首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边

Phytozome是一个用于植物基因组学研究的在线资源,提供了丰富的植物基因组数据和工具。在使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边时,可以按照以下步骤进行操作:

  1. 首先,打开Phytozome的官方网站(https://phytozome.jgi.doe.gov/)。
  2. 在网站的搜索栏中输入高粱基因id或相关关键词,点击搜索按钮。
  3. 在搜索结果中找到与高粱基因列表相关的基因,并点击进入基因详情页面。
  4. 在基因详情页面中,可以获取到该基因的相关信息,包括基因序列、功能注释、调控网络等。
  5. 创建节点:根据高粱基因列表中的每个基因,可以将其作为一个节点来表示。节点可以使用基因的名称或其他标识符来表示。
  6. 创建边:边表示基因之间的关系或相互作用。根据研究的需要,可以根据已知的相互作用关系或功能关联来创建边。
  7. 可以使用图数据库或相关的网络分析工具来存储和分析创建的节点和边。图数据库可以有效地存储和查询大规模的节点和边数据。
  8. 在腾讯云中,可以使用腾讯云图数据库TGraph(https://cloud.tencent.com/product/tgraph)来存储和分析创建的节点和边。TGraph是一种高性能、高可扩展性的图数据库,适用于大规模图数据的存储和查询。

总结:使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边,可以通过在Phytozome网站搜索相关基因并获取基因信息,然后根据研究需求创建节点和边。在腾讯云中,可以使用TGraph图数据库来存储和分析创建的节点和边。

相关搜索:使用VennDiagram包在R中创建VennDiagram时,输出相交基因/值的列表使用r中网络包中的属性从节点列表中创建不带边的图如何使用Linq从XML的父节点和子节点创建单个列表如何从嵌套的数据结构中创建具有节点和边的网络?在不同大小的下拉列表中为每个<option>创建唯一的id和value属性如何使用javascript和HTML将变量设置为ID和Class中的值如何使用for循环为列表中的每一项创建按钮?如何创建搜索栏和列表(使用StreamBuilder和FireStore中的Listview创建)一起滚动?如何使用表单数据为API端点创建POST,该端点接受对象列表中的文件列表?我们如何使用javafx而不是swing为窗格中的节点做剪切和粘贴菜单?如何使用并行数组在c++中创建包含数量和单词的列表如何对列表中的元素求和,并在Python中将元素求和为n值时使用它们创建子列表如何查找select下拉列表的值和id,该下拉列表是动态创建的,并且存在于另一个元素中如何在odoo中存储和执行SQL查询,并使用字段列表创建新的模型?在使用递归的球拍中,如果列表"L“的和为n,但L中没有重复的值,我如何返回#true如何使用组合框中的FileChooser和列表项目ID从文件中获取数据(项目ID、项目名称、项目价格)?如何将标签与选择进行匹配?我在Beautiful soup中基于一个属性使用find_all创建了一个列表。如何返回我想要的节点?如何使用包含空指针和指向结构的递归指针的单一链表结构格式在C中创建嵌套列表?如何使用asp.net MVC5中代码优先的标识框架自动为角色和用户创建表如何使用c#.net为上传的pdf文档中的单选项组、复选框列表和文本框创建所需的验证
相关搜索:
页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

Nature Plants | 全球首个高粱基因组研究成果发表!

该研究构建了世界上首个高粱基因组,揭示了高粱一级基因库资源广泛遗传多样性,高粱驯化研究育种应用打下了坚实基础。...高粱于距今6000年左右起源于非洲,其驯化模式有别于玉米水稻等主要禾本科作物,有多个驯化中心,驯化散播过程伴随着复杂种间杂交多种野生种质资源渗入事件,这使得高粱群体遗传背景更加复杂,其在驯化过程瓶颈效应不明显...基于基因基因组通过16个高粱基因基因聚类方法创建。...研究人员使用短读长、长读长、Hi-C、转录组等多种组学技术,结合生物信息学方法,对13个包含拟高粱、野生高粱栽培高粱品种进行了De novo拼接,加上之前已发表3个栽培高粱参考基因组,构建了具有广泛代表性高粱基因组...高粱基因构建,这种将重要农艺性状GWAS与大片段结构变异相结合方法提供了基础,有望加速高粱功能基因组学育种应用研究。 图3 影响籽粒颜色基因相关PAV变异。a.

1K20

文献解读-农业系列-第七期|《高粱驯化基因组足迹多种最终用途育种选择》

高粱起源于非洲,随后传播到不同大陆,经历了多次驯化各种最终用途密集育种选择。然而,这些过程如何塑造高粱基因组尚不完全清楚。...在本研究,研究者对全球445种高粱种质进行了群体基因组学分析,涵盖了野生高粱四个具有不同农艺性状最终用途亚群。还证明了调节茎多汁性Dry基因是在谷物高粱改良过程无意识地选择。...通过GWAS、等位基因漂移分析、单倍型block分析等发现了高粱亚群之间存在频繁遗传交换、高粱在训话改良过程选择性特征及部分等位基因无意识选择等现象。...在445个高粱基因组重测序数据分析过程,研究者使用Sentieon DNAseq模块用于数据加速分析精准变异检测。...在高粱,许多证据提供了关于SbTB1在侧向分支作用线索。先前遗传表达分析表明,SbTB1,称为植物结构基因分蘖基因,可以调节芽生长高粱分蘖。

14710
  • Sentieon | 每周文献-Agrigenomics(农学)-第四期

    高粱起源于非洲,随后传播到不同大陆,经历了多次驯化各种最终用途密集育种选择。然而,这些过程如何塑造高粱基因组尚不完全清楚。...在本研究,研究者对全球445种高粱种质进行了群体基因组学分析,涵盖了野生高粱四个具有不同农艺性状最终用途亚群。还证明了调节茎多汁性Dry基因是在谷物高粱改良过程无意识地选择。...通过GWAS、等位基因漂移分析、单倍型block分析等发现了高粱亚群之间存在频繁遗传交换、高粱在训话改良过程选择性特征及部分等位基因无意识选择等现象。...在445个高粱基因组重测序数据分析过程,研究者使用Sentieon DNAseq模块用于数据加速分析精准变异检测。...该研究使用多倍体(6种)二倍体(1种)棉花(共46个样本)对有害突变从核酸蛋白两个层面进行了研究,证明了有害突变在多倍体积累速度比其二倍体更快。

    19220

    基于全基因基因家族分析(1):数据准备

    1.基因组下载网站介绍 Sol Genomics Net:茄科基因组网络,里面包括了很多物种基因组测序结果:番茄,土豆,茄子等。...而且基因组更新最快,搜索了一下发现NCBI番茄基因Phytozome番茄基因ITAG2.4,而SGN已经是最新版本ITAG3.2,当然以前版本也都存在,特别方便。...此外,NCBI ProteinID是refseq accession(GENBANK文件格式有关于NCBIID说明),在最后转换到番茄protein ID时会有问题,小编最后终于放弃,没有找到转换方法...刚开始选择很关键,最好我觉得还是选择最新版本,SGN还是比较信赖。而且在后面分析基因家族时候,会出现家族数量相差比较大,可能有10个左右差距,新版本基因会多。...SGN完整版基因组 2.序列相关文件下载 基础文件一般我们下载4个:CDS.fa、Protein.fa、GFF.gff3Genome.fa # 小编在home目录下新建sra目录,所有数据都放在这个目录里面

    3.4K30

    植物参考基因下载

    A. thaliana 首先是拟南芥参考基因组,上面有提到TAIR这个数据库,直接百度打开是一个非常朴素界面 TAIR是研究拟南芥首选数据库,其他数据库拟南芥基因组数据都是直接来自TAIR...TAIR 但这里我们不采用从这里下载,而是用文章中提到Phytozome Phytozome是一个收录了植物基因数据库和在线工具,不管是注释信息还是基因组数据获取都非常方便。...下载时候可以选择命令行下载,直接复制到服务器输入即可。 最后通过unzip解压即可。...C. hirsute 该物种在Table 4提供了链接【http://chi.mpipz.mpg.de/】,同样是相当简洁界面 然后在Assembly就能找到参考基因组了 同样 wget...NCBI基因组下载,组学大讲堂已经讲非常清楚了,点击阅读原文即可查看。

    1.1K30

    单细胞数据分析-R语言对分群结果top基因循环做富集分析

    基因,准备来循环做GOKEGG富集分析。...每个亚群基因循环读进一个文件 首先是需要对每个基因id进行转换,我主要是用clusterProfiler进行转换,但是我做这个物种id信息我是主要在phytozome上下载,然后用OrgDb...先尝试进行单个亚群富集分析 首先是需要对每个基因id进行转换,我主要是用clusterProfiler进行转换,但是我做这个物种id信息我是主要在phytozome上下载,然后用OrgDb...##TopMarkers前面获得每个亚群top50高表达基因,ann自己手动整理注释及基因转换id文件,将TopMarkersgeneid标准,进行取交集,获得TopMarkers里面基因注释结果...[循环后文件夹结果] 总结 主要是需要先把自己要做富集分析cluster读到R,然后进行循环语句读写,R循环语句主要注意是自己用是什么数据,需要怎么读入文件

    2.5K20

    基因家族分析

    一、基因家族定义 基因家族:gene family,是指来源于同一个祖先,经过基因重复突变而产生一组具有序列结构与功能相似性基因,它们编码相似的蛋白质产物。...对于一个基因家族基因,能够编码蛋白都有同一个结构域。...旁系/平行同源基因:某个特定基因由于基因复制产生同源基因,直系基因在进化中一般会保持相同功能,但是旁系基因会发生进化,可能已经有了新功能,或者成为了假基因。...二、使用案例:水稻 Dynamin_N 基因家族 1、序列下载:下载水稻全部氨基酸序列以及 GFF 文件 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html...ID,保存到 ids.txt 文件 #根据比对上 ID 提取序列 samtools faidx Oryza_sativa.IRGSP-1.0.pep.all.fa cat ids.txt |xargs

    2.4K20

    在线功能富集分析与qPCR引物设计

    agriGO网站是一个面向植物在线GO富集分析工具,目前支持对农业297个物种869种基因型/蛋白质标识符基因列表GO富集分析。...点击"[ath]"使用提供gene list例子或者输入自己筛选到差异表达基因list,然后选择一个背景"Select reference",并点击"Submit",得到富集分析结果: ?..."可对BP、CCMF类GO条目分别进行柱形图可视化展示 "Detail information"是指具体富集分析结果 在"Detail information"可点击"Download"下载具体富集分析结果...点击"Submit"提交两个job ID进行分析,一次性得到两个不同gene list富集分析结果: ? ?...在引物设计方面,主要包含引物设计引物比对检测引物特异性两个部分。 打开Beacon Designer 8.14软件,创建project,如下所示: ?

    2.2K20

    跟着Science学作图:R语言ggplot2作图展示基因组局部区域共线性

    Fig3b image.png jcvi这个工具可以做这个基因组局部共线性,jcvi链接 https://github.com/tanghaibao/jcvi 如果有数据用ggplot2来做可能可定制性会高一些...准备数据 每个区间bed文件 水稻 Chr4 28500000 28600000 玉米 2 17650000 18050000 然后用bed文件对应gff文件取交集提取区间内基因 bedtools...,另外再写推文介绍吧 还有一个问题是 水稻这一段序列看起来下面这个是反向,那么如果水稻序列取反向互补,那么原来基因位置坐标应该如何转换,这个暂时想不明白 推文记录是自己学习笔记,内容可能会存在错误...,请大家批判着看,欢迎大家指出其中错误 示例数据代码可以给推文点赞,然后点击在看,最后留言获取 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python...做数据分析和数据可视化简单小例子;2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己学习笔记!

    81730

    Science经典:植物基因同线性与共线性分析思路

    染色体融合是一个常见现象,发生在许多生物谱系,其中一个典型案例是高粱属植物,其中染色体数 10 (n = 10)植物是与染色体数 5(n = 5)植物祖先。...玉米高粱尽管拥有相同染色体数(n = 10),但它们分别经历了不同基因组复制事件,可能是由多次染色体融合事件导致。...这也解释了为什么玉米10号染色体5号染色体单臂与整个高粱6号染色体4号染色体相对应。 全基因组测序应用使我们能够使用统一理论框架来分析不同物种进化关系,尤其是染色体对应关系。...以拟南芥例,它经历了三次古多倍化事件(2次二倍化1次三倍化),导致祖先染色体组产生了12个拷贝分散于大约160 Mb碱基基因。...自上而下比对方法从多个基因基因获得共线性同线性比对提供了很大改进,这些比对可能成为重建被子植物基因组祖先状态基础。通过自上而下比对,可以估算出同线性区块内共有基因顺序。

    2K30

    TBtools基因家族分析详细教程(1)

    基因家族分析详细教程(3)基因家族成员进化分析2 ---- Introduciton:什么是|为什么做(意义)| 辅助基因注释或矫正基因注释 后续物种gene功能研究做铺垫 确定家族可用目标...内容见下面 结果:完成基因家族分析文章内容,甚至超过他们。...加深理解分子生物学生物信息学 掌握部分TBtools工具使用,加速生信下游数据分析 绘制漂亮图片 Introduction 基因是染色体上一段可以发生转录区域(内含子外显子启动子)...) 基因组序列信息:fasta格式文件 基因基因结构注释信息:制表符分隔,存储基因外显子内含子,CDS等坐标信息.gff3或.gtf文件(区分基因结构注释与基因功能注释) 获取途径 基因组文章对应链接...常见数据库Ensemble植物,动物,Phytozome NCBI 其他途径 ---- 1.1蛋白序列结合整理与提取(TBtools) 1.1.1使用Gtf/Gff3 sequence extractor

    31.1K6164

    Cytoscape中文教程(3)

    这个搜索过程大概每个基因需要3s,为了符合pubmed使用限制,我们建议从一个短列表开始(10或更少基因)。...注意,查询编辑面板基因列表相似,panel每一行代表将会被发往pubmedone query。...具体是(i)用鼠标选择网络一个或多个节点,(ii)在select菜单,选择evidence from literature-show sentences from the literature。...设置可视化node 特征 18.左边面板控制节点可视化特征。 Network右边有个style,点开,nodeedgenetwork属性选项卡,位于control panel底部。...为了移除这种不确定性,改变默认节点颜色灰色,步骤是 (i)还是在刚才control panel,定位default panel,显示默认节点渲染 (ii)点击这个面板里node,会显示一个默认

    3.9K118

    RepeatMasker安装使用

    但目前软件和数据库均更新很多次,旧版在主流系统安装也会出一些问题,重复序列发现种类也已经翻倍,故重发新版软件安装使用方法。...本文是以Root权限安装提供服务所有用户使用,没有权限小伙伴只需将软件下载安装在自己文件夹内,配置repeatmasker时设置所有相关软件位置即可,不会设置环境变量一律使用程序完整路径名运行RepeatMasker...以拟南芥, 短柄草基因例 # 显示程序基本用法、参数说明 RepeatMasker # 显示程序详细帮助手册 RepeatMasker -help # 拟南芥分析实例 # 进入我存放拟南芥基因目录...,常见物种看帮助,没有的写小写拉丁属名或引号全名; htmlgff是输出htmlgff格式结果,方便查看下游分析; dir输出结果目录;基因组fa文件必须放在所有参数最后;用时8min time...N基因组 *.out:RepeatMasker默认输入结果格式,信息基本与gff相关 *.cat.gz: 序列与重复序列比对文件 软件安装使用常见问题 1.

    3.3K111

    Pathview包:整合表达谱数据可视化KEGG通路

    如何获取自己关注通路ID呢? 如下动图,可以得到Cell cyleID04110。 ? 该例子图只有一个单层,在原始图层修改节点颜色,保留原始KEGG节点标签 (节点名)。...该图主图图例都在一个图层或者说一个页面,我们只列出KEGG类型,忽略图例节点类型,以节省空间。...分裂节点或扩展基因可能从未分裂组或未扩展节点继承。这样我们就可以得到一个基因/蛋白-基因/蛋白相互作用网络。...对于不在自动映射列表外部ID,我们可以使用mol.sum函数 (也是Mapper模块一部分)显式地进行ID和数据映射。这里我们需要提供id.map (外部IDKEGG标准ID之间映射矩阵)。...Pathview带有一个数据矩阵korg,其中包括支持KEGG物种数据默认基因ID完整列表。让我们探索korg数据矩阵,以便对KEGG物种及其Gene ID使用有所了解。

    9.7K32

    多维组学通路分析R包ActivePathways使用方法及Cytoscape绘制网络图实用教程

    今天来介绍一下这个R包使用方法使用输出文件进行Cytoscape绘制网络图。...下面这个图就是ActivePathways工作对乳腺癌样本分析绘图,下面就教大家怎样进行数据分析以及绘制这种节点饼图网络图~ R包介绍 ActivePathways输入文件只需要两类,一个是...P值 term.size:注释到该条目的基因数 overlap:条目查询基因之间重叠基因 evidence:scores列是用来通路富集。...上传Enrichment Map构图文件 使用 terms文件 (pathways.txt)缩减版gmt文件 (pathways.gmt)在Cytoscape创建一个富集图示。...该包提供cytoscape作图文件简直太好用了,对于网络图一些其他细节修改,比如标签、粗细颜色形状、节点透明度之类,小编这里就不赘述了,大家快去试试玩玩吧

    2.3K31

    寻找网络hub节点

    (下)——Cytoscape软件使用 网络图分析工具Cytoscape及其插件安装 Cytoscape教程|如何挖掘蛋白互作网络核心基因?...因此,径向度高节点可以被认为是网络中心节点,它们在网络结构连接起着重要作用。...通过计算节点径向度,我们可以获取关于网络节点重要性中心性信息,这对于理解网络结构节点功能扮演了重要角色。...Edge Percolated Component (EPC): EPC算法通过迭代地移除基于权重weight中介数Betweenness最不重要来识别显著 上面带了引用没给参考部分都是AI...,功能联系没那么紧密啊 我手上有21个基因及其初始值列表输进去看看 “具有值/等级蛋白质”功能 基于大基因列表(覆盖整个基因组或至少其大部分)分布进行统计富集检测。

    1.3K41

    MP长篇综述 | 植物泛基因组及其应用

    map-to-pan可能是最常用方法之一,已成功在许多作物构建了泛基因组,包括水稻、玉米、小麦、高粱、棉花番茄 (表1)。...在基因组图中,SVs及其替代序列被记录节点,从而改善了与SVs所在区域序列局部比对。...一个潜在解决方案是给群体确实存在路径根据关键节点给予不同颜色标记,以确保图中所有路径都是“颜色一致”,这一策略已经应用于使用de Bruijn图组装基因分型方法。...大豆、水稻、玉米、高粱、番茄黄瓜也报道了基于图基因组。因为基于图基因组可以使用短测序序列来发现SV,所以在这些工作已经鉴定了大量新SVs,并发现其与常见SNPs具有相对较低连锁不平衡。...基因分型过程对于重新创建或改进现有的优良品种至关重要,这通常依赖于短测序序列比对变异检测来选择具有良好QTN重组品系。

    57120

    数据分析-启动子进化分析

    启动子重要性​启动子是RNA 聚合酶识别、结合开始转录一段DNA 序列,它含有RNA 聚合酶特异性结合转录起始所需保守序列,多数位于结构基因转录起始点上游,启动子本身不被转录。...图片​启动子序列提取一般要进行启动子进化分析,都是在已知某一大类基因是在CDS区比较保守 ,因此想查看在启动子区是否有同样情况,因此首先需要对物种进行选取,以wrky家族例,可以现在ensemble...图片在网页上点击每个node可以导出启动子序列,已知基因物种信息后,提取主要还是在ensembel网站上进行。...上面的这些提取内容在phytozome上也可以,也是在biomart下面进行一样操作。...做启动子motif分析主要目的查看这些启动子序列是不是有些位点是与我们研究某些特殊信号转导基因有关,前面的实验结果进行佐证。

    2.6K22

    新冠病毒快速鉴定

    背景 目前新冠病毒鉴定可以采用抗体抗原反应快速鉴定,荧光定量 PCR 以及宏基因组测序等方法。这里我们主要介绍宏基因组测序方法如何来鉴定新冠病毒。...宏基因组测序分析新冠流程图 Centrifuge 是一款快速有效基因组物种组成分类软件,采用了结合 BWT 变换(Burrows-Wheeler transform,BWT) FM...可支持二代三代测序数据,输入 fastq 格式文件即可,也支持 fasta 格式以及原始 qseq 格式文件,同时支持 pairend 数据,也支持压缩格式,其中索引只写前缀名即可。...1、原始 read ID ; 2、比对到数据库序列 ID,如果使用是 Refseq 数据库或者 nt 库,则是序列Accession ID; 3、物种分类 ID,第二列比对上序列对应物种分类...(百度百科) 桑基图主要有边、流量支点组成,其中代表了流动数据,流量代表了流动数据具体数值,节点代表了不同分类,宽度与流量成比例显示,越宽,数值越大。

    1.3K10
    领券