Google记帐日志只列出计算引擎账单，但它们没有显示计算引擎实例与基因组操作之间的联系，因此我无法计算成本。
如何计算Google云基因组管道的成本？
浏览 3提问于2018-11-21得票数 0
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我是AWS计算方面的新手。首先，我会把数据上传到亚马逊云。通过在集群上提交几个作业来执行计算，以便可以并行执行。此外，团队中还有其他成员希望对AWS云进行类似的分析。
如何将工作提交给多
浏览 3提问于2017-02-04得票数 1
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Recessive, Heterozygous) = 0.5我不确定代码是错误的，还是我计算概率的方法是错误的本质上，我们的想法是得到所有可能的父母的名单，然后根据他们是纯合显性的、隐性的还是杂合的，计算出每一对父母产生至少一个显性等位基因的概率。然后将每个结果除以家长的总数。在那之后，我就把清单加起来。
浏览 3提问于2014-05-31得票数 3
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在我的例子中，下一次计算的inAFrequency是前一次计算的结果。也许我在这里遗漏了什么(数学或Matlab方面的)。谢谢，盖伊。
浏览 2提问于2013-03-10得票数 0
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所以，原则上归一化一个原始计数RNAseq文件是非常简单的…如何/从哪里导入基因长度并将其与集成ID进行匹配？
浏览 10提问于2020-06-05得票数 0
我有一个.csv文件，它包含第一列中的基因名称和后续列中每个患者的每个基因的“每百万条转录数”计数。有56,632个基因被读取，并且似乎有许多重复的基因ID。问题:我无法通过基因名称调用数据。我有一些200+基因的列表，我想调用它们，但要找到每一个的行号太费力了。(2)在读取表格时，我设置了格式正确的"row.names= NULL“。我的最终目标是使用56,632个基因中的特定基因集创建一个热图。Avantika
浏览 0提问于2015-10-24得票数 0
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我需要将一个基因与47,000个其他基因关联起来，才能找到10条最佳的相关曲线。通常，我的数据框在第一列有基因名称，在下一列有患者数据，基因名称在第一行。我需要转置数据帧来进行相关性测试吗？
浏览 1提问于2019-11-19得票数 0
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我正在研究单核rna测序，我做了一个由所有特征的基因子集组成的矩阵，显示每个基因的数量。我想要计算在每个特性中表达的基因的比例，但是不能得到我的代码来返回正确的结果。这与我已经用colSums计算的每个特性的计数数是分开的。我该用什么来计算？
浏览 9提问于2022-05-13得票数 0
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这是合理的，因为你不希望相同的基因以不同的创新数字结束。如果他们这样做了，当他们用相同的基因和不同的创新数杂交两个基因组时会出现问题，因为你最终会得到一个后代，每个基因的拷贝来自每一个父母，产生两次相同的联系。但是，对我来说没有意义的是，如果在两个基因之间发生突变，然后在下一代发生相同的突变会发生什么呢？你是否有一份基因对的全球列表和相应的创新编号来防止这个问题？为什么这篇论文只说明在同一代发生相同突变而不考虑跨代突变的情况下会发生什么呢？
浏览 2提问于2017-05-20得票数 1
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利用R计算特定结构域的基因频率
、、、、
我正在研究植物的基因组拓扑结构，以便了解核基因组的组织/比较时间。我想知道一种快速的方法来计算感兴趣的特定基因组区域的基因密度，以便从区域的开始和结束绘制每个bin +/- 50Kb的每个comp的基因频率。
有没有人有办法解决这个问题？提前感谢
浏览 1提问于2020-05-04得票数 0
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我有一个包含576个感兴趣的基因及其指定的功能类别的生物学数据库。我还为我正在工作的物种的基因组中的所有基因分配了功能类别。这允许我建立一个加权的，随机的绘图，我可以从基因组中挑选576个基因/功能分配，并查看各种功能类别的分布情况。为了提供上下文，功能类别(让我们使用"A")代表了14%的基因组和28%的感兴趣的基因。我模拟的最高值是A类的22.92%，97.5%的置信区间是17.19%。当我根据经验计算p值时，这给我带
浏览 13提问于2019-05-25得票数 0
我想知道某些基因是否聚集在一起。现在，我已经有了一个基因列表，以及它们的起始和停止位置，我已经知道如何计算这些基因之间的距离。问题是我不知道如何考虑染色体的转换。你不能测量1号染色体上的基因和2号染色体上的基因之间的距离。
我想像这样计算距离:基因2的起始位置--基因1的停止位置。然后，这些基因之间的距离。但是我该如何解释:当你到达下一个染色体时，R码获取了第2号染色体上一个基因的起始位置，但是一个
浏览 0提问于2019-01-09得票数 1
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我的工作是遗传学，我正在使用汉明距离(在Matlab中)来计算病毒基因型之间的遗传距离。我的问题是:如何根据汉明距离对基因型进行排序。另一种说法是:如何根据基因型之间的汉明距离对基因型进行分类？
谢谢
浏览 1提问于2012-02-20得票数 0
(基因组数据行话警告！)我正在从数千个单核苷酸多态(SNPs)的数据集中计算R中的多态信息含量(PIC)。计算所需的数据是等位基因频率。每个观察值都有两种(很少是三种)等位基因类型，要么是参考等位基因类型，要么是第一种可选等位基因类型。我有一小部分人有第二对等位基因。这是我尝试用R编写的公式：
其中Pi和Pj是所选SNP标记的第i和第j个等位基因的频率。var_freq$PIC <- (1-(var_freq$a2^2)-(
浏览 7提问于2021-08-26得票数 0
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我有一个rna seq数据集，我使用Deseq2来寻找两组间差异表达的基因。然而，我也想用一个基本的平均阈值来去除低计数的基因。我使用预过滤来去除所有没有计数或样本中只有一个计数的基因，但是，我也想去除那些与其他基因相比计数较低的基因。是否有一个用于基准的通用阈值，或者计算出这个阈值应该是什么？
谢谢
浏览 6提问于2022-04-27得票数 0
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我想做一个标记云来可视化基因频率。random.order=FALSE, colors=brewer.pal(8, "Dark2"))
这是我的代码，但是它把所有的东西都转换成小写(对基因名称没有用
浏览 3提问于2016-06-13得票数 3
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