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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...关于这套临床数据下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据小技巧 ☞【R语言】卡方检验Fisher精确检验,复现临床paper...stage I,stage II,stage IIIstage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾...参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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主成分分析因子分析SPSS实现

这一类数据所涉及问题可以推广到对企业,对学校进行分析、排序、判别分类等问题。...这与问题性质,选取原始变量以及数据质量等都有关系。   在用因子得分进行排序时要特别小心,特别是对于敏感问题。由于原始变量不同,因子选取不同,排序可以很不一样。...三、主成分分析因子分析(2) 主成分分析因子分析区别   1,因子分析是把变量表示成各因子线性组合,而主成分分析则是把主成分表示成各个变量线性组合。   ...主成分分析,成分数量是一定,一般有几个变量就有几个主成分。   主成分分析相比,由于因子分析可以使用旋转技术帮助解释因子解释方面更加有优势。...算法上,主成分分析因子分析很类似,不过,因子分析中所采用协方差矩阵对角元素不再是变量方差,而是变量对应共同度(变量方差中被各因子所解释部分)。

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    广义估计方程混合线性模型Rpython实现

    广义估计方程混合线性模型Rpython实现欢迎大家关注全网生信学习者系列:WX公zhong号:生信学习者Xiao hong书:生信学习者知hu:生信学习者CDSN:生信学习者2介绍针对某个科学问题...P*P维作业相关矩阵(自变量X),用以表示因变量各次重复测量值(自变量)之间相关性大小求参数$\beta$估计值及其协方差矩阵混合线性模型(mixed linear model,MLM):构建包含固定因子随机因子线性混合模型...比值几率表示单位预测变量变化时响应变量几率乘性变化。本例,不适合。...比值几率表示单位预测变量变化时响应变量几率乘性变化。本例,不适合。...Python、SPSS实现)混合线性模型介绍--Wiki广义估计方程工作相关矩阵选择及R语言代码Rstudio 中使用pythonAn Introduction to Linear Mixed Effects

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    转:探索归并排序算法文档管理系统优势运用

    现代社会中,文档管理系统扮演着重要角色,帮助人们高效、方便地组织、存储检索各类文档信息。而作为一个高效排序算法,归并排序文档管理系统具有许多优势广泛运用。...归并排序算法以其稳定性、高效性扩展性闻名于世,成为文档管理系统不可或缺一部分。本文将深入探索归并排序算法文档管理系统优势运用。...归并排序算法文档管理系统具有以下优势:稳定性:归并排序算法是一种稳定排序算法,能够保持相等元素之间相对顺序不变。文档管理系统,保持文档稳定性对于准确文档排序管理非常重要。...版本控制:文档管理系统文档通常存在多个版本,需要进行版本控制比较。归并排序算法可以用于合并和排序不同版本文档,确保最新版本文档被正确地整合管理。...总的来说,归并排序算法文档管理系统具有稳定性高效性优势。它能够对大规模文档进行排序整合,提高系统性能用户体验。

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    怎么isort Python 代码导入语句进行排序格式化

    保持空白:isort 能够保持代码空白行注释,不会将其误认为是导入语句。自定义排序规则:用户可以根据自己需求自定义排序规则。...如何安装或者引入 isortPython,为了保持代码整洁有序,我们通常需要对导入模块进行排序。isort是一个非常有用工具,它可以帮助我们自动地完成这个任务。...isort应用场景isort 是一个强大 Python 代码排序格式化工具,能够帮助开发者自动化地按照一定规则对代码导入语句进行排序格式化。...这有助于提高代码可读性一致性,也是遵循 PEP 8 风格指南重要一步。1. 标准库导入排序日常开发,我们经常需要从 Python 标准库中导入多个模块。...自定义模块导入排序大型项目中,通常会有多个自定义模块。isort 可以确保你代码自定义模块导入顺序是一致,这对于维护大型项目来说非常有帮助。

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    【软件测试系列三】《测试用例编写原则与设计方法》

    举例: 闭区间[50,100]上点为50100,离点是49101,域范围都是点; 半开半闭区间(50,100]上点为50100,离点是51101,域范围都是点; 开区间(50...,100)上点为50100,离点是5199,域范围都是点; 测试用例略。...举例: 手机MP3播放功能状态-事件表如下,请用状态迁移法设计用例。其中没有选择MP3曲目时不能按任何键,并且当MP3曲目起点时不能按R键,当MP3曲目末端时不能按P、F键。...2、 测试用例编号 XXXX_ST_XXX_LOGIN_002 测试项目 LOGIN 测试标题 输入合法用户名密码,按确认,点大 重要级别 预置条件 系统数据库内存在该用户及密码 输入 ab-12...2 8 3 2 1 1/2 9 3 34 2 1 现在我们将2因子34状态分开:2因子3状态1、3、4因子状态2因子4状态1、3、4因子状态是一样(感觉比较拗口),但在此例,当

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    R语言最优化应用】lpSolve包解决 指派问题指派问题

    下面通过两个例子来说明该函数用法 有三个造纸厂A1、A2 A3,造纸量分别为16 个单位、10 个单位22 个单位,四个客户B1、B2、B3 B4 需求量分别为8 个单位、14 个单位、12...造纸厂到客户之间单位运价如表所示,确定总运费最少调运方案。 解:总产量等于总销量,都为48 个单位,这是一个产销平衡运输问题。R代码及运行结果如下: ?...R,lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题,其用法如下: lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...实际应用,常会遇到各种非标准形式指派问题,有时不能直接调用函数,处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007),然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样,LINGO 解决指派问题时,也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等,比较繁琐,相比之下,R两三句代码就可以快速解决问题,较之LINGO 软件,的确方便快捷了许多。

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    Win10使用Linux版本RPython

    ” 写 在前面 相信Windows中使用 Python R 小伙伴为数不少,虽然 Python R 并不挑平台,但是总还有一些情况 Linux 版本更有优势,这些情况包括: R Linux...对于 Python R 双修同学,一个迫切需求就是能够同一个 jupyter 笔记本调用两种语言,但是很可惜,完成两种语言互相调用神包rpy2 并没有官方 Windows 版本。...原来就捉襟见肘内存硬盘,开了虚拟机后可能就没多少留给 R 了(别忘了 R Python 需要把所有数据都加载到内存!)...” Okay,那就让我们直接进入正题:和在Win10使用Linux版本RPython 启用 Linux 子系统 1....完 结撒花 经历了那么多,现在我们终于可以自豪宣布:老纸 Windows 不依赖虚拟机就搭建了一个 R Python Linux-Jupyter 服务器!

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    FNIRS研究:额颞叶-顶叶系统真实情景下目光接触脑间同步

    功能特异性假说认为,目光接触涉及专门神经系统; 并且功能同步假设提出目光接触涉及专门、跨脑神经处理器,这些处理器双人之间同步。...根据功能同步假设,相对于眼对图注视条件,真实双人目光接触期间脑间相干性左上颞回、颞、边缘回、前辅助运动皮层更高。...这些同步交叉脑区域也与已知语言功能相关联,并且是对于特定伴侣来说(即在随机分配实验搭档相干性会消失)。目光接触时神经关联系统包括语言产生语言接受相关脑区。...通过3s时间中点x,y位置来评估3.3x1.5度“眼盒”固定一致性。图3B显示了所有从眼睛到眼睛(左侧面板)眼睛到照片(右侧面板)情况下点图。...三对脑区之间信号脑间相干性:颞回(MTG)颞上回(STG)(图7A);超边缘回(SMG)STG(图7B);大脑皮质MTG(图7C)眼对眼情况下比眼对图(p<0.01)期间高12-24s,

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    排序数组查找元素第一个最后一个位置

    排序数组查找元素第一个最后一个位置 给定一个按照升序排列整数数组 nums,一个目标值 target。找出给定目标值在数组开始位置结束位置。...如果数组不存在目标值 target,返回 [-1, -1]。 进阶:你可以设计并实现时间复杂度为 O(log n) 算法解决此问题吗?...{-1, -1} 情况二:target 在数组范围,且数组不存在target,例如数组{3,6,7},target为5,此时应该返回{-1, -1} 情况三:target 在数组范围,且数组存在...接下来,去寻找左边界,右边界了。 采用二分法来去寻找左右边界,为了让代码清晰,我分别写两个二分来寻找左边界右边界。...刚刚接触二分搜索同学不建议上来就像如果用一个二分来查找左右边界,很容易把自己绕进去,建议扎扎实实写两个二分分别找左边界右边界 寻找右边界 先来寻找右边界,至于二分查找,如果看过704.二分查找就会知道

    4.7K20

    ASP.NET MVC5实现具有服务器端过滤、排序分页GridView

    介绍 本文中,我们将会学习如何实现服务器端分页,搜索排序功能。从长远来讲,这是一种更好方式来应对数据集特别大情况。 我们将会修改前文中源代码,现在就开始吧!...实现控制器排序、筛选分页 完成安装之后,进入 AssetController,编写 Get 行为实现代码: public ActionResult Get([ModelBinder(typeof...在这之后,我们就实现了排序逻辑,排序信息附带在使用自定义模型绑定模型,使用 System.Linq.Dynamic 我们能够避免 if switch 语句,我们将列迭代在用户请求排序上,并且通过以下代码排列行...现在 build 这个工程并在浏览运行,就可以查看带有服务器端过滤、分页排序 GridView 了。...服务器端实现表格过滤、分页排序等功能,能够减少客户端数据处理任务量,方便更好更快加载并显示数据。

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    关于南丁格尔图“绘后感”

    三、基于以上思路需要准备数据 图形数据,即是表格已有的数据(Counts值) 分组数据物种分类数据,表格也有(TargetClassification) 文字标签数据,包括 各物种名称 名称旋转角度...,间隔写入新增列 去重后种名需要编号,以便后续用于设置旋转角度,但是我在这里踩了坑,直接在这里编号了。...正确应该是,上表,uniq.ID为NA,然后根据uniq.species列对应非NA行填入顺序编号1到26,于是我重新编号。...必须与变量值对应,因子水平没有的变量会被设置成缺失值(NA) 关于x轴顺序。由于本次数据x轴本身也是分类变量,理论上也要先因子化,才能进行映射画图。...关于因子 因子相当于是给分类变量设置顺序。即因子水平中指定顺序即为分类变量顺序。这与分类变量本身在向量排列顺序无关。

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    关于Windows Terminal无法Win+X菜单Win+R通过wt.exe打开问题

    ,但无法新建 / 重命名文件),测试时候不小心修改了 Program Files\WindowsApps 文件夹权限面板 前置条件 2:通过 Win+X 菜单 Win+R 运行 wt.exe...都无法运行(打开后进程自动退出,且无 UI 提示),但是可以通过开始菜单其他 terminal 输入 wt.exe 运行 可以通过 terminal 输入 wt.exe 运行就说明并非是应用损坏...,而是启动方式问题,直觉想到可能是 Win+X 菜单 Win+R 附带了什么奇怪参数,想到火绒剑记录系统日志分析,日志记录如下: 发现两个 wt.exe 路径竟然不一样,位于 \AppData\...Win+R terminal 找到并调用文件位置不同?... StackOverflow 上有遇到同样问题老哥 关于方案 1:需要修改注册表值: HKEY_CURRENT_USER\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion

    4.3K52

    m6A调节因子肾透明细胞基因特征预后价值:一项使用TCGA数据库回顾性研究

    mRNA RRACH序列腺嘌呤甲基化酶作用下,其第6位N上H被CH3取代发生甲基化,此过程是可逆;甲基化mRNA与m6A识别蛋白结合,进而影响细胞核miRNA初级转录本加工、miRNA...(Aging; 生物二区;IF:5.179;) 摘要 m6A是mRNA修饰最常见形式。然而,关于其透明细胞肾作用知之甚少。本研究旨在确定m6A调节因子基因特征预后价值肾透明细胞癌。...结果显示,m6A调节因子改变与病理分期有关。m6A调控基因任何CNV改变都比具有二倍体基因具有更差OSDFS。...此外,‘writer’基因METTL3低表达与脂肪生成mTOR通路。因此,我们首次确定了遗传改变m6A调节因子ccRCC与临床恶化之间显着关系特点。...正如所料,m6A调控基因改变与VHLTP53改变显着相关; 事实上,57例TP53改变患者,m6A调节基因改变只有1个样本缺失(Table 4)。

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    八大排序算法详解_面试+提升

    八大排序算法详解_面试+提升 概述 排序有内部排序外部排序,内部排序是数据记录在内存中进行排序,而外部排序是因排序数据很大,一次不能容纳全部排序记录,排序过程需要访问外存。...每组记录下标相差d.对每组全部元素进行直接插入排序,然后再用一个较小增量(d/2)对它进行分组,每组再进行直接插入排序。...目前还没有人给出选取最好增量因子序列方法。增量因子序列可以有各种取法,有取奇数,也有取质数,但需要注意:增量因子除1 外没有公因子,且最后一个增量因子必须为1。...交换排序—冒泡排序(Bubble Sort) 基本思想: 在要排序一组数,对当前还未排好序范围全部数,自上而下对相邻两个数依次进行比较调整,让较大数往下沉,较小往上冒。...设n 个元素排序列包含d 个关键码{k1,k2,…,kd},则称序列对关键码{k1,k2,…,kd}有序是指:对于序列任两个记录r[i]r[j](1≤i≤j≤n)都满足下列有序关系: ?

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    八大排序算法

    分成若干组子序列,每组记录下标相差d.对每组全部元素进行直接插入排序,然后再用一个较小增量(d/2)对它进行分组,每组再进行直接插入排序。...目前还没有人给出选取最好增量因子序列方法。增量因子序列可以有各种取法,有取奇数,也有取质数,但需要注意:增量因子除1 外没有公因子,且最后一个增量因子必须为1。...交换排序—冒泡排序(Bubble Sort) 基本思想: 在要排序一组数,对当前还未排好序范围全部数,自上而下对相邻两个数依次进行比较调整,让较大数往下沉,较小往上冒。...归并排序示例: 合并方法: 设r[i…n]由两个有序子表r[i…m]r[m+1…n]组成,两个子表长度分别为n-i +1、n-m。...设n 个元素排序列包含d 个关键码{k1,k2,…,kd},则称序列对关键码{k1,k2,…,kd}有序是指:对于序列任两个记录r[i]r[j](1≤i≤j≤n)都满足下列有序关系: 其中k1

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    Day4:R语言课程(向量因子取子集)

    1.将数据读入R 无论要执行R具体分析是什么,通常都需要导入数据用于分析。...索引表示一个向量元素数目(桶隔室编号)。R索引从1开始。编程语言如Fortran,MATLABR从1开始计数,符合人类思维模式。...---- 因子relevel 我们已经简要地讨论了一些因子,但只有实战之后,这种数据类型才会变得更加直观。稍微绕道而行,了解如何在一个因素重新定义类别。...如前所述,expression因子级别按字母顺序分配整数,高= 1,低= 2,中等= 3。...这体现在它们str()输出方式以及各个类别的编号因子位置。 注意:当您需要将因子特定类别作为“基础”类别(即等于1类别)时,需要重新调整。

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    Springboot2.x整合ElasticSearch7.x实战(二)

    Type 类型,索引进行逻辑细分,新版Elasticsearch已经废弃。...下图是一个相对复杂些倒排索引,与上图基本索引系统比,单词对应倒排列表不仅记录了文档编号,还记载了单词频率信息(TF),即这个单词某个文档出现次数,之所以要记录这个信息,是因为词频信息搜索结果排序时...,计算查询和文档相似度是很重要一个计算因子,所以将其记录在倒排列表,以方便后续排序时进行分值计算。...[202011301943320.png] 最后,实用倒排索引还可以记载更多信息,上图所示索引系统除了记录文档编号单词频率信息外,额外记载了两类信息,即每个单词对应“文档频率信息”(以及倒排列表记录单词某个文档出现位置信息...“文档频率信息”代表了文档集合中有多少个文档包含某个单词,之所以要记录这个信息,其原因与单词频率信息一样,这个信息搜索结果排序计算是非常重要一个因子

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