在做项目分析的时候遇到过一个问题，就是有个老师想将好几张功能富集结果中的柱状图的横坐标的范围全部调整为一样的，一般画这个柱状图都是用Y叔的clusterprofiler包中的barplot函数对使用这个包的功能富集结果进行一键绘图...但是当我去查找这个函数的调整坐标的参数时： barplot.enrichResult {enrichplot} R Documentation barplot Description barplot...这个图与一般的函数barplot画出来的不一样的地方在于它的颜色，这张图里面的颜色反应的是fdr的大小，是一个连续值，ggplot2可以将连续值映射到到颜色上，横坐标是通路中感兴趣基因的个数。...(top10) <- c("Description","count","padj") #fill=padj fill颜色填充，使用连续值padj p ggplot(data=top10,aes(...，虽然看起来是x轴，但其实是y轴 p3 <- p2 + ylim(0,30) + scale_fill_gradient(low="red",high="blue") p4 x_discrete
1.7链接函数和管道操作符%>% Q: 如何以一种易读的形式调用一个函数并且将结果传递给另一个函数？...ggplot2绘制折线图 ggplot(pressure,aes(x=temperature,y=pressure))+geom_line()+geom_point() #使用geom_line()得到类似的结果...) 有时候条形图表示的使分组数据中各个数据的频数，这种条形图和频数图很类似，不过x轴为离散的取值，此时可以使用table函数 table(mtcars$cyl) 4 6 8 11 7 14...barplot(table(mtcars$cyl)) 2.使用ggplot2绘制条形图 #变量值的频数表，使用BOD数据，时间为x值，demand为y值，使用geom_col()函数 ggplot(BOD...demand))+geom_col() #变量值的频数表，使用mtcars数据，cyl为x值，cyl各取值的数量为y值，此时使用geom_bar()函数 ggplot(mtcars,aes(x=mtcars
ggplot函数所制作的图表默认设计风格虽然经过设计师的精雕细琢，但是并不是尽如人意。 毕竟在这个大众审美水平水平越来越高的时代里，企业中的各式报告也强调与企业的VI相互统一，形成自身风格与特点。...当然ggplot函数中是支持这种多样性的订制需求的，甚至像那些知名的咨询或者顶级财经媒体的御用图表模板已经被制作成了图表主题分享在R语言的主题包之中。...接下来要介绍关于图表主题设置的一些细节： 关于柱形图与条形图的转化问题： 这个问题昨天已经提到了，R语言是不区分柱形图、条形图的，两者都叫Barplot，只是开口方向不同。...定义X轴、Y轴标签文本的大小、颜色、字体 ggplot(data, aes(reorder(row.names(data), -qsec), qsec))+ geom_bar(stat = "identity...大家可以看到，以上调整过程全部需要通过ggplot函数附加参数完成，机会每一个图表元素都有对应的调整参数，调整起来其实蛮辛苦的，不过对于同一类参数可以放在同一参数系统中去，也就是简化代码： ggplot
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com
本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...plotrix包 利用gap.barplot()进进行绘制，将gap参数设置为90，420进行y轴截断，可加入参数axis.break()对截断形状进行修改。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...ggplot2包 第二种方式是利用ggplot2进行绘制。首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。...(5) + 5, rnorm(5) + 22) ) ggplot(d, aes(x, y)) + geom_col() ?
由于微信不允许外部链接，你需要点击文章尾部左下角的 "阅读原文"，才能访问文章中链接。 一、基础柱状图 1. barplot 命令 基于barplot基础柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...包绘制柱状图 使用ggplot2包的柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...包绘带误差线的制柱状图 myData$gears <- as.factor(myData$gears) ggplot(myData,aes(x=cyl,y=mean,fill=gears)) +...position_dodge(.9)) + scale_fill_brewer(palette="Paired") + theme_minimal() 3. ggbarplot 绘制绘带误差线的制柱状图...- barplot1》》，STHDA Winston Chang，《ggplot2- barplot2》，Cookbook for R Chris Wetherill，《Building Barplots
再来看下他的脚本： 三个函数组成，代码写的还是比较规范的，管道用的66的，虽然赋值符合和我不是一个风格，这个萝卜青菜啦！...，plot表示ggplot对象，type表示要保存的图片格式 if(type=='pdf'){ ggplot2::ggsave(filename = path,plot = plot,width...'mean_sd', 'mean_ci', 'mean_range', 'median','mean', 'median_iqr')[1]){ # data是一个数据框，包含三列，第一列是样本名称(X轴坐标...)，第二列是样本分组信息，第三列为值(Y轴坐标) # xlab，ylab和labs 分别自定义X轴名称，Y轴名称和图例标题名称 # colors 自定义颜色，默认为NULL，函数会根据RColorBrewer.../PlotGroup_barplot2.pdf',plot = p2,type = 'pdf',width = 6,height = 4) 最后，看下图的效果 配色还不错，颜值在线，你可以根据自己的需求微调
学完R语言的基本操作后,我们还可以继续学习R的几大著名而且使用强大的包,今天讲其中的一个,就是ggplot2,至于这个包的评价和地位,我就不多说了,感兴趣可以百度,它绝对是数据可视化的利器,好了,我们先来开始简单介绍一下这个包...先说说我们人手工作图的方式,1,先画一个坐标轴,2,然后根据数据在图上画图形3,在基础的图形上加一些注释,或加一些对比.基本上这就是我们作图的方式,那么ggplot2就跟这差不多了,1.先设定坐标轴和数据...在画基本图形之前,我先说一下qplot这个函数,这个函数是ggplot2包里面的一个函数,简单作图,他的用法可以看做是基本绘图与ggplot绘图的一个过渡....barplot(table(mtcars$cyl)) #当变量为因子型,绘制频数条形图 qplot: 版本改掉了一些参数,暂时未知 ggplot: ggplot(BOD, aes(x...), aes(x=x)) + stat_function(fun=myfun, geom="line") ---- 通过以上对比,我们一看就可以知道,ggplot画图的风格,先画出坐标轴框架,再一层一层的往上添加
之前我们已经讲过很多条形图啦，但是今天我们再来讲一种条形图——环状条形图（Circular barplot）。当厌倦普通的条形图的时候或者空间有限但是要展示较多样本的时候，都可以考虑使用环状条形图。...那么要如何作图呢？ 如何作环状条形图 1）需要什么样的数据 我们这次使用的数据以及代码来源Azandis的博客[1]。我根据最终的图片，整理了所需要的数据。...我们将使用 ggplot 函数进行作图，首先我们来看看怎么把普通的柱状图变成环形的。...排序后的环形图 然后我们在之前的基础上标记上数值： ggplot(TP, aes(x = reorder(State, RankOrder))) + geom_col(aes(y = Trees),...参考资料： [1]Azandis的博客: https://www.azandisresearch.com/2019/07/19/create-a-radial-mirrored-barplot-with-ggplot
火山图大家应该是也基本上都没有问题，下面的MA图其实跟火山图非常的类似，两者都是log2FC信息，不同的是火山图展现P值，而MA图展现的是表达量情况！...= element_blank(), axis.line.x = element_line(size = 0.3, colour = "black"),#x轴连线...axis.ticks.length.x = unit(-0.20, "cm"),#修改x轴刻度的高度，负号表示向上 axis.text.x = element_text(margin...= 0.3) ,#修改x轴刻度的线 axis.ticks.y = element_blank(), axis.text.y...') 这样有了最原始的图，如何绘制成为文章开头的美图呢？
： • 一组基因直接注释的结果是得到大量的功能结点。...ggplot2绘制 # 对富集结果使用qvalue从小到大排列，取top10 data % top_n(n = 10, wt = -(qvalue)) colnames...(data) p ggplot(data = data, aes(x=-log10(qvalue), y=reorder(Description,-log10(qvalue)) )) + geom_bar...c(0,0)) + # 调整柱子底部与y轴紧贴 xlab(label = "") + ylab(label = "") + # 设置x，y坐标轴标题 theme_classic() + #...设置主题，只保留x，y轴 ggtitle(label = "-LOG(q-value)") + # 设置标题 theme(plot.title = element_text(size = 12,
3 如何在已有图形上加一条水平线 使用低水平绘图命令 abline()，它可以作出水平线（y 值 h=）、垂线（x 值 v=）和斜线（截距 a=， 斜率 b=） 。...在已有图形上添加信息当然要使用 低水平绘图命令。 4 如何加图例？ 绘制图形后，使用 legend函数，help(“legend”) 5 R 如何做双坐标图？...6 如何为绘图加入网格？ 使用 grid() 函数 7 如果绘图时标题太长，如何换行？ 可以使用 strwrap 函数，这个函数可以将定义段落格式。...参考函数 col2rgb() 10 如何调整所绘图形的大小？...13ggplot2包是强大的绘图包。多多练习！！！
R基础教程可先阅读：R语言编程基础第一篇：语法基础 1 barplot()函数绘制 数据： Group Count1 Count2 Control 10 8 Drug1 28 13 Drug2...为不同的组设置不同的颜色 barplot(data[,2],names.arg = data[,1],main="条形图",xlab="分组",ylab="统计量",col=c("grey","red"...###------水平柱状图 par(las=2)#调整水平轴数字方向 barplot(as.matrix(data2), names.arg = data[,1],main="条形图"...=T) head(csub) ggplot(csub,aes(x=Year,y=Anomaly10y))+ geom_bar(stat="identity",position="identity")...>= 0 ggplot(csub,aes(x=Year,y=Anomaly10y,fill=positive))+ geom_bar(stat="identity",position="identity
一、前言二、初阶图形2.1 基本条形图2.2 水平柱状图2.3 带图例的堆叠柱状图2.4 带图例的分组柱状图2.5 ggplot作图2.6 plotly作图三、进阶图形3.1 水平柱状图3.2 显著性柱状图...3.3 堆积百分比柱状图3.4 分组柱状图四、讨论一、前言柱状图又称条形图，在统计分析中的使用频率最高，也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。...= "bar")图片三、进阶图形3.1 水平柱状图和刚刚的初阶一样，只是多添加了标签和y轴，常用于计算靶点交叉数目可视化、多项频数可视化等#读取文件rt=read.table(inputFile, header...通路富集、有统计P值可视化等library(ggplot2) #读取文件rt = read.table(inputFile, header=T, sep="\t", check.names=F) #按...图片还有很多刚入门或者准备入门生信的同学，特出此系列巩固和提供一些入门帮助。关注公众号「生信初学者」回复【barplot】领取示例数据和代码
上一次推文已经给大家介绍了常见的富集分析类型以及如何使用全能的R包clusterprofiler实现，详情请见：富集分析常见类型 相必大家也知道clusterprofiler的富集结果可以画出很多漂亮的图...并且一些函数是专门针对GSEA结果的，我们会在后面的推文中继续介绍。 enrichplot是基于ggplot2的，所以所有的ggplot2特性都是支持的。...条形图 通过barplot实现，此函数只能对接enrichResult对象，所以GSEA的结果它是画不出来的哦~ 用于展示最重要的或者你感兴趣的条目的富集结果，比如富集到的基因个数、条目名字，P值等信息...~., scale="free") # ggplot2的分面语法 ggplot2可以非常方便的进行各种自定义可视化，可以参考历史推文： ggplot2坐标轴修改详细教程 ggplot2图例修改详细教程...,coords = NULL #控制位置，需要含2列的data.frame,x是x轴坐标,y是y轴坐标 )
然而，使用者可能想知道哪些基因参与了这些关键的富集术语。...除了标准的富集分析结果，cnetplot() 函数也支持基因集富集分析 (GSEA) 的结果展示，并仅显示核心富集基因。...]edo <- enrichDGN(de);head(edo) cnetplot函数小试牛刀，先画barplot看看 barplot，此函数只能对接enrichResult对象，所以GSEA的结果它是画不出来的...，barplot用于展示最重要的或者你感兴趣的条目的富集结果，比如富集到的基因个数、条目名字，P值等信息。...参数： x：包含富集分析结果的 R 对象。 foldChange：基因的表达量变化值。 colorEdge：是否根据富集术语对边进行着色。 category：类别节点的颜色。
= 'iris') #按坐标位置进行标记 输出结果： base 作图函数 作图模板 plot() 散点图、折线图 hist() 频率直方图...添加曲线 points() 添加点 axis() 坐标轴 title() 添加标题 text() 添加文字 ggplot2 作图 ggplot2是与base...facet_() 主题：图形的背景、网格、轴、默认字体、大小等 theme() library(ggplot2) #以内部数据iris作图，Sepal.Length和Petal.Length...透明度 alpha 填充颜色 fill 点的形状与编号： 21-25分为边框与填充的颜色，参数color仅能控制边框的颜色，需设置参数fill的颜色 color() 可使用十六进制颜色代码 # 刻度函数可指定各自的颜色...+ facet_wrap(~ Species) 输出结果： #局部设置 ggplot(data = iris)+ geom_smooth(mapping = aes(x = Sepal.Length
这些族表示使用不同粒度级别的数据。在决定使用哪种方法时，你必须考虑你想要回答的问题。统一的API可以方便地在不同类型之间切换，并从多个角度查看数据。...，包括显示每个单独的观察结果而不是总结箱线图值的方法 inner=“stick” “box” “point” “quart” sns.catplot( data=tips, x="day"...在seaborn中，barplot()函数操作一个完整的数据集，并应用一个函数来获得估计值(默认取平均值)。...当每个类别中有多个观测值时，它还使用自举来计算估计值周围的置信区间，该置信区间使用误差条绘制: sns.catplot(data=titanic, x="sex", y="survived", hue...该函数还在另一个轴上对高度的估计值进行编码，但它不是显示完整的条，而是绘制点估计值和置信区间。此外，pointplot()连接来自相同色调类别的点。
基本前提是你可以实例化图，然后分别添加不同的特征；也就是说，你可以分别对标题、坐标轴、数据点以及趋势线等进行美化。 下面是 ggplot 代码的简单示例。...用 Bokeh 表示调查结果 红色的条形图表示 538 个人关于「你认为自己有男子汉气概吗？」这一问题的答案。...Bokeh 提供的所有便利都要在 matplotlib 中自定义，包括 x 轴标签的角度、背景线、y 轴刻度以及字体（大小、斜体、粗体）等。...使用 Pygal 非常简单： 实例化图片； 用图片目标属性格式化； 用 figure.add() 将数据添加到图片中。 我在使用 Pygal 的过程中遇到的主要问题在于图片渲染。...希望阅读本文后，你可以了解到在不同的情境下，该如何使用不同的美化工具和代码。
基本前提是你可以实例化图，然后分别添加不同的特征；也就是说，你可以分别对标题、坐标轴、数据点以及趋势线等进行美化。 下面是 ggplot 代码的简单示例。...▲用 Bokeh 表示调查结果 红色的条形图表示 538 个人关于「你认为自己有男子汉气概吗？」这一问题的答案。...Bokeh 提供的所有便利都要在 matplotlib 中自定义，包括 x 轴标签的角度、背景线、y 轴刻度以及字体（大小、斜体、粗体）等。...使用 Pygal 非常简单： 实例化图片； 用图片目标属性格式化； 用 figure.add() 将数据添加到图片中。 我在使用 Pygal 的过程中遇到的主要问题在于图片渲染。...希望阅读本文后，你可以了解到在不同的情境下，该如何使用不同的美化工具和代码。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
云直播
