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WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的，也是用数字编号的。通常，灰色模块也被标记为数字中的0，对应于没有在任何模块中聚类的一组基因。
浏览 16提问于2018-05-18得票数 1
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基因集富集分析
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我使用cummeRbund函数findSimilar()找到了与我用Cuffdiff识别的差异表达基因最相似的10个基因。这使用了Jensen-Shannon距离，并产生了一个排列有序的基因列表，我现在想要测试的是GO的富集。0.0453928603025379 "XLOC_010786" 0.0469577467848723
我首先手动搜索每一个最相似的基因的GO术语，但我想做一个更可靠的分析
浏览 3提问于2013-07-11得票数 1
我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的数据来
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
我有一组来自3个不同亚型的乳腺癌样本的1500个基因的基因表达值及其临床参数。我需要根据乳腺癌亚型对基因表达进行聚类，以找到每个乳腺癌亚型的独特基因。
浏览 15提问于2020-10-26得票数 0
想问一下，mummer共线性分析的图里有一条序列的一部分（圈起来部分）和参考序列比不上，大概什么原因呢？有什么解决办法吗？
图片
浏览 405提问于2023-09-25
为什么在大多数verilog代码中，它只能在posedge时钟上工作？我的教授说了一些关于逆变器的特性，它只能在正时钟和负时钟方面都有优势，还提到了一些关于H tree..which的东西，我不明白那是什么。谢谢
浏览 3提问于2018-10-01得票数 0
该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的变化模式是否与第一个参考基因相关。这对每个单独的基因都是重复的。因此，以一个数据帧为例，结果如下所示。第一列包含用作参考基因的基因，如果其他基因与该基因随时间的变化相关，则该值可能会多次出现。b ab d 上面的分析是在多个不同的样本中进行的，所以我将获得多达12个不同样本的数
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
我试图确定某些基因在Seurat上的表达，但我认为Seurat正在筛选出这些基因。是否有办法调整参数以获得我所提供的集群中感兴趣的基因？谢谢。
浏览 12提问于2022-08-12得票数 -1
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我正在在线学习这篇教程，以分析细胞类型之间的RNA-seq数据。https://combine-australia.github.io/RNAseq-R/06-rnaseq-day1.html 我已经能够使用我自己的数据来执行其中的大部分，但我现在正在尝试执行路径丰富分析seqdata是我的data.frame，其中包含来自分析的所有基因信息，第1列是基因ID名称，第15到24列是载体，其中包含10个样本中每个基因的读取计数信息。我从这个data.
浏览 63提问于2020-01-03得票数 0
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我想进行一个方差分析来识别差异表达的基因。在寻找差异表达的基因之前，我应该使用分位数归一化或中位数绝对偏差来缩放数据，还是应该直接对通过RMA获得的数据应用方差分析？
提前谢谢你
浏览 3提问于2011-03-02得票数 1
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时钟周期循环限制的VHDL语言
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我想知道瓶颈在哪里，在FPGA不能再运行这些代码之前，可以运行多少次迭代。我可以合成代码，但是当我把时钟频率提高到48 the以上时，.bit流文件就不能再被FPGA读取了。
浏览 0提问于2015-05-16得票数 0
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我正在分析一个大的R基因表达数据集，有100个样本和50.000个基因。
我已经对样本间的模式做了一些非常有用的PCA预测。现在，我想对数据做一些预测，最大限度地扩大我对样本的标签之间的差异。
浏览 1提问于2015-03-18得票数 1
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我想知道在FPGA上64位CRC与同一FPGA上的两个32位CRCs (不同的多项式)相比是怎样的。两位32位CRC是否比执行单个64位CRC更复杂？要花点时间还是很快？如何计算复杂性(或进行复杂性分析)？
如有任何帮助，将不胜感激。
浏览 2提问于2021-06-01得票数 1
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在我的基因组分析的最后一部分，我必须制作一个与基因功能相关的饼图。我有一个excel电子表格，上面有基因功能和相应的字母类别(COG字母栏D在屏幕截图中)，为了制作饼形图，我需要按C列过滤，这样我就可以根据我在分析的某些部分看到的基因组数量来调整基因组的数量，然后计算这个字母在大约4000个基因的列表中出现了多少次。
浏览 3提问于2021-06-21得票数 0
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我正在回归另一个基因子集上的一个基因。然后我使用stepAIC来减少解释基因的数量。如何获得非省略变量的索引，以便对其进行分析？
浏览 0提问于2013-08-26得票数 0
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我已经进行了阿弗莱米特里克斯数据分析与橄榄和角膜缘。现在我需要对上调和下调的基因进行基因富集分析(在EnrichR上，通过搜索基因符号)。然而，当我注释我的数据(使用clariomshumantranscriptcluster.db库，因为我100%确信数据属于人类细胞)并为每个探针ID找到相应的基因符号时，许多ID都给出了"NA“值。在Affymetrix.com上读到这篇文章后，我非常困惑：“以"TC”开头的注释指的是TIGR小鼠基因索引。以&q
浏览 7提问于2022-03-24得票数 0
我是这个网站的新手，也是聚类分析的新手，所以如果我违反了约定，我很抱歉。
我一直在使用Cluster3.0来执行具有欧几里德距离和平均链接的层次聚类分析。Cluster3.0输出一个.gtr文件，其中包含一个连接基因的节点及其相似度得分。我注意到，.gtr文件中的第一行总是将一个基因与另一个基因链接在一起，后面跟着相似度分数。在我的数据集中，我有8个基因，并创建了一个距离矩阵，其中d_{ij}包含基因i和基因j之间的欧几里得距离。然后，我通过将矩阵中的
浏览 1提问于2013-05-12得票数 0
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