如何使用rdkit将微笑转换为指纹？
使用rdkit将微笑转换为指纹的方法如下：
- 首先，需要安装rdkit库。可以通过以下命令来安装rdkit：
- 首先，需要安装rdkit库。可以通过以下命令来安装rdkit：
- 导入rdkit库：
- 导入rdkit库：
- 将微笑（SMILES）字符串转换为分子对象：
- 将微笑（SMILES）字符串转换为分子对象：
- 使用MACCS键生成指纹：
- 使用MACCS键生成指纹：
- MACCS键是一种常用的指纹类型，用于描述分子的结构特征。
- 获取指纹的二进制表示：
- 获取指纹的二进制表示：
- 指纹的二进制表示可以用于计算相似度或进行进一步的分析。
这样，你就可以使用rdkit将微笑转换为指纹了。
关于rdkit的更多信息和使用方法，可以参考腾讯云产品"分子数据库"。产品介绍链接地址：https://cloud.tencent.com/product/cmdb
请注意，上述答案中提到的腾讯云产品仅作为示例，实际使用时可根据需求选择合适的云计算平台或服务商。
相关·内容
2回答
如何从微笑中获取分子结构信息？
、、、、
我的问题是:有没有什么算法可以将微笑结构转换为拓扑指纹？例如，如果甘油是输入，那么答案将是3x -OH，2x -CH2和1x -CH。我正在尝试构建一个python脚本，它可以使用人工神经网络来预测混合物的密度。作为输入，我想让我的分子的结构/指纹从微笑结构开始。 我对-rdkit和摩根指纹已经很熟悉了，但这不是我要找的。我还意识到我可以在rdkit中使用“匹配子结构”搜索，但这样我就必须
浏览 18提问于2021-03-22得票数 3
回答已采纳
我必须使用rdkit转换指纹列表中的微笑列表。但我不知道该怎么做。我在互联网上寻找解决方案，但实际上没有有效的例子……有没有人有从分子到指纹的微笑列表的转换经验？ 谢谢!
浏览 44提问于2019-06-24得票数 0
我目前正在处理肽数据，并试图从肽数据集中提取原子对指纹，用于机器学习分类器中。import rdkit
from rdkit</
浏览 4提问于2021-11-07得票数 0
回答已采纳
1回答
我正在尝试用rdkit把分子的微笑转换成指纹。我有两个微笑: Nc1cccc(N)n1和Nc1cc(CSc2ccc(O)cc2)cc(N)n1。第一个扩展为第二个。我所做的是使用rdkit删除公共部分，以获得不同片段的微笑(CSC1=CC=C(O)C=C1 in kekulized form)。我正在尝试将这个片段转换成分子，然后再转换成指纹，以计算与参考分子的相似性。 Desired transformation 但我得到了一个错误
浏览 43提问于2021-04-28得票数 0
回答已采纳
我正在使用RDKIT，并使用一种算法来随机生成所有2048位的摩根指纹。我想知道是否有一种方法可以追溯指纹，以某种方式找出它是什么分子，是否它是一个微笑字符串，名字等。谢谢！
浏览 9提问于2021-01-09得票数 0
我已经生成了一个微笑字符串列表，并将它们定义为“结果”。m = Chem.MolFromSmiles('result')此脚本不工作，并返回：
ArgumentError: rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType)中的Python参数类型与C++签名不匹
浏览 1提问于2018-11-12得票数 0
2回答
因此，我正在使用RDKit和Python将微笑字符串转换为ECFP4指纹，我的代码如下所示。我得到了一个错误，但我也检查了这里的，但我似乎有正确的代码？但为什么我还会犯错呢？data_ecfp4_df = pd.DataFrame(data_ecfp4_lists, index = data.TARGET, columns = ecfp4_name)rdkit.Chem.rdMolDescriptors.GetMorganFingerprintAsB
浏览 13提问于2022-04-07得票数 1
1回答
我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在，我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块，以及如何计算两个分子列表之间的相似性。(超过10,000)放到“女士”名单中，并得到他们的指纹。我使用熊猫数据格式来选择和打印带有结构的列表，并将列表保存到list_1和list_2中。但是当我手动将一些分子结构放到测试列表中时，仍然存在一些
浏览 0提问于2018-08-04得票数 4
回答已采纳
我正在用rdkit计算两个鼹鼠之间的结构相似曲线。当我在google (rdkit=2020.09.2 python=3.7)中运行该程序时，程序运行得很好。当我在PC (rdkit=2021.03.2 python=3.8.5)上运行时，我得到了一个错误。这个错误有点奇怪。是否要安装rdkit=2020.09.2？
浏览 8提问于2021-06-07得票数 2
回答已采纳
有没有办法使用RDKit或其他python模块将微笑转换为化学名称或IUPAC名称？ 我在其他帖子中找不到非常有帮助的东西。 非常感谢!
浏览 76提问于2020-10-13得票数 4
回答已采纳
1回答
我是RDKit的新手。我需要做一个化合物数据库的聚类分析。我已经从锌数据库下载了191K的3D mol2格式的化合物，现在我需要使用RDKit获取指纹。首先，我不知道是否可以将mol2格式转换为指纹，以及哪种指纹更适合这种类型的分析(我需要了解数据库中有哪些化学类型，以便-最终-找到一些代表)。有没有人有建议？(实用的建议也很受欢迎)。谢谢
浏览 30提问于2021-06-29得票数 0
我想使用rdkit来生成count Morgan指纹，并将它们提供给scikit学习模型( Python)。但是，我不知道如何将指纹生成为numpy数组。当我使用 from rdkit import Chemm = Chem.MolFromSmiles('c1cccnc1C')
fp = AllChem.GetMorganFingerprint我找到的
浏览 97提问于2019-02-21得票数 2
回答已采纳
在Python中，我试图将一个微笑字符串分解为一个有效的微笑元素列表。我想问一下，RDKit是否已经有了一种方法来解构微笑串？我确实分别创建了一个有效的微笑元素列表。例如，我想将这个字符串CC(Cl)c1ccn(C)c1转换为这个列表“C”、“C”、“(‘’、'Cl‘、’‘)、'c’、'1‘、'C’、'n‘、'(’、'c‘、’‘)、'c’、'1‘。其他有效的<em
浏览 10提问于2022-10-26得票数 0
1回答
我有以下函数，它接受一个微笑字符串字典，并将它们转换为RDKit mol对象。The return value is a list of RDKit mol objects. for mol_name, smiles_stringexcept:这个函数通
浏览 6提问于2022-05-11得票数 2
回答已采纳
1回答
RDkit指纹
、、
我有100个聚合物，我想通过指纹图谱来比较它们的溶解度。通过使用rdkit，我为每种聚合物(如as 39、80、152、233、234、265、310、314、321、356、360、406、547、650、662、726、730、801、819、849、935‘)列出了一个位列表，但我遇到了这样的错误：“它不能将字符串转换为浮动："。我的第一个问题是，对于每一种聚合物，我如何才能达到一点呢？如何将每个位定义为rdkit中的单个特性？
浏览 16提问于2022-01-05得票数 0
我正在使用RDKit，并试图检查分子是否完全匹配。使用Chem.MolFromSmiles()后，表达式m == p显然不会导致所需的结果。当然，我可以检查p是否是m的子结构，m是否是p的子结构。在RDKit文档中，我找不到或忽略了一个完全匹配的代码示例。我该如何正确地做这件事？谢谢你的暗示。代码：m
浏览 7提问于2020-02-13得票数 11
回答已采纳
1回答
我正在做的过程是将序列转换为微笑，然后为机器学习模型获取数字输入。
问题是: rdkit无法转换部分序列，但不能转换所有序列。
浏览 7提问于2021-02-23得票数 0
当我读取".mol“文件并使用Rdkit转换为微笑时，微笑带有H，但是在原始的.xyz文件中没有'H‘。Al]12[AlH2]34[Al]5[AlH2]16[Al]1[AlH2]57[Al]5[AlH2]89[Al]3[AlH2]23[Al]8[AlH2]15[Al]46379' 为什么会有“H”，我们如何解释这些数字
浏览 35提问于2021-06-18得票数 0
回答已采纳
我正在尝试开发力场，为了做到这一点，我需要一个列表，列出所有可能的键，角和分子中的二面体，从微笑字符串oe .xyz文件。 有没有可能用RDkit做到这一点？如果是这样的话，是怎么做的？
浏览 17提问于2019-10-15得票数 0
Chem.MolFromSmarts('[CX3](=[OX1])[OX2][CX3](=[OX1])')matches = mol.GetSubstructMatches
浏览 177提问于2021-10-11得票数 1
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
即时通信 IM活动推荐
腾讯云开发者
