首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何使用不同的输入文件提交slurm作业数组

使用不同的输入文件提交slurm作业数组可以通过以下步骤实现:

  1. 创建输入文件:根据作业的需求,准备不同的输入文件。每个输入文件都代表一个作业任务,可以包含不同的参数或数据。
  2. 创建脚本文件:创建一个脚本文件,用于提交slurm作业数组。在脚本文件中,可以定义作业的名称、作业所需资源、作业的运行命令等。
  3. 编写脚本内容:在脚本文件中,使用适当的编程语言(如Bash、Python等)编写逻辑,以便根据不同的输入文件提交作业数组。
  4. 循环提交作业:在脚本文件中,使用循环语句(如for循环)遍历每个输入文件,并使用slurm的提交命令将作业提交到计算集群中。

下面是一个示例的脚本文件(以Bash为例):

代码语言:txt
复制
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=array_job
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --array=1-5

# 定义输入文件数组
input_files=("input1.txt" "input2.txt" "input3.txt" "input4.txt" "input5.txt")

# 获取当前任务ID
task_id=$SLURM_ARRAY_TASK_ID

# 获取对应的输入文件名
input_file=${input_files[$task_id-1]}

# 执行作业命令,这里以执行一个名为"job.sh"的脚本文件为例
srun bash job.sh $input_file

在上述示例中,--array=1-5定义了作业数组的范围,即有5个作业任务。input_files数组定义了每个任务对应的输入文件名。task_id=$SLURM_ARRAY_TASK_ID获取当前任务的ID,通过$task_id可以获取对应的输入文件名。最后使用srun命令执行作业命令,这里假设作业命令是执行一个名为"job.sh"的脚本文件,并传递对应的输入文件名作为参数。

通过以上步骤,就可以使用不同的输入文件提交slurm作业数组了。

注意:以上示例中只是提供了一个基本的框架,实际情况下可能需要根据具体需求进行修改和调整。另外,根据实际情况,还可以结合使用其他工具或技术来实现更复杂的作业数组提交方式,如使用配置管理工具、任务调度工具等。对于具体的输入文件格式、作业命令以及相关的腾讯云产品和产品链接,可以根据实际情况进行适当调整和补充。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

  • CONQUEST 编译安装指南 Slurm 篇

    在实际的生产环境中,使用单用户模式直接运行命令的机会不是很多,通常是采用提交作业任务给集群计算的方式。这样一来既能节约资源和时间,又能申请到更大规模的计算资源,对于平台管理人员还是用户来说都是非常有利的。国家超算中心,地方超算中心,学校超算中心一般都对外提供这样的服务,不过需要按核时进行计费。所谓“核时”就是一个 CPU 核运行一个小时,这也是高性能计算中通常使用的资源衡量单位。作为超算中心或者高性能集群,必不可缺的就是集群作业管理系统,它可以根据用户的需求,统一管理和调度集群的软硬件资源,保证用户作业公平合理地共享集群资源,提高系统利用率和吞吐率。

    01

    第一性原理计算框架 CONQUEST 的安装与测试

    随着计算机的计算能力和运行规模的不断提升,基于第一性原理计算理论的计算材料学科越来越得到重视。但是一般来说这样的模拟对一个包含成千上万的原子、电子而言,所需的计算框架是非常复杂的,计算代价是相当昂贵的。比如为人所熟知的商用类型 第一性原理计算框架 VASP 授权通常需要五六万人民币以上,而且在一个普通超算集群上计算一个完整的体系结构(超过 1,000 个原子)可能需要几周,甚至几个月。无论是软件授权成本,还是时间成本,都比较高昂。对于想学习和实践第一性原理计算的小伙伴而言,当然也有比较节省的方式。首先软件可以选用免费的开源第一性原理计算框架,比如说本文中即将介绍到的 CONQUEST,以及 ABINT,SMASH 和 QUANTUM ESPRESSO 等。

    07

    美国为何封杀中国超算!一文读懂超级计算机的应用、架构和软件知识

    2019年5月,美国商务部将华为列入了出口管制的“实体清单”,华为被推向了这波中美对抗的风口浪尖。紧随其后,6月,特朗普政府又对其他几家中国机构实行了限制出口政策,包括中科曙光、江南计算技术研究所、成都海光等。其中,中科曙光和江南计算技术研究所均为中国超级计算机研发机构,中科曙光研发了“曙光”系列,江南计算技术研究所研发了“神威”系列。另外一个国产超算巨头“天河”相关单位早在2015年就被纳入了实体清单。至此,国产超算三巨头“天河”、“曙光”和“神威”均已被特朗普政府封杀。继“华为禁令”之后,“超算禁令”再次暴露美国欲限制中国发展的野心。那何为“超算”?本文将简述超级计算机的背景知识与发展现状。

    02

    Nature | 手把手教你搭建大规模药物虚拟筛选平台

    目前,一个上市的药物平均需要花费20-30亿美元,并且需要10年左右的研发时间。大部分经费都花费在了昂贵且耗时的湿实验部分,初始Hits阳性率太低以及(临床前)阶段的高损耗率。使用基于结构的虚拟筛选,Hits质量随着筛选化合物的数量而提高。尽管存在大量的化合物数据库,但是缺乏有效的灵活的方式使用计算机集群进行大规模的SBDD的手段。本文介绍VirtualFlow,这是一个高度自动化的开源平台,可以有效的准备化合物库并进行超大规模的虚拟筛选。VirtualFlow能够使用各种强大对接程序。本文准备了目前已知的最大的免费使用的配体库,配体库包含了超过14亿个可商业购买的分子。VirtualFlow可以探索广阔的化学空间,并可以准确的识别与目标蛋白具有高亲和力的分子。

    03

    Linux后台开发常用工具

    pwdx - report current working directory of a process,格式:pwdx pid 内存分析工具 valgrind valgrind辅助工具 qcachegrind 可视化查看valgrind结果 淘宝DBA团队发布的监控脚本,使用perl开发,可以完成对linux系统和MySql相关指标的实时监控 orzdba  取指定进程名的pid pidof 进程名 性能瓶颈查看: perf top -p pid 查看调用栈: pstack pid https://www.percona.com/ 查询程序执行聚合的GDB堆栈跟踪,先进性堆栈跟踪,然后将跟踪信息汇总: pt-pmp -p pid 格式化explain出来的执行计划按照tree方式输出,方便阅读: pt-visual-explain 从log文件中读取插叙语句,并用explain分析他们是如何利用索引,完成分析之后会生成一份关于索引没有被查询使用过的报告: pt-index-usage 其它: vmstat tcpdump 网络数据包分析器   显示包的内容:   tcpdump -i eth1 -n -vv -x -e -s 600 # 仅二进制   tcpdump -i eth1 -n -vv -X -e -s 600 # 二进制和文本   抓包保存到文件供Wireshark分析:   tcpdump -i eth1 -n -vv -X -e -s 600 -w x.cap   抓取192.168.31.1的80端口的包   tcpdump -i eth1 host 192.168.31.1 and port 80   抓取目标IP为192.168.31.1和目标端口为80端口的包   tcpdump -i eth1 dst host 192.168.31.1 and dst port 80 -s 指定显示多少字节的包内容 objdump nm ldd strings iostat 输入/输出统计 ifstat 网络流量实时监控工具 vmstat 虚拟内存统计 sar (System Activity Reporter系统活动情况报告,最为全面的系统性能分析工具之一) iptraf 实时IP局域网监控 iftop 网络带宽监控 htop 进程监控 iotop 磁盘I/O监测工具 fuser 使用文件或文件结构识别进程 lsof 打开文件列表 dmesg slabtop free slurm 查看网络流量 byobu 类似于screen tmux 终端复用工具,类似于screen screen 在多个进程之间多路复用一个物理终端的窗口管理器 dtach 用来模拟screen的detach的功能的小工具 dstat 可以取代vmstat,iostat,netstat和ifstat这些命令的多功能产品 NetHogs 监视每个进程的网络带宽 MultiTail 同时监控多个文档、类似tail Monitorix 系统和网络监控 Arpwatch 以太网活动监控器 Suricata 网络安全监控 Nagios 网络/服务器监控 Collectl 一体化性能检测工具 mtr 网络连通性判断工具,集成了traceroute和ping socat 多功能的网络工具(Socket CAT,netcat加强版) netpipes socket操作 ab wget curl tsung 压力测试工具 siege 压力测试和评测工具 nmon 监控Linux系统性能 psacct 监视用户活动 ncdu 基于ncurses库的磁盘使用分析器 slurm 实时网络流量监控 findmnt 查找已经被挂载的文件系统 saidar 系统数据监控和统计工具 ss 可以替代netstat的网络连接查看工具(socket statistics) ccze 用不同颜色高亮日志协助管理员进行区分和查看分析 netstat 网络统计 ifconfig (ifup ifdown) Linux磁盘相关命令 sfdisk -l sfdisk -s fdisk -l dmesg |grep SCSI dmesg |grep -i raid df -h cat /proc/scsi/scsi hdparm /dev/sda mount 加载一块硬盘 mkfs 创建文件系统 /etc/fstab 文件内容mount命令输出一致 lscpu 查看CPU lspci

    02
    领券