在r中查找带有jags的参数
在R中查找带有"jags"的参数，可以通过以下步骤进行：
- 使用R的内置函数
help.search()来搜索带有"jags"关键字的参数。该函数会在R的帮助文档中进行搜索，并返回与关键字相关的函数和参数信息。
help.search("jags")
这将返回包含关键字"jags"的函数和参数的列表。
- 如果你知道具体的函数或包含"jags"参数的函数名称，可以直接使用
help()函数来获取该函数的帮助文档。在帮助文档中，你可以找到关于该函数的详细信息，包括参数、用法和示例等。
help("function_name")
将"function_name"替换为你要查找的函数名称。
- 如果你想查找特定包中带有"jags"参数的函数，可以先加载该包，然后使用
help()函数来获取该包的帮助文档。在帮助文档中，你可以找到该包中所有函数的列表，并查找带有"jags"参数的函数。
library(package_name)
help(package = "package_name")
将"package_name"替换为你要查找的包名称。
对于云计算领域的专家来说，了解R语言的相关知识是很重要的。R是一种用于数据分析和统计建模的编程语言，广泛应用于数据科学和机器学习领域。在云计算中，R语言可以通过云平台提供的虚拟机或容器环境进行部署和运行。
在云计算中，R语言的应用场景包括数据分析、机器学习、统计建模等。以下是一些腾讯云相关产品和产品介绍链接，可以帮助你在云上使用R语言进行数据分析和模型训练：
- 腾讯云云服务器（CVM）：提供虚拟机实例，可用于部署R语言环境和运行R代码。产品介绍链接
- 腾讯云容器服务（TKE）：提供容器化部署和管理的平台，可用于快速部署R语言环境和运行R代码。产品介绍链接
- 腾讯云数据万象（CI）：提供图像处理和存储的服务，可用于处理和存储与R语言相关的图像数据。产品介绍链接
- 腾讯云数据库（TencentDB）：提供各种类型的数据库服务，可用于存储和管理与R语言相关的数据。产品介绍链接
请注意，以上只是一些示例产品，腾讯云还提供其他与云计算和R语言相关的产品和服务。具体选择和使用哪些产品取决于你的需求和实际情况。
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2回答
是否有可能误用JAGS作为从具有已知参数的模型生成数据的工具？我需要从预定义的模型中采样数据点，以便进行模拟研究，并测试我在R中开发的模型的威力。
不幸的是，该模型有些棘手(带有AR和VAR组件的层次结构)，而且我无法在R中直接模拟数据，而在互联网上搜索时，我发现了一个，其中数据是在JAGS中使用data{}块生成的。在这篇文章中，作者直接估算了JAGS模型。因为我在R中有我的模型，所以我想不使用model{}块将数据传输回R。这个是可能的吗？
最好，赢
浏览 5提问于2016-07-10得票数 1
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似乎runjags突然(在更新到2.0.3-2版之后)在查找JAGS二进制文件时遇到了问题，并发出一个错误：
[1] "Error in system(\"where jags\", intern = TRUE) : 'where' not found\n"
attr(,"class")
[1] "try-error"
attr(,"condition")
<simpleError in system("where jags", intern = TRUE): 'whe
浏览 4提问于2016-11-01得票数 0
1回答
总之，我试着在R中使用JAGS模型，R包是"R2jags“。我被错误弄糊涂了。
编译模型图解决未声明的变量分配节点删除jags.model中的模型错误(model.file，data = data，inits = init.values，n.chains = n.chains，：运行时错误:函数inprod中的不协调参数)
数据处理部分，
library(R2jags)
data <- read.table("H:/mlp2020/data109.csv",sep = ",",check.names = F,stringsAsFactors =
浏览 4提问于2020-11-14得票数 0
我有一个函数调用(对jags.parallel)，当给定一个数值参数(如n.iter = 100 )时，它可以工作，但当参数使用变量值n.iter = n.iter时，它就失败了。这看起来可能是jags.parallel中的一个错误
错误的最小可重现示例：
library(R2jags)
model.file <- system.file(package="R2jags", "model", "schools.txt")
J <- 8.0
y <- c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6
浏览 2提问于2013-05-24得票数 4
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2回答
我正在阅读Christensen等人的教科书“贝叶斯思想和数据分析”。
本书中有一个简单的练习，涉及到剪切和粘贴以下代码，以便在Winbug中运行：
model{ y ~ dbin(theta, n) # Model the data
ytilde ~ dbin(theta, m) # Prediction of future binomial
theta ~ dbeta(a, b) # The prior
prob <- step(ytilde - 20) # Pred prob that ytilde >= 20 }
list(n=100, m=100, y=10, a
浏览 4提问于2017-02-03得票数 0
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1回答
在JAGS/BUGS中指定模型时，"is as“符号~非常有用。当使用要求我指定可能性的MCMC方法时，如何在R中做到这一点？
比方说，我想估计三个多元正态分布的参数。在JAGS中，我会通过指定pars[1:n] ~ dmnorm(mu[1:3], sigma[1:3, 1:3])来做到这一点。如果所有内容都被正确指定，JAGS将继续在给定分布下估计这些参数。
在R中，有类似的函数，如mvtnorm包中的dmvnorm()函数。然而，我不知道如何使用这些。我必须提供数据才能得到概率密度，而在JAGS中，我只需提供mu和sigma等分布的参数。什么是与JAGS中的~语法等价的R？
浏览 2提问于2020-04-10得票数 1
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2回答
R的runjags软件包太棒了。并行功能和使用extend.jags函数的能力使我的生活变得更好了。然而，有时，在我运行一个模型后，我意识到烧成阶段应该更长。如何从run.jags输出中削减额外的样本，以便重新估计参数分布并检查收敛性？
jags.object <- run.jags(model, n.chains=3, data=data, monitor =c('a','b'), sample=10000)
浏览 3提问于2016-06-23得票数 5
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从命令行或脚本中使用jags.parallel很好。我可以在上运行这个修改过的示例。
# An example model file is given in:
model.file <- system.file(package="R2jags", "model", "schools.txt")
#=================#
# initialization #
#=================#
# data
J <- 8.0
y <- c(28.4,7.9,-2.8,6.8,-0.6,0.6,
浏览 2提问于2014-05-21得票数 3
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1回答
我正在尝试使用在R中实现的JAGS将多变量模型拟合到物种组成数据。我有3个物种相对丰度的数据(介于0，1之间)，其中两个是相关的。下面是生成类似数据的代码。
#generate some correlated fractional composition data.
y1 <- runif(100,10,200)
y2 <- y1*1.5 + rnorm(100, sd = 5)
y3 <- runif(100,10,200)
total <- y1+y2+y3
y1 <- y1/(total)
y2 <- y2/(total)
y3 <- y3/(t
浏览 21提问于2018-03-03得票数 3
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1回答
我使用包rjags在R中执行MCMC，并且我希望保存函数jags.model的输出，以便以后在另一个R会话中使用。
下面是正态分布平均值的一个简单例子：
library(rjags)
N <- 1000
x <- rnorm(N, 0, 5)
model.str <- 'model {for (i in 1:N) {
x[i] ~ dnorm(mu, 5)}
mu ~ dnorm(0, .0001)}'
jags <- jags.model(textConnection(model.str), data = list(x = x, N = N))
浏览 1提问于2014-08-21得票数 5
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1回答
我最近更新了我的R、Rstudio和rjags包。下面是我正在运行我的R脚本的平台/版本：
> version
_
platform x86_64-w64-mingw32
arch x86_64
os mingw32
crt ucrt
system
浏览 10提问于2022-08-01得票数 0
在Ubuntu14.04中从RStudio安装rjags，我得到了错误消息，
configure: error: "JAGS module directory /usr/lib/JAGS/modules-3 does not exist."
在usr/lib/JAGS中有模块-4。
我也不能从控制台安装rjags，因为我收到了错误消息，
Problem with header file /usr/local/include/JAGS/Console.h
然而，apt安装r-cran-rjag工作，但是rjag不能加载在R中，因为它正在寻找libjags.so3。
正确安装的建议
浏览 3提问于2015-10-20得票数 2
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我想编写一个脚本，在一个新的ubuntu安装上安装JAGS和rjags，它将独立于这些包的当前可用版本。我想知道如何在避免版本间冲突的同时做到这一点。
我有下面的R脚本，initialize.R
system('apt-get install jags')
install.packages('rjags')
这样我才能逃离bash：
sudo R --vanilla < initialize.R
但是，Ubuntu存储库中JAGS的最新版本是2.2，的版本依赖于Jags3.0。
我对安装可比较的JAGS和rjags感兴趣，可能是：
安装JAGS的特定
浏览 2提问于2011-08-30得票数 4
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我正在使用R中的JAGS将威布尔模型拟合到离散值。我可以将威布尔模型拟合到连续数据，但当我切换到离散值时，我会遇到麻烦。
以下是一些数据，以及在JAGS中拟合威布尔模型的代码：
#draw data from a weibull distribution
y <- rweibull(200, shape = 1, scale = 0.9)
#y <- round(y)
#load jags, specify a jags model.
library(runjags)
j.model ="
model{
for (i in 1:N){
y[i] ~ dweib(shap
浏览 5提问于2017-08-26得票数 1
2回答
我正在写一个函数来组合和组织数据，然后使用基数R中的并行函数并行运行MCMC链。我的函数如下。
dm100zip <- function(y, n.burn = 1, n.it = 3000, n.thin = 1) {
y <- array(c(as.matrix(y[,2:9]), as.matrix(y[ ,10:17])), c(length(y$Plot), 8, 2))
nplots <- nrow(y)
ncap1 <- apply(y[,1:8, 1],1,sum)
ncap2 <- apply(y[,1:8, 2],1,sum)
浏览 0提问于2014-03-30得票数 13
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我用R2jags做了一个模型。我喜欢jags语法，但是我发现R2jags产生的输出并不容易使用。我最近读到了关于rstanarm包的内容。它有许多有用的功能，并且得到了tidybayes和bayesplot包的良好支持，以便轻松地进行模型诊断和可视化。但是，我不喜欢用rstanarm编写模型的语法。理想情况下，我希望在这两个领域中取得最佳效果，即用R2jags编写模型，并将输出转换为Stanreg对象以使用rstanarm函数。
这有可能吗？如果是这样的话，是怎么做的？
浏览 4提问于2020-09-09得票数 0
我想使用JAGS到R在Tweedie分布变量上运行一个模型。我知道JAGS没有Tweedie分布作为标准，但可以指定一个作为复合Gamma/Poisson。不幸的是，我不知道如何在JAGS中编写它。我基于从各种来源收集的代码编写了以下代码，以简单地尝试并从Tweedie随机变量中恢复平均值、幂和phi参数。它目前不会运行，因为y上的父值无效，大概是因为yi出现在表达式的右侧和左侧。这是在源代码中写的，但我显然是误用了它。任何关于如何正确指定这个发行版的建议都会非常感谢，而且可能会有更广泛的用途，因为我还没有找到任何关于如何在JAGS中设置Tweedie模型的简单示例代码。 y = mgcv:
浏览 16提问于2020-08-19得票数 0
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我试图按照"Lahoz-Monfort JJ，Guillera-Arroita G，Tingley R (2015)统计方法“中提供的指令在R2jags中运行这个脚本。分子生态学资源，16,673-685。似乎一切正常，但我想不出要看结果的命令.有人能帮忙吗？
cat("model {
# Priors
psi ~ dunif(0,1)
p11 ~ dunif(0,1)
p10 ~ dunif(0,p10_max)
# Likelihood
for (i in 1:S){
z[i] ~ dbern(psi)
浏览 5提问于2021-10-02得票数 0
在使用jags.parallel时，我得到以下错误：
> out <- jags.parallel(win.data, inits, params, "Poisson.OD.t.test.txt",
+ nc, ni, nb, nt);
Error in get(name, envir = envir) : invalid first argument
使用jags函数的相同调用运行正常。我只找到了，但只有一个推测性的建议不适用，也不适用于这里。
可重现的代码，取自 (稍作修改)：
set.seed(123)
### 14.1.2. Data generation
浏览 5提问于2013-07-23得票数 5
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在运行jags模型时，我得到了以下错误消息:jags.model中的模块glm加载错误(model.file，data = data，inits = init.values，n.chains = n.chains，：
错误解析模型文件:第5行"=“附近的语法错误
这是我的密码：
install.packages('R2jags')
install.packages('rjags')
library(rjags)
library('R2jags')
library(lattice)
binomial.model.JAGS = functio
浏览 5提问于2022-03-27得票数 0
我尝试在R中安装"rjags“包，但遇到以下错误：
Loading required package: rjags
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rjags', details:
call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/library/rjags/libs/r
浏览 1提问于2015-02-10得票数 2
1回答
我在加载和运行rjags时遇到问题。我可以安装rjags，但它不能运行，因为它找不到JAGS。下面列出了我的版本，并全部更新到最新版本。我也在用Thinkpad。JAGS版本: 4.3.0启用路径版本:2021.09.0build 351使用以下命令可以安装rjags : install.packages('rjags'，configure.args=“-- RStudio -rpath”) 错误消息记录如下： library(rjags)
Warning: package ‘rjags’ was built under R version 4.0.5
Error: pack
浏览 1680提问于2021-10-13得票数 2
1回答
每当我试图在R中创建一个标记时，我都会得到以下错误消息：
"Error in jags.model(model.file, data = data, inits = inits.values, n.chains = n.chains, : Nothing to compile calls: <Anonymous>... withVisible -> eval -> jags -> jags.model ->. Call In addition: Warning message: In sink() : no sink to remove Execu
浏览 2提问于2016-10-13得票数 1
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1回答
我正在尝试使用JAGS来推断(随机)纯出生过程中的出生率。
用化学的语言来说，这个模型等同于反应: X->2X，速率α*X(也可以看作是一个连锁反应模型)
这是我用来生成进程(在固定时间)的R代码和用来推断参数alpha的jags代码。
library(rjags)
y <- 1; # Starting number of "individuals"
N <- 25 # number of time samplings
alpha <- 0.2 # per-capita birth rate
# Generate the time series
for
浏览 10提问于2016-09-29得票数 2
我刚从R2jags转自R2OpenBUGS，注意到了一些我不明白的事情。在用jags()进行仿真和用as.mcmc()转换输出后，第一个样本总是有很大的偏差，并且通常离收敛参数估计很远。使用bugs()运行相同的数据时，不会出现此示例。这几乎就像第一个样本是真正的第一个样本，从烧伤阶段。
可重复的代码，包括一个糟糕的初始估计，以在jags()的第一个示例中显示糟糕的参数，而不是bugs()输出。
require(R2jags); require(R2OpenBUGS); require(mcmcplots)
set.seed(1)
x <- rnorm(100)
y <- 2*x
浏览 0提问于2014-10-31得票数 1
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jags.model需要一个包含BUGS模型的文件名作为它的第一个参数。为了将所有内容包含在一个脚本中，我有时使用writeLines命令将BUGS模型写入文件。例如，
library(rjags)
writeLines("
model {
for (i in 1:length(Y1)) {
Y1[i] ~ dnorm(Beta0, Beta1)
}
Beta0 ~ dunif(1, 5)
Beta1 ~ dunif(0, 10000)
}
"
, "m1.jags")
mod1 <- jags.model
浏览 2提问于2012-05-21得票数 4
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1回答
为了进行贝叶斯分析，我使用了这两个包，但是有一些我不明白的区别：
首先，包rjags允许具有jags.model函数的适配阶段，而包r2jags不具有此阶段，而函数jags (或jags.parallel)则开始从后验分布中取样。适应性阶段是否包含在该函数中，还是包r2jags不考虑它？
其次，在rjags中，我可以说这两段代码是相似的吗？
jmod <- jags.model(file="somefile.txt", data = data, n.chains=3)
update(jmod,100)
jsample <- coda.samples(jmod, n.
浏览 1提问于2018-06-08得票数 4
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我正在试着在运行R4.0.3的Fedora 33系统上安装rjags。我已经从源代码中安装了Jags4.3.0，并且可以从命令行运行该软件，但是当我试图在R中安装该软件包时，我会得到以下错误：
checking version of JAGS library... link error
configure: error: Runtime link error: See the INSTALL file for help
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
我已经按照教程在Fedora上构建了一个安装程序，并且在/usr/local/l
浏览 0提问于2021-02-15得票数 1
1回答
我在R中运行Jags/ Winbugs，它工作得很好，但我不能将输出保存为文本或csv文件(两者都可以)。
TEST.sim<- jags(data=jags.data,
parameters.to.save=jags.params,
n.iter=200000,jags.seed=123,
model.file="~/Documents/ARRModel.txt")
我需要的是一种保存当我输入以下命令时出现的输出的方法：
print(TEST.sim)
当我尝试writ
浏览 3提问于2013-03-04得票数 1
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最近，我开始使用JAGS，并在R中调用它，最后我得到了用代码链接到R的jags。
install.packages("rjags")
library(rjags)
得到了输出
Linked to JAGS 3.4.0
Loaded modules: basemod,bugs
我还以BUG格式将JAGS模型数据保存在一个单独的文件中(就像我学到的那样)。
然而，当我试图运行我的数据时，我总是收到错误消息：
Error in file(modfile, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning m
浏览 0提问于2014-02-21得票数 3
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2回答
我正在用群组水平预测来拟合一个多层次的logistic回归模型。我通过R使用JAGS，当我将模型与runjags和R2Jags包相匹配时，我得到了不同的行为。
我试着写一个可重复的例子来说明这个问题。下面，我从一个二项式模型中模拟数据，将数据索引到8个地块和2个块，然后拟合一个多层次的logistic回归来恢复下面代码中的成功概率(b1和b2)。滚动到底部，查看两者的摘要。
我的问题是：
，，为什么这两种搭配的后排不同？我使用相同的数据，一个单一的模型规范，并在每个模型之前设置随机数生成器。为什么后验的平均值不同，为什么Rhat值如此不同？
# ------------------------
浏览 4提问于2020-02-19得票数 3
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1回答
我在R中的贝叶斯模型中使用了以下JAGS模型，我试图估计我的变量"R“的后验分布。除R外，所有变量都是确定性节点。每个变量，s_A、z_A、z_W和d都是向量。而tau_s是data.frame。因此，TTD_aquifer和O2s_all应该是每个i的向量。
model {
for (i in 1:N){
y[i] ~ dnorm(mu[i], tau)
mu[i] <- sum(O2s_all)/2
tau_s_bar[i] = (s_A[i]*z_A[i])/R[i]*log(z_A[i]/(z_A[i]-z_W[i]))
TTD_aquifer &
浏览 1提问于2017-10-04得票数 1
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1回答
在终端中的conda环境中，我能够成功地安装包“rjags”。但是，当我在该环境中运行R并运行库(Rjags)时，我会得到以下错误：
加载必需的包: coda错误：“rjag”的包或名称空间加载失败：.onLoad在loadNamespace()中失败，用于“rjag”，详细信息:dyn.load:dyn.load(文件，DLLpath = DLLpath，.)错误:无法加载共享对象'/user-path/anaconda3/envs/r-env/lib/R/library/rjags/libs/rjags.so'：/user-path/anaconda3/envs/r-en
浏览 13提问于2020-06-23得票数 4
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1回答
对于我的研究，我需要估计方差，并将这些估计插入到雅格的wishart分布的标度矩阵(在我的JAGS中称为R)中。我使用R2JAGS (在mac上)，我想知道如何使用R/JAGS代码来实现这一点？我想自动完成这个任务，因为我需要进行一项模拟研究。
因此，我得到了运行我的模型的以下R代码：
Res.NoCorr <- jags(data, model.file = "LVL_3_MODEL_SD_NoRanEff.bug", parameters =
c("sigma.mean.mu", "sigma.mean.beta", "sig
浏览 1提问于2014-05-03得票数 0
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我从JAGS那里得到了以下错误：
Error in node Y[107]
Invalid parent values
仅凭这一信息，就很难查明那里发生了什么。这是由代码的这一部分引起的：
pi[j,1] <- 1 - M[site[j]] * phi[j] * (1 - (1 - q[j])^6)
pi[j,2] <- M[site[j]] * phi[j] * (1 - q[j])^interval[j] * q[j]
pi[j,3] <- 1 - pi[j,1] - pi[j,2]
Y[j] ~ dcat(pi[j,])
打印节点Y[107]的父值，即节点pi[107,
浏览 1提问于2014-11-27得票数 4
1回答
是否有一个R-包，我可以使用贝叶斯参数估计，作为替代JAGS？我在R中发现了一个关于JAGS/BUGS替代品的老问题，然而，上一篇文章已经有9年历史了。也许在R中有新的和灵活的gibbs抽样包可供选择？我想用它来获得具有随机效应和协变量等新的层次隐马尔可夫模型的参数估计。我高度重视JAGS的灵活性，认为JAGS是很棒的，但是，我想编写便于模型规范的R函数，并正在寻找一个可用于参数估计的包。
浏览 2提问于2020-03-16得票数 2
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2回答
我正在并行地运行JAGS，即在单独的进程/线程中运行每个链。我给run.jags(..., method = "rjparallel", params = c(..., "dic", "ped"))打电话。我得到以下错误：
当使用并行或分开的链时，不能评估jags、PED、pD、full.pD和pOpt。
嗯……
是不是因为DIC和PED是从所有的链中计算出来的，而不仅仅是一个链？在收集所有线程的结果之后，不能在run.jags函数中完成吗？
有什么办法可以绕过吗？如何在并行运行的同时获得DIC和PED？这一定是有可能的，对吧？
浏览 7提问于2018-06-22得票数 2
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1回答
在R包中捆绑.JAGS模型文件
、、、、
我正在编写一个使用作为依赖项的R包。导出的函数需要在内部调用rjags::jags.model("myModel.JAGS")。
我觉得我应该将myModel.JAGS文件捆绑在exec文件夹中，即使它不是一个严格意义上的“脚本”。那么我应该如何访问它呢？
我发现
#'@export
myFunction <- function () {
# ...
path <- path.package('myPackage')
file <- file.path(path, 'exec', 'myModel
浏览 4提问于2017-02-12得票数 0
回答已采纳
我正在做一个网络meta分析，包括几个临床试验。响应是二项式的。每项试验都包含几种治疗方法。
当我做一个随机效果模型时，JAGS和WinBUGS的输出是相似的。当我做一个固定效果模型时，DIC和pD组件是很不一样的，尽管我感兴趣的参数的后件是相似的。
我已经得到了类似的模型，具有高斯响应，而不是二项式，并且JAGS和WinBUGS是一致的。
固定效果模型的BUGS/JAGS代码是从中提出来的，如下所示。然而，同样的代码使用WinBUGS和JAGS运行并产生类似的后缀，只是DIC和pD有很大的不同。所以我不认为这段代码是问题所在。
for(i in 1:ns){ # Loop over stu
浏览 10提问于2016-11-08得票数 2
Linux Ubuntu 14.04 LTS R: r版本3.2.1 ( 2015 -06-18) -“世界著名宇航员”版权(C) 2015统计计算平台R基金会: i686-pc-linux-gnu (32位)
当我试图安装包rjags时，会出现以下致命错误：
install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session
浏览 2提问于2015-08-31得票数 5
4回答
我想升级一个R包到更新的版本，它已经可供使用。我试过了
update.packages(c("R2jags"))
但它什么也做不了！控制台上没有输出，没有错误，什么也没有。我使用了与install.packages相同的语法，但可能我做错了什么。我一直在看?update.packages，但是我无法弄清楚它是如何工作的，在哪里指定包等等。没有例子。我还尝试使用install.packages更新包，使其再次“安装”，但上面写着“警告:软件包‘R2jags’正在使用中，不会安装”。
浏览 4提问于2014-01-30得票数 47
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我想安装一个在CRAN中找不到的包。
下面是该包的下载链接。这个包使用了JAGS，我有64位4.3.0版本的。安装了rjags和r2jags包。Rtools连接到路径。我使用以下命令进行了检查
Sys.which("make")
## "C:\\rtools40\\usr\\bin\\make.exe"
使用此堆栈链接中的devtools连接到路径：
我使用以下代码安装下载的.tar.gz包：
install.packages("C:/Program Files/R/R-3.6.3/Liszt_0.8-5_1.tar.gz", repos=N
浏览 7提问于2020-05-16得票数 1
1回答
...and在yI ~ dnorm(mi，tau) vs yI <- dnorm(n，mi，tau)中，~号与R相比是什么意思？
考虑下面这两行代码：
`for(I in 1:length(y)) {
y[i] ~ dnorm(m[i],tau) #---> Jags code (stochastic node)
m[i] = alpha + beta*(x[i] - x_bar)
.
.
}
y[i] <- dnorm(n,m[i],tau)?) ---> R`
在Jags中，由于没有在dnorm函数中指定，那么n值是什么？(dnorm(mi，tau))
对于每个i
浏览 20提问于2020-02-14得票数 0
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我正在使用RJAGS修改现有的模型。我想并行运行链，偶尔检查Gelman收敛诊断，看看是否需要继续运行。问题是，如果我需要根据诊断值恢复运行，那么重新编译的链将从第一个初始化的先验值重新启动，而不是在链停止的参数空间中的位置。如果我不重新编译模型，RJAGS会抱怨。当链停止时，是否有一种方法来存储链的位置，这样我就可以从我停止的地方重新初始化？这里我将给出一个非常简单的例子。
示例1.：
model {
for (i in 1:N) {
x[i] ~ dnorm(mu,tau)
}
mu ~ dnorm(0,0.0001)
tau <- pow(sigma,-
浏览 0提问于2015-04-06得票数 6
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我把R中runjags模型的输出作为mcmc.list。下面是生成3条1,000个样本链的代码。我想把所有的12条链都剪到最后的400个样品上。我可以拆开链子，把链表输出的矩阵保存在一个列表中，但是它不再是一个mcmc.list，我也想不出如何把它变成一个mcmc.list。
下面是运行runjags模型并将输出转换为mcmc.list的一些数据
y <- rnorm(100)
jags.model ="
model {
#model
for (i in 1:N){
y[i] ~ dnorm(y.hat[i], tau)
y.hat[i] <- m0
}
浏览 1提问于2018-04-25得票数 1
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我是JAGS新手，我正在通过R2jags包在R中运行一个模型。模型代码基于取自Kéry & Schaub 2012 (‘贝叶斯人口分析使用WinBUGS’)的代码，第399页。
计算卡方差测度
model {
....
for(g in 1:G) {
for (t in 1:T) {
...
E[g,t] <- pow((y[g,t] - eval[g,t]),2) / eval[g,t]
...
}#t
}#g
fit <- sum(E[,])
}#model
其中g和t是站点和时间索引，G和T则是站点的数量和年数
但是我得到了一个错
浏览 4提问于2017-03-24得票数 0
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library(rjags)
jags_code = "model{
for (i in 1:n){
Y[i] ~ dnorm(mu[i], tau)
mu[i] <- beta0 + beta1*x[i]}
beta0 ~ dnorm(0,0.001)
beta1 ~ dnorm(0,0.001)
eta <- dgamma(0.1/2, 0.1/2)
tau ~ dgamma(5/2, 5*eta/2)"
jags_data = list(x = c(5,1,2,3,4),
Y = c(6,11,12,3,4), n=5)
浏览 2提问于2020-12-23得票数 0
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我正在使用R2Jags包。
我首先得到的模型如下：
jags.data = list("Y"=y, "N"=N, Y1=y[1], C=x1)
# The parameters that we are monitoring (must monitor at least 1)
jags.params=c("sd.q","sd.r","Y", "X1", "X2")
model.loc=("ss_model.txt")
mod_ss = jags(jags.data, p
浏览 3提问于2015-04-11得票数 0
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我试图在JAGS中拟合一个logistic回归模型，但我拥有的数据形式是(# success y，# than n)，而不是二进制变量。在R中，我们可以使用带有“权值”参数的glm(y/n ~)来拟合这样的数据，但我不知道如何在JAGS中对此进行拟合。
这里有一个简单的例子，我希望它能解决我想要问的问题。请注意，我使用的是rjag包。谢谢你的帮助！
y <- rbinom(10, 500, 0.2)
n <- sample(500:600, 10)
p <- y/n
x <- sample(0:100, 10) # some covariate
data <-
浏览 1提问于2015-04-30得票数 10
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在尝试加载rjags时，我遇到了以下错误。我最近升级到了OSX El Capitain，还安装了最新版本的JAGS 4.0.1。有谁知道如何修复它吗？
library(rjags)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rjags', details:
call: dyn.load(file)
error: unable to load shared object '/usr/local/lib/JAGS/modules-3/bugs.so':
dlopen(/usr/local/lib/JA
浏览 3提问于2015-10-27得票数 1
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