ggpubr-一键绘制出版级论文配图 在和学员交流问题的时候，很多刚入门的同学都在咨询， 如何能让自己绘制的图形快速符合论文出版需求，而不是花费时间去设置图层属性？...我想这应该是很多刚学习可视化的同学都会遇到的问题，今天这篇推文就给大家推荐一个非常好用的、可以一键绘制出版级别论文配图的可视化工具-「ggpubr」 「ggpubr介绍」 ggpubr是一个基于ggplot2...安装 在R中安装ggpubr可以使用以下命令： install.packages("ggpubr") 主要特点 ggpubr是一个基于ggplot2的扩展，因此它继承了ggplot2的所有功能，并添加了更多的实用功能和自定义选项...ggpubr提供了一系列简单易用的函数，使用户能够快速创建各种常见的统计图形，如线图、散点图、柱状图、箱线图、直方图、小提琴图、QQ图、核密度图、热力图和配对图等。...ggdensity()：创建核密度图，用于展示单一变量的分布情况。支持分组、填充颜色和密度曲线。 ggheatmap()：创建热力图，用于展示两个变量之间的相关性。支持调整颜色映射、标签和注释。
在进行基因分析中，我们时常会对样本或基因之间的相关性进行分析，虽然R语言中的cor函数可以进行计算，但并没有提供合适的可视化方法，今天我们介绍一个R包-ggcorr(https://briatte.github.io...")) R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 绘图参数 控制色阶 默认情况下，ggcorr使用从-1到+1的连续色标显示矩阵中表示相关性的强度。...0, max_size = 6) R语言学习 - 散点图绘制 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图 控制系数显示 ggcorr可以通过将label参数设置为TRUE来在相关矩阵的顶部显示相关系数...= 3, label_round = 2, label_alpha = TRUE) image.png 控制变量标签 在上面的几个示例中，变量标签（在相关矩阵的对角线上显示）的呈现不一定是最佳的。...相关矩阵中的变量标签可能会出现的一个问题是，变量标签太长而无法在图的左下方完整显示。
在前面scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化中，基因集评分使用小提琴图或者箱线图进行展示，那如何进行统计检验以及添加P值呢？...size=1, #箱型图边线的粗细 outlier.shape=NA, #不显示outlier legend = "right") #图例放右边...1，指定比较的组 ggpubr 中使用stat_compare_means函数进行统计学检验，需要是list形式。 假设感兴趣的是Epi，T 和 Myeloid 与 un之间 ，是否有统计学差异？...4，多组之间比较 多组的话method使用anova p1 +stat_compare_means(method = "anova") 5，按照group分组然后比较 按照group进行分组，比较原发和转移组之间在不同细胞类型之间是否有差异...size=1, #箱型图边线的粗细 #outlier.shape=NA, #不显示outlier legend = "right") p2 + stat_compare_means
计算一组数据有没有相关性以及相关程度时，可以使用cor()，以及cor.test()计算显著性，如下所示，我们想计算这两种花的长度有没有相关性。...percent confidence interval: # 0.8270363 0.9055080 #sample estimates: # cor #0.8717538 我们可以手动将计算的相关系数以及...p-value加在图上，也可以直接使用ggpubr包中的stat_cor()来将散点图直接标记相关系数以及p-value。...library(ggplot2) library(ggpubr) ggplot(iris, aes(x=iris$Sepal.Length, y=iris$Petal.Length)) + geom_point...()+ geom_smooth(method = 'lm', se = F, color = 'red')+theme_bw()+stat_cor(data=iris, method = "spearman
参考： 如何合理的展示相关性分析结果？？...) library(ggpubr) library(ggrepel) library(corrplot) library(pheatmap) FilePath 相关性 spearman_coef spearman" ) colnames(spearman_coef) spearman...gene,"-",proj,"-correlation.csv")) allcancercor <- rbind(allcancercor,screening_cor) } } ###统计相关性在所有癌症中的情况...= spe_p) d <- pheatmap_dat[[1]] # 相关性热图 pdf(paste0(opt,gene,"-top30-in-All-cancer.pdf"),width = 7,height
简介 Hadley Wickham撰写的ggplot2[1]是好用的软件包，是可视化工具的必备包。但是，需要知道ggplot2一定的理论与原理，对新手来说，入门门槛还是比较高的。...而ggpubr软件包提供了一些易于使用的功能，基于ggplot2编写，语法十分简单的的图标。对于一些刚了解R语言，而想用R做可发表的图表的人来说，这真的太好用了！..."))的箱型图，并加入各组比较的p值。...偏差图 偏差图显示了定量值与参考值的偏差。在下面的R代码中，我们将绘制来自mtcars数据集的mpgz-score变化（标准化的一种）。...根据上面的数据，创建一个有序的箱型图，按升序对值排序（sort.val = "asc"）。
首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！ 但是ssGSEA就不是这样了。...，还可以画箱线图，热图。...常用的还是箱线图这种样式的。...P值，所以我知道大家想自己画的更加花里胡哨一点，在很久之前我就介绍过了这个方法了：R语言ggplot2画相关性热图 画图前先准备下数据，把P值数据和相关系数数据整合到一起，所以借助linkET包也是有缺点的...不过这种展示的是1个基因和其他细胞的关系，就是1对多的关系展示，上面的热图是多对多的关系展示。
通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...#p值校正方法 notchwidth = 0.5, #对于有缺口的箱形图，缺口相对于主体的宽度(默认为0.5) linetype = "solid", title = "Fuel efficiency...这里的小提琴图是箱形图和核密度图的组合。...)+ theme_wsj() #换主题 ggpubr 1.小提琴加箱式图 install.packages("ggpubr") library...", "len", color = "supp", palette = c("#00AFBB", "#E7B800"), add = "boxplot") 小编总结 写文章时，对样本的分布进行展示和统计分析
什么是箱形图 箱形图（Box-plot）是一种用作显示一组数据分散情况的统计图，因形状如箱子而得名。除了生信领域，该图在其他领域也经常被使用。...箱形图能显示出一组数据的最大值(Maximum)、最小值(Minimum)、中位数(Median)及上下四分位数(1st/3rd Quartile),同时还可以显示逸出值(Outlier)。 ?...箱形图怎么画 (1) 需要什么格式的数据 我们需要的数据只要两列，一列为x，一列为y。本次我们使用R中提供的iris数据。 ?...比如我们想要探究不同物种的花萼长度差异。 (2) 如何使用ggplot2做箱形图 利用ggplot2画图的核心命令是geom_boxplot。我们先来尝试做一个最最基础也是最丑的boxplot图。...可以看到不同的物种之间Sepal.Length有所不同，那么这种差异显著吗？ 这个时候我们就需要做检验，那么如何可以直接把检验结果展示在图中呢。这个时候我们可以使用另一个R包ggpubr。
2.名称：ggpubr 简介：R包是 ggpubr，它是一款基于ggplot2的可视化包，功能异常强大，能够简单的一行命令就可以绘制出符合出版物要求的图形。...ggpubr包可绘制几乎60%的sci图形类型多，有直方图、柱状图、饼图、棒棒糖图、Cleveland 点图、箱线图、小提琴图、点图、散点图、误差棒图，并且方便拼图，加上统计分析的结果 p值标记。...优点是提供了一些其他包中没有的图表如等值线，蜡烛图还有3D图。...pca绘图哪家强，FactoMineR一定是N0.1,显示最重要的PC组分，显示那个变量对组分的贡献大，简单搞定。各种PCA分类图，椭圆图简单绘制。 缺点：暂时没得。...UpsetR 可以很好地展示多个集合之间的关系,并且让你有空间三维图的感觉，多维度展示信息。 缺点：集合数＜5的不如普通的韦恩图。
bug，是数据框的列名居然会影响绘图，蛮适合我们的人工智能大模型答疑的专辑，所以我也视频演练了一下； 第一次提问：在r编程语言里面绘制一个箱线图 在R语言中，你可以使用ggplot2包来绘制箱线图，或者使用基础图形系统中的...，显示两个组（Group1和Group2）的值分布。...第二次提问；还有ggpubr包，ggstat等吗 在R语言中，除了ggplot2包之外，还有几个扩展包可以用于绘制包含统计信息的图形，包括箱线图。...以下是两个常用的包： ggpubr包： ggpubr是一个基于ggplot2的扩展包，它提供了创建符合出版物要求的图形的功能。...这个包简化了为ggplot2图形添加p值和显著性标记的过程，并且支持多种图形的绘制，如箱线图、点图、条形图和线图等。
本次讲的是差异箱线图的绘制，在基因表达量、生态学实验数据统计(如发芽率、产卵量、性比等等）等方面应用比较多。 先看看示例图（以孵化率为例）： 那么这样的图该如何绘制呢？...第一步、准备数据 数据格式如下（未截全，展示部分）： 第二步、运行代码 将数据导入Rstudio中，复制粘贴以下代码即可出图： #安装并加载ggplot2和ggpubr install.packages...("ggplot2") install.packages("ggpubr") library(ggplot2) library(ggpubr) #设置工作目录（这里注意R中'/'和Windows中'...#提取data数据集中第2列，第3列的列名 x=colnames(data)[2] y=colnames(data)[3] #显示Treatment中因子水平名称 group=levels(factor...Treatment)) #将Treatment转换成因子型变量 data$Treatment=factor(data$Treatment, levels=group) #获得Treatment中元素之间的组合
函数绘制了相关性散点图已经很好了，不过它显得跟ggplot2的语法脱节了。...::stat_cor(method = "pearson") 可以很容易的保留ggplot2的语法： 保留ggplot2的语法 让我们来实战演练一下： 相关性热图即可 如下所示的模拟数据，理论上g...✦ 数据（Data），最基础的是可视化的数据和一系列图形映射（aesthetic mappings），该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。
介绍 ggcorr函数是一个可视化函数，用于将矩阵绘制为ggplot2图片。 为何使用ggcorr包 相关矩阵显示相对大量连续变量之间的相关系数。...它有三个可能的值：“pearson”（ggcorr和cor使用的默值），“kendall”或“spearman”。同样，每个设置之间的差异在cor函数的文档中进行了解释。...后两个只是ggplot2主题中相同参数的快捷方式，由于该图是一个ggplot2对象，所有其他相关的主题和指南方法也适用： ggcorr(nba[, 2:15], name = expression(rho...相关矩阵中的变量标签可能出现的一个问题是它们太长而无法在图的左下方完整显示。...控制内部值 由于ggcorr生成ggplot2对象，因此理解对象是如何构造的以便从中获取更具体的图可能很有用。
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。...2 ggplot2 使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法 library(tidyverse)# 定义一种主题，方便后面重复使用theme_boxplot图本来是由两个左右对称的密度估计曲线构成，那么对数据分组之后，我们可以只保留两个小提琴图的各一半，这样更能直接的观察出两组之间的差异！...3 ggpubr (带显著性的箱线图) 生成数据 # 均值为3，标准差为1的正态分布c1的偏斜度2.2和峰度13c2的功能多样，它可以直接帮你画出箱线图、密度分布图、直方图、点图、偏差图，最重要的是画这些图的同时标上significance levels，使用起来也比较简单。
，尤其是适用于杂志期刊等出版物的图形，对于那些没有深入了解ggplot2的人来说就有点困难了，而ggpubr可轻松绘制出符合出版物要求的图形。...8 ggrepel 作者：Kamil Slowikowski 网址：https://cran.r-project.org/web/packages/ggrepel 简介：当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠...但在描述性统计分析中，雷达图正在被越来越多的人使用，适用于显示三个或更多的维度的变量。 ?...R统计和作图 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言...- 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 R语言 -
生信技能树学习之画图 一、ggplot2与ggpubr作图时的代码之间的差异 ## ggplot2 library(ggplot2) ###用某一个包之前，最好先library()加载一下...dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T) ###在a/b/c/d/e,5个字母中随机重复选取150个值，进行作图 ggplot(data...统计变换使用场景 场景1: 使用表中数据直接做图，而不统计。...增加组间比较P值 ggpubr可以给箱线图增加组间比较P值，ggplot2不能。...##3个函数，谁在前面，谁先出现，在最底层，就是说，先出现小提琴图，再出现箱线图，最后点图 ##这里设置的坐标如果和图片中的横纵坐标一样后边就不用翻转，coord_flip() ggplot(data
从箱线图中不仅可以查看单个样品表达水平分布的离散程度，还可以直观地比较不同样品整体表达水平 图片 小提琴图 ## 2.样本表达总体分布-小提琴图 p2 中基因的整体表达模式图中不同颜色的曲线代表不同的样品，横坐标表示对应样品 log2(cpm+1)的对数值，纵坐标表示概率密度 图片 样本之间的相关性 ####层次聚类树 # 魔幻操作，一键清空...，即主成分（第一主成分，第二主成分...）来对样本进行分类 图片 相关性分析 ## 3.样本之间的相关性-cor---- # 选择差异变化大的基因算样本相关性 exprSet <- express_cpm...cellwidth = 30,cluster_rows = T, cluster_cols = T, width = 7.5,height = 7) 通过计算样本与样本之间的相关性系数来对样本进行分类...，相关性系数可以是pearson, spearman,kendall。
ggplot2多，但图会好看点，没有灰色背景，只留横纵坐标，不能满足所有需求，新手友好型 ggplot2简化和美化 褒贬不一library(ggpubr)ggscatter(iris,...### Q2-2 既有边框又有内心的，才需要color外边框和fill内实心（条形图和箱线图等,fill = Species）两个参数ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping...))+#全局设置，对所有图层有效 geom_smooth()+#画出的单个图层，也称几何对象 geom_point()#如在箱线图中叠加点图ggplot(data = iris,mapping =...ggpubr出的图library(ggpubr)ggscatter(iris,x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species...，后缀需要正确，不像文件对后缀没有要求#1.基础包作图的保存，通用三段论pdf("iris_box_ggpubr.pdf")#保存的格式及文件名boxplot(iris[,1]~iris[,5])#作图代码
类似 在每个细胞中算出来的我们感兴趣的基因的表达均值。...size=1, #箱型图边线的粗细 outlier.shape=NA, #不显示outlier legend = "right") #图例...x轴的标签 bxp.errorbar=T,#显示误差条 bxp.errorbar.width=0.5, #误差条大小 size=1, #箱型图边线的粗细...使用ggplot2 绘制umap点图，将基因集评分映射到umap图中 。...ggplot2 绘制umap图，坐标位置 ，颜色 ，大小还不是你说了算 4.4 绘制热图 如果展示多条通路的话，可以使用热图的方式 library(pheatmap) aucMat <- getAUC
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