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在MNIST数据集上使用Pytorch中的Autoencoder进行维度操作

这将有助于更好地理解并帮助在将来为任何ML问题建立直觉。 ? 首先构建一个简单的自动编码器来压缩MNIST数据集。使用自动编码器,通过编码器传递输入数据,该编码器对输入进行压缩表示。...此外,来自此数据集的图像已经标准化,使得值介于0和1之间。 由于图像在0和1之间归一化,我们需要在输出层上使用sigmoid激活来获得与此输入值范围匹配的值。...在下面的代码中,选择了encoding_dim = 32,这基本上就是压缩表示!...由于要比较输入和输出图像中的像素值,因此使用适用于回归任务的损失将是最有益的。回归就是比较数量而不是概率值。...检查结果: 获得一批测试图像 获取样本输出 准备要显示的图像 输出大小调整为一批图像 当它是requires_grad的输出时使用detach 绘制前十个输入图像,然后重建图像 在顶行输入图像,在底部输入重建

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shiny资源汇总

六年前还在上海工作的时候,机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术,就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。...image-20210318172549965 一本系统又基础的书 https://mastering-shiny.org/ 模块化开发 有效的使用模块化 https://rpodcast.github.io...展示反应过程 Reactivity Visualizer for shiny • reactlog 展示使用记录 dreamRs/shinylogs: Logs for Shiny apps Packrat...纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行 一些文章和书 他们也许因为软件版本的迭代,在操作环节有一点点过时 在亚马逊服务器上部署 DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with...中的运用 JavaScript 4 Shiny - Field Notes 没有shiny的shiny Shiny without Shiny: RTutor in RStudio’s new Visual

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    如何使用Shiny Server部署R应用程序

    Shiny是R编程语言的库,允许您在本机R中创建交互式Web应用程序,而无需使用HTML,CSS或JavaScript等Web技术。...将Shiny应用程序部署到Web上的方法有很多种; 本教程使用Shiny Server在Linode上托管示例Shiny应用程序。...没有服务器的同学可以在这里购买,不过我个人更推荐您使用免费的腾讯云开发者实验室进行试验,学会安装后在购买服务器。 您还需要在您的本地计算机安装RStudio,如何安装请参考RStudio官方文档。...将Shiny应用程序部署到远程服务器 应在您的CVM上完成本节中的步骤。...将示例app目录复制到/srv/shiny-server/: sudo cp -r Example/ /srv/shiny-server/ 在Web浏览器中,导航到应用程序的地址。

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    MAC电脑上的神功能“一指禅”,在Windows系统中也能使用

    大家都知道,在苹果家的产品中,所有的系统都是不开源的。这使得苹果系统中的环境非常的好,而且同时也拥有很多高效便捷的小功能。...而我们经常使用的WIN系统,拜开源所赐,没有什么系统中的软件或者功能是WIN系统复制不出来的。...所以今天macdown小编就来给大家推荐一款工具,就算在WIN系统中也能使用MAC系统中的神功能—“一指禅”。...而QuickLook就是在WIN系统中实现“一指禅”这个功能的工具,虽然它本身的体积可能比较大,但它占用的系统资源非常少,不会影响系统的流畅度,几乎可以忽略不计。...对此macdown小编只能回答:当你需要在大量文件中找到需要的内容时,你就会知道这个功能有多么重要了。

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    (数据科学学习手札66)在ubuntu服务器上部署shiny

    一、简介   shiny是R中专门用于开发轻量级web应用的框架,在本地写一个shiny应用并调用非常方便,但如果你希望你的shiny应用能够以远程的方式提供给更多人来使用,就需要将写好的shiny应用部署到服务器上...,主要有两种方式,第一种是将shiny应用发布在shinyapps上,第二种是将你的shiny应用部署到自己租用的服务器上,前者比较方便但遇到一些R包环境或中文显示等问题时几乎是无解的,而后者虽然麻烦,...其实可以在服务器中输入wget 下载链接 来下载对应的文件,但是无奈这样下速度太慢,于是我在本地电脑用了之后以很快的速度下载了Rstudio的geb文件,然后用pscp上传到我们的服务器上的指定目录下:...2.4 安装shiny和shiny server   接下来到了最重要的地方,我们来安装shiny和shiny server,首先我们在服务器上的R环境中安装shiny包: ?   ...同样的,我们可以修改配置文件中的默认应用路径到我们自己的应用位置,而在管理shiny server运行上,主要用到下列命令: #查看状态 sudo systemctl status shiny-server

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    如何在Ubuntu 14.04上设置Shiny Server

    先决条件 在本教程中,您将需要: Ubuntu 14.04 腾讯CVM,带2 GB RAM,没有服务器的同学可以在这里购买,不过我个人更推荐您使用免费的腾讯云开发者实验室进行试验,学会安装后再购买服务器...安装在CVM上的最新版本的R(如何在Ubuntu 14.04上设置R) 具有sudo权限的非root用户。 本教程中的所有命令都应以非root用户身份运行。...我们将以一种方式安装shiny,使其可供服务器上的所有用户使用。...Shiny Server的配置文件位于/etc/shiny-server/shiny-server.conf。默认情况下,它配置为服务于/srv/shiny-server/目录中的应用程序。...结论 在本指南中,我们完成了在Ubuntu 14.04 腾讯CVM上设置Shiny Server所需的步骤。

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    FastRWeb:R网页开发不止Shiny,还有另一种方案!注意文末有彩蛋!

    虽然网络上很多文章分别介绍了Shiny和FastRWeb,但还没有文章比较过二者,很多初学者可能也有这样的疑问,故简单叙述一二,不对的地方请海涵并请教。...不同点: Shiny是RStudio公司开发的一个包包,定位于交互式呈现数据,更加动态,Shiny包内建了Shiny-server,所以在本机运行没有问题,如果你想发布shiny Rscript(也叫Shiny...shiny-server 免费的shiny-server不支持用户认证和ssl,意味着你只能用来部署个人小型项目,如果是商业性的项目,必须且不得不购买shiny-server pro了,因为商业项目必然涉及到用户注册和分组策略...以下截图是shiny-server免费版(也叫Open Source版),RStudio Connect和Shinyapp.io(RStudio公司推出的云服务)的功能比较: (Shiny-server...免费和商业版的比较) 实际使用上看来,有不少SCI文章所提到的数据库是用shiny展示的,实际效果不佳,反应缓慢,如果仅仅是展示数据或简单的R脚本,可以用FastRWeb。

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    把你的shiny网页工具部署在云服务器

    但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源,实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP,所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上...,具体使用可以参考官方手册,我这里不讲,因为我的应用无法部署上去,我使用到的一个包genetics显示来源有问题,不兼容。...上安装绕过了这个问题,genetics好像不能通过GitHub安装,所以没办法只能弃之,自己购买一个云服务器进行部署。...需要注意的是,你购买的云服务器你进去之后实际上是root用户登录的,我一开始部署的时候由于安装的包都是root用户安装的,所以就修改了配置问题,用root用户运行Shiny-server,开始的时候运行正常...所有准备环境准备好了之后,就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面,可能需要修改目录所属权限: sudo chown -R shiny:shiny shiny-server

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    在我们的shiny服务器部署一个RNA-seq下游分析网页工具

    源代码是公开的,在:https://github.com/szenitha/Shiny-Seq 所以我想着把它安装在我们自己的服务器里面,方便国内的粉丝使用!...需要安装一些R包 基本上是需要设置镜像的,参考:http://www.bio-info-trainee.com/3727.html 因为我是安装在自己的Ubuntu服务器里面,所以其实还蛮难的,各种报错...log目录是 /var/log/shiny-server 只有同属于shiny组的用户才能访问,只有在需要调试代码的时候才需要去查看 默认程序存放在:/srv/shiny-server ,我们的这个网页工具也是...,应该是操作系统迁移的问题: ls *.R|while read id;do( mv $id ${id/.R/.r});done 碰到比较麻烦的事情就重启,基本上重启能解决99%的事情。...一些效果 还是很棒的,至少不需要你自己写代码了,不过就是需要你耗费很多时间来摸索如何使用这个网页工具咯,而且少了很多自定义的快乐。 ?

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    在我们的shiny服务器再部署个芯片下游分析网页工具

    前面我们提到了在我们的shiny服务器部署一个RNA-seq下游分析网页工具,虽然说因为时间关系没办法给它写一步步教程,而且也的确类似的工具太多, 写教程的时间付出并不经济。...下载源代码,一步步安装即可,log目录是 /var/log/shiny-server 只有同属于shiny组的用户才能访问,只有在需要调试代码的时候才需要去查看默认程序存放在:/srv/shiny-server...,比较容易部署,虽然说,依赖的R包也不少,使用下面的代码批量安装那些缺失的包,如下: packagesReq <- c("DT", "shiny",...网页工具用法 网页工具部署成功后,使用起来非常简单,输入一个自己需要处理的表达矩阵数据集即可,比如:GSE10009: ?...image-20191114152830972 实际上就是调用GEOquery包去GEO数据库下载文件,所以这个非常慢,因为中国大陆的网络问题。

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    R文档沟通|Dashboards入门(4)

    在 flexdashboard 中使用 Shiny 可以将一个静态的 R Markdown 报告变成一个交互式文档。...入门指南 在仪表盘中添加 Shiny 组件的步骤如下: 在文档顶部 YAML 元数据中添加 runtime: shiny。...当代码中包含绘图函数时(例如:hist()),得将它们封装在 renderPlot() 中。这有利于界面在布局更改时,自动调整尺寸大小。...注:文档顶部标记为 global 的 R 代码块在全局环境中都可以被调用。这将为用户带来更好的启动性能,强烈推荐大家使用。...输入栏 通过添加 {.sidebar} 属性设置一个默认布局为左对齐,250像素宽度的左侧边栏。 在搭建多个页面的仪表盘时,如果你想创建一个应用于所有页面的工具条。

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    安防RTSP_Onvif网络摄像头互联网直播视频流媒体服务器在使用过程中如何保存用户登录时的信息

    背景分析 随着互联网基础设施建设的不断完善和发展,带宽的不断提速,尤其是光纤入户、4G/5G/NB-IoT各种网络技术的大规模商用,视频随时随地可看、可控、可视频会议调度指挥、可智能预警、可智能检索回溯的诉求越来越多...,尤其是移动视频应用技术和智能语音技术的普及和发展,使得视频智能分析和语音智能理解支持的需求在各行各业越来越受到青睐和重视,简简单单的视频直播、视频会议、语音播报已经越来越不符合商业规律。...而在传统视频监控、视频会议行业里面,互联网思维、架构和技术完全可以成功引入,尤其是在移动互联网、物联网、深度学习、智能分析、云端组网方面的融合技术,完全能够满足新形势下的各种行业的终端智能化的需要。...软件使用过程中如何保存用户登录时的信息 解决问题 保存用户登录的信息,方法有很多种,下面是我以前做的一个案例,方法是通过使用cookie的方法来进行保存的 HTML代码 ? js代码 ?...这个方法主要是通过cookie插件,通过设置cookie的值来保存用户的信息,设置了用户,密码保存的时间和路径。当我们需要销毁时,只需要通过把路径地址设置为空就可以实现。

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    Linux系统使用Docker安装RStudio服务并实现任意浏览器远程访问

    前言 RStudio Server 使你能够在 Linux 服务器上运行你所熟悉和喜爱的 RStudio IDE,并通过 Web 浏览器进行访问,从而将 RStudio IDE 的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中...下面介绍在Linux docker中安装RStudio Server并结合cpolar内网穿透工具,实现远程访问,docker方式安装可以避免很多问题,一键安装,如设备没有安装docker,需提前安装docker...端口即:【http://局域网ip:9200】,使用cpolar账号登录,登录后即可看到cpolar web 配置界面,结下来在web 管理界面配置即可 4....,即可登录成功,这样一个远程地址就创建好了,在cpolar中,默认是随机地址,下面我们设置固定地址 6....固定RStudio公网地址 由于以上使用cpolar所创建的隧道使用的是随机公网地址,24小时内会随机变化,不利于长期远程访问。

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    如何在Linux运行RStudio Server并实现Web浏览器远程访问

    前言 RStudio Server 使你能够在 Linux 服务器上运行你所熟悉和喜爱的 RStudio IDE,并通过 Web 浏览器进行访问,从而将 RStudio IDE 的强大功能和工作效率带到基于服务器的集中式环境中...下面介绍在Linux docker中安装RStudio Server并结合cpolar内网穿透工具,实现远程访问,docker方式安装可以避免很多问题,一键安装,如设备没有安装docker,需提前安装docker...端口即:【http://局域网ip:9200】,使用cpolar账号登录,登录后即可看到cpolar web 配置界面,结下来在web 管理界面配置即可 4....,即可登录成功,这样一个远程地址就创建好了,在cpolar中,默认是随机地址,下面我们设置固定地址 6....固定RStudio公网地址 由于以上使用cpolar所创建的隧道使用的是随机公网地址,24小时内会随机变化,不利于长期远程访问。

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    【C语言必学知识点七】你知道在动态内存管理中存在的内存泄露问题吗?遇到内存泄露时应该如何处理?今天跟你好好介绍一下如何正确使用calloc与realloc!!!

    他们又应该如何使用呢?在今天的内容中,我们将会对这些问题进行一一的探讨,下面我们就一起进入今天的内容吧!!!...下面我们就来看一下realloc如何改变空间大小: 可以看到,当我们在使用realloc时,realloc会直接在传入的指针p的基础上进行扩容。...接下来我们就来深入探讨一下realloc在使用时,内存中的空间的分配情况; 2.3 realloc的空间分配 对于realloc来说,它在执行空间分配时会有两种情况:分配成功与分配失败。...但是当我们在进行空间分配时是执行的扩容操作,那么就会有以下两种情况: 源空间足够扩容realloc会在源空间的基础上直接扩容,该空间的起始地址为原先的起始地址; 源空间不够扩容realloc会在内存中重新申请一块空间...这里大家可能不太理解什么是源空间足够扩容和不够扩容,下面我们通过图片来理解,如下所示: 从图中可以看到,所谓的源空间足够扩容,指的是在源空间的基础上,能否继续向后开辟连续的空间,或者说,源空间的后面是否还存在空余未被使用的空间

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    生信主管应该了解的十个Linux知识点

    linux的发行版非常多,其实本质上差别不大,哪怕是mac的OS应该是也是同样的管理操作模式。...在Ubuntu的中文系统中自带了中文输入法,通过Ctrl+Space可切换中英文输入法。这里我们主要说下Ubuntu英文系统中,中文输入法的安装。...我们在Input Method选项卡中,选择自己喜欢的输入方式,并配置自己喜欢的快捷键即可。 第五步:通常情况下,IBus图标(一个小键盘)会出现在桌面右上角的任务栏中。...有时候这个图标会自行消失,可使用以下命令,找回消失的IBus图标: ibus-daemon –drx ubuntu上安装mysql 非常简单只需要几条命令就可以完成。...因为 /etc/rc.d/init.d/iptables save会在iptables服务启动时重新加载,要是在重启之前直接先调用了 /etc/rc.d/init.d/iptables save那么你的

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