我试图确定某些基因在Seurat上的表达，但我认为Seurat正在筛选出这些基因。是否有办法调整参数以获得我所提供的集群中感兴趣的基因？谢谢。
浏览 12提问于2022-08-12得票数 -1
我有几个数据帧(最多12个)，其中有多个列，显示了基因随时间的变化(例如5个时间点)以及其他基因如何与这种变化相关(即，其他基因也以与数据中其他基因相关的方式下降或上升)。该分析一次提取每个基因，使用该基因作为参考，并针对每个单独的基因进行测试，以查看这些基因随时间的变化模式是否与第一个参考基因相关。这对每个单独的基因都是重复的。因此，以一个数据帧为例，结果如下所
浏览 16提问于2019-01-27得票数 0
我有一个很大的基因列表，我想查找同源基因。 我还有一个很大的数据框架，里面有潜在的同源数据。此Dataframe的第十列继承了一个数字，用于描述管件。数字越大越好。我正在尝试遍历这个庞大的基因列表。 对于列表中的每个独特基因，我希望选择最适合的同源基因。 输出应该是每个基因一行的数据帧，描述最适合的同源基因。
浏览 13提问于2019-06-11得票数 0
例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的数据来构建交互网络。但是，对于每个基因(节点)，我有多个数据值，例如对于基因X，我将拥有指示基因</e
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
我通过使用pamr和tring来做微阵列的预测分析来处理数据。我在这个包中尝试了一个例子，它运行得很好，如下所示。mydata$x , threshold=1)
但是，当我运行这些代码来处理我的数据时shishi.txt",sep="\t",header=T)
Error in 1:ncol(data$x) : argument of leng
浏览 7提问于2018-01-07得票数 1
我正在尝试使用sqlalchemy和mysql创建一个简单的关系数据库。我不确定我做错了什么，尽管我认为这可能与我向表中添加行的方式有关。我的模型在下面，下面是创建所有条目的代码。
浏览 1提问于2014-03-12得票数 1
我想用计算数据集上的距离矩阵(使用遗传距离函数)，但我似乎一直有错误，通常告诉我排名不是2。我不确定它作为输入需要什么，因为文档从来没有说过，也没有在线的例子。假设我读到了一些排列的基因序列：AEPNAATNYATEAMDSLKTQAIDLISQTWPVVTTVVVAGLVIRL
浏览 5提问于2016-10-07得票数 1
2回答
我的R应用程序从大的txt文件中读取输入数据。它不会一次读取整个文件。用户指定基因的名称(一次3个或4个)，根据用户输入，应用程序转到适当的行并读取数据。文件格式: 32,000行(每行一个基因，前两列包含基因名称等信息) 35,000列数字数据(十进制数)。我使用read.table (文件名，skip=10,000 )等转到正确的行，然后读取35,000列数据。然后，我对第二个基因，第三个基因(最多4个基因)再次
浏览 1提问于2013-06-28得票数 2
我对r有一个问题，这是我真实数据集的快照：我想要创建一个变量，该变量从我所拥有的基因列表中指示是否至少有一个基因存在于我的数据集的D列中(如果它是there=1，如果是not=0)。一个让我感兴趣的基因列表的-an例子:基因<-c(“Gene1~c_2_
我的数据集中的D列匹配一个变量，该变量指示每个个体中存在的基因(每一行中有一组基因，由,分隔)。在我真实的数据集中，D列中的基因
浏览 3提问于2016-01-28得票数 0
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1回答
我可以使用将表格数据加载到DataFrame中，但是我不知道如何遍历它来访问选定的行/列。Gene_symbol Cancer--Cell_1 Cancer--Cell_10 Cancer--Cell_100A2MP1例如，我如何选择两个基因行并获得所有列及其相应值？如果我只想要某些列呢？
浏览 5提问于2018-01-19得票数 0
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我有一个包含30个细菌(列)和他们所拥有的基因(行)的数据框架。如果细菌缺乏该基因，数据帧中的值为，而当细菌有该基因时，值为1。我想知道哪些基因是常见的，但在30种细菌和很少被发现的基因之间仍然存在差异。cleansymbols3是我的数据框架，我想创建一个新的数据框架，commonsymbols只包含在至少20个细菌中发现的基因，而不是所有细菌。下面这一行选择了在20种或更多细菌中常见的基因，但是
浏览 5提问于2022-10-26得票数 0
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2回答
我想下载由微阵列实验产生的基因表达数据。我对这个主题了解不多，但据我所知，行通常对应于基因，列通常对应于样本。理想情况下，我希望得到一个基因表达数据矩阵。我一直在互联网上搜索，虽然看起来有很多地方可以下载这样的数据，但当我真正下载数据时，我并不了解基因表达的矩阵。有没有人可以让我知道有没有地方或者如何以我期望的格式下载基因表达数据？
浏览 0提问于2012-03-23得票数 7
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我有两个数据集。一个是显示每个基因的核苷酸位置的基因列表。Position Upper Position Gene 2 5000 6000 SNP 1 3000 NA我已经使用了R中的ifelse函数将我的多态数据集排序到它们各
浏览 9提问于2020-07-06得票数 0
我一直在处理一个Log2数据帧，它看起来像这样： library(dplyr)
"AACS"), class = "data.frame") Small window of data 这已经根据基因/基因</
浏览 20提问于2019-03-23得票数 0
我有一个包含许多基因的数据框架(列是“基因”)。有些基因出现了不止一次。我想要对数据帧进行子集，其中我只有多次出现的基因。换句话说，我想删除关于"gene“列的唯一行。
浏览 0提问于2021-05-05得票数 1
1回答
我有两个数据格式如下： X <- data.frame(matrix(rnorm(2000), nrow=10))
其中行代表基因，列代表基因型。对于每一轮的引导(n=1000)，应随机选择基因型而不替换此数据集(X)，并形成两组数据集(X'应有5种基因型，Y'应有5种基因型)。基本上，最后我将拥有1000个这样的数据集-- X'和Y'，它们将包含来自完整表达式<em
浏览 2提问于2013-09-20得票数 0
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2回答
我正在处理一个包含数十亿行数据的列表。📷
正如您所看到的，在第四列(基因列)中有基因的名称，但并非所有行都有“基因名称”。我需要从第四栏得到完整的“基因名”列表。
浏览 0提问于2020-03-10得票数 -1
我有一个df，它包含了很多基因和关于这些基因的信息。我通常会做些什么来获得我想要的基因列表然而，在这种情况下，一些行包含由";“分隔开的多个基因。有可能把这些基因拔出来吗？
浏览 3提问于2022-11-14得票数 0
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