1.初识 ggplot2 包 ggplot2 包提供了一套基于图层语法的绘图系统，它弥补了 R 基础绘图系统里的函数缺乏一致性的缺点，将 R 的绘图功能提升到了一个全新的境界。...我们首先来探索车重和耗油量的关系，将变量 wt 映射到 x 轴，变量 mpg 映射到 y 轴。...3.3 热图 热图（heatmap）是将一个矩阵中的元素数值用不同颜色表达，并对矩阵的行或列进行层次聚类的一种颜色图。通过热图，我们不仅可以直接观察矩阵中的数值分布状况，还可以知道聚类的结果。...以 RNA-seq 为例，热图可以直观地呈现多样本或多个基因的全局表达量的变化，还可以呈现多样本或多个基因表达量的聚类关系。 stats 包里的函数 heatmap( )可用于制作热图。...该数据集包含 3 个数值型变量 Girth、Height 和Volume。我们分别以这 3 个变量为坐标轴绘制三维散点图，结果如下图所示。
前面我们在人工智能大模型不会告诉你的热图绘制技巧 演示了如何使用ggplot2热图扩展包（ggalign），可以快速替代之前的 pheatmap： 比如我们可以先去geo数据库里面下载 GSE104171...它使你能够使用熟悉的 ggplot2 语法创建复杂热图。...使用以下自定义布局： align_group()：将布局轴分组到具有组变量的面板中。 align_kmeans()：通过 kmeans 将布局轴分组到面板中。...与 ComplexHeatmap 比较 优点 与 ggplot2 生态系统完全集成。 热图注释轴和图例自动生成。 树状图可以轻松自定义和着色。 对图表大小和间距有灵活的控制。...更复杂的示例 以下是使用 ggalign 进行的一些更高级的可视化示例： 热图-布局控制 heatmap_layout()/ggheatmap函数用来初始化热图布局 输入数据 数据输入可以是数值或字符向量
单离散单数值变量的条形图 # 加载第三方包 library(ggplot2) library(gridExtra) # 已汇总数据--单离散变量条形图的绘制 df 排序）、数值标签的添加（代码中的geom_text函数）以及平均水平参考线的添加（代码中的geom_hline）。...在实际应用中，对于单离散变量和单数值变量的条形图，右图会更加受欢迎，因为它更加直观（借助于排序可以迅速地发现柱子的最高、最低及差异；借助于数值标签可以明确地得知各离散水平下的具体值；借助于参考线可以比较哪些水平值高于平均水平...如果绘图数据涉及的是双离散变量单数值变量或者双数值变量单离散变量时，也可以借助于geom_bar函数绘制堆叠条形图、百分比堆叠条形图、交错条形图和对比条形图。...双离散单数值的堆叠条形图 # 加载第三方包 library(readxl) # 读取外部数据 -- weather2017.xlsx（上海2017年天气数据） weather2017 <- read_excel
二、基于绘图要求的数据整理思路 由于要画成“南丁格尔图”，我查了一下，普遍的画法是将柱状图再加一层极坐标的图层就可以实现旋转。但这里的问题重点在文字标注。...因此，我先将Species列按照字母排序后，再进行去重。...必须与变量中的值对应，因子水平中没有的变量会被设置成缺失值(NA) 关于x轴的顺序。由于本次数据x轴本身也是分类变量，理论上也要先因子化，才能进行映射画图。...但是画柱状图的时候，默认会将x轴的分类变量自动因子化然后作图。自动因子化的时候，因子水平按照字母顺序排列，因此作图后x轴的顺序是字母顺序。因此需要手动指定因子水平的顺序。...作图 柱状图 先作柱状图 library(ggplot2) library(ggprism) library(ggthemes) p <- ggplot( dt.cl.resorted, #由于刚开始我不停调整其他图层的映射变量
#柱形图的绘制采用ggplot2函数进行。...图1 单数据系列柱形图 我们可以看到，图1的视觉效果并不是很好，如何使得图片的Y轴柱形图的高度从左到右是依次降低的呢？...一般来说，X轴的数据可以分为数值型、序列型和类别型，图1的X轴很明显属于类别型，根据城市类别进行分类的。Y轴变量通常都是数值型的。如X轴的数据类型属于类别型，一般需要对数据进行降序处理，再展示图表。...通常来说，用ggplot2绘图时，默认X轴类别按照字母顺序排列，比如图1 X轴顺序，按照城市首字母进行排序。...⚠️要实现X轴变量的降序，需要改变因子向量的水平顺序，一定要对表格或者因子向量排序后，再改变其水平顺序，才能使得X轴的类别顺序能够匹配Y轴变量的降序呈现。
pin：数值向量控制图形尺寸，例如pin=c(a,b) 则a、b分别为图形的宽和高，单位为英寸 mfrow：数值向量控制在一页绘制的图片数目以及排列方式，例如设置par(mfrow=c(3,2))则表示同一页有三行两列共六个图...类似地，par(mfcol=c(3,2))规定相同的窗格结构，但是次序为按列填放，即先填满第一列的三个再填第二列 mfg：数值向量跳格方式一页多图，例如par(mfg=c(2,2,3,2))表示在三行两列的多图环境中直接跳到第二行第二列位置...②箱型图 对于双变量其中一个为因子型变量或者分组变量，可以采用boxplot()箱型图来展示不同小组变量数据分布，如下所示： attach(mtcars) boxplot(mpg~cyl, xlab="...2.3Ggplot2绘图 ggplot2（http://ggplot2.tidyverse.org/reference/）是专门用来绘制数据图形的R软件包，与其他R语言包相比，其语法相对独特，是基于图形语法...ggplot2不能识别矩阵，所有分组信息也必须转换为因子变量组成数据框。由于数据框存储的数据量要远大于矩阵，因此ggplot2可以做出信息含量更加丰富的图形。
数据操作中排序和去重是比较常见的数据操作，本专题对排序和去重做专门介绍，并且给出一种不常用却比较有启发意义的示例：多列无序去重 目 录 1 排序 1.1 sort 单列排序返回值 1.2 order...函数 3 多列无序去重 说明：多列无序重复比较值得学习 正 文 1 排序 1.1 sort 单列排序返回值 总结：sort是直接对向量排序，返回原数值 #sort相关语法 sort(x, decreasing...总结：order先对数值排序，然后返回排序后各数值的索引 #order相关语法 order(..., na.last = TRUE, decreasing = FALSE, method...“秩” 总结：rank返回原数据各项排名（有并列的情况） 概念解释：秩是基于样本值的大小在全体样本中所占位次(秩)的统计量。...1.5.2 比如ggplot中绘条形图使x轴按y轴数值大小排序 说明：reorder函数具有对排序变量的因子化作用 > attach(mtcars) > str(reorder(gear,disp))
，所以就会出现第三列记录日期。...915 day 27 ## 916 day 28 ## 917 day 29 ## 918 day 30 默认情况下melt会认为全部为数值的每一列都是带有变量的值...- 火山图 R语言 - 富集分析泡泡图 R语言 - 散点图绘制 R语言 - 韦恩图 R语言 - 柱状图 R语言 - 图形设置中英字体 R语言 - 非参数法生存分析 R语言 - 绘制seq logo图 WGCNA...、线性模型 1初识ggplot2绘制几何对象 2图层的使用—基础、加标签、注释 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布 4语法基础 5通过图层构建图像 6标度、轴和图例 7定位-分面和坐标系 8主题设置...试试好看的弦状图 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化 是Excel的图，不！
R语言不仅提供了基本的可视化系统graphics包，简单的图+修饰，例如：plot、 hist(条形图)、 boxplot(箱图)、 points 、 lines、 text、title 、axis(坐标轴...绘图系统 ggplot2初识 更多下期详解 引言 不同类型变量常用的图表 连续数值变量 一个数值变量可以用：柱状图，点图，箱图 两个数值变量可以用：散点图 分类变量 一个分类变量的可视化：频率表，条形图...两个分类变量的可视化：关联表，相对频率表，分段条形图 一个分类变量一个数值变量： 分类箱图、条形图 1 Lattice绘图系统 特点：一次成图；适用于关系变量间的交互：在变量z的不同水平，变量y如何随变量...1.条件变量的用法~ x | A表示因子A各个水平下数值型变量x的分布情况；y ~ x | A * B表示因子A和B各个水平组合下数值型变量x和y之间的关系。...，可以添加第三个元素，以指定页数 Main/sub 字符型向量，设定主标题和副标题 Panel 函数，设定每个面板要生成的图形 Scales 列表，添加坐标轴标注信息 Strip 函数，设定面板条带区域
热图绘制 热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。...本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...工作原理是把全部的非id列的数值列转为1列，命名为value；所有字符列转为variable列。 # id.vars 列用于指定哪些列为id列；这些列不会被merge，会保留为完整一列。...热图出来了，但有点不对劲，横轴重叠一起了。一个办法是调整图像的宽度，另一个是旋转横轴标记。 # theme: 是处理图美观的一个函数，可以调整横纵轴label的选择、图例的位置等。...但实际绘制时，经常会碰到由于数值变化很大，导致颜色过于集中，使得图的可读性下降很多。因此需要对数据进行一些处理，具体的下次再说。
今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码 clusterProfiler能出的图有柱形图、气泡图、网络图、热图等 今天的推文只介绍柱形图和气泡图，网络图和热图相对比较复杂。...n的数据，但是我们自己做的富集分析肯定是知道这个的n的数值的，这里我假设是500....以下是ggplot2的作图代码 读取数据 dat<-read.table("kegg.txt", sep = "\t", header=...)) 根据generatio的大小排序 ggplot(dat01,aes(x=Input.number/500, y=reorder(Term,Input.number...), limits = c(0,0.65))+ theme(panel.grid = element_blank()) 这里还会经常遇到一个问题就是y轴的文字如果比较长
那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。 1. ggplot2的安装：install.packages("ggplot2")。...2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...按变量组图（facet_等） 真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...，由斜率和截距指定 geom_area 面积图（即连续的条形图） geom_bar 条形图 geom_bin2d 二维封箱的热图 geom_blank 空的几何对象，什么也不画 geom_boxplot...绘制汇总数据 stat_unique 绘制不同的数值，去掉重复的数值 stat_vline 绘制竖直线 标度函数 描述 scale_alpha alpha通道值（灰度） scale_brewer 调色板
： 在小提琴图中，x轴代表不同的样本或细胞群组，y轴代表数值（如基因表达水平）。...处理的复合图形，而"gg"和"ggplot"表示它是基于ggplot2创建的图形对象。...在ggplot2中，图层可以包括几何对象（如点、线、面等），统计变换，数据映射等。 比例（scales）： 定义了图形的比例尺，例如x轴和y轴的取值范围和断点。...sort：根据被绘制属性的平均表达量对身份类别（x轴上）进行排序。你也可以传递'increasing'或'decreasing'来改变排序方向。...这些参数允许基于需求去自定义小提琴图的外观和展示方式，下期我们就具体来看看如何基于这些参数得到更加好看的小提琴图！
（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）、图形解读 (可视化之为什么要使用箱线图...让我们将整个数据集直接用ggcorr进行分析，计算每一列数值列之间的相关性，并绘制一个下三角热图展示： ggcorr(nba) ## Warning in ggcorr(nba): data in column...相关性矩阵是一个对称阵，这里用下三角热图展示全部信息。每个格子的颜色代表对于行与列的相关性，颜色越红正相关性越强，越蓝负相关性越强。...(heatmap) R语言 - 热图简化 R语言 - 热图美化 绘图参数 控制色阶 默认情况下，ggcorr使用从-1到+1的连续色标显示矩阵中表示相关性的强度。...相关矩阵中的变量标签可能会出现的一个问题是，变量标签太长而无法在图的左下方完整显示。
柱状图 单变量分类变量：可使用柱状图展示，提供一个x分类变量，画出数据的分布。 #以透明度（clarity）变量为例，且按照不同的切工填充颜色，柱子的高度即为此分类下的数目。...以上可见，通过映射和几何对象就可以将数据集中的变量数值变成几何图形以及几何图形的各种图形元素。...第三个是具体的类型 此处仅介绍颜色设置和坐标轴设置函数的一些用法，其他类似。...1.2 颜色标尺“第三个”单词选择方法 根据第三个单词的不同，更换的颜色分为以下几种 1）离散型：在颜色变量是离散变量的时候使用，比如分类时每一类对应一种颜色 manual 直接指定分组使用的颜色 hue...注：以下为ggplot2提供的其他统计变换方式，也可以自己写函数基于原始数据进行计算。
require(pkg,character.only=T,quietly = T)直接传递包名称（不加引号）require(ggplot2) # 加载ggplot2包包名称存储在字符串变量中（需要加引号并使用...为什么需要character.only = TRUE当包名称存储在一个变量中时，比如package_name ggplot2"，变量package_name包含的是一个字符串。...2.2.3 options(scipen = 20)scipen 是 scientific penalty 的缩写。它是一个数值，用于影响R在打印数值时选择是否使用科学计数法的倾向。...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),1000)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(...5.2.5 差异基因热图过滤和重命名表达矩阵 exp = exp[deg$probe_id,]：将 exp 矩阵的行过滤为 deg 数据框中 probe_id 列对应的行。
散点图 R语言之可视化⑧easyGgplot2散点图续 R语言之可视化⑨火山图 R语言之可视化⑩坐标系统 R语言之可视化①①热图绘制heatmap R语言之可视化①②热图绘制2 R语言之可视化①③散点图...之ggplot2中的图例修改 R语言之可视化（20）之geom_label（）和geom_text（） R语言之可视化（21）令人眼前一亮的颜色包 R语言之可视化（22）绘制堆积条形图 R语言之可视化（...23）高亮某一元素 R语言之可视化（24）生成带P值得箱线图 R语言之可视化（25）绘制相关图（ggcorr包） R语言之可视化（26）ggplot2绘制饼图 R语言之可视化（27）ggplot2绘制线图...线图一般表达的目的是：某个因变量随着自变量改变而变化的趋势。因变量可以为数值型变量或者分类变量。...绘制X轴为数值型的线图 # Create some data df2 <- data.frame(supp=rep(c("VC", "OJ"), each=3), dose
✦ 数据（Data），最基础的是可视化的数据和一系列图形映射（aesthetic mappings），该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...✦ 坐标系（Coordinate system, coord）描述数据是如何映射到图形所在的平面，同时提供看图所需的坐标轴和网格线。...ggplot2 Scatterplot 这个教程侧重于8个单元： 展现单个连续变量：散点图，折线图，气泡图 进阶条形图：区域图 展现排序：棒棒糖图 展现连续变量的统计分布：条形图，箱线图，小提琴图，峰峦图...不过，如果你是R语言都没有掌握好，那么可能需要先学习我给初学者的六步系统入门R语言，知识点路线图如下： 了解常量和变量概念 加减乘除等运算（计算器） 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子） 多种数据结构
值得注意的是，开发一个 R 包就可以发表一篇不错的文章了。 什么是热图？热图是矩阵中的数值以颜色来显示的图形化表示。热图因其丰富的色彩变化和生动饱满的信息表达被广泛应用于各种大数据分析场景。...参数中比较重要的参数是： x, 需要绘图的矩阵 Rowv 决定“行系统树图”是否以及如何被计算和重新排序，其默认值为空； Colv 决定“列系统树图”是否或如何被从排序。...heatmap 函数做的热图非常大的问题在于我们虽然看到了颜色的差异，但是每一种颜色代表的具体数值又是多少呢？我们不得而知。...用 levelplot 绘制的热图 十、ggplot2 包里面的 ggplot 函数绘制热图 最后，不得不提到十分强大的 ggplot2。...首先介绍了 4 种绘制非交互式热图的包，其次介绍了 4 种绘制交互式热图的包，最后介绍了 lattice 和 ggplot2 绘图系统中绘制热图的方法。
散点图 散点图用来表征两个（如果多个就分面，如上图）数值型变量间的关系，每个点的位置（即x轴和y轴坐标）映射着两个变量的值。当然对于三个数值型变量，也有三维散点图，不过用得不多。 气泡图 ?...面积图 把折线图进一步往坐标轴投影就成了面积图，本质其实跟折线图没区别，只是看起来更加饱满一点。 柱状图 ? 柱状图 柱状图是一种用得很广泛的图形，它表征分类型变量 vs 数值型变量的关系。...值得一提的是，柱状图一般需要排序：如果分类型变量是有序的，按照它本身的顺序排列即可；如果分类型变量无序，那么则根据数值型变量的大小进行排序，使柱状图的高度单调变化。...热力图 热力图一般以颜色来映射密度或者其他数值变量，一般来说，颜色最深的地方表示数据最集中。（比较常用，对于热图的解释还需要看图例的含义） 日历图 ?...现在基于ggplot2粗略地介绍一下图形语法，个人总结，既不全面也不系统；想学习全面的图形语法请去专门学习。 数据(data)：数据才是图形的灵魂，这点无需解释。
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