在R中更易于处理的数据形式是data.frame,list并不是太好处理,常用操作就是对它进行循环迭代。
此次作业选择的是鸢尾花数据,因为可以从r语言预先设置的数据集中提取,所以读入数据这里我不做代码书写,不使用read.csv(),直接使用data()命令获得数据集 # 读入数据
可以发现,iris数据集中有5个变量,前4个变量为数值型(numeric),最后一个为字符型 (character)。
该文件warming.csv包含字段year和value,后者是全球年平均气温,相比于1900-2000的平均水平。
文章来源:"Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular carcinoma patients with liver transplantation" (2021,npj Precision Oncology),数据与代码全部公开在https://github.com/sangho1130/KOR_HCC。
细胞类型注释是单细胞转录组中非常重要的环节,2021年 Nature protocols 中发表了一篇细胞注释的教程综述Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods,含有细胞注释常见的流程,以及每个步骤可用的软件以及一些资源和建议。
瀑布图(waterfall plot) 用于展示拥有相同的X轴变量数据(如相同的时间序列)、不同的Y轴离散型变量(如不同的类别变量)和Z轴数值变量,可以清晰地展示不同变量之间的数据变化关系。
前面分别介绍过了单细胞常见的可视化方式DimPlot,FeaturePlot ,DotPlot ,VlnPlot 和 DoHeatmap的优化方式
上面我们将每一张图都单独输出了,下面来介绍如何将其全部组合起来,分别介绍两种R包的方法gridExtra&patchwork
生存分析作为转录组文章中的VIP,太常见了,那么如何批量得到所有候选基因的单因素结果以及可视化结果呢?
由于最近开始使用R-ggplot2绘制一些可视化作品,也慢慢发现ggplot2绘图的方便之处,但毕竟开始于Python绘图,我们也不能落下
1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表,但是列表不能进行计算,对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st
导读:Matplotlib是建立在NumPy数组上的一个多平台数据可视化库。在2002年,约翰·亨特(John Hunter)提出Matplotlib,最初的构思是设计为IPython的一个补丁,以便能够从命令行启用交互式MATLAB样式绘图。
geomnet是一个基于ggplot2可视化图形和网络的R包,它使用sna包计算网络布局,并且包含了使用ggplot2绘制圆的geom_circle函数。
在本课中需要制作与每个样本中的平均表达量相关的多个图,还需要使用所有可用的metadata来适当地注释图表。
除了函数,减少重复代码的另一种工具是迭代,它的作用在于可以对多个输入执行同一种处理,比如对多个列或多个数据集进行同样的操作。
经常有对比R,Python和Julia之间的讨论,似乎R语言在这三者之中是最为逊色的,实则不可一概而论。
混合线性模型,又名多层线性模型(Hierarchical linear model)。它比较适合处理嵌套设计(nested)的实验和调查研究数据
关系正确返回TRUE 否则FALSE== 相等 != 不相等>大于< 小于 ps:字母多的字符串比少的大
在上一篇中,绘制了一个正方形,但是,其中要不断重复某些语句。幸亏是正方形,如果是更多边的图形,重复就更多了。在Python语言中,为了让重复的事情做起来不那么烦人,就设计了一种名字为for循环的循环语句。注意,for循环,只是循环语句中的一种。
散点图(scatter graph、point graph、X-Y plot、scatter chart )是科研绘图中最常见的图表类型之一,通常用于显示和比较数值。散点图是使用一系列的散点在直角坐标系中展示变量的数值分布。在二维散点图中,可以通过观察两个变量的数据变化,发现两者的关系与相关性。
问题: 背景金融小硕,想学习R语言却不知道应该如何学习,应该按何种步骤,看哪些书或者视频资料等东西,所以提问这个问题,希望知道学习R语言的一般过程是怎样的,谢谢大家~~ 希望大家可以按以下的内容来回答,如不适合则无视。在每个阶段应该看哪些书,有哪些网络上有的视频资料比较好,应该从事什么样的练习加以巩固。 http://www.zhihu.com/question/21654166 Evan 北京大学 回答: 我当初学习R的时候在网上搜到一些R语言学习路线,我在微信圈,微信公众平台上也见多次
本文将简要盘点R中常用的可视化包,并通过简要介绍包的特点来帮助读者深入理解可视化包。
例如,使用的rstan包采用了一个Hamiltonian Monte Carlo算法。用于贝叶斯建模的另一个rjags包采用了Gibbs sampling算法。尽管细节有所不同,但这两种算法都是基于基本的Metropolis-Hastings算法的变体。
❝本节来介绍如何使用ggplot2绘制配对连线云雨图,图形倒也简单主要是细节;小编给了两个案例来进行展示,有循环绘图需求的可以看最后一个案例;❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsignif) library(gghalves) library(ggsci) 数据清洗 df <- read_tsv("data.xls") %>% filter(year %in% c(1957,2007),continent !="Oceania") %>% select(
matplotlib算是python比较底层的可视化库,可定制性强、图表资源丰富、简单易用、并且达到出版质量级别。
在使用数学知识画出很酷的各种图形之前,你需要先学习Python编程语言的基础知识。本文将会带你熟悉以下编程概念:循环、变量、函数、使用小龟模块绘制图像。本文假设你已经安装了Python,如果没有,欢迎你访问我的在线编程学习网站www.icoding.pub,你可以在编程入门—使用python语言开发游戏课程中下载Python并学习安装过程和Python基础操作。本文是在Python编程中发现数学之美的第一章内容,其余内容会陆续发布在www.icoding.pub,欢迎关注。
上一讲,我们给大家介绍了matplotlib的快速上手教程,介绍了常用的线性图形与散点图的画法。
前几天发现了一个很有趣的包——openair,可以将年度时间序列刻画成周年日历热图,感觉这种形式非常适合用于呈现年度空气质量可视化,所以抓空爬了一些大连市2016年年度空气质量数据拿来玩玩,目标网站网页结构比较简单,爬取过程很轻松,界面部分很规律,感觉这个代码可以作为模板用,感兴趣的小伙伴儿可以试着玩一玩! library(RCurl) library(XML) library(dplyr) library(ggplot2) library(stringr) library(rvest) library(l
1.transition_states(states, transition_length = 1, state_length = 1,wrap = TRUE) 生成渐变的动画。其中主要参数:states指的是进行转化的各组数据;state_length指的是每个动画暂停的相对速度;transition_length各组之间转化的相对速度;wrap指的是动画最后是否循环回去。
学完R语言的基本操作后,我们还可以继续学习R的几大著名而且使用强大的包,今天讲其中的一个,就是ggplot2,至于这个包的评价和地位,我就不多说了,感兴趣可以百度,它绝对是数据可视化的利器,好了,我们先来开始简单介绍一下这个包. 先说说我们人手工作图的方式,1,先画一个坐标轴,2,然后根据数据在图上画图形3,在基础的图形上加一些注释,或加一些对比.基本上这就是我们作图的方式,那么ggplot2就跟这差不多了,1.先设定坐标轴和数据2,选择要画图形的类型3,添加一些图形,4,丰富一下图形的信息.ggpl
为了能更方便的查看,检索,对文章进行了精心的整理(PLUS)。建议收藏,各取所需,当前没用也许以后就用到了呢!
在Python中,我们可以使用turtle库来绘制各种形状,包括圆圈。这是一个相当基本的问题,但是对于新手程序员来说,它可能会很有用。在这篇文章中,我们将向你展示如何使用Python的turtle库画多个圆圈。
用于分析投资组合风险的最受欢迎的模型是因子模型,因为股票具有共同移动的趋势。证券的主要组成部分经常会解释很大一部分差异。由于我们主要关注构成投资组合的多种资产,因此需要对此进行说明。有些问题可能是为什么低市净率的股票要比具有较高市净率的股票好吗?在此,比率的“价格”部分仅是股价(每股),比率的“帐面”部分是“股东权益” /“流通股”,这是公司资产负债表上的项目。
现在好像内置52种声音,我自己都试了一遍。最开始想直接写循环,R直接自己退出了。接下来想到能不能在循环的时候设置时间间隔?暂时还不知道如何实现。遂单条命令一个一个运行。
semi_join anti_join实际上没有发生过两个数据框的连接,其实是对左边的数据框取子集
因为涉及到显示中文,依赖字体,把代码上传到了github:chenqionghe/generate-ability-map[1]。
最近在看一些关于贝叶斯深度学习在可靠性方向应用的文章,看到下面这篇文章,发表在可靠性方向顶刊的 ITR 中。
本系列课程是针对无基础的,争取用简单明了的语言来讲解,学习前需要具备基本的电脑操作能力,准备一个已安装python环境的电脑。如果觉得好可以分享转发,有问题的地方也欢迎指出,在此先行谢过。
总共是26个基因,它们都是在case 和 control两个分组需要看表达量差异,而且case 和 control两个分组内部都是10个病人。
染色质免疫沉淀,然后进行深度测序 (ChIPseq) 是一种成熟的技术,可以在全基因组范围内识别转录因子结合位点和表观遗传标记。
大家应该在很多文章中看到类似箱线图或者小提琴形状的散点图。有时候的确给文章增彩不少,这种图就是抖动散点图。今天我们给大家介绍一个绘制抖动散点图的R包ggbeeswarm,但是呢,如果真正多样化绘制还需要ggplot2的协助。那么也就是我们需要两个包来完成我们抖动散点图的绘制:ggbeeswarm和ggplo2。具体安装我们不再赘述,ggplot2的使用可以参考我们前面的《R语言绘图之ggplot2》。
上一篇中我们介绍了ggplot2的基本语法规则,为了生成各种复杂的叠加图层,需要了解ggplot2中一些基本的几何图形的构造规则,本文便就常见的基础几何图形进行说明;
plot函数中,x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标;函数中的...为附加的参数。
早上听完讲座才想起来,今天 520 了。那这样吧,小编给做了个小小的惊喜给读者们,年轻的盆友可以用这“小玩意”给自己心仪的对象表白了。
流程图可以简单地描述一个过程,是对过程、算法、流程的一种图像表示,在技术设计、交流及商业简报等领域有广泛的应用。流程图可分为:数据流程图和作业流程图。
ggplot2是R语言中四大著名绘图框架之一,且因为其极高的参数设置自由度和图像的美学感,即使其绘图速度不是很快,但丝毫不影响其成为R中最受欢迎的绘图框架;ggplot2的作者是现任Rstudio首席科学家的Hadley Wickham,ggplot2基于Leland Wilkinson在Grammar of Graphics(图形的语法)中提出的理论,取首字母缩写再加上plot,于是得名ggplot,末尾的2是因为Hadley写包的一个习惯——对先前的版本不满意便写一个新版本的名称不变仅在末尾加上2,如reshape2等;
考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑,仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性,在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”,起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上,并且详细的记录笔记。
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