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基于基因集的样品队列分组之层次聚类

随着ngs价格的持续走低,转录组测序项目早就走入了大样品时代,当然了,早在芯片价格亲民的时候就有这样的趋势,目前单细胞转录组价格也是在走这个老路。...那么这个根据免疫高低进行分组就有多种实现方式,我们这里简单的演示一下PCA和热图的层次聚类以及gsea或者gsva这样的打分的分组,看看是否有区别。...首先看看热图的层次聚类分组 需要载入 step1-output.Rdata 这个文件里面的表达量矩阵哦,如果你不知道 step1-output.Rdata 如果得到,看文末的代码。...首先,挑选目标基因集的表达量矩阵,进行热图并且顺便层次聚类,然后简单的暴力分组; load(file = 'step1-output.Rdata') cg=c('CD3D','CD3G CD247','...: 层次聚类合理分组 不过,这样的分组,数量并不是均等的哦!

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一种基于力导向布局的层次结构可视化方法

在数据结构优化管理的研究中,传统的力导向方法应用于层次结构数据的展示时,会存在树形布局展示不清楚的问题。...为解决上述问题,通过层次数据特征分析,提出了一种面向层次数据的力导向布局算法,将力导向布局中不同层次的边赋予不同初始弹簧长度,以解决层次数据中结构信息展示不清楚的问题,然后结合层次上下行、Overview...该技术的本质是使用统一的算法将层次结构布局到双曲平面上,然后再将该双曲平面映射到圆形显示区域。 力导向算法是一种常用的绘制一般网状结构的方法。...对于簇状数据,出现了一种与力导向结合的方法,此方法是一种基于将一个图划分为多个子图的多级技术.开始先构建最小的子图,使用力导向布局调整节点的位置.然后在下一层级的子图划分中使用调整好后的结果。...本文考虑调整不同层次的边的长度以示区分,以不同的边长表现不同的层次,使得根节点处的边长较长而叶节点的边长较短。并依树形结构的结构特征达到一定的边长比值,从而实现中心节点处发散而叶节点处收敛的目的。

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    基于图像视觉词汇的文本分类方法(完整项目)

    一年多以前我脑子一热,想做一款移动应用:一款给学生朋友用的“错题集”应用,可以将错题拍照,记录图像的同时,还能自动分类。比如拍个题目,应用会把它自动分类为"物理/力学/曲线运动"。...当然,这个项目其实不靠谱,市场上已经有太多“搜题”类应用了。但过程很有趣,导致我过了一年多,清理磁盘垃圾时,还舍不得删掉这个项目的“成果”。 这个项目,核心要解决的问题就是文本分类。...所以我最终选择的方案是,不使用 OCR,而是直接从图像中寻找有区分性的、鲁棒的特征,作为视觉词汇。之后再通过传统文本分类的方法,训练分类器。...训练词汇分类器 对词汇进行人工标注工作量太大,所以最好能做到自动分类。我的做法是先聚类,再基于聚类的结果训练分类器。...聚类后,计算每个一级分类的中心,然后以所有中心为样本再用DBSCAN聚类,得到二级分类。完成后,原一级分类中心的新分类,即代表其原一级分类下所有元素的分类。

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    ACM MM | 中山大学等提出HSE:基于层次语义嵌入模型的精细化物体分类

    针对于精细化物体识别,其类别可以按照不同程度进行概念抽象,并形成了层次化的分类结构。...近日,中山大学、华南农业大学、电子科技大学以及桂林电子大学联合研究团队提出层次化语义嵌入模型,有效利用层次化的分类结构引导网络特征学习以及约束其预测空间,在细粒度图像识别问题上取得最优的性能。...论文地址:https://arxiv.org/pdf/1808.04505.pdf 模型介绍 一般来说,物体的类别可以按照不同程度进行概念抽象,由此形成了层次化的分类结构。...在本论文的工作中,作者同时预测了分类层次结构中各层级的类别,并将这种结构化关联信息集成到深层神经网络中,以逐步约束标签预测和指导特征表达学习。...层次语义知识嵌入框架整体示意图 数据集介绍 为了评估提出的框架其有效性,作者扩展了 Caltech-UCSD birds 数据集 (Extended CUB),将其组织成具有目、科、属、种四个层级分类结构

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    【数据结构项目】基于单链表实现的通讯录

    一、准备知识 主要的就是单链表相关的知识,我们在之前已经实现过了基于顺序表的通讯录,这里我们新学习了单链表,我们用单链表实现一下通讯录项目 需要的内容:单链表,指针,循环,结构体等知识 二、写之前的思路...个节点的地址 }SLTNode; //打印 void SLTPrint(SLTNode* phead); //尾插 void SLTPushBack(SLTNode** pphead, SLTDataType...数据 void SLTInsertAfter(SLTNode* pos, SLTDataType x); //删除pos之后的节点 void SLTEraseAfter(SLTNode* pos); /...\n"); return; } printf("请输入你要修改对象的姓名:\n"); scanf("%s", n->data->name); printf("请输入你要修改对象的性别:\n"...); scanf("%s", n->data->sex); printf("请输入你要修改对象的年龄:\n"); scanf("%d", &n->data->age); printf("请输入你要修改对象的电话

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    图像分类经典项目:基于开源数据集Fashion-MNIST的应用实践

    传统的图像分类方法通过人工设计提取图像特征,而基于深度学习的图像分类方法能够自动提取特征,其中卷积神经网络(CNN)近年来取得了惊人的成绩。 本文收集并评估了一些高效有用的图像分类训练技巧。...本文并未提出新颖的网络结构或者数据增强方法,而是对标准的Baseline使用了一些数据增强和训练的技巧得到了一个强Baseline。...网络结构 1. ResNet 自 AlexNet 以来,最先进的 CNN 架构已经越来越深。...其结构如下: ? 2. EfficientNet 为了获得更好的精度,放大卷积神经网络是一种广泛的方法。...同时,它基于搜索算法来找到最佳策略,以便神经网络对目标数据集产生最高的验证准确性。 5. MixUp MixUp将训练集中随机两个样本的图像和标签进行某种方式混合。

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    Elasticsearch入门指南:构建强大的搜索引擎(上篇)

    Elasticsearch 是一个基于 Lucene 的分布式搜索引擎,具备高效的全文搜索、实时数据分析和数据可视化等功能。...聚合可以根据各种条件对文档进行分类,并生成汇总结果。 集群(Cluster):集群是由多个Elasticsearch节点组成的分布式环境。...它是对具有相似特征的文档的逻辑分组。索引提供了对文档的快速搜索、聚合和过滤的能力。 您可以将索引视为包含多个文档的容器。...父子文档是什么 父子文档是 Elasticsearch 中一种特殊的关系类型,用于表示文档之间的层次结构。在父子文档关系中,每个父文档可以有多个子文档,而子文档只能有一个父文档。...相反,Elasticsearch 鼓励使用内嵌文档或嵌套对象来表示层次结构数据,以获得更好的性能和查询灵活性。

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    基于D3.js实现分类多标签的Tree型结构可视化

    关键词: 可视化,D3.js,python,前端,代码 0.Why 今天新来的实习生需要对部分分类文本进行多标签的检测,即根据已构建好的一、二级标签Excel文档,对众包平台人工标注的数据以及机器标注的数据进行评测...此情此景,让我想起了曾经在实验做的文本多标签分类的工作,所以就想用Echart 或D3.js实现层级标签可视化为一个Tree的结构,方便实习生们查阅,提高工作效率。 说干就干!...1.How 1.1 处理数据 首先,找一个标准的基于D3.js实例程序,明确一下我们的工作目标以及步骤[数据的格式+前端代码]。...D3.js加载的数据格式: 加载之后的Tree型结构效果图: 以上的Tree型图就是我们想要达到的目标。...: 以上就是本次层级标签可视化的实践,以后大家工作中再遇到多标签的问题,可以使用该方法快速的实现Tree型结构的可视化了,方便阅读与理解。

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    基于D3.js实现分类多标签的Tree型结构可视化

    关键词: 可视化,D3.js,python,前端,代码 why 今天新来的实习生需要对部分分类文本进行多标签的检测,即根据已构建好的一、二级标签Excel文档,对众包平台人工标注的数据以及机器标注的数据进行评测...此情此景,让我想起了曾经在实验做的文本多标签分类的工作,所以就想用Echart 或D3.js实现层级标签可视化为一个Tree的结构,方便实习生们查阅,提高工作效率。 说干就干!...How 处理数据 首先,找一个标准的基于D3.js实例程序,明确一下我们的工作目标以及步骤[数据的格式+前端代码]。...加载之后的Tree型结构效果图: ? 以上的Tree型图就是我们想要达到的目标。 我们需要将我们的数据,转换为D3.js可以加载的标准数据。...以上就是本次层级标签可视化的实践,以后大家工作中再遇到多标签的问题,可以使用该方法快速的实现Tree型结构的可视化了,方便阅读与理解。

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    树形结构的数据库表设计

    树形结构的数据库表Schema设计 程序设计过程中,我们常常用树形结构来表征某些数据的关联关系,如企业上下级部门、栏目结构、商品分类等等,通常而言,这些树状结构需要借助于数据库完成持久化。...本文将介绍两种树形结构的Schema设计方案:一种是直观而简单的设计思路,另一种是基于左右值编码的改进方案。...为了避免对于树形结构查询时的“递归”过程,基于Tree的前序遍历设计一种全新的无递归查询、无限分组的左右值编码方案,来保存该树的数据。...Schema设计方案做一个总结: (1)优点:在消除了递归操作的前提下实现了无限分组,而且查询条件是基于整形数字的比较,效率很高。...在以查询为主的绝大多数基于数据库的应用系统中,该方案相比传统的由父子继承关系构建的数据库Schema更为适用。

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    Pytorch小项目-基于卷积神经网络的CIFAR10分类器

    今天我们来讲一篇入门级必做的项目,如何使用pytorch进行CIFAR10分类,即利用CIFAR10数据集训练一个简单的图片分类器。...我们今天要做的就是如何训练一个神经网络模型,使得输入一张CIFAR中的图片,会输出预测的类别(10个类别之一)。...输入–>Variable–>net–>loss,optimzer–>Loss 5、预测、测试网络 传入测试数据集,按训练步骤预测 correct += (pred == labels).sum() 6、分类测试...print('Accuracy of the network on the 10000 test images : %d %%' % (100 * correct / total)) (9)分析结果:什么类别分类的效果好...range(10): print('Accuracy of %5s : %2d %%' %(classes[i],100 * class_correct[i]/class_total[i])) 这个小项目就到这里啦

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    (强烈推荐)基于SSM和BootStrap的共享云盘系统设计(项目实现:文件分类)

    重 点:文件读取、弹出层显示 难 点:LayUI+JS实现弹出框 内 容:登录成功后,点击不同的分类,显示对应分类下的缩略图或文件名称。 ? 图1 文件分类页面 1....使用JS显示文件分类框 在WebContent/WEB-INF/menu.jsp页面中,点击左侧的菜单选项(如图片、文档、视频等),将触发index.js中的searchFileType()方法...,通过layer弹出层显示文件分类框;searchFileType()方法对应的代码如下所示; /**查找文件*/ function searchFileType(type){ var tabName...后台处理显示分类文件 1)在FileController类中添加searchFile()方法,用于根据前台所传来的分类信息,获取该用户所对应的分类文件地址,并返回前台显示,代码如下所示; /**...return new Result(371, false, "查找失败"); } } 2)在FileService类中添加searchFile()方法,用于具体获取该分类目录下的文件名以及文件所在目录

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    【AAAI2022】基于图神经网络的稀疏结构学习在文档分类中的应用

    近年来,图神经网络在文献分类中得到了广泛的应用。然而,现有的方法大多是基于没有句子级信息的静态词同现图,这带来了三个挑战:(1)词的歧义性(2)词的同义性(3)动态上下文依存。...为了解决这些问题,我们提出了一种新的基于GNN的稀疏结构学习模型用于文档分类。具体地说,文档级图最初是由句子级词同现图的断开并集生成的。...模型收集了一组可训练的连接句子间不相连词的边,利用结构学习对动态上下文依赖的边进行稀疏选取。具有稀疏结构的图可以通过GNN联合利用文档中的局部和全局上下文信息。...在归纳学习中,将改进后的文档图进一步输入到一个通用的读出函数中,以端到端方式进行图级分类和优化。...在几个真实世界数据集上的大量实验表明,提出的模型优于最先进的结果,并揭示了学习每个文档稀疏结构的必要性。

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    NeuroImage:基于脑电和结构MRI的AD和轻度认知障碍机器学习分类研究

    近期,发表在《NeuroImage》杂志的一项研究收集了老年AD患者(55岁),健忘性MCI(aMCI)和健康对照组(每组约60名)的静息状态EEG,结构MRI(sMRI)和大量的神经心理学数据,在此基础上评估了...2.9机器学习   使用带有惩罚逻辑回归的机器学习分析来估计(1)静息态EEG和(2)结构MRI数据将受试者分类为AD、aMCI或HC的准确性。...因此,迫切需要低成本,客观的方法来促进早期发现。该研究的目的是评估静息态脑电标记物,用于对AD及其前期aMCI进行分类,并将其性能与基于sMRI的分类进行比较。...总体而言,AD vs HC模型的特异性高于敏感性,这表明基于其脑电图特征可能将患者误分类为健康人的趋势。   aMCI脑电模型的准确性较差。...未来研究的另一个有前景的领域是使用基于任务的脑电图来检测痴呆。Porcaro等人最近的一项研究提出,P3b事件相关电位(ERP)是老年人记忆功能障碍的早期标志物。

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    “HiClass”:一个 Python 包,提供流行的机器学习模型和本地分层分类评估指标的实现

    分类是将项目分组到类别中的过程。分类问题可以自然地分层建模,通常以树或有向无环图形式(或某种组合)。...这些类型的分类范围从音乐流派分类一直到识别宏基因组数据集中的病毒序列以及以 COVID-19 为例诊断胸部 X 射线图像。 树分类的平面方法是一种完全忽略类之间层次结构的方法,通常只预测叶节点。...虽然对于某些没有层次特征的问题,这种方法可以轻松快速地使用,但考虑到多层次的分组会变得更加困难,因为在常规线性模型已经完成的事情之上,需要决策树或修剪。训练模型时层次结构的重要性经常被忽视。...这些可以用于不同的应用领域,其中数据是分层结构的,并且具有理想的形状,如树或有向无环图,两侧的中间级别(分层)都有缺失值。 HiClass是一个完全符合scikit的本地分层分类的开源Python包。...它提供了最流行的机器学习模型的实现,并包括在包含层次结构级别的数据集上评估模型性能的工具。 论文和代码链接如下。

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    用旭日图展示数据的三种方法是_旭日大数据

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 什么是旭日图? 旭日图(Sunburst Chart)是一种现代饼图,它超越传统的饼图和环图,能表达清晰的层级和归属关系,以父子层次结构来显示数据构成情况。...旭日图中,离远点越近表示级别越高,相邻两层中,是内层包含外层的关系。 在实际项目中使用旭日图,可以更细分溯源分析数据,真正了解数据的具体构成。...var DataLoader = {}; // 一级分类 var METALS_TITLE = "金属"; var NON_METALS_TITLE = "非金属"; var OTHERS_TITLE...对数据进行2级分组。...第三步,app.js,数据分组 和前边的简单示例相比,这里绑定的数据源是CollectionView.Groups,它是CollectionView中的第一级分组。

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    博客文章怎么设计分类与标签

    主要特点: 层次感强:一个大类下可以有多个子分类,比如“编程”下面可以再分成“Java”、“Python”等。 一个分类为主:每篇文章通常会归入一个主要的分类,帮助读者明确文章的核心主题。...特点: 平面化,没有层次:标签不像分类那样有父子结构,所有标签是平等的。 一篇文章可以有多个标签:标签更多是帮作者从多个角度来描述文章的内容。...分类是结构化的、层次感强的,用来划分大的内容模块。 标签是灵活的,用来描述文章的细节和具体内容,通常用来补充分类无法覆盖到的多维度信息。...3.如何设计自己的分类和标签 最开始也没有太多的思路,所以就去看看好的博客网站怎么做的; 这里推荐一个开源项目:中文独立博客列表,这里面记录了大量的中文独立博客网站; 简单总结一下: 分类要简洁清晰:分类不宜过多...分类和标签的结合是最有效的组织方式:分类帮助梳理大的结构,标签则帮助覆盖到更多内容细节。

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    识辨 | 什么是分类?什么是聚类?

    在生物学上,聚类能用于推导植物和动物的分类,对基因进行分类,获得对种群中固有结构的认识。...聚类在地球观测数据库中相似地区的确定,汽车保险单持有者的分组,及根据房子的类型、价值和地理位置对一个城市中房屋的分组上也可以发挥作用。聚类也能用于对Web上的文档进行分类,以发现信息。...代表算法有:BIRCH算法、CURE算法、CHAMELEON算法等; 层次聚类方法可以是基于距离的或基于密度或连通性的。层次聚类方法的一些扩展也考虑了子空间聚类。...已经提出了一些提高层次聚类质量的方法。 3、基于密度的方法(density-based methods) 基于密度的方法与其它方法的一个根本区别是:它不是基于各种各样的距离的,而是基于密度的。...代表算法有:DBSCAN算法、OPTICS算法、DENCLUE算法等; 4、基于网格的方法(grid-based methods) 这种方法首先将数据空间划分成为有限个单元(cell)的网格结构,所有的处理都是以单个的单元为对象的

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    “中国法研杯”司法人工智能挑战赛:基于UTC的多标签层次分类小样本文本应用,Macro F1提升13%+

    “中国法研杯”司法人工智能挑战赛:基于UTC的多标签/层次分类小样本文本应用,Macro F1提升13%+相关文章推荐:小样本文本分类应用:基于UTC的医疗意图多分类,训练调优部署一条龙:本项目主要完成基于...本项目提供了小样本场景下文本多标签分类的解决方案,在 UTC的基础上利用提示学习取得比微调更好的分类效果,充分利用标注信息。...应用部署界面展示图片1.UTC(Universal Text Classification介绍本项目提供基于通用文本分类 UTC(Universal Text Classification) 模型微调的文本分类端到端应用方案...,存储了数据集中所有的标签路径集合,每行是一个标签路径,高层的标签指向底层标签,不同层级的标签用'##'连接,本项目选择为标签层次结构中的每一个节点生成对应的标签路径,详见层次分类任务介绍,标签路径格式如下...&码源链接 “中国法研杯”司法人工智能挑战赛:基于UTC的多标签/层次分类小样本文本应用,Macro F1提升13%+

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