如何使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边
Phytozome是一个用于植物基因组学研究的在线资源，提供了丰富的植物基因组数据和工具。在使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边时，可以按照以下步骤进行操作：
- 首先，打开Phytozome的官方网站（https://phytozome.jgi.doe.gov/）。
- 在网站的搜索栏中输入高粱基因id或相关关键词，点击搜索按钮。
- 在搜索结果中找到与高粱基因列表相关的基因，并点击进入基因详情页面。
- 在基因详情页面中，可以获取到该基因的相关信息，包括基因序列、功能注释、调控网络等。
- 创建节点：根据高粱基因列表中的每个基因，可以将其作为一个节点来表示。节点可以使用基因的名称或其他标识符来表示。
- 创建边：边表示基因之间的关系或相互作用。根据研究的需要，可以根据已知的相互作用关系或功能关联来创建边。
- 可以使用图数据库或相关的网络分析工具来存储和分析创建的节点和边。图数据库可以有效地存储和查询大规模的节点和边数据。
- 在腾讯云中，可以使用腾讯云图数据库TGraph（https://cloud.tencent.com/product/tgraph）来存储和分析创建的节点和边。TGraph是一种高性能、高可扩展性的图数据库，适用于大规模图数据的存储和查询。
总结：使用Phytozome中的基因id为高粱基因列表创建节点和边，可以通过在Phytozome网站搜索相关基因并获取基因信息，然后根据研究需求创建节点和边。在腾讯云中，可以使用TGraph图数据库来存储和分析创建的节点和边。
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我对使用Cytoscape分析基因之间的分子关系很感兴趣，我一直在阅读Cytoscape网站上的教程，但我不确定如何使用Cytoscape进行“一对多”比较。
例如，每个基因通常被指定为“节点”，其“边”对应于与其他基因的交互作用。Cytoscape使用“属性”将节点或边名称映射到特定的数据值。在一个简单的“一对一”比较中，您可能有一个包含10个基因及其表达值的列表，这样每个基因的属性将是1)基因的名称和2)表达值。看起来很清楚Cytoscape将如何使用这些类型的数据来构建交互网络。
但是，对于每个基因(节点)，我有多个数据值，例如对于基因X，我将拥有指示基因X与分析中所有其他基因之间的预测
浏览 1提问于2020-06-02得票数 1
我有一个基因列表(让我们称之为L)，我想看看它们在三个不同的物种(人类，斑马鱼和鳕鱼)中是如何不同地发挥作用的。首先，我根据3个物种的基因组搜索这个列表中的基因，得到3个物种的3个基因列表(我们称它们为l1，l2，l3)。然后我将3个基因列表分别放入字符串中。
有了这3个网络和4个列表，我来到了Cytoscape。我想要可视化的是一起展示3个网络。因此，背景是来自L的所有节点，当我说，让我们看看人类，网络n1 (包括来自l1的节点和它们之间的边缘)将被高亮显示(来自其他两个物种的其他基因保持不动，但作为背景淡出)。然后，您还可以对斑马鱼和鳕鱼执行相同的操作。通过这样做，人们可以看到这些基因在3
浏览 5提问于2018-03-16得票数 1
1回答
我有一个由三行组成的矩阵:基因1，基因2，距离。
我想创建一个网络，其中每个基因都是一个节点，连接线根据两个基因之间的距离进行缩放。
我如何在不使用生物信息学或神经网络工具箱的情况下做到这一点？
谢谢!
浏览 1提问于2014-07-15得票数 1
1回答
疾病网络
、
我有一个包含两列的表:一列包含Disease names，另一列包含Genes。我想创建一个只有Disease nodes的图，连接两个节点，如果它们有共同的基因影响它们。
我如何在Cytoscape中做到这一点？
浏览 3提问于2020-10-26得票数 1
我在我的RNAseq中使用了Phytozome的高粱ID。我想通过cytoscape为特定的基因列表创建基因网络。不幸的是，我无法使用字符串或其他工具，因为我在Phytozome 12中使用的基因id无法识别。所以我的问题是如何克服这个问题并为我的基因列表创建节点和边？提前谢谢。
浏览 47提问于2019-02-12得票数 0
2回答
我正在使用ROS和C++开发一个机器人模拟。
我已经创建了一个地图，它是一个封闭房间中的空闲位置列表，如下所示：
0.1,0;0.2,0;0.3,0;...
它们是由;分隔的(x，y)位置。该列表中的所有位置都是地图中的空闲位置。如果某个位置存在障碍物，则该位置将不在列表中。
如何将该列表用作A*搜索算法映射？
我曾想过将该列表转换为2D矩阵，但我不知道在矩阵的单元格中放入什么。
浏览 0提问于2019-04-25得票数 0
我正在尝试将一个基因名称列表转换为entrez基因ID。
现在我有这样的想法：
>library(biomaRt)
>ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
>mapping <- getBM(attributes=c('ensembl_gene_id','ensembl_transcript_id',
'entrezgene',
浏览 1提问于2018-11-16得票数 1
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我有一个基因名称列表genes_list和一个针对其他基因的基因列表(元组列表) genes2，我成功地连接到我的本地数据库，并创建了带有name属性的标记为GEN的20244个节点。我正在尝试为Neo4j图中的任何一对节点(使用变量tupla[0]and tupla[1])自动创建关系的脚本，但我无法让for循环为元组列表工作，有什么建议吗？我还在学习如何使用这个库，任何建议都会很棒！致以问候！
from py2neo import Node,Relationship,Graph, database,NodeMatcher
import time
import pandas as pd
浏览 12提问于2021-06-01得票数 0
1回答
我在试着把我的数据聚在一起。这是我的数据的例子：
genes param1 param2 ...
gene1 0.224 -0.113 ...
gene2 -0.149 -0.934 ...
我有一千个基因和一百个参数。我想根据基因和参数对数据进行聚类，并使用聚类图进行聚类。因为有很多基因，所以很难用图片来理解任何东西。现在我想要我的数据中的15到20个最大的基因簇的文本信息。我的意思是15-20个基因列表，它们属于不同的集群。我该怎么做？谢谢
这是我从我的数据中得到的集群图的例子：
这里有垂直和水平的树状图。因为有很多行，在垂直树状图上不可能看到任何东西(我只
浏览 2提问于2014-04-15得票数 2
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2回答
从结点和关系生成块的算法
、、、
我有它们之间的节点和线的列表，它看起来像这样：
我需要的是生成块，在这种情况下它将是这样的:块1:1，2，14，11块2:2，13，12，14块3:2，3，4，5，6，12，13块4:6，7，12等等。
有没有人知道如何创建算法？thx
浏览 1提问于2013-02-25得票数 2
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read_input(fileName)： 此函数将接受一个参数，该参数将是包含我们希望处理的数据值的CSV文件的名称。 此函数用于读取CSV文件，假设列输入格式为物种、个体ID、等位基因(A或B)、基因序列、鸟嘴形状分数(即尖度)、鸟嘴类型，并为每个长度为7的个体创建一个列表变量，格式为物种、个体ID、alleleA基因、alleleB基因、alleleA鸟嘴形状分数、alleleB鸟嘴形状分数、鸟嘴类型。您的函数应该返回一个列表，它是所有这些列表的列表。将此数据列表用作后续函数的finches列表。 数据是CSV文件保证每个个体ID总是有两行数据，一行是带有ALX1的等位基因A的个体。第
浏览 47提问于2021-11-01得票数 0
我有一个点的列表，以及它们从一个中心点相对于其他点的角度。由于列表的生成方式，列表没有顺序，也不能保证两点之间的角度是否存在。也没有办法保证角度是顺时针还是逆时针。
嵌套列表或二维numpy数组将如下所示：
angle_array =
[[A, B, 32]
[C, B, 37]
[A, D, 117]
[F, E, 84]
[A, F, 103]
[D, E, 56]]
其中列表的“列”是[Point 1, Point 2, Angle between 1 and 2]
它是从一堆点创建的，就像这样(对不起，糟糕的手机图片和工程师抓取)：
我想以下面这样的列表结束：
direct
浏览 0提问于2013-04-24得票数 4
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我正试图找出如何在我的TSL中最好地模拟我的数据。在中，通过在相关节点中存储单元id (或单元id列表)来暗示关系。然而，在中，引入了GraphEdge的概念。我希望文档(也许在这里)能够清楚地了解如何使用GraphEngine正确地建模关系/边。
浏览 9提问于2017-03-07得票数 2
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1回答
我想在闪亮的数据库查询中创建一个交互。\
为复制粘贴的基因ID列表创建文本框；
或者，上传一个包含所有基因ID列表的文件；
在mainPanel()中，我将通过提交的基因ID获取数据的子集。在研究报告中，这可以作为：
df[c("gene1", "gene2", "gene3", "gene4"),]
在闪亮的ui.R中，我有：
tabPanel("Browsing Gene(s)", tableOutput("queryTableCopy"), footer),
和server.
浏览 2提问于2017-07-18得票数 1
我有两个文件，我正在使用python类方法来解析来自和创建sql语句的数据。在我的两个档案里，我都有一个基因名字的列表。第一个文件是包含20个基因名称的简单列表，面板名称总是相同的。第二个文件提供了更多关于这些基因的信息，每个基因名称将有多个条目。
我现在的代码看起来是：
class Gene(object):
def __init__(self, gene):
self.gene = gene
def make_gene_sql(self):
sql = """INSERT INTO gene (""
浏览 5提问于2016-07-06得票数 0
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我正在尝试实现一个由邻接列表表示的图形数据结构。我正在使用一个以顶点作为键的字典，每个键可以有一个或多个值。一个值包含一个包含键点连接到的另一个顶点的列表，以及在顶点之间遍历的成本(无向图)。由于一个顶点可以连接到其他几个顶点，所以某个键的值可以由一个嵌套列表组成。
我知道我的实现不是非常面向对象的，我的代码可以在许多方面得到改进，但我现在想保持这种状态，因为当我从非常糟糕的事情开始并在之后改进它时，我会学得更好。
函数is_connected(self，node1，node2)有问题。我试图通过首先将每个键的值复制到两个单独的列表中来查看两个顶点是否连接(在邻接列表中)。然后，我对每个列表执
浏览 1提问于2019-03-03得票数 0
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我试图在python中实现一个整洁的(增强拓扑的NeuroEvolution)算法，但是在看了多个指南并阅读了原始论文之后，我只剩下一个问题。当一个新的节点/神经元被创建时，它是为它的节点基因提供一个全局数还是一个局部数？
文章让它听起来像是全局数，但如果是这样的话，即使连接是相同的，如果节点创建的顺序是不同的，那么可能会出现一个错误，即连接基因是不同的；但是，如果节点是本地的，那么来自和将要连接的基因/ in out连接基因就会因NN不同而不同。希望这是有意义的，如果不让我知道任何帮助是非常感谢的！
浏览 1提问于2019-08-07得票数 0
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我已经创建了一个dataframe df_list列表，每个列表都是一个18x4dataframe。数据的第一列是18次重复的基因名称，其余的三列是基因的信息。每种数据都描述不同的基因。
现在，我想在方框图上迭代dataframe列表(即基因列表及其各自的信息)，以获得每个基因的图表；但是，我不知道如何处理iterate的标题如下：
以下是我简化的盒图函数：
box <- function(df){
df %>%
ggplot(df, aes(x = df[,4], y = df[,2])) +
geom_boxplot() +
ggtitle(g)
浏览 1提问于2021-09-09得票数 0
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在数据库中存储图形
、、、、
我正在做一个项目，在我的学生工作中，我使用yfiles作为构建自定义图形和图标的库，所有这些都是在java中使用eclipse作为IDE。
我们的计划是使用嵌入式数据库来保存创建的用户文件，这就是我对如何实现这一目标的最佳方式的怀疑。
他们有一个如何从存储在数据库中的数据创建图形的示例，该库支持多种数据库引擎，包括mysql，hsqldb，db1，oracle，derby，甚至CSV-JDBC。现在在他们的文件中，没有任何例子或任何东西表明将信息从图形存储到数据库是可能的，我想问一下，以前使用过这个库的人是否知道如何从图形中获取信息(包括图标和形状)，并将其存储在这些数据库引擎中。
这个库创建
浏览 2提问于2014-09-17得票数 0
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我正在使用cytoscope.js绘制状态转换图。我从API中检索节点和边，因此节点和边的数量不是固定的。
为了测试，如果我提到所有节点的位置，图形将被正确呈现：
var cy = window.cy = cytoscape({
container: document.getElementById('cy'),
boxSelectionEnabled: false,
autounselectify: true,
layout: {
name: 'preset'
},
elements: [{
浏览 1提问于2017-04-28得票数 0
2回答
正在尝试使用谷歌基因组学，请按照此处的说明进行操作：
正在尝试设置OAuth客户端id (第4节:身份验证)，在GoogleCloud控制台中，步骤c告诉我：“在API和身份验证选项卡上，选择API并确保基因组学API设置为ON”
..。但我在列表中找不到基因API。如何将基因组API“添加”到列表中？(我已经被批准参加谷歌基因组学预览)。
浏览 6提问于2014-04-16得票数 1
我有一个边列表形式的数据集：
我想将这个csv加载到neo4j中，并在A和P、A和Q等之间创建一对一的关系，并用图形表示它。
我如何使用neo4j做到这一点呢？我只能导入文件，无法创建任何关系
浏览 13提问于2017-01-20得票数 1
我在启动KnockoutJs beforeRemove和afterAdd处理程序时遇到了一些问题。
这是相关的代码片段
function viewModel(list) {
var self = this;
this.items = ko.observableArray(list);
this.removeItem = function(item) {
self.items.remove(item);
}
this.removeFirst = function() {
self.removeItem(self.ite
浏览 4提问于2012-01-13得票数 10
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有一些算法，如或，要求程序员创建一个图，该图是通过将某些节点收缩成单个节点获得的，然后再对其进行扩展。
对收缩的正式描述如下：
设G是一个具有顶点V和边E的图。设C是G的一个连接组件。G相对于C的收缩定义为V - nodes(C) + C*上的图，其中C*是表示收缩组件的“超级节点”。在C中不涉及顶点的边是原样的。在C中有端点的边缘现在连接到C*。
我不清楚如何使用邻接列表这样的表示来实现这样的算法原语。
怎样才是一种优雅而有效的表示图形的方法，使它们能够被压缩，同时记住用于扩展它们的相关数据？
浏览 0提问于2018-04-01得票数 10
在内存中存储图形有三种方法：
节点作为对象，边作为指针包含编号节点x和节点y之间的所有边权重的矩阵编号节点之间的边的列表
我知道如何写这三种语言，但我不确定我是否考虑过每种语言的优缺点。
在内存中存储图形的每种方法的优缺点是什么？
浏览 57提问于2010-07-20得票数 100
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我有两个csv文件，即: file1.csv {包含字段:基因，肿瘤，总患者，水平}和file2.csv{基因，样本，值，丰度}
我需要创建两个文件之间的关系，例如:基因连接到肿瘤，并创建样本，等等(类似的关系)
我正在尝试下面的代码，但它显示了我想要的结果(在下面的代码中解释)
USING PERIODIC COMMIT
LOAD CSV WITH HEADERS
FROM 'file///home/file1.csv' AS row
LOAD CSV WITH HEADERS
FROM 'file///home/file2.csv' AS line
浏览 0提问于2015-04-15得票数 0
我有一个大型网络结构的to-from节点的nx2矩阵。我已经用它创建了一个稀疏邻接矩阵，我可以用BIOGRAPH来绘制它。我的系统大小不一，最大的系统有超过3000个节点(显然不适合绘图)。
如果我选择一条线，我希望能够为给定的X(通常是3个)创建一个从原始线(两个节点)开始的X“步”内的所有线和节点的列表。显然，使用暴力并不太难。但是，我需要尽可能快地完成此操作。
adj_mat = sparse(from_nodes, to_nodes, 1, s, s);
有没有一种方法可以使用邻接矩阵来实现？我可以使用收件人/发件人列表更有效地执行此操作吗？
我现在要做的是找到连接到所选行的节点
浏览 1提问于2013-05-02得票数 1
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计算子图在图中的出现次数
、、、、
我有一个描述基因相互作用的三维数据集，可以用图表表示。数据集示例如下：
a + b
b + c
c - f
b - d
a + c
f + g
g + h
f + h
'+‘表示左边的基因正向调节右边的基因。在这个数据中，我想计算一个子图，其中一个基因(比如x)正向调节另一个基因(比如y)，y反过来又正向调节另一个基因(比如z)。此外，z还受到x的正调节。在上图中有两种这样的情况。我想执行这个搜索，最好使用awk，但是任何脚本语言都可以。我很抱歉我的问题太具体了，并提前感谢你的帮助。
浏览 3提问于2010-11-12得票数 2
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我有两个数据：
df1:大数据框架，包含约20000个基因df2的基因列表:小基因列表(例如50个基因)。
现在我想找出来自df2的哪些基因存在于df1中，在df1中添加一个新的列，用1标记/高亮显示匹配的基因，用0标记不匹配的基因。
我通常使用子集函数来找出列表中有哪些基因。我还知道如何创建一个只有匹配的基因等的新表，但是我真的不知道如何在同一个文件中“标记它们”，因此我想添加一个1或0的列。但也可以是对的，也可以是假的。
我希望我自己解释一下，如果不是这样的话，让我知道
谢谢你，洛尔
浏览 0提问于2022-10-18得票数 1
我正在使用一个网络，作为一个过滤器，我希望只保留与特定基因相关的基因。 我如何才能只选择那些最大距离单个节点2或3个节点的基因？ Ty
浏览 18提问于2020-01-27得票数 0
1回答
我正在阅读Eva Tardos的“算法设计”，在第三章中提到，邻接矩阵具有O(n^2)的复杂性，而邻接列表具有O(m+n)，其中m是边的总数，n是节点的总数。它说，在邻接列表的情况下，对于每个节点，我们将只需要大小为m的列表。
在邻接表的情况下，我们不会得到类似于矩阵的东西吗，因为我们有列表，也是一维数组。所以根据我的说法，基本上它就是O(m*n)。请给我引路。
浏览 1提问于2015-09-16得票数 5
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在Networkx中绘制图形时，我想知道是否有一种方法可以为每个边缘和节点指定alpha --类似于node_color或edge_color可以是一个颜色列表。目标是能够有选择地突出显示较大图的子图。
浏览 1提问于2022-10-18得票数 0
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对于我正在做的一个项目，我有一些txt文件，其中有id，to id和weight。id用于标识每个顶点，权重表示顶点之间的距离。这个图是无向的，完全连接的，我使用的是c++和openFrameworks。如何将此数据转换为1920x1080图形的(x，y)坐标点，同时保持文本文件中指定的权重？
浏览 7提问于2020-08-02得票数 0
2回答
如何迭代对象列表并分配子对象？
、、、、
我有一个Location POJO，它存储从JSON文件中解析的Location对象，我想将其映射到一个图形中。图中每个节点的位置对应于它的id字段，其中id="1“是开始节点，id="10”是目标节点。
为了解决这个问题，我调整了一个Node类来包含诸如setWeight()、addChildLocation()等方法，但是我不知道如何从我的位置列表中创建这个图。我知道如何通过硬编码位置的代码并调用addChildren来创建图形，方法如下，但不确定如何从已经可用的Location对象列表中创建它：
Node LocationOne= new Node("Lo
浏览 4提问于2015-04-02得票数 1
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2回答
按名称匹配行
、、、
我有2个数据集(基因名称的列表/列)，例如：
df1
Gene_id
SUMO2
CDC37
COPB2
BECN1
CAPNS1
和
df2
Gene_id
SUMO2
BECN1
CAPNS1
我想创建一个新的数据集，它有2列，基因名称匹配。第一列包含所有df1基因，第二列包含所有匹配的df2基因。NA的第二列没有匹配，如下图所示。最好使用R或Python中的dplyr。谢谢
Gene_id Gene_id
SUMO2 SUMO2
CDC37 NA
COPB2 NA
BECN1 BECN1
CAPNS1 CAPNS1
浏览 1提问于2019-12-24得票数 0
我有两个数据帧y和z
y <- data.frame(ID = c("A", "A", "A", "B", "B"), gene = c("a", "b", "c", "a", "c"))
z <- data.frame(A = c(2,6,3), B = c(8,4,9), C=c(1,6,2))
rownames(z) <- c("a", "b", "c")
对于y，
浏览 0提问于2021-03-08得票数 1
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节点/边缘用户访问控制的图建模法
、、、、
有没有一组最佳实践来处理如何在图形数据库中建模数据(我现在正在考虑arangodb，但这个问题将适用于其他平台)？
每个用户都有联系人，但有些联系人可能是用户共有的，例如John认识Mary，Marc认识Mary。因此，我将有3个节点(John、Mary和Marc)，但John应该只看到他与Mary的关系，而不是Marc与Mary的关系
那么，为了支持用户访问他们的信息，应该如何设计一个完整的图呢？
选项1:为每个用户创建1个图。这样，我就可以确切地知道谁可以看到什么(例如，我可以用用户id作为我所有集合的前缀)。这很简单，但会复制很多数据(例如，如果我把我所有的家人都放在数据库中，我的兄弟也
浏览 1提问于2015-08-06得票数 3
1回答
我想从数据表中生成一个基因图。我的表T有两列，一个是“ID”列，另一个是“Genes”列，其中包含列表。列表包含基因(字符串)。 我希望我的基因作为节点(每个基因一个节点)，边应该连接到两个基因，这两个基因共享一个不同的ID。我尝试了很多，但我需要最快的解决方案，因为表有70万到270万行。 我应该如何继续？比如，我如何才能在我的表格中找到特定基因的所有外观？ 我已经实现了生成所有提到的最终基因的nd.array。接下来，我尝试用nd.nditer遍历该列表两次，以获得所有成对组合，然后遍历所有行，以检查两个基因是否都在其中一个列表中。下面是一个例子。 接下来，我尝试首先通过找到特定基因的所
浏览 13提问于2019-01-30得票数 0
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2回答
置换矩阵的交叉算法
、、、
我正在开发一种遗传算法来寻找点之间的最佳连接(最小化距离)。假设我们有两个要点列表：
sources = {s1, s2, s3}
targets = {t1, t2, t3, t4}
我决定将基因组表示为二维二进制数组，其中：
行表示源点。
列表示目标点
1表示源和目标之间的连接。
这种表示法意味着矩阵中的每一列和每一行最多可以有一个1s。
现在，我正在努力寻找一个交叉算子，以保持解决方案的完整性。
示例：
parent1：
[0][1][0][0]
[0][0][1][0]
[1][0][0][0]
parent2：
[0][0][1][0]
[1][0][0][0]
浏览 0提问于2016-01-19得票数 2
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2回答
我在SQL上的桌子上有个问题。我有两个表：table 1 (8000 lines)由一列组成，其中一列只包含唯一的基因id's (ex. HxC4233)，table 2 (20000 lines)由两列组成，其中包含类似于表1的基因id，但是有一些重复的(所以不是唯一的)具有相应基因长度的列。问题是，一些相同的基因有不同的异构体(ex. HxC4233_i1, HxC4233_i2)，具有不同的长度，但我已经削减了我的基因id在这两栏中，只显示(HxC4233)。
我想要创建一个查询，由表一中所有唯一的基因ids和表二中相应的基因长度组成。但我只希望拥有独特的基因长度，而不是所有的基
浏览 2提问于2020-11-30得票数 0
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我有一个测序的基因列表。这一系列的基因被注释到一个GEN-ID。下面的链接显示了一个列表的示例。
在这个列表中，一个数字表示在示例中找到了gen。NA的意思是找不到基因。
例如，我想以两个这样的列表为例，并对它们做一个Venn图。我为此使用的代码如下：
listA <- read.csv("young.csv", header = FALSE)
A <- listA
A
listB <- read.csv("old.csv", header = FALSE)
B <- listB
B
length(A$V2)
length(B$V2
浏览 2提问于2021-12-03得票数 0
我正在尝试使用biomaRt将超过90k的探针ID列表转换为基因符号，但遇到了问题。使用getBM函数，我可以看到其中只有22k具有相应的基因符号，但输出是一个长度为22k的向量，并且我看不到与初始探针ID列表的对应关系。使用getBMlist，我可以得到为那些不匹配的探测器指定的NA值的输出，但是该函数会给出一条警告消息，指出getBMlist不适用于大型列表。如何获得90k基因符号和na值的输出？
浏览 1提问于2013-03-15得票数 1
from Bio import Entrez
accessions = ['NM_001195662','NM_001289467','NM_008866']
list1 = []
for i in accessions:
Entrez.email = "A.N.Other@example.com"
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id= i , rettype='gb', retmode='xml')
reco
浏览 1提问于2016-05-23得票数 0
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1回答
将这个邻接列表实现的实现更改为包含两个顶点之间的“权重”的最佳方法是什么？
如果我稍后在我之前创建的两个相同的顶点之间添加一个边，我只想增加它的权重。
浏览 4提问于2014-10-16得票数 0
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2回答
我使用了R中的MixOmics包进行两个矩阵(典型相关分析)，我得到了一个结果相关矩阵。我想从所获得的结果中建立一个相关网络。我之前想过使用基因集相关分析包，但我不知道如何安装它，而且在R ()中也没有互联网上的资源来安装它。
另外，您能推荐我可以使用哪些其他包来构建具有相关矩阵作为输入的网络吗？我想到了Rgraphviz，但不知道这是否可能。
浏览 7提问于2012-09-12得票数 6
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1回答
我想找出一种从连接线上检测所有三角形的方法。我有一个包含所有可用行的数组列表，名为 lines ，当我添加另一行时，我想知道它是否创建了新的三角形。如下图所示，当我添加新的线f时，它将点与索引1,3连接起来。我需要快速的方法来检测新三角形的创建，并将索引1,3,5添加到另一个名为三角的数组列表中。
// array with lines indices, each line contains two point indices
val lines: ArrayList<Int> = arrayListOf(
0,1, // a
1,5,
浏览 3提问于2020-11-14得票数 0
我有一个文本文档，它是一个边缘列表文件。我知道如何读取文件(使用)，但我不知道如何获得我想要的图形的信息。
主要问题：是否有一种方法可以检测此图(从边缘列表文件创建)是使用networkx命令定向还是无定向？或者只是它是加权的还是未加权的？
浏览 3提问于2015-11-10得票数 2
1回答
OSM和A*算法
、、、
我正在尝试写一个程序，使用OSM数据作为输入来计算从A到B的最短路径(A*算法)。该程序应在Android Java中工作。我使用来自OSM的数据，并使用osm_2po (是一个将OSM xml文件转换为sql文件的应用程序)将数据放入我的PostGIS数据库中。我的数据库有以下条目，据我所知，我需要其中的以下变量: source_id、target_id、x1、y1、x2、y2、cost和reverse cost。其中source_id是基于OSM数据的源节点的id。其中target_id是基于OSM数据的目标节点的id。(长)其中x1、y1是源节点的坐标(纬度和经度)。(浮点数)其中x2、
浏览 4提问于2013-05-28得票数 3
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我有一个大型数据表，其中包含2组4配对的观察值，其中的前几行如下：
a1 a2 a3 a4 b1 b2 b3 b4
1 480 770 601 953 469 750 588 944
2 0 0 0 0 0 0 0 0
3 3 13 9 12 3 12 9 12
4 0 2 4 3 0 14 3 2
5 0 0 11 0 0 0 11 0
6 165 292 162 313 180 368 116 368
这些是来自两个不同的RNA-seq分析管道'a‘
浏览 0提问于2017-07-18得票数 0
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我试图解决我的系统(Python/Storm)的一个问题，但不确定什么是最好的工具。
目标:使用节点输入和输出的约束创建图的边。
我有400+ python函数(螺栓每个螺栓包一个函数- storm在本例中并不重要，我将把它们当作节点处理)。
每个螺栓/函数/节点都有一个定义的输入和输出名称-属性列表。我有一个源(它有输出，但没有输入)。节点(有输入和输出列表) Sink (只输入没有输出)。
为了更清楚地说，我有：
S = Source , Input = [] , Output = ["a","b","c","d"] (
浏览 0提问于2016-04-02得票数 0
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