度曲线 1....#在散点图上添加小提琴图 ggExtra::ggMarginal(p, type = "violin", xparams=list(fill = "green

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在matplotlib中关闭绘图轴的方法

RandomWalk() rw.fill_walk() point_numbers = list(range(rw.num_points)) plt.scatter(rw.x_values...plt.scatter(0, 0, c='green', edgecolors='none', s=50) plt.scatter(rw.x_values[-1], rw.y_values[-1...rw=RandomWalk() rw.fill_walk() points_numbers=list(range(rw.num_points)) # 设置图表标题，并给坐标轴加上标签...plt.title("随机漫步图", fontsize=24) plt.scatter(rw.x_values,rw.y_values,c=points_numbers,cmap=plt.cm.Blues...,edgecolors='none',s=15) # 隐藏坐标轴 plt.gca().get_xaxis().set_visible(False) plt.gca().get_yaxis

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跟着Nature Methods学画图：R语言ggplot2画小提琴图

今天推文的主要内容是介绍如何使用R语言绘制散点图并且添加拟合曲线和置信区间这篇论文是在简书土豆学生信分享的内容看到的。...image.png 今天重复的内容是论文中的补充材料Fig9 小提琴图 ? image.png 数据格式如下 ?...需要示例数据可以直接在文末留言首先是读入数据 df<-read.csv("Single_Cell/violineplot-1.csv",header=T) colnames(df) head(df) 最基本的小提琴图...library(ggplot2) #help(package="ggplot2") ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+ geom_violin()...image.png 更改坐标轴的标题，并给整幅图添加一个标题 ggplot(df,aes(x=cell.type,y=Complexity))+ geom_violin()+ theme(panel.grid

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「R」ggplot2数据可视化

ggplot2 初探在ggplot2中，图是采用串联起来（+）号函数创建的。每个函数修改属于自己的部分。...在上述例子中，geom_point()函数在图形中画点，创建了一个散点图。labs()函数是可选的，可以添加注释、轴标签、标题等。 ggplot2中有很多函数，并且大多数包含可选的参数。...对于每个声部身高范围上的得分分布，小提琴图展示了更多视觉线索。接下来我们将使用几何函数创建广泛的图表类型。让我们从分组开始吧——在一个图中展示多个分组观察值。...分面如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...在ggplot2中标尺的概念很普遍，可以通过查看以scale_开头的函数来了解更多信息。主题主题可以让我们控制这些图的整体外观。

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scRNA分析|自定义你的箱线图-统计检验，添加p值，分组比较p值

在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化中，基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示，那如何进行统计检验以及添加P值呢？...fill="celltype",#填充 palette = "npg", xlab = F, #不显示x轴的标签...xlab = F, #不显示x轴的标签 bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width=0.5, #误差条大小...0.7 # p值展示在什么地方 ) + labs(x="", y="AUCell_score") + #更改坐标轴 theme_classic() #更改主题这里就可以使用一些ggplot2...ggplot2|详解八大基本绘图要素 ggplot2 | 关于标题，坐标轴和图例的细节修改，你可能想了解 ggplot2|theme主题设置，详解绘图优化-“精雕细琢”

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ggstatsplot：R统计绘图的颜值天花板

背景介绍写论文画图的时候小提琴图，热图，箱线图，画来画去都长得差不多，是不是觉得很烦恼？今天小编为大家介绍一个可以让科研论文统计绘图颜值提升好几个level的R包：ggstatsplot。...ggstatsplot的思路就是将这两个阶段统一在带有统计细节的图形中，提高数据探索的速度和效率。 ggstatsplot提供了多种类别的统计绘图。...01 — 安装与基本介绍绘图类型统计函数作图类型描述 ggbetweenstats 小提琴图组/条件间的比较 ggwithinstats 小提琴图组/条件内的比较 gghistostats...(“ggstatsplot”) library(ggstatsplot) 02 — 函数介绍（1）ggbetweenstats：小提琴图，箱形图此函数用于创建小提琴图、箱形图或组间或组内比较的组合图...nrow = 2), title.text = "Movies budgets for different genres" ) （4）ggscatterstats 此函数用于创建散点图，其边缘分布覆盖在坐标轴上

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【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享）

小板凳排排坐，飞飞老师要开课~ 上次教程中，我们从最常用的一个图形入手：箱线图。给大家讲解并绘制了箱线图，画出来的图是这样子的。 ?...小·提·琴·图定义：Violin plot，和Boxplot一样，也是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图，其形状类似小提琴。...解读：小提琴图是【箱线图】与【核密度图】的结合，箱线图展示了分位数的位置，核密度图则展示了任意位置的密度，通过小提琴图可以知道哪些位置的数据点聚集的较多，因其形似小提琴而得名。...绘制方法：使用ggplot2包的geom_violin()函数绘制小提琴图，为了更好地表征数据分布，再用geom_boxplot()函数叠加一个箱线图。...”；（3）设置x轴的标签；（4）设置y轴的标签然后直接运行代码即可。

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R语言ggplot2分组的小提琴图加箱线图简单小例子

作图是用groups做x轴，type填充颜色，每个group分为A，B两组作图的时候和普通的箱线图小提琴图是一样的代码 ggplot(data = df, aes(x = groups, y =...image.png 箱线图的宽度有点大，盖住了背后的小提琴图，把宽度设置的小一点，需要加width参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value, fill...image.png 这样的话两个箱子靠到了一起，没有和小提琴图的位置完全对上，这个时候需要设置position参数 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value...image.png 这样就好了，上图每组的小提琴图之间的距离好像有点大，这个也可以用position这个参数调节 ggplot(data = df, aes(x = groups, y = value,...简单的代码 library(ggplot2) ggplot()+ #geom_point(aes(x=1,y=1))+ geom_text(aes(x=1,y=1),label="\u0251"

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用ggpubr包制图

简介 Hadley Wickham撰写的ggplot2[1]是好用的软件包，是可视化工具的必备包。但是，需要知道ggplot2一定的理论与原理，对新手来说，入门门槛还是比较高的。...小提琴图下图是小提琴图(ggviolin)与箱型图的结合(add = "boxplot")，按剂量("dose")进行颜色填充；增加白色填充(add.params = list(fill = "white...有序的条形图条形图(ggbarplot)中可以利用sort.val = "desc"把数据从大到小排序并且不在组内进行排序(sort.by.groups = FALSE)，而是所有数据排序；旋转x轴标签...偏差图偏差图显示了定量值与参考值的偏差。在下面的R代码中，我们将绘制来自mtcars数据集的mpgz-score变化（标准化的一种）。...旋转x，y轴(rotate = TRUE)并进行降序排序（sort.val = “desc”），如下图所示，该图非常美观，可读性很强。

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一文解决基本科研绘图需求（可视化神器ggstatsplot）（1）（概述）

而在图片输出方面：（1）小提琴图（用于不同组之间连续数据的异同分析）；（2）饼图（用于分类数据的分布检验）；（3）条形图（用于分类数据的分布检验）；（4）散点图（用于两个变量之间的相关性分析）；（5）相关矩阵...ggbetweenstats函数此函数可创建小提琴图，箱形图或两者的混合，主要用于组间或条件之间的连续数据的比较，最简单的函数调用看起来像这样 # loading needed libraries...从该图我们可以看出不同种类的iris在 Sepal.Length上有显著差异。但是其实我们可以修改参数，让该图看起来更加富有信息。...ggscatterstats函数此函数使用ggExtra :: ggMarginal中的边缘直方图/箱线图/密度/小提琴/ densigram图创建散点图，并在副标题中显示统计分析结果： ggstatsplot...该图表达的是sleep_rem与awake存在相关性，其中X轴为sleep_rem，Y轴为awake。该图中右侧和上方的直方图代表的是数据的分布。该段数据越多，其柱子越高。

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R语言ggplot2画图比较两组连续型数据的几种方案

连续型数据的的分组比较在科研生活中非常常见，比如：实验组和对照组基因表达量的比较、临床病人存活组和死亡组某项检查指标的比较等等。检验两组连续型数据之间是否存在差异通常会使用T检验。...对数据进行展示通常可以使用柱形图，箱线图，小提琴图，直方图，散点图等几种方式。今天的推文分别介绍一下以上5种图形的ggplot2实现代码。...分组信息在x轴已经体现，故去除图例，避免累赘。出图如下： ?...scale_fill_brewer(palette = "Dark2")+ theme(legend.position = "none") 这个图实际上是小提琴图和箱线图的组合。...小提琴图的优点在于能够直观地看到数据的分布情况。 ?

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好看又可爱的散点图——Beeswarm蜂群图

今天给大家介绍一个好看又简单的散点图展示方法，叫做Beeswarm图（也称为列散点图或小提琴散点图），是一种绘制会重叠的点的方法，使它们从重叠变成彼此相邻。...除了减少过度绘图之外，它还有助于可视化每个点（类似于小提琴图）上的数据密度，同时仍单独显示每个数据点。...，pwcol和pwbg来控制每个单独数据点的“逐点”特性，这里可以给每个点赋值颜色参数 xlab = "", ylab = "Follow-up time (months)", labels...myCol x) cut(x, breaks = quantile(x), labels = FALSE)) #将distributions...ggbeeswarm提供了两种使用ggplot2创建蜂群图的方法。

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天天Get 新技能！！

小提琴图小提琴图是箱线图与核密度图的结合。可以使用vioplot 中的vioplot()函数绘制它。...小提琴图基本上是核密度图以镜像方式在箱线图上的添加。在图中，白点是中位数，黑色盒型的范围是下四分位点到上四分位点，细黑线表示须，外部形状即核密度估计。...ggplot绘制箱线图和小提琴图简单箱线图 >install.packages("ggplot") >library(ggplot2) > p x中元素的分组方式。如果这样做，参数gcolor可以控制不同组标签的颜色，cex可控制标签的大小。...通常来说，点图在经过排序并分组变量被不同的符号和颜色区分开的时候最有用，分组，排序，着色后的点图，代码如下： > x <- mtcars[order(mtcars$mpg),] > x > x > x

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ggpubr—专为学术绘图而生

ggpubr-专为学术绘图而生由Hadley Wickham创建的ggplot2(https://ggplot2.tidyverse.org/)非常好用的可视化包了，但是由ggplot2绘制的图形通常不能直接用于发表...因此，ggpubr应运而生，它提供了简单易用的函数，用于绘制定制的高质量图，可以直接用于发表。...含有boxplot的小提琴图-ggviolin label="p.signif"以星号展示pvalue add="boxplot"在小提琴中增加箱线图 1ggviolin(df, x = "dose",...xlab = FALSE, #x轴名称 10 legend.title = "MPG Group" # 图注名称 11 ) ?...点图 Lollipop chart-棒棒糖图棒棒糖图比较适用于有大量值需要可视化的情况 ggdotchart函数 add="segments"增加从0到点的棒子 1ggdotchart(dfm, x

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基于VlnPlot参数及ggplot2美化小提琴图

VlnPlot结果及常用参数浅析

一文掌握小提琴图的所有画法

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【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享）

R语言ggplot2分组的小提琴图加箱线图简单小例子

用ggpubr包制图

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