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『统计学』最常用的数据分析方法都在这了!Part.2

简介 若总体中的个体可按两个属性A、B分类,A有r个等级A1,A2,…,Ar,B有c个等级B1,B2,…,Bc,从总体中抽取大小为n的样本,设其中有nij个个体的属性属于等级Ai和Bj,nij称为频数,...将r×c个nij排列为一个r行c列的二维列联表,简称r×c表。...若所考虑的属性多于两个,也可按类似的方式作出列联表,称为多维列联表。 列联表又称交互分类表,所谓交互分类,是指同时依据两个变量的值,将所研究的个案分类。...在r×с表中,若以pi、pj和pij分别表示总体中的个体属于等级Ai,属于等级Bj和同时属于Ai、Bj的概率(pi,pj称边缘概率,pij称格概率),“A、B两属性无关联”的假设可以表述为H0:pij=...对于二维表,可进行卡方检验;对于三维表,可作Mentel-Hanszel分层分析。 列联表分析还包括配对计数资料的卡方检验、行列均为顺序变量的相关检验。

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    spssχ2检验_一致性检验和配对卡方检验的SPSS实例操作图文详解

    表1 进口药和国产药治疗效果 二、对数据结构的分析 之前介绍过成组设计的列联表,它的行变量和列变量代表的是一个事物的两个不同属性,以我们举过的A药和B药治疗急性心肌梗死患者疗效比较为例,例子中行变量“...药物”和列变量“转归”是患者的两个不同特征。...但是配对设计的列联表却有些不同,它的行变量和列变量代表的是一个事物的同一属性,只是对这个属性的判断方法不同而已。如表1所示,行和列均指的是患者是否患有癌症,所不同的是一个是A方法,另一个是B方法。...这种列联表最大的特点是行和列数目永远都是一样的。此时,再用成组计数资料的χ2检验就不合适了。这里我们就要用到Kappa一致性检验和配对χ2检验(McNemar检验)。...PS: R*C配对列联表的χ2检验应用Bowker检验,SPSS的具体操作方法同McNemar检验。

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    R语言 基本统计分析

    table 一维计数 xtabs 多维(交叉)计数 gmodels::CrossTable #列联表 01 — 数据结构 严格来讲“数据结构”不是基本统计分析的内容,但是这是了解数据的第一步,因此这里做简单普及...,doBy包和psych包提供了分组计算的描述性统计量的函数,doBy包中的summaryBy()函数使用的基本格式: # doBy()包中summaryBy()函数的使用格式:# summaryBy(...) # 将频数转换为比例 prop.table(table(mtcars$gear))# prop.table()*100转化成百分比 # 2.2 二维列联表# mytable列变量# xtabs()函数还可以使用公式风格的输入创建列联表# mytable联表...> > # 2.2 二维列联表> # mytable列变量> # xtabs()函数还可以使用公式风格的输入创建列联表> # mytable<-xtabs(~A

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    【干货】统计学最常用的「数据分析方法」清单(上)

    分类有2种: 外在信度:不同时间测量时量表的一致性程度,常用方法重测信度 内在信度:每个量表是否测量到单一的概念,同时组成两表的内在体项一致性如何,常用方法分半信度 4 列联表分析 列联表是观测数据按两个或更多属性...将r×c个nij排列为一个r行c列的二维列联表,简称r×c表。...若所考虑的属性多于两个,也可按类似的方式作出列联表,称为多维列联表。 列联表又称交互分类表,所谓交互分类,是指同时依据两个变量的值,将所研究的个案分类。...在r×с表中,若以pi、pj和pij分别表示总体中的个体属于等级Ai,属于等级Bj和同时属于Ai、Bj的概率(pi,pj称边缘概率,pij称格概率),“A、B两属性无关联”的假设可以表述为H0:pij=...对于二维表,可进行卡方检验,对于三维表,可作Mentel-Hanszel分层分析。列联表分析还包括配对计数资料的卡方检验、行列均为顺序变量的相关检验。

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    逻辑回归模型比较

    响应变量可以是二元的,也可以是有序的。例如,响应变量可以只是在两个类别之间的选择,如城市或乡村、健康或生病、就业或失业、受教育或文盲。...-3e3ef3ba6ca2 在本文中,我将介绍不同模型之间的比较以及如何解释R的输出。...在第二个文件中,教育水平被转换为以下有序形式。 数据集中的教育水平 性别和种族的其他变量在此处是二元的。 在R中的实现 我使用的用于比较不同模型的GitHub Gist如下。...模型5具有较小的AIC值,表示该模型更稳健。AIC值越小,模型拟合得越好。 每个模型的对数似然值显示在下一列中。模型4的似然比卡方检验统计量为1492.8,这是这两个模型对数似然值之差的两倍。...此外,p 的模型5比只有一个预测变量的模型3拟合得更好。因此,当我们将性别与教育一起纳入模型时,它对每个个体的收入水平有更好的预测能力。

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    广义线性模型应用举例之泊松回归及R计算

    广义线性模型应用举例之泊松回归及R计算 在前文“广义线性模型”中,提到广义线性模型(GLM)可概括为服务于一组来自指数分布族的响应变量的模型框架,正态分布、指数分布、伽马分布、卡方分布、贝塔分布、伯努利分布...某些计数型变量可以通过正态分布进行近似,并可以使用一般线性回归进行合理建模。但更普遍做法是使用广义线性模型,如泊松回归或负二项回归,它们都是应用于计数型(非负整数)响应变量的回归模型。...其中第一列代表了调查河流区段的位置信息,其余各列依次为: fish,水域中R. cataractae的个体数量,代表了物种丰度,一组计数型变量; acre,水域流域面积(英亩,acre); do2,水域溶解氧含量...泊松回归中,正值的回归系数将转化为>1的值,负值的回归系数将转化为的值。...R函数glm()中,可以通过指定参数family='quasipoisson'(准泊松回归)代替先前的family='poisson'(泊松回归)。

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    如何计算McNemar检验,比较两种机器学习分类器

    如何将两个分类器的预测结果转换为列联表,以及如何使用它来计算McNemar检验中的统计量。 如何用Python计算McNemar检验并解释和报告结果。 ?...列联表是两个分类变量的制表或者说计数。在McNemar检验的情况下,我们对二元变量的正确/不正确(或者是/否)的控制和处理感兴趣(或者两种都有)。这被称为2×2列联表。 列联表乍一看可能并不直观。...检验统计量的这种计算假定计算中使用的列联表中的每个单元具有至少25个计数。检验统计量具有1自由度的卡方分布。...Python中的McNemar检验 在Python中可以使用mcnemar()Statsmodels函数实现McNemar检验。 该函数将列联表作为参数,并返回计算出的检验统计量和p值。...如何将两个分类器的预测结果转换为列联表,以及如何使用它来计算McNemar检验中的统计量。 如何用Python计算McNemar检验并解释和报告结果。

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    R&Python Data Science 系列:数据处理(4)长宽格式数据转换

    平时数据分析的时候,无法保证导入的数据一定是什么格式,因此需要了解长宽格式数据之间如何相互转换。 1 何为长宽格式数据 ?...特别说明:不要将长宽格数据转换为宽格式数据理解为数据透视表,长转宽只是数据存储形式发生变化,并不对操作对象进行计算,而数据透视表一般对操作对象进行某种操作计算(计数、求和、平均等)。...3 长转宽函数 Python实现 两种方法: 1 pandas库中的pivot()和privot_table()函数; 2 dfply库中的spread()函数; 方法一: ##构造数据...参数columns是长格式数据中的key键对应的列名;参数values是长格式数据中的value对应的列。...4 宽转长函数 Python实现 Python中两种方法: 1 pandas库中的melt()函数; 2 dfply库中的gather()函数; ###构造数据集wide_data

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    笔记 GWAS 操作流程6-2:手动计算GWAS分析中的GLM和Logistic模型

    GLM模型 GLM的手动计算GWAS分析的主要步骤: 1,将SNP的分型转化为0-1-2(0位次等位基因),数字格式(x变量) 2,将性状观测值作为y变量(GLM一般分析连续性状) 3,对y~x做回归分析...FID # 家系ID 第二列为IID # 个体ID 第三列为表型值 # 表型数据 2.3 使用R中的lm函数做回归分析 1,首先载入软件包data.table 2,然后读取0-1-2编码的c.raw文件...FID # 家系ID 第二列为IID # 个体ID 第三列为表型值 # 表型数据,默认是1-2编码(case-control) 3.3 使用R中的glm函数做Logistic回归分析 1,首先载入软件包...:2.0000 「用rs3131972_A这个位点做Logistic回归分析`」 「注意:R中glm模型,Logistic需要Y变量为0-1分布,而我们的表型数据为1-2,所以讲表型数据减去1」...「注意:」 ❝plink中,默认输出的不是Effect,而是OR值,R语言中如果要输出OR值,可以用exp(coef(m1))将结果打印出来。

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    R语言检验独立性:卡方检验(Chi-square test)

    p=3715 统计测试最常见的领域之一是测试列联表中的独立性。在这篇文章中,我将展示如何计算列联表,我将在列联表中引入两个流行的测试:卡方检验和Fisher精确检验。 什么是列联表?...列联表提供关于两个分类变量的测量的整数计数。...这些组代表因变量,因为它们依赖于自变量的观察。请注意,列联表必须是一种常见的误解2 × 22×2; 它们可以具有任意数量的维度,具体取决于变量显示的级别数。...尽管如此,应避免对具有多个维度的列联表进行统计检验,因为除其他原因外,解释结果将具有挑战性。...从图中我们可以看出,总体而言,羊毛B与较少的断裂相关联。羊毛A似乎特别低劣,因为低张力。 转换为列联表 为了获得列联表,我们首先需要总结两种类型的羊毛和三种类型的张力的不同织机的断裂。

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    p for trend p for interaction per 1 sd 的R语言实现

    本篇主要介绍P for trend、p for interaction、per 1 sd的R语言实现,关于每一项的具体含义,可参考文中给出的链接,或者自己搜索学习。...关于p for trend具体含义和数值型变量分箱的方法,大家可以参考医咖会的文章:p for trend是个啥 把连续性变量转换为分类变量(在R里转变为因子),设置哑变量,进行回归分析,即可得到OR值及...代表是,0代表否 这里的x1~y虽然是数值型,但并不是真的代表数字大小,只是为了方便标识, 年龄x1应该是数值型的,但是为了方便解释逻辑回归的意义,我们对它进行了分箱处理,也就是把它转换为了分类变量。...此时如果我们把x1变成因子型,那在进行回归分析时会自动进行哑变量编码,就可以得到几个组的OR值和95%的可信区间,关于R语言中分类变量进行回归分析时常用的一些编码方法,强烈你看一下这篇推文:R语言分类变量进行回归分析的编码方案...两种方法: 对于数值与等级或二分类,可以直接模型中增加相乘项【如x1×X2】,然后看交互项有无意义。

    1.3K20

    手把手:R语言文本挖掘和词云可视化实践

    互联网时代,大量的新闻信息、网络交互、舆情信息以文本形式存储在数据库中,如何利用数据分析和文本挖掘的算法,将海量文本的价值挖掘出来,成为我们团队近期的一个研究方向,本案例就是我们的一个初步尝试。...)->day_table #转换数据框格式 table(day_table)->day_m #生成日期列联表 heatmap(day_m,Rowv=NA,Colv=NA,scale = "column...R语言的语句: require(plyr) require(ggplot2) name=log$V2 #获取发言人姓名字段 table(name)->t_name #生成按姓名出现频率的列联表...(v), freq = v) #将词频矩阵转换为数据框格式 d$word=as.character(d$word) #将单词字段规整为字符串格式 rbind(d[nchar(d$word)=...图八个体词云二 五、建模流程 下面用一张图简单回顾一下本文实现的建模过程: ?

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    R语言从入门到精通:Day13

    但在许多情况下,假设因变量为正态分布(甚至连续型变量)并不合理,比如:结果变量可能是类别型的,如二值变量(比如:是/否、通过/未通过、活着/死亡)和多分类变量(比如差/良好/优秀)都显然不是正态分布;结果变量可能是计数型的...基础模型构建 R中可通过函数glm()(还可用其他专门的函数)拟合广义线性模型。它的形式与lm()类似,只是多了一些参数。...表2:与函数glm()连用的函数 ? 不管是标准线性模型还是正在讨论的广义线性模型,回归诊断都是不可或缺的。一般来说,前面标准线性模型中的诊断方法都可以用在广义线性模型的诊断中。...同样的poisson回归也有很多扩展的形式,如时间段变化的poisson回归(需要使用glm()函数中的offset选项)、零膨胀的泊松回归(pscl包中的函数zeroinfl()可做零膨胀泊松回归)、...小结&预告 到目前为止,R中基本统计分析就告一段落了,后面会介绍一些高级的数据挖掘分析,如主成分分析和聚类分析等等,在这些统计分析中,将看看处理潜变量的统计模型,即那些你坚信存在并能解释可观测变量的、无法被观测到的

    1.7K20

    常见mysql的慢查询优化方式

    log_output='FILE'表示将日志存入文件,默认值是'FILE'。log_output='TABLE'表示将日志存入数据库,这样日志信息就会被写入到mysql.slow_log表中。...将字段很多的表分解成多个表 对于字段比较多的表,如果有些字段的使用频率很低,可以将这些字段分离出来形成新表。因为当一个表的数据量很大时,会由于使用频率低的字段的存在而变慢。 2....增加中间表 对于需要经常联合查询的表,可以建立中间表以提高查询效率。通过建立中间表,把需要经常联合查询的数据插入到中间表中,然后将原来的联合查询改为对中间表的查询,以此来提高查询效率。...id from news order by title limit 50000,5) as myNew using(id); 这里的“关延迟联”将大大提升查询的效率,它让MySQL扫描尽可能少的页面,...获取需要的记录后再根据关联列回原表查询需要的所有列。

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    在Python里面如何达到R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果

    在 R 编程语言中,使用 table() 函数可以创建列联表(contingency table),也称为频数表或交叉表。列联表用于显示两个或多个分类变量之间的关系,它显示了每个组合的计数(频数)。...在列联表中,行代表一个变量的水平(类别),列代表另一个变量的水平(类别),交叉点的值表示两个变量对应水平的组合出现的次数。...我们做单细胞转录组数据分析的时候尤其是喜欢使用这个函数,比如我们的多个样品整合后细分到亚群,然后在R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果如下所示: R的gplots...包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果 从上面的列联表可以看到06的这个样品其实是有点惨淡,它整体就细胞数量偏少。...Cell Type') plt.title('Cross-tabulation of Cell Type and Orig Ident') plt.show() 可以看到,效果如下所示: Python的列联表

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    PNAS:控制缺乏情感的肢体语言的大脑回路

    在中性击打命中率低于1.0的被试中,中性击打命中率与杏仁核到脑岛连接的变化呈负相关(皮尔逊积矩相关,r =0.75, P = 0.01,经多次比较校正)。...换句话说,从杏仁核到脑岛的个体连接受到的抑制越大,参与者就越能识别出情绪的缺失。 情绪刺激加工过程中脑岛-杏仁核反向连接的调节与误报率呈正相关(r = 0.88)。...这表明,在情绪肢体语言的加工过程中,脑岛到杏仁核的抑制有效连接(即去抑制)较弱的参与者更倾向于将情绪刺激标记为中性。我们发现,脑岛和小脑蚓之间的有效连接的变化和表现之间没有显著的相关性(图2)。...BMR之后的后验参数估计使用贝叶斯模型平均(BMA)进行平均,随后的BMA参数(后验概率为或高于95%)在SI附录,表S1中报告。得到的有效连通性模式如图2所示。...将行为和连通性参数提交到相关分析中,并进行多次比较校正。所有行为和连通性数据均采用Shapiro-Wilk检验,随后使用参数(皮尔逊积矩相关)或非参数(斯皮尔曼相关)统计数据进行正态分布检验。

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    超全干货 | 整理了一套常用的数据分析方法汇总!

    内在信度:每个量表是否测量到单一的概念,同时组成两表的内在体项一致性如何,常用方法分半信度。 04. 列联表分析 列联表是观测数据按两个或更多属性(定性变量)分类时所列出的频数表。...列联表又称交互分类表,所谓交互分类,是指同时依据两个变量的值,将所研究的个案分类。交互分类的目的是将两变量分组,然后比较各组的分布状况,以寻找变量间的关系。...列联表分析的基本问题是,判明所考察的各属性之间有无关联,即是否独立。如在前例中,问题是:一个人是否色盲与其性别是否有关?...在r×с表中,若以pi、pj和pij分别表示总体中的个体属于等级Ai,属于等级Bj和同时属于Ai、Bj的概率(pi,pj称边缘概率,pij称格概率),“A、B两属性无关联”的假设可以表述为H0:pij=...对于二维表,可进行卡方检验,对于三维表,可作Mentel-Hanszel分层分析。 列联表分析还包括配对计数资料的卡方检验、行列均为顺序变量的相关检验。 05.

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