如何使用pymatgen获得一个结构中的所有键角？
pymatgen是一个用于材料科学计算的Python库，它提供了许多功能来处理晶体结构数据。要获得一个结构中的所有键角，可以按照以下步骤使用pymatgen：
- 导入必要的模块和类：from pymatgen.core.structure import Structure from pymatgen.analysis.angles import AllBondAngles
- 创建一个Structure对象，该对象包含你要分析的晶体结构数据。你可以从文件中读取结构数据，或者直接使用pymatgen提供的结构生成方法。这里以从文件中读取结构数据为例：structure = Structure.from_file("structure.cif")
- 使用AllBondAngles类来计算结构中的所有键角：bond_angles = AllBondAngles(structure) all_angles = bond_angles.get_all_angles()
- 现在，你可以使用all_angles变量来访问结构中的所有键角。它将返回一个包含所有键角的列表，每个键角由三个原子的索引和键角的值组成。
使用pymatgen获得结构中的所有键角非常方便，它可以帮助你进行晶体结构的分析和计算。如果你想了解更多关于pymatgen的信息，可以访问腾讯云的相关产品介绍页面：pymatgen产品介绍。
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pymatgen模块应该适用于Python2.7.x或3。这两个版本的文件都可用()。我的Python (sys.version)是2.7.11。
我尝试使用standard："conda install -c mastic pymatgen"安装，但返回错误：
"Fetching package metadata ...........
Solving package specifications: .
浏览 7提问于2017-05-25得票数 1
我正在尝试用Anaconda3中的“pymatgen”来模拟Si晶体结构。 import pymatgen 这段代码运行时没有错误。但当我运行以下代码时- from pymatgen import Molecule 它给出了错误"ImportError:无法从'pymatgen‘导入名称’分子‘(未知位置)“，其他模块都会发生这种情况。我该如何解决这个问题？
浏览 32提问于2021-09-03得票数 0
这是一个非常基本的问题，但我坚持住了。我已经安装了pymatgen和下面的教程。WHen我试图导入pymatgen.borg，它给了我一个错误
我想我需要安装pymatgen.borg，所以为了安装pymatgen.borg.queen模块，我使用了以下命令
python -m pip install pymatgen.borg.queen
但是它不起作用，我收到了这个错误。
Could not find a version that satisfies the requirement pymatgen.borg.queen (from versions: )
没有找到pymatgen.bo
浏览 2提问于2018-11-22得票数 0
我在运行一个叫做pymatgen的Python包。木星和火化氢被安装在conda环境中。我已经使用conda的python3手动安装了ruamel，但同样的错误也发生了。奇怪的是，在使用ipython运行时，相同的代码(在本例中只是一个库load语句)不会出现错误。木星和ipython都是从miniconda安装中运行的(我用命令检查其中的命令)。我注意到网上的一些帖子说，红宝石与conda有问题，因为重新映射了一个“。为下划线字符，但所提出的解决方案都没有帮助解决上述问题。我也不明白为什么ipython很好，而木星失败了。有什么建议吗？
from pymatgen.core.structur
浏览 7提问于2021-12-20得票数 0
1回答
我已经熟悉了pymatgen包，并且需要制作相图。在页面上有一个快速教程，介绍了如何制作三元图，但实际上我想制作一个更简单的纯物质图。
我想到的是像这样的东西。我已经浏览了文档，并在谷歌上搜索了很多次，但都没有找到我想要的东西。也许有可能将来自pymatgen的数据与matplotlib这样的绘图包结合起来？
浏览 10提问于2016-11-15得票数 0
我渴望开始材料模拟。我面临的问题，试图安装Pymatgen与Anaconda。以下是我所做的事。我正在使用Win 8.1 x64，Python3.8。
首先，我尝试通过命令提示符使用'conda install -c conda-forge pymatgen'安装Pymatgen v2022.0.8。它抛出了一个错误，但它却持续了很长一段时间。我甚至在安装了stackoverflow.I中的spglib1.16.0之后，尝试安装它，但是在anaconda文件夹中发现没有安装任何东西。
所以我下载了"win-64/pymatgen-2022.0.8-py38hbd9
浏览 7提问于2021-05-28得票数 1
我试图通过以下脚本使用pymatgen.analysis.local_env模块来分析使用min_dist方法获得的结果：
from pymatgen.analysis.local_env import
structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif")
neighbor_list = []
for i in range(len(structure_from_cif.species)):
neighbors = get_neighbors_of_site_with_index(structure_fr
浏览 1提问于2019-01-24得票数 0
回答已采纳
我正在尝试从外部登录页面创建新的销售线索 到目前为止，代码在Odoo13.0+e-20200524上工作正常 url = ODOO_URL
db = ODOO_DB
username = ODOO_USERNAME
password = ODOO_PASSWORD
kwargs = {
'name': 'hello world',
}
common = xmlrpc.client.ServerProxy('{}/xmlrpc/2/common'.format(url))
uid = common.authenticate(db, u
浏览 33提问于2020-07-08得票数 0
我遵循XRD绘图教程，正如它在本教程中所讲的那样，我导入了
from pymatgen import Lattice, Structure
from pymatgen.analysis.diffraction.xrd import XRDCalculator
from IPython.display import Image, display
%matplotlib inline
在定义了结构之后，我尝试用以下命令来绘制它
c = XRDCalculator()
c.show_xrd_plot(structure)
但我遇到了一个错误：“无属性”show_xrd_plot
AttributeE
浏览 4提问于2018-11-23得票数 0
我们有现有的代码来获取许多材料(>60,000)的一些材料属性。 from pymatgen import MPRester
mpr = MPRester(api_key="")
criteria={"nelements":{'$lt':4}}
properties=["pretty_formula","cif","material_id", "formation_energy_per_atom", "band_gap"]
c = mpr.query(cri
浏览 52提问于2019-10-09得票数 0
回答已采纳
我是Spring集成的新手；如果我没理解错的话，spring集成有3个关键角色；
1个出版商
2个订阅者
3通道。
我能理解使用DB/文件系统作为队列的发布者和订阅者框架。spring集成队列驻留在哪里？如果发布者和订阅者本身是单独进程，它们如何共享通道？通道是否可供发布者进程和订阅者进程访问，因为它们运行在相同的JVM中？
这是否意味着，如果publisher运行在一台机器上，而subscriber运行在另一台机器上，我们就不能使用Spring集成吗？
浏览 0提问于2017-03-10得票数 1
目前，我有许多相同的组件是从地图中渲染出来的，如下所示：
{this.state.Tweets.map(t => <Tweet key={t.title} title={t.title} desc={t.desc} />)}
因此，我所做的就是将整个map对象包装成这样的一个过渡：
<TransitionGroup> {this.state.Tweets.map(t => <Tweet key={t.title} title={t.title} desc={t.desc} />)} </TransitionGroup>
this.st
浏览 4提问于2017-03-03得票数 0
2回答
我在spatie图书馆玩，发现自己遇到了一个问题。
如何将数组转换为子对象？
use Spatie\DataTransferObject\DataTransferObject;
class OtherDTOCollection extends DataTransferObject {
public OtherDto $collection;
}
class OtherDTO extends DataTransferObject {
public int $id;
public string $test;
}
class MyDTO extends DataTran
浏览 12提问于2022-03-16得票数 0
1回答
我知道关于INSERT/UPDATE有很多线程，但我没有找到解决问题的方法。
我有两个表来管理选项：
# table 1: option_fields
id | label | type | default
# table 2: option_values
id | field_id | user_id | value
注意: field_id和user_id应该是外键，但它们不是。
如果条目不存在，我想插入到option_values中，pseudeo代码：
IF (field_id != 1 AND user_id != 2):
INSERT
INTO option
浏览 6提问于2012-11-26得票数 0
回答已采纳
在Server上有数千个数据库的环境中应用生产更改(DML & DDL)的最佳方法是什么？
我在那里看过一些产品，但我想知道你们的一些经验。
谢谢
浏览 0提问于2016-09-22得票数 2
我在Google中配置了一个定制的SAML应用程序，并配置了来使用SP启动的SSO。
我可以通过URL访问OpenSearch，但是我得到了以下错误
没有此用户可用的角色，请与系统管理员联系。
我想有一些SAML属性映射和组设置是必需的。我在Google中创建了一个开放搜索组，供我想要访问的用户使用。
我认为以下AWS Opensearch参数需要一个值
SAML主后端角色主体关键角色键
浏览 10提问于2022-08-10得票数 0
我使用的是C++ Win32接口。
我已经使用ldap函数连接了AD &创建了一个属性。
我完成了从AD中设置和获取属性的单个值。
现在，我想在我自己的attribute.the属性名为"UsrAttrib“中设置多个值。
如何在这个属性中设置数组的值？
我已经尝试使用下面的代码来获取"objectClass“属性值。
usrValue = ldap_get_values(
pLdapConnection, // Session Handle
pEntry,
浏览 0提问于2012-11-06得票数 0
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2回答
我尝试使用list type属性作为散列键在dynamodb中创建全局辅助索引。在创建表时，我能够创建索引，但无法将项放入该表。我使用角色作为哈希键创建了索引。当我要保存数据时，得到以下错误。
调用PutItem操作时发生错误(ValidationException)：无效属性值类型
这是要保存的数据格式。
{
"product": {"S":"CHEMISTRY"},
"endDate": {"S":"2022-04-21T00:00:00.000Z"},
"roles"
浏览 14提问于2022-03-23得票数 0
我想用货币来解决套利问题。现在我有一个包含所有交易所的.txt，但是我希望它们像一个矩阵，其中元素i，j是从货币i到货币j之间的汇率。但是，我现在有这样一个.txt：
.txt就像我有
如何将此.txt转换为二维数组？我想寻找套利机会与最低%的免费风险获胜。但是首先我需要对问题建模，然后用Bellman来解决这个问题。
非常感谢!
PD: python用户。
浏览 1提问于2018-11-03得票数 0
我正在尝试使用Model派生API从revit元数据中提取部件类别中的所有元素，但我找不到任何元素。如何从revit元数据中获取部件类别？
浏览 4提问于2021-12-04得票数 0
1回答
基本上，我有一个模型DriveObject，它是用外键parentId进行自引用的。
我使用express和node.js作为后端。
下面是我如何在代码中定义关联：
driveObject.hasMany(driveObject, { as: 'Children', foreignKey: 'parentId' });
driveObject.belongsTo(driveObject, { as: 'Parent', foreignKey: 'parentId' });
DriveObject可以扮演文件夹的角色。
与经典目录一
浏览 2提问于2022-07-12得票数 0
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1回答
我在Data-Factory中使用Azure Dataflow。我有一个Azure SQL数据库作为源。示例如下： Firstname Lastname Age phone mobile
Don Bosco 56 34578970 134643455
Abraham Lincoln 87 56789065 246643556 以下是数据流： Source -> Sink (JSON Blob storage) 在接收器中，我得到了一个文件，输出如下： {"Firstname": "Don", "Las
浏览 26提问于2021-02-12得票数 0
我是新来的专业开发人员。
我创建了一个项目，在该项目中，我需要动态创建N个字段。所以它的bean/pojo将不可用。
我必须接受jsp中这些动态字段的输入，并在struts2操作类中检索这些字段。
如何在struts2操作类中获取动态创建的表字段的数据。
示例-：用户将创建操作。
一个动作有多个目标，用户可以为目标定义1到n个度量。
我将创建一个表单，以便使用jsp获取这些度量的输入。
我要所有动作类的测量数据。
所以我没有getter & setter。
任何建议都会有帮助的，谢谢
浏览 3提问于2013-12-30得票数 2
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1回答
这是我一周前问的一个问题的编辑。
我正在开发一个Android应用程序，它可以与用户的家庭PC进行通信，控制一些运行在PC上的第三方PVR软件。模型如下..。
Android应用程序 <- wifi/3g -> <- localhost -> 第三方PVR软件
Windows由我(C# .NET)编写，并充当安卓应用程序和PVR软件之间的代理。
我想要做的是使用C2DM将各种事情通知用户--例如，如果一个家庭成员设置了一个电视节目来录制，那么C2DM消息就会发送到其他家庭成员的设备上，这样每个人都是最新的。
我现在似乎有三个可能的选择，如何进行。Windows服务是
浏览 4提问于2011-11-24得票数 0
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1回答
我已经安装了这个扩展：
我的问题是，当我使用链接中给出的代码时，这个错误显示:未知变量形式。
代码如下：
use moonland\tinymce\TinyMCE;
echo TinyMCE::widget(['name' => 'text-content']);
$form->field($model, 'attribute')->widget(TinyMCE::className());
//toggle to tinyMCE or to textarea
echo TinyMCE::widget(['na
浏览 1提问于2015-03-07得票数 0
1回答
我听说超级分类账有不同类型的对等(节点)类型。我听说，有代言人，将军，锚，领导，订单同行。
问题1)你能告诉我这些同龄人的角色是什么吗？
问题2)你能告诉我每个同伴都有什么吗？我的意思是谁有分类账和链码，谁只有分类账，没有链码，谁有链码，谁没有分类账？
浏览 1提问于2018-11-27得票数 1
1回答
我是一个Active Directory域管理员，如何获得特定域用户的访问令牌？我想使用这个用户的访问令牌从一个只打开给他的共享文件夹中获取一些数据。
浏览 6提问于2012-06-09得票数 0
为了帮助搜索引擎(如google)为您的站点生成“富结果”，您可以在您的站点中添加一个注释为html-ish标记的PageMap。
但是，如何知道搜索引擎所使用的所有有用的名称值，并将其呈现为丰富的结果呢？有正式的名单吗？
浏览 0提问于2022-07-04得票数 1
回答已采纳
当使用成员-cli中的吊舱结构时，应该将嵌套路由的模板文件放在哪里？
这是我目前所拥有的。
访问/foo works
预期和实际结果:呈现app/foo/template.hbs。
访问/foo/bar不起作用，我得到“错误:断言失败: URL '/foo/aa‘不匹配应用程序中的任何路由”
预期结果:呈现app/foo/bar/template.hbs。
实际结果：“错误:断言失败: URL '/foo/bar‘与应用程序中的任何路由不匹配”
路由器：
Router.map(function() {
this.
浏览 0提问于2014-09-24得票数 2
我有两种类型的输出
a)
{'projections': {}, 'band_index': [], 'energy': None, 'kpoint_index': [], 'kpoint': []}
b)
{'band_index': defaultdict(<class 'list'>, {<Spin.up: 1>: [9]}), 'kpoint': <pymatgen.electronic_structure.bandstructu
浏览 4提问于2017-01-15得票数 0
我有一个课程网站，学生在那里参加在线课程，然后参加考试并获得证书。
课程内容类型具有对“课程”内容类型的实体引用，该内容类型进一步引用了考试内容类型( Webform)。
用户的进度存储在数据库中的自定义表中。
现在，我们需要建立一个本地移动应用程序登录/注册，并参加课程和考试的功能。(用户注册/登录和进度应与网站数据库同步)
一开始有什么想法吗？自定义API、web服务或直接读写数据库。
谢谢
浏览 0提问于2016-02-16得票数 1
4回答
我有一个需要存储在数据库中的文件夹结构。每个文件夹都有一个名称、一个主键和一个指向其父文件夹的外键。因此，一个文件夹可以有子文件夹。
我遇到的问题是当用户想要上移或下移或添加新的子文件夹时(添加子文件夹是在树的末尾添加的)，而我想记录子文件夹的顺序。
如何在表格中记录用户排序？
因此，如果我在A下有子文件夹B，C和D(按照这个顺序)，我向上移动D，那么顺序是B，D，然后是C。你如何在数据库中反映这一点？
浏览 1提问于2012-07-27得票数 1
回答已采纳
我需要更新一个llvm模块中某些结构中的属性的地址空间。通过使用适当的新结构类型将单个结构类型复制为新类型，更新单个结构类型是非常简单的。它确实需要递归地将该方法应用于任何子结构，但是工作正常。
但是我的挑战是如何在模块中更新这个结构的用法？我看到了两个挑战：
没有明显的方法来查询哪个Values使用旧的struct类型？
有可能有指针类型，这也使用旧类型，所以我也需要搜索这些类型，不知怎么的，可能通过搜索我遇到的每一个指针类型。
浏览 2提问于2016-11-13得票数 0
我正在为初创公司的Google寻找替代品。预配置的服务托管包括安全、网络、扩展、数据库、备份、应用程序、成熟度等。因为我们每个部分都没有专家。对于一个应用程序程序员来说，正确地操作整个服务堆栈太难了。
对此，我还可以考虑其他服务吗？
浏览 2提问于2011-03-17得票数 2
回答已采纳
我有一个表“电子邮件设置”，它与表“用户”有"belongsTo“关系。
电子邮件设置有以下列：
user_id (INT)
订阅(NULL，0或1)
通讯(NULL，0或1)
通知(NULL，0或1)
我的问题是，我无法更新条目，CakePHP总是尝试插入一个新行，即使我做了$this->Emailsetting->user_id = 1。
关联的表是否需要一个" id“primaryKey，或者如果我有"user_id”，可以强制CakePHP更新一个条目(添加id primaryKey对我来说没有意义，所以我想我的设置肯定有问题
浏览 4提问于2013-11-04得票数 0
回答已采纳
1回答
我刚搬到TFS vNext。到目前为止，我们一直在使用XAML构建，这是很容易设置的，但是我们现在不得不使用新的构建框架，这是一个棘手的问题。
我所要做的就是运行一个构建，并从中获取文件。我已经运行了构建，但它坚持将其放入压缩文件中。我如何才能从拉链中获取文件，删除其中包含的500万个空文件夹，然后将文件放入文件夹中？这应该是如此简单，但它使我拔出我的头发！
提前谢谢。
浏览 0提问于2018-02-05得票数 0
回答已采纳
我不确定这是最好的题目，但我有这样的答案：
db:用户名
id, username, search_via, value_1
1, Rita, Sue, 1
2, Bob, Sue, 2
3, Bill, Sue, 3
4, Jim, Bill, 4
5, Brian, Bob, 5
我希望能够搜索到search_via为‘so’的所有用户，所以很明显我已经做到了：
SELECT * FROM usernames WHERE search_via = 'Sue':
1, Rita, Sue, 1
2, Bob, Sue, 2
3, Bill, Sue, 3
然后，我希望从这些结
浏览 2提问于2018-11-14得票数 0
1回答
我有一个场景，我必须从DB中获取一些数据，并在Win forms应用程序中的Grid View中显示它。我已经为演示者编写了一个单元测试来模拟我的存储库和视图。测试检查演示者是否调用存储库的GetData()方法，然后调用视图的Bind(data)方法。
我还对存储库进行了另一个集成测试，该测试验证如果DB中有某些数据，存储库将返回数据。
现在来测试我的观点。我想不出如何测试我的表单并检查它是否确实将数据绑定到Grid视图，但这是一个单独的问题。
我的问题是，如果我想以BDD风格测试上述场景，那么在Win forms中，我无法测试当我调用演示者的方法时，网格视图中是否填充了正确的数据。这是否意
浏览 9提问于2013-12-12得票数 2
回答已采纳
我还在考虑import的声明。如果我在同一级别上有两个文件夹：
src
测试
如何使py文件在test中导入src中的模块？是否有更好的解决方案(比如在另一个文件夹中放一个文件夹？)
浏览 7提问于2010-02-14得票数 17
回答已采纳
我有一个自定义组件扩展组，并包含一个viewstack子级。组件是用actionscript编写的。
在mxml中实例化组件时，如下所示：
<components:CustomGroup width="100%" height="100%">
<mx:HBox backgroundColor="0xDDFF11" width="100%" height="100%" />
<mx:HBox backgroundColor="0x22DD63" width
浏览 7提问于2011-02-24得票数 2
回答已采纳
我有一个工作流程(在svn上)，我正试图用git复制它，但无法做到。
我有大量的Django应用程序(它们被连接在一起形成一个完整的项目)，其中一些在一个大的repo中，另一些在较小的repo中。
我的布局看起来像这样，
app1 -> repo1/app1
app2 -> repo2/app2
app3 -> repo1/appp3
templates/app1 -> repo1/templates/app1
templates/app2 -> repo2/app2/templates/app2
templates/app3 -> repo1/templ
浏览 0提问于2009-12-13得票数 1
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2回答
我想打印每个进程的信息，以及该进程在运行时所做的事情。也就是说，哪个文件是由该进程连续读写的。
为此，我正在编写一个内核模块。
有谁知道如何在内核模块中访问这些信息，或者如何访问内核模块中的处理表数据结构？
任务的伪代码如下所示：
1. get each process from /proc.
2. Access the data structure of that process i.e. process table and all
3. print what that process is doing i.e. which file it is accessing (i.e. readin
浏览 2提问于2015-09-16得票数 0
我正在处理一些需求，其中我从CSV文件中获得了一个小表格，如下所示： root
|-- ACCT_NO: string (nullable = true)
|-- SUBID: integer (nullable = true)
|-- MCODE: string (nullable = true)
|-- NewClosedDate: timestamp (nullable = true 我们还有一个非常大的Avro形式的外部配置单元表，它存储在HDFS中，如下所示： root
-- accountlinks: array (nullable = true)
| |
浏览 15提问于2020-01-13得票数 0
1回答
我得到了一个代码库，它用于将套接字上的几种消息传输到另一个进程，并为此使用了一个联合。
#define maxlen 60
typedef struct
{
TYRES t[MAXLEN];
} TYRE_T;
typdef struct
{
TUBES t[MAXLEN];
}TUBES_T;
typedef struct
{
TYPE t[MAXLEN];
} TYPE_T;
typedef union
{
TYRE_T tyres;
TUBES_T tubes;
TYPE_T type;
} messageunion;
typede
浏览 3提问于2014-05-13得票数 0
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2回答
如何创建快速自定义像素格式
、、、、
由于我正在尝试做的事情的要求，我需要有我自己的像素自定义类。对于我拥有的每个像素：
byte red
byte green
byte blue
int brightness
int X
int Y
我需要坐标，所以我可以制作数组，它只包含我需要绘制的像素。例如，如果我有一条直线，它沿对角移动，我只想要一个一维的像素数组，我需要绘制它；我不想扫描其余的像素，这样我就可以避免不必要的扫描。在我目前的例子中，我将有很多多边形，这些多边形必须以特定的顺序和特定的方式应用于图像。这将是一个游戏引擎，所以我必须尽量避免扫描像素，这是无论如何都不会使用的。
然而，像那样将数据放在Pixel类中，会让事情变得
浏览 4提问于2017-03-13得票数 0
int index = Collections.binarySearch(myList, SearchWord);
System.out.println(myList.get(index));
实际上，我在数组列表中存储了一百万个单词，现在我需要通过键来搜索特定的单词。结果不是一个单词，它可能包含多个单词。
例如，假设我输入"A“表示输出是Aarhus，Aaron，Ababa，....结果取决于搜索词。我如何做到这一点，以及哪种排序算法是最好的集合。
浏览 0提问于2014-02-10得票数 0
1回答
我有一个启动进程的程序(为此我使用了winapi函数CreateProcess )
当系统有多个显示器时，就会出现问题。我需要能够指定哪个显示器来显示进程窗口。
我如何才能做到这一点？
浏览 13提问于2018-02-03得票数 1
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