在snakemake中为多个输入和单个输出创建多个参数。ConbineGVCFs gatk问题
在snakemake中为多个输入和单个输出创建多个参数，可以使用snakemake的动态参数（dynamic parameters）功能来实现。对于ConbineGVCFs gatk问题，可以按照以下步骤进行处理：
- 首先，需要定义输入文件和输出文件的规则。假设有多个输入文件
input1.gvcf、input2.gvcf、input3.gvcf，以及一个输出文件output.gvcf，可以在Snakefile中定义如下：
rule all:
input:
"output.gvcf"
rule combine_gvcfs:
input:
gvcfs=["input1.gvcf", "input2.gvcf", "input3.gvcf"]
output:
"output.gvcf"
params:
extra=""
shell:
"gatk CombineGVCFs -R reference.fasta -V {input.gvcfs} -O {output} {params.extra}"- 在
rule combine_gvcfs中，使用params参数来定义额外的参数。可以通过在命令行中传递--extra参数来设置额外的参数。例如，如果要设置--interval参数为interval.bed，可以在命令行中运行以下命令：
snakemake --extra "--interval interval.bed"- 如果要为每个输入文件设置不同的参数，可以使用snakemake的动态参数功能。在Snakefile中，可以使用
expand()函数来生成多个规则，每个规则对应一个输入文件和相应的参数。例如，如果要为每个输入文件设置不同的--interval参数，可以修改rule combine_gvcfs如下：
rule combine_gvcfs:
input:
gvcfs=["input1.gvcf", "input2.gvcf", "input3.gvcf"]
output:
"output.gvcf"
params:
intervals=expand("--interval {interval}", interval=["interval1.bed", "interval2.bed", "interval3.bed"])
shell:
"gatk CombineGVCFs -R reference.fasta -V {input.gvcfs} -O {output} {params.intervals}"在上述示例中，params.intervals会根据输入文件的数量自动展开为多个参数，每个参数对应一个输入文件的--interval参数。
这样，通过使用动态参数和expand()函数，就可以为多个输入和单个输出创建多个参数，并在snakemake中进行处理。请注意，上述示例中的命令和参数仅供参考，具体的命令和参数应根据实际情况进行调整。
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我有200000条法式序列。我正在做GATK来调用变体，并为每个序列创建一个通配符。现在我想用snakemake提交200000份工作。这会导致集群问题吗？有没有办法在10-20的范围内提交工作？
浏览 4提问于2020-11-18得票数 0
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我是新手使用snakemake，我有一个问题，当做步骤gatk VariantRecalibrator在snakemake上，它产生了错误，但脚本可以运行没有错误时，蛇的格式。 import snakemake.io
import os
REF="/data/data/reference/refs/ucsc.hg19.fasta"
HM="/data/data/variant_call/hapmap_3.3.hg19.sites.vcf"
OMNI="/data/data/variant_call/1000G_omni2.5.hg19.sites.v
浏览 62提问于2019-05-30得票数 0
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我尝试用在LSF上使用snakemake，但是在使用通配符时只提交了一个作业。
Submitted job 1 with external jobid '660343 logs/cluster/try_expand/unique/jobid1_4530cab3-d29c-485d-8d46-871fb7042e50.out'.
下面是一个最小的运行示例
snakemake --profile lsf -s try.smk 2> `date +"%Y%m%d_%H%M"`_snakemake_try.log --latency-wait 20
CHROMOS
浏览 5提问于2020-09-28得票数 0
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当我将Snakemake提交到我的集群时，我遇到了一个‘通配符’对象没有属性'output‘的错误，类似于前面的问题。我想知道您是否对如何使其与集群兼容有任何建议？
虽然我的规则annotate_snps在本地测试时有效，但我在集群上得到了以下错误：
input: results/CI226380_S4/vars/CI226380_S4_bwa_H37Rv_gatk.vcf.gz
output: results/CI226380_S4/vars/CI226380_S4_bwa_H37Rv_gatk_rename.vcf.gz, results/CI226380_S4/v
浏览 1提问于2022-01-07得票数 0
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我的snakemake管道包含31条规则，这让我发疯了。它是一个映射和snp调用管道，它使用BWA和HaplotypeCaller等。根据所使用的程序，我为每个规则创建了一个conda环境。我的代码相当长，如果需要，可以在以下地址看到：
具体来说，当我想构建DAG时，snakemake告诉我，haplotype_caller规则没有参考基因组作为输入。但它在档案里。以下是相关代码：
rule haplotype_caller_gvcf:
# Aim: Call germline SNPs and indels via local re-assembly of haplotypes
# Use:
浏览 18提问于2022-10-14得票数 0
1回答
我使用snakemake管道运行GATK MarkDuplicate命令，其中包含来自不同读取组的多个输入bam文件。
rule mark_duplicates:
input:
get_dedup_input
output:
bam=temp("bams/{patient}.{sample_type}.markdups.bam"),
md5=temp("bams/{patient}.{sample_type}.markdups.bam.md5"),
metrics="qc/g
浏览 5提问于2020-03-03得票数 1
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我是Snakemake的新手，我正在尝试开发一些管道。我在使用通配符时遇到了一些问题，试图尽可能地自动化我的生物信息学分析。当管道变得更加复杂时，我遇到了麻烦(如下所示)。看起来Snakemake没有正确解析通配符。在Snakefile的预演期间，通配符的值在某些规则的执行中看起来是正确的。但是，相同的通配符会在管道的不同步骤(规则)中导致错误，我无法找出原因。下面我提供了演练的代码和输出消息。 num=["327905-LR-41624_normal","327907-LR-41624_tumor"]
num_normal=["327905-LR-4
浏览 45提问于2019-04-08得票数 0
我试图用spark-submit (特别是GATK，所以命令不是spark-submit，而是类似的东西)执行一个Spark程序:这个程序只接受一个输入，所以我尝试编写一些Java代码来接受更多的输入。
特别是，我试图通过spark-submit的函数为每个输入执行一个JavaRDD：
JavaRDD<String> bashExec = ubams.map(ubam -> par1 + "|" + par2)
.pipe("/path/script.sh");
其中par1和par2是传递给script.sh的参数，s
浏览 1提问于2017-10-18得票数 2
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我需要在同一个snakefile中运行两个规则(gatk_Mutect2和gatk_IndelRealigner)。
如果将这些规则放在不同的snakefile中，我可以不出错地运行它们。
我使用两个输入函数(get_files_somatic和get_files)。两者都使用case名称作为字典键。(每个病例均正常)。当我将这些规则放在相同的snakefile中时，snakemake试图在gatk_IndelRealigner的输入中找到法线的id。
我的问题是：如何处理两个规则的模糊性？，我的意思是，我想要蛇形，而不是试图连接这两个规则。
def get_files_somatic(wil
浏览 14提问于2017-11-09得票数 0
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我的第一个命令行"bcftools query -l {input.invcf} | head -n 1"的输出输出vcf文件的第一个个体的名称(即IND1)。我想在selectvariants GATK in -sn IND1选项中使用该输出。如何整合snakemake的第一条生产线，以便在下一条生产线中使用它的输出？
rule selectvar:
input:
invcf="{family}_my.vcf"
params:
ind= ???
ref="ref.fasta"
浏览 8提问于2022-02-04得票数 3
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我有一个文件，每个输入都有前缀，我的文件是snakemake规则： > "PB0206,SRR10694951,PB0216,SRR10694963"
> "PB0212,PB0202"
> "PB0199,PB0205"
> "PB0215,PB0219"
> "PB0197,PB0211"
> "PB0204,SRR10694964,PB0214"
> "PB0210,SRR10694969,PB0209,SRR10694950"
浏览 55提问于2021-08-05得票数 0
我想把重新排列的过程和内部重新排列联系起来。规则是这样的：
rule gatk_IndelRealigner:
input:
tumor="mapped_reads/merged_samples/{tumor}.sorted.dup.reca.bam",
normal="mapped_reads/merged_samples/{normal}.sorted.dup.reca.bam",
id="mapped_reads/merged_samples/operation/{tumor}_{normal
浏览 3提问于2017-09-26得票数 0
我在gatk4中为CombineGVCF写了一条规则。规则如下 all_gvcf = get_all_gvcf_list()
rule cohort:
input:
all_gvcf_list = all_gvcf,
ref="/data/refgenome/hg38.fa",
interval_list = prefix+"/bedfiles/hg38.interval_list",
params:
extra = "--variant",
output:
prefix+"/vcf
浏览 103提问于2021-09-16得票数 2
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我第一次使用snakemake来构建一个基本的管道，它使用剪裁、bwa和GATK (裁剪；映射；调用)。我希望在包含在目录中的每个fastq文件上运行这个管道，而不必在snakefile或config文件中指定它们的名称或任何内容。我想成功地做到这一点。
前两个步骤(裁剪和bwa /裁剪和映射)运行良好，但我在GATK方面遇到了一些问题。
首先，我必须从bam文件生成g.vcf文件。我是用这些规则来做的：
configfile: "config.yaml"
import os
import glob
rule all:
input:
"mer
浏览 7提问于2017-07-04得票数 7
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我是Snakemake的新手，我想创建一个管道，它接受给定的输入文本文件，并将其内容连接到给定的输出文件。但是，我希望能够在运行时指定输入和输出文件的名称，因此这两个文件名都不是在Snakefile中硬编码的。现在我能想到的就是：
rule all:
input:
"{input}.txt",
"{output}.txt"
rule output_files:
input:
"{input}.txt"
浏览 2提问于2020-06-25得票数 0
我有一个调用python程序的snakemake规则，python程序的输出依赖于传递的参数。我想让snakemake知道在传递某个参数(布尔值)或不传递参数时，期望输出之间的差异。
我的当前解决方案是根据参数的配置创建一个输出list_phen_gen_output列表。但是，当源程序接受改变源程序产生的输出列表的3参数时，这种情况会呈指数增长。
请参阅其中一个参数的当前解决方案。当extract_genotypes == "T"或extract_genotypes是假的时候。
if extract_genotypes == "T":
list_phe
浏览 15提问于2022-08-08得票数 1
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我试着在本地电脑上运行Snakemake命令。即使我使用了最简单的代码结构，它也没有工作，如下所示：
规则fastqc_raw:输入：“原始/快速”输出：“输出/fastqc_raw/a.html”外壳："fastqc {input} -o {output} -t 4“
它显示了以下错误：
规则fastqc_raw: fastqc_raw:1输出: output/ fastqc _raw/A.html RuleException: CalledProcessError在/Users/01/Desktop/Snakemake/Snakefile:命令‘set -euo pipe
浏览 1提问于2018-10-03得票数 3
我使用snakemake在管道中实现了一个新工具，但我在使用这些代码行时遇到了一些问题：
resources:
# Samtools sort requires by default 768M per threads
# Here, be set the maximum amount of memory are 1.5Go per threads
mem_mb = (
lambda wildcards, attempt, threads: min(
attempt * 250 + threads * 768,
1536 *
浏览 3提问于2018-09-10得票数 0
我正在使用slurm的HPC上运行一个snakemake管道。管道相当长，由大约22个步骤组成。在尝试提交作业时，snakemake会定期统计一个问题。这导致了错误
sbatch: error: Batch job submission failed: Socket timed out on send/recv operation
Error submitting jobscript (exit code 1):
我使用下面的snakemake调用通过sbatch文件运行管道
snakemake -j 999 -p --cluster-config cluster.json --cluster
浏览 749提问于2019-10-24得票数 5
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我试图使用gatk重新校准我的vcf，但始终得到一个错误“非法参数值:提供了位置参数”。但我不知道这意味着什么，也不知道如何纠正它！
这是我的电话：
gatk VariantRecalibrator \
-R "/Volumes/Seagate Expansion Drive/refs/hg38/gatk download/Homo_sapiens_assembly38.fasta" \
-V "$OUT"/results/variants/"$SN".norm.vcf.gz \
-AS \
--resource hapm
浏览 11提问于2021-12-10得票数 0
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我用bwa对齐读取，用gatk调用变体。gatk需要为参考基因组创建一个dict，bwa需要创建索引。当我对它们都使用触摸时，我会得到以下错误：
AmbiguousRuleException:
Rules bwa_index and gatk_refdict are ambiguous for the file ref.
Expected input files:
bwa_index: ref.fasta
gatk_refdict: ref.fasta
这是代码：
rule bwa_index:
input:
database="
浏览 5提问于2020-10-23得票数 0
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我正在使用bash调用用java (gatk)编写的工具，并且我需要将数组中的多个参数作为输入参数进行传递。我试过这种方法，但似乎行不通。你能帮我解决这个问题吗？ 代码： java $GATK \
-T GenotypeGVCFs \
-R $ref \
-o output.vcf \
for foo in array
do
--variant $foo \
done 我想被称为： java $GATK \
-T GenotypeGVCFs \
-R $ref \
-o output.vcf \
浏览 56提问于2017-06-20得票数 2
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对不起，如果这可能是重复其他问题，但我想不出是什么在我的情况下调试。有这样的数据：
Sample gender phenotype subject_id
0 ERR35175 male tumor 13
1 ERR35176 male control 13
2 ERR35177 female tumor 14
3 ERR35178 female control 14
4 ERR35179 male tumor 16
5 ERR3518
浏览 7提问于2022-02-14得票数 2
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我有一个问题，我认为这个问题应该很容易解决，但由于某种原因，我无法解决它。我在Snakemake中使用GNU并行来执行一些变量调用。
我的输入文件(contigs.txt)如下所示：
GL000207.1
GL000226.1
GL000229.1
GL000231.1
GL000210.1
GL000239.1
GL000235.1
最终执行的命令如下所示：
"name=$(bash get_name.sh normal_recal.bam) \n"
"cat {input.contigs} | "
浏览 26提问于2021-02-19得票数 0
即使Snakemake构建的输出文件已经存在，Snakemake也只想重新运行我的整个管道，因为我已经修改了第一个输入或中间输出文件之一。
我用-n做了一次Snakemake预演，给出了以下更新输入文件的报告，解决了这个问题：
Reason: Updated input files: input-data.csv
和这条更新中间文件的消息
reason: Input files updated by another job: intermediary-output.csv
如何强制Snakemake忽略文件更新？
浏览 1提问于2019-06-28得票数 13
当最初的DAG作业生成时，我的Snakemake变体识别管道出现了一个错误。我认为这是内存问题；当我使用简短的输入文件列表进行测试时，DAG的构造是没有问题的，但是，当我尝试使用300+输入配对-fastq时，我会收到以下错误：
Building DAG of jobs...
Traceback (most recent call last):
File "/home//.conda/envs/snakemake/lib/python3.6/site-packages/snakemake/__init__.py", line 633, in snakemake
ke
浏览 15提问于2022-02-15得票数 0
我正在开发一个使用Genrich运行Snakemake的ATACseq管道。
事实上，Genrich允许在同一步骤中调用来自多个复制的峰值，从而避免了其他步骤(即IDR)。
在Snakemake中，我已经找到了同时返回我想要的所有示例(即从一个条件中复制)的方法，但是Genrich要求输入逗号分隔的文件，或者如果引用每个文件时使用空格分隔的文件。
通常，输入返回空格分隔的文件列表(即file1 file2 file3)，由于我不知道如何使它返回以逗号分隔的文件，所以我尝试引用它们。
理论上，在SnakemakeVersion5.8.0之后，您可以在规则的shell命令中将输入引用为{input
浏览 2提问于2020-10-26得票数 2
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2回答
我正在使用一个作为docker镜像分发的工具(gatk)，并尝试在shell脚本中使用它的命令。我在分离模式下运行docker。 sudo docker run --name my_container -d -v ~/test:/gatk/data -it broadinstitute/gatk:4.1.9.0 然后，我从shell脚本运行命令 #!/bin/bash
docker exec my_container gatk command1
wait
docker exec my_container gatk command2 command2需要来自command1的输入，所以我使用了
浏览 39提问于2021-07-17得票数 0
3回答
目前，我有以下脚本在我创建的可重复环境中使用Unix系统上的HaploTypeCaller程序：
#!/bin/bash
#parallel call SNPs with chromosomes by GATK
for i in 1 2 3 4 5 6 7
do
for o in A B D
do
for u in _part1 _part2
do
(gatk HaplotypeCaller \
-R /storage/ppl/wentao/GATK_R_index/genome.fa \
-I GATK/MarkDupli
浏览 0提问于2019-07-11得票数 1
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在第二条规则中，我想从包含bob、clara和tim的vcf文件中选择，只有roder中字典的第一个基因型(即bob)才能在第二个规则bob.dn.vcf中获得输出。这在snakemake中有可能吗？
d = {"FAM1": ["bob.bam", "clara.bam", "tim.bam"]}
FAMILIES = list(d)
rule all:
input:
expand some outputs
wildcar
浏览 9提问于2022-02-03得票数 0
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1回答
我很抱歉，但是我一直无法解决我自己运行MuTect的问题。我不确定我的论点，或者我的一个输入，甚至是java本身是否有问题。我收到这个错误。
Error processing 1:12855123
java.lang.IllegalArgumentException: Comparison method violates its general contract!
at java.util.TimSort.mergeLo(TimSort.java:747)
at java.util.TimSort.mergeAt(TimSort.java:483)
at
浏览 3提问于2017-01-25得票数 1
在执行shell命令之前，是否有可能避免删除snakemake规则中定义的输出文件？我在这里找到了对这种行为的描述：
我要做的是为输入列表和输出文件列表(N:M关系)定义一个规则。如果其中一个输入文件已更改，则应触发此规则。然后，在shell命令中调用的python脚本只创建那些不存在的输出，或者与已经存在的文件相比内容已经更改的输出(即在python脚本中实现了更改检测)。我希望下面这样的规则能够解决这个问题，但是由于output.jsons在运行python脚本之前被删除了，所以所有的output.jsons都将使用一个新的时间戳来创建，而不仅仅是那些已经更改的。
rule jsons:
浏览 0提问于2018-03-08得票数 2
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我正在练习用snakemake编写工作流。
我的Snakefile的内容
configfile: "config.yaml"
rule get_col:
input:
expand("data/{file}.csv",file=config["datname"])
output:
expand("output/{file}_col{param}.csv",file=config["datname"],param=config["cols"])
params:
col=
浏览 10提问于2020-10-28得票数 1
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我正在将bash脚本转换为snakemake，并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是，snakemake没有运行并行进程，而是尝试运行一个具有所有参数的进程，但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出，例如对于K=1，它们是fileprefix.1.meanP，fileprefix.1.meanQ。我的c
浏览 23提问于2019-01-29得票数 1
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在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b']
out_files = ['out_c', 'out_d']
out_to_in_dict = dict()
for in_file, out_file in zip(in_files, out_files):
out_to_in_dict[out_file] = in_file
rule all:
浏览 65提问于2019-10-02得票数 2
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我有一个snakemake工作流，其中包含一个运行另一个“内部”snakemake工作流的规则。
有时内部工作流的某个规则失败，这意味着内部工作流失败。因此，内部工作流的output下列出的所有文件都会被外部工作流删除，即使创建它们的内部工作流规则成功地完成了它们。
是否有办法防止snakemake删除失败规则的输出？或者你可以提出另一个解决办法？
几个注意事项：
内部工作流的输出必须列出，b/c作为外部工作流中其他规则的输入。
我尝试将内部工作流的输出设置为protected，但这没有帮助。
我还尝试在调用结束时添加exit 0到内部工作流，以使snakemake认为它已经成功完
浏览 6提问于2020-12-22得票数 0
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我刚开始使用蛇形蛋糕。我写了一个bash脚本来分析一些配对的末端扩增序列数据。有人建议我使用snakemake在每个示例的配对读取过程中迭代我的脚本。我的脚本在不同的目录(qc、对齐、变体、协商一致和重复)中生成许多不同的输出文件(各种bams、vcf、html和txt文件)。
我读过，并尝试编写一个Snakefile，如下所示。由于有许多不同的输出目录和文件被创建，所以我不知道在输出中放什么，所以我认为有输入和脚本就足够了。
rule othello_call:
input:
R1="/Users/michaelflower/Documents/ACL/Res
浏览 7提问于2021-12-09得票数 0
1回答
我使用Snakemake版本7.12.1，并在尝试执行管道时得到以下错误：
AttributeError:输入、输出、通配符、params或log的无效名称: pop保留给内部使用
我通常使用单词pop作为通配符，用于无问题的人口。在引发错误后，我将其更改为另一个单词，看起来错误消失了。有人会确认pop现在是一个预留的名字，还是有另外的解释？我查看了snakemake手册，没有任何相关的通知。
浏览 5提问于2022-08-22得票数 1
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我正在尝试从一个示例文件创建规则的输入。示例文件包含一个列SampleID，该列应用作示例通配符。我想从数据框中的Path_Normal列和Path_Tumor per SampleID列中提取正常和肿瘤bams的路径。
为此，我尝试这样做：
import pandas as pd
input_table = "sampletable.tsv"
samples = pd.read_table(input_table).set_index("SampleID", drop=False)
rule all:
input:
expan
浏览 18提问于2021-03-11得票数 0
rule rule1:
output: tsv = "..."
input: faa = "..."
shell:
"""
awk ... > {output.tsv}
some commands {input.faa} | awk ... >> {output.tsv}
"""
rule rule2:
output:
tsv = "..."
input:
浏览 30提问于2021-08-08得票数 0
我写了我的第一个使用python脚本处理文件的snakemake规则：
rule sanitize_labels:
input:
"data/raw/labels/rois_essence_31_10_2019_final.shp",
"data/raw/labels/pts_carte_auto_final.shp"
output:
"data/interim/labels/rois_essence_31_10_2019_final.csv",
"data/
浏览 112提问于2020-02-10得票数 0
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我想创建一个Snakemake规则，其中有:输入、日志、shell部分。没有输出，我只想捕获日志作为命令的结果。
浏览 5提问于2020-08-18得票数 1
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我有一个巨大的data.frame，它有大约300万行和100列。在其中一列中，有关于ID的信息。我需要创建一个R脚本，它可以用于基于这个ID生成一个新的data.frame。基本上，这个新的data.frame将只包含找到这个ID的行和来自大data.frame的其余列，再加上一些需要根据ID column中包含的信息创建的额外列。最后一个想法是将其实现到一个闪亮的应用程序中，这样用户就可以输入名称ID，然后新的data.frame就可以可视化了。
下面是我的数据的一个例子。这将是我需要按示例拆分的大型data.frame：
Chr Start End Ref A
浏览 2提问于2018-12-21得票数 1
我是蛇形蛋糕的新手。当我在“蛇形码头”( Docks of snakemake， )中阅读Snakemake教程时，我不明白它的含义。有人能解释一下吗，非常感谢！
如果一个输入文件比一个输出文件更新，或者一个输入文件将由另一个作业更新，Snakemake只会重新运行作业。
浏览 7提问于2018-01-05得票数 0
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我有一个奇怪的Snakemake规则，我想创建Snakemake文档没有描述的规则。我有规则picard_dupes，它产生三个输出、度量、bai和bai文件。但是，与通过输出创建的bai和度量不同，bai是在不包含在输出中的CREATE_INDEX中创建的。创建一个.bai而不是bam.bai文件。在规则中，picard_bai将此文件重命名为可在以后的规则中识别。但是，我收到了一个错误:丢失了规则picard_bai的输入文件。这告诉我的Snakemake正在尝试在picard_bai之前执行picard_dup。我如何才能让它工作在我的bai是输出，而不是在输出移动到下一个规则输入？
r
浏览 4提问于2022-05-02得票数 0
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我有一条规则，大致结构为
rule something:
input: "file1.txt"
output: "file2.txt"
params: my_variable = shell("uname")
shell: "cat <({params.my_variable}) {input} > {output}"
这导致我的工作流在前面打印出my_variable的输出。
Linux
Building DAG of jobs...
等。
但是，这会给Snakemake中的一系列选项
浏览 2提问于2022-08-12得票数 0
回答已采纳
我有一个snakemake管道，它包含调用其他程序和自定义R和python脚本的规则。
我有多个数据集，需要在这些数据集上运行这个管道。通常，我会为每个数据集创建一个单独的文件夹，并将一个特定于数据集的配置文件单独运行。
由于我这次有20+数据集，我想知道是否有一种更自动化的方法来做到这一点。数据集之间的变化主要有4个参数:输入文件位置、引物、质量控制参数和结果输出dir。是否有一种方法可以拥有一个“主”配置文件，其中包含关于这4个参数的信息，以及一个snakefile，后者调用第二个snakefile的次数与数据集的数量一样多？
这个想法对我来说像是一个for循环，它通过这4个参数的数组循环
浏览 3提问于2021-01-05得票数 1
有没有办法让snakemake在输入丢失的情况下表现得像make一样？snakemake当前的行为是bug还是一个特性？ $ ls
b Makefile Snakefile
$ cat Makefile
b: a
touch b
a:
touch a
$ make -n
touch a
touch b
$ cat Snakefile
rule b:
input: "a"
output: touch("b")
rule a:
output: touch("a")
$ snakemake -n
B
浏览 14提问于2020-08-14得票数 2
我有一个非常简单的snakemake管道，它接受一个输入文件，完成三个后续步骤才能产生一个输出。每个单独的工作都非常快。现在，我想将此管道应用于SGE集群上的10k以上的文件。即使我使用group为每个输入文件的每三个规则分配一个作业，我仍然会提交10k以上的集群作业。有没有一种方法可以提交有限数量的集群作业(比如说100个)，并在它们之间平均分配所有任务？ 示例如下所示 rule A:
input: {prefix}.start
output: {prefix}.A
group "mygroup"
rule B:
浏览 77提问于2019-10-08得票数 3
我正在尝试创建一个管道，在该管道中，使用output对较早的规则输出的动态数量的文件运行一小串规则。然而，我得到了以下错误：“输入文件中的通配符无法从输出文件中确定：”。
这向我表明，我正在尝试做的事情目前不受支持。下面是我想要做的一个伪例：
rule a:
input: "my static file.txt"
output: dynamic('my/path/{id}.txt')
rule b:
input: dynamic('my/path/{id}.txt')
output: dynamic('m
浏览 0提问于2018-05-02得票数 1
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