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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R因子(factor) 今天我们来结合具体例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据CHOL(胆管癌)这套数据为例。...关于这套临床数据下载可以参考 ☞如何TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper...stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...,"stage I/II","stage III/IV","stage III/IV")) stage 可以得到跟上面使用gsub一样结果 接下来我们试着把组织病理分期四个组合并成三个组,并转换成因子...II","stage III/IV","stage III/IV")) stage 可以得到跟gsub一样结果 参考资料: ☞【R语言】R因子(factor) ☞如何TCGA数据库下载

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R语言基础教程——第3章:数据结构——因子

因子 变量可归结为名义型、有序型或连续型变量。名义型变量是没有顺序之分类别变量。类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量R称为因子(factor)。...因子R中非常重要,因为它决定了数据分析方式以及如何进行视觉呈现。...因子(factor)是R语言中比较特殊一个数据类型, 它是一个用于存储类别的类型,举个例子,性别上,可以把人分为:男人和女人,年龄上划分,又可以把人分为:未成年人(=18)。...因子具有因子水平(Levels),用于限制因子元素取值范围,R强制:因子水平是字符类型,因子元素只能从因子水平取值,这意味着,因子每个元素要么是因子水平字符(或转换为其他数据类型),要么是缺失值...通常情况下,创建数据框变量时,R隐式把数据类型为字符创建因子,这是因为R会把文本类型默认为类别数据,并自动转换为因子。前面我们讲数据框时,就有提到。

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    Day4:R语言课程(向量和因子取子集)

    查看R数据结构 数据结构对数据进行子集化。...我们使用R函数将取决于我们引入数据文件类型(例如文本,Stata,SPSS,SAS,Excel等)以及该文件数据如何分开或分隔。下表列出了可用于常见文件格式导入数据函数。...编程语言如Fortran,MATLAB和R1开始计数,符合人类思维模式。C系列语言(包括C ++,Java,Perl和Python)0开始计算,因为这对计算机来说更简单。...---- 因子relevel 我们已经简要地讨论了一些因子,但只有实战之后,这种数据类型才会变得更加直观。稍微绕道而行,了解如何在一个因素重新定义类别。...这体现在它们str()输出方式以及各个类别的编号因子位置。 注意:当您需要将因子特定类别作为“基础”类别(即等于1类别)时,需要重新调整。

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    左手用R右手Python系列——因子变量与分类重编码

    今天这篇介绍数据类型因子变量运用在R语言和Python实现。 因子变量是数据结构中用于描述分类事物一类重要变量。其现实生活对应着大量具有实际意义分类事物。...以下将分别讲解R语言和Python如何生成因子变量如何将数值型变量转换为因子变量、以及如何因子变量进行重编码。...factor(x, levels,labels=levels,ordered=) 以上参数,x即是我们将要转换变量levels是将要设定因子水平(可选参数,省略则自动以向量不重复对象为因子水平...除了直接在生成序列或者数据框时生成因子变量之外,也可以通过一个特殊函数pd.Categorical来完成序列和数据框创建因子变量。...最后做一个小总结: 关于因子变量R语言和Python涉及到操作函数; R语言: 创建因子变量: factor 转换因子变量: as.factor as.numeric(as.character)

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    【基础】R语言2:数据结构

    数据类型数值型:用于直接计算加减乘除字符串型:可以进行连接,转换,提取等逻辑型:真或假日期型等R对象R语言中变量可以赋值给变量任何事物,包括常量、数据结构、函数甚至图形对象都拥有某种模式,描述此对象是如何储存...=1,to=100,length.out=10) # 输出个数为10 ##rep函数:重复数列 rep(a,b) #重复b次a标量与其他编程语言类似R语言是向量化编程a=2向量索引正负整数索引length...rownames=c("R1","R2","R3")cnamesdimnames(m)=list(rownames,cnames)数组#创建数组dim(x)=c(2,2,5)矩阵索引# 矩阵下标访问m...(NA)元素值集合 #ordered:取真值时表示因子水平是有次序(按编码次序)cut()函数连续取值变量,可以用cut()函数将其分段, 转换成因子使用breaks()参数指定分点, 最小分点要小于数据最小值...c dtable()函数——统计频数table(sex)## sex## 男 女 ## 3 2tapply()函数可以按照因子分组然后每组计算另一变量概括统计h <- c(165, 170, 168

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    R语言中因子变量

    因子因子水平 R语言数据类型因子(Factor)型比较特殊,也让许多初学者感到难以理解。...eg:五个用户月均通话次数分别是(15, 1, 63, 19, 122),存储变量calls_num。此时calls_num是一个数值型变量,有五个值,且理论上每个值取值范围是0到+∞。...R语言实现 创建因子 R语言中,通过factor()函数建立因子变量。...可以看出,calls_num为数字型,经过转化后,f_calls_num变为因子型。Levels表示因子水平。这里还需要注意一点是,R默认创建数据框时,将文本类型存储为因子型。...可以用注释部分代码实现相同效果。 删除多余因子水平 实际应用,会出现实际取值范围小于因子水平。为了满足特定运算或提升存储效率,可以使用droplevels()函数删除多余因子水平。

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    R数据科学|第十一章内容介绍

    使用forcats处理因子 因子 R 中用于处理分类变量历史上看,因子远比字符串更容易处理。因此,R 基础包很多函数都自动将字符串转换为因子。...library(tidyverse) library(forcats) 创建因子 假设我们想要创建一个记录月份变量: x1 <- c("Dec", "Apr", "Jan", "Mar") 使用字符串来记录月份有两个问题...要想创建一个因子,必须先创建一个有效列表: month_levels <- c( "Jan", "Feb", "Mar", "Apr", "May", "Jun", "Jul", "Aug", "Sep...", "Oct", "Nov", "Dec" ) 现在就可以创建因子了: y1 <- factor(x1, levels = month_levels) y1 #> [1] Dec Apr Jan Mar...创建因子时,将水平设置为unique(x),或者创建因子后再对其使用fct_inorder()函数,也可以达到这个目的: f1 <- factor(x1, levels = unique(x1))

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    《Kaggle项目实战》 泰坦尼克:R开始数据挖掘(一)

    恩,你也许会(自然而然)觉得使用Excel有些尴尬,使用Python又有些难,那阅读本文是非常明智。我将向您介绍一种免费且强大统计编程语言R,并教会您如何用它进行预测分析。...本指南适用于毫无R编程经验、或者编程经验十分少的人。我不会讲解所有的语法,但当你看完本教程后,你也许想继续扩大视野。这里有一些更广泛教程。假如你更想阅读书籍,我强烈推荐R语言编程艺术。...第一部分:R入门 欢迎来到《泰坦尼克:R开始数据挖掘》第一部分,本部分将指导你完成R基本部分:加载数据并浏览数据。 首先安装一个R,以及它官方IDE:RStudio。...你可能会觉得预览与电子表格十分相似,二者主要区别是你只能通过R编程语言与预览进行交互。你将看到数据列与我们之前Kaggle下载页面看到变量是一一对应。以相同方式导入test.csv数据集。...这非常接近我们prop.table()函数结果预期死亡率。 下一课,我们将着眼于其他可用变量获得更多信息,从而提高模型准确性。第2部分链接在此!

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    R语言数据结构与转换

    任何数据分析第一步都是按照所需要格式创建数据集。 R ,这个任务包括两个步骤:首先选择一种数据结构来存储数据,然后将数据输入或者导入这个数据结构。...下面介绍 R 中用于存储数据多种数据结构。 R 数据结构 大多数情况下,结构化数据是一个由很多行和很多列组成数据集。 R ,这种数据集被称为数据框。...名义型变量是没有顺序关系分类变量,例如人性别、血型、民族等。而有序型变量是有层级和顺序关系分类变量,如患者病情(较差、好转、很好)。名义型变量和有序型变量 R 称为因子(factor)。...因子 R 中非常重要,它决定了数据展示和分析方式。数据存储时因子经常以整数向量形式存储。所以进行数据分析之前,经常需要将它们用函数 factor( ) 转换为因子。...因子属性可以使用函数 levels( ) 查看: levels(sex.f) # 'Male''Female' 改变因子水平排列顺序 → 改变参考组 统计模型,对于因子变量R 会将其第一个水平当作参考组

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    基础知识 | R语言绘图基础之柱形图

    R语言绘图基础之简单柱形图 视觉性吸引方面,人类绝对是动物界另类。当一张一张数据分析统计表摆在眼前时,人们并不能快速洞察其中关系。...01 创建数据框 #mydata数据框创建创建方式见往期文章基础知识 | R语言数据管理之变量创建。...#此处直接mydata中提取子集,提取方式详见往期文章基础知识 | R语言数据管理之数据集取子集。...⚠️要实现X轴变量降序,需要改变因子向量水平顺序,一定要对表格或者因子向量排序后,再改变其水平顺序,才能使得X轴类别顺序能够匹配Y轴变量降序呈现。...mydata1$City<-factor(mydata1$City,levels=mydata1$City[order$ix]) #根据“Age”排序结果设定因子向量水平顺序。

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    数据分析必备:掌握这个R语言基础包1%功能让你事半功倍!(附代码)

    这个包最重要任务其实并不是进行数据导入,而是为编程和开发R包提供非常实用工具函数。...比如,出发地origin后3 levels就是表示其有3个因子水平。只是出发地是否属于因子类型数据还有待商榷,而read.csv默认将所有的字符型数据都读成了因子型。 数据实际观测值。...这里使用paste0来创建变量名称。paste0可以理解为胶水函数,用于将需要字符串粘合在一起。这里演示意思是创建6个以V开头,V1到V6字符串作为变量名。...下面只演示导入数据过程如何进行简单默认值、空白预处理,代码如下: > flights_uneven <- read.table(file = "flights_uneven.csv", header...小知识:“[”是baseRExtract一种,R使用过程,这是必须掌握和理解函数之一。 编辑:王菁 校对:林亦霖

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    R语言教程(2)—— 数据结构

    R自带了大量数据集供大家在学习中联系。开始介绍数据结构之前,先简单介绍以下如何查看及使用这些数据集,之后介绍数据结构时,也会大量使用到这些数据集。...R数据结构: 向量、标量 矩阵 数组 列表 数据框 因子 时间序列 ······ 接下来我们将一一介绍这些对象概念、以及如何创建、访问、修改并运算这些对象。...,之前搜索包时候,包名需加引号,否则就会将字符串当作对象(变量或者函数)R搜索,就会提示找不到。...8因子 因子这个概念对于学习R至关重要,这是统计学中比较常用概念,介绍因子之前,需要了解一下常用变量分类: 名义型变量(分类数据) 有序性变量(顺序数据) 连续型变量(数值型数据) 8.1 定义...因子R名义型变量和有序型变量称为因子,factor。

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    R 程序与数据

    2.R程序分析结果上述已经提过, R 语言分析一个名字为结果名,想要知道结果,只要如果你想知道 Lg 内容。直接再输入以下命令,就出来结果了。...也可以利用2.R数据类型R数据类型可以两个角度进行分类,一种是根据数据值本身特性,或者统计学上所说变量值属性来进行判断;第二种角度,根据变量特性进行判断。...R语言中分类变量我们称之为因子(factor)。主要包括:字符型变量;整数型变量:1、2;逻辑性变量。医学数据库最常见分类变量类型是整数型变量。...4 3f2数据集产生过程,函数加了条件levels。...加levels意思是,对里面因子1,2,3,4排列顺序重新调整,在这个例子,2这个—类别是放在最前面的,以后统计分析,作为对照组。

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    R语言实战.2

    浏览器很卡顿,把我卡出去了,我没有拿到数据集 R,对象(object)是指可以赋值给变量任何事物,包括常量、数据结构、函数,甚至图形。...同一个数据框可以存储不同类型(如数值型、字符型)变量。数据框将是你用来存储数据集主要数据结构。 因子(factor)是名义型变量或有序型变量。它们R中被特殊地存储和处理。...类别(名义型)变量和有序类别(有序型)变量R称为因子(factor)。因子R中非常重要,因为它决定了数据分析方式以及如何进行视觉呈现。 ? ? ? $是用来选取一个变量时用符号 ?...另外,针对此向量进行任何分析都会将其作为有序型变量对待,并自动选择合适统计方法。 对于字符型向量,因子水平默认依字母顺序创建。...数值型变量可以用levels和labels参数来编码成因子

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    数据分析必备:掌握这个R语言基础包1%功能,你就很牛了

    这个包最重要任务其实并不是进行数据导入,而是为编程和开发R包提供非常实用工具函数。...比如,出发地origin后3 levels就是表示其有3个因子水平。只是出发地是否属于因子类型数据还有待商榷,而read.csv默认将所有的字符型数据都读成了因子型。 数据实际观测值。...这里使用paste0来创建变量名称。paste0可以理解为胶水函数,用于将需要字符串粘合在一起。这里演示意思是创建6个以V开头,V1到V6字符串作为变量名。...下面只演示导入数据过程如何进行简单默认值、空白预处理,代码如下: > flights_uneven <- read.table(file = "flights_uneven.csv", header...小知识:“[”是baseRExtract一种,R使用过程,这是必须掌握和理解函数之一。 有话要说? Q: 你用过哪些R语言包? 欢迎留言与大家分享

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    【视频】主成分分析PCA降维方法和R语言分析葡萄酒可视化实例|数据分享

    本文中,我们将讨论如何通过使用 R编程语言使用主成分分析来减少数据维度分析葡萄酒数据。...自然,线上点仍然比原始 2D 空间中点更接近,因为您正在失去区分它们维度。但在很多情况下,通过降维实现简化超过了信息损失,损失可以部分或全部重构。 我们之前示例,我们只有一个主成分。...原始特征通常显示出显着冗余,这也是主成分分析降维方面如此有效主要原因。 R语言主成分分析(PCA)葡萄酒可视化:主成分得分散点图和载荷图 我们将使用葡萄酒数据集进行主成分分析。...# 看一下数据 head(no) 输出 转换和标准化数据 对数转换和标准化,将所有变量设置同一尺度上。...y, factr = f) # 用数据和因子创建数据框 ellipses <- dlply(edf, .

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    R语言】rep函数生成差异表达分组变量

    前面给大家介绍了☞【R语言】rep函数使用,今天我们来举几个数据分析应用,例如差异表达分析时,样本类型变量,我们就可以使用rep函数来生成。...c("normal","tumor","tumor","normal","tumor","normal","tumor") 方法二、巧用因子,事半功倍 ☞【R语言】R因子(factor) ☞【R语言...】因子临床分组应用 我们不用敲完整样本类型名字,用数字来代替,然后再用factor转回来。...方法三、登堂入室,活学活用 我们联合使用,strsplit函数+factor函数 方法二,我们相当于还是要用c()先创建一个数值向量,逗号还是要敲。...参考资料: ☞【R语言】rep函数使用 ☞ GEO芯片数据差异表达分析 ☞【R语言】R因子(factor) ☞【R语言】因子临床分组应用

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    全网最全 | R语言中方差分析汇总

    数据来源 这里,我们使用数据来源于R包agridat,它是讲农业相关论文,书籍相关数据收集了一起,更加符合我们背景。...「建模:」 Y变量:yield 因子:nf 「R建模代码:」 m1 = aov(yield ~ nf, data=dat) m1为模型保存名称 aov为R方差分析代码 yield为数据...「建模:」 Y变量:yield 因子1:trt 因子2:period 区组:block 「R建模代码:」 m3 = aov(yield ~ block +trt +period, data=dat)...「建模:」 Y变量:yield 因子1:trt 因子2:period 区组:block 「R建模代码:」 m4 = aov(yield ~ block +trt*period, data=dat)...「建模:」 Y变量:yield 因子1:trt 因子2:period 因子3:cow 区组:block 「R建模代码:」 m5 = aov(yield ~ block + trt*period +

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