坐标轴重叠是常见的绘图问题,常规的解决方式是增加图形的宽度、降低字体大小、坐标轴文字旋转。还有 2 个新的方式,自动错位排列和隐藏重叠坐标轴。
最近遇到一个问题,如何将ggplot 连续性数据的坐标轴文本,自定义成想要的分类数据,比如1:10 的数值替换成 id1, id2...id10,实现以假乱真的效果。
如果是要更改x轴左右的间距把scale_y_discrete()换成scale_x_discrete()就可以了
部分数据代码是公开的 下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic
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R具有强大的统计计算功能和便捷的数据可视化系统。目前R主要支持四套图形系统:基础图形(base)、网格图形(grid)、lattice图形和ggplot2。其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观,逐渐成为R中数据可视化的主流选择。
在做基因富集时,有些通路特别长,以至于使图片的大小不好控制,这种情况可以用stringr包的str_wrap来完成文本自动换行。如使用clusterProfiler的barplot时,因为clusterProfiler是基于ggplot2,所以更改ggplot中scale_x_discrete或者scale_y_discrete
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现,下面的B图是折线图加柱形图,相对比较容易实现,上面的A图稍微有点复杂,我想到的办法是拼图,图A可以看成三个热图,然后加一个堆积柱形图,最后将四个图组合到一起。那就按照这个思路试一下看能不能实现。 首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样,可以简单的理解为带有缺失值的热图,缺失值是空白格,其他值分别填充颜色。 那我们就按照这个思路来构造数据 将数据集按照以上格式整理好,存储在csv文件中。 首先是读入数据 df<-read.csv("example_da
这个代码技术含量非常高,大家如果提问绘图相关的,一定要学会生成测试数据哦。有了测试数据,大家就很容易去帮助你。
桑基图(Sankey diagram),即桑基能量分流图,也叫桑基能量平衡图。它是一种特定类型的流程图,图中延伸的分支的宽度对应数据流量的大小,通常应用于能源、材料成分、金融等数据的可视化分析。因1898年Matthew Henry Phineas Riall Sankey绘制的“蒸汽机的能源效率图”而闻名,此后便以其名字命名为“桑基图”。
❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制热图并添加双向箭头添加注释,下面小编通过一个案例来进行展示,图形仅供展示用,希望各位观众老爷能够喜欢。。❞
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ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。按照ggplot2的绘图理念,Plot(图)= data(数据集)+ Aesthetics(美学映射)+ Geometry(几何对象)。本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。
这里使用到的是geom_tile()函数。把填充设置为白色,然后把边框线设置为灰色就可以达成这种效果
箱式图适用于连续变量的可视化展示,显示变量的四分位数,中位数、异常值等 同时箱式图可以预览两组之间的差异,为后续统计分析做准备
ggplot2 在绘图的时候,会在数据的边界部分进行留余操作(base plot 也会这么做),这样使得数据不会落到坐标轴的边界甚至超出边界,大多数情况这是好的。但较真的我们往往在绘图时想要去掉这个留余,我在之前的文章《分析与可视化ROC——plotROC、pROC》就用到过,用来去掉连续数值轴的留白。
函数scale_x_discrete可用于将项目的顺序更改为“2”,“0.5”,“1”:
写在最后:有时间我们会努力更新的。大家互动交流可以前去论坛,地址在下面,复制去浏览器即可访问,弥补下公众号没有留言功能的缺憾。
ggplot2的每个细节都是可以修改的,非常推荐大家系统学习一下,用到再学确实是一种不错的方式,但是如果要提高进阶,还是有必要系统学习的。
https://www.nature.com/articles/s41559-023-02253-z
作图的时候常出现一个问题,我把windows系统字体Times New Roman指定为图形里的字体,虽然在RStudio图形窗口会显示指定字体,但是在保存为PDF时出现问题,出现字体类别错误,指定字体无法显示。
昨天有读者在公众号留言问下面这个热图如何画 image.png 这个图的实现办法有很多,今天的推文介绍一下使用R语言的ggplot2实现上图的代码。 首先是构造示例数据 构造两份数据 一份是最左侧的分
当小仙又打下"今天"这两个字的时候,小时候每天一篇日记的恐惧好像又回来了,过去这么久,我的文学功底果然没有一点长进!
熟悉ggplot2绘图,有一本书,可以介绍大家使用,《R数据可视化手册》第二版
原来ggplot只有两种scale的类型,即continuous和discrete,在新版本中加了一种新的类型,可以将连续型的数据根据bin变成离散型的。如下所示:
没想到我写的帖子竟然被健明大大pick啦,激动之余还是激动。一直以来都觉得自己是弱弱的小透明,执着的学一点就在简书上更一点,和众多在生信路上自学的伙伴抱头前(tong)行(ku)…… 扯远了,补一下健明大大给我的建议,用upsetR绘制crosstalk
柱状图又称条形图,在统计分析中的使用频率最高,也是众多小白入门R最早绘制的可视化图形。
在做项目分析的时候遇到过一个问题,就是有个老师想将好几张功能富集结果中的柱状图的横坐标的范围全部调整为一样的,一般画这个柱状图都是用Y叔的clusterprofiler包中的barplot函数对使用这个包的功能富集结果进行一键绘图,超级简单方便。但是当我去查找这个函数的调整坐标的参数时:
从ggplot2的2.2.0版本开始,它本身就支持图形的第二个轴。因此,cowplot的函数switch_axis_position()已经过时了。下面是一些可以用ggplot2实现的例子。
继续“一图胜千言”系列,箱线图通过绘制观测数据的五数总括,即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值,描述了变量值的分布情况。箱线图能够显示出离群点(outlier),通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。
今天推文模仿的图片是来自于论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders。有读者在公众号的后台留言问 论文中Figure2中的A图如何实现 image.png image.png 今天的推文就介绍一下,因为A图的数据较多,我们来模仿B图,过程其实是一样的 image.png image.png 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图 最右
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y
❝本节来介绍一个修改文本颜色的绘图案例,在实际数据分析的过程中某些情况下我们需要为轴文本和图例文本来添加不同的颜色,但是由于在ggplot2中无默认的参数来实现这一功能,在此小编使用另一种巧妙的方法来实现这一需求,整个过程仅参考。希望对各位观众老爷能有所帮助。
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421008916#da0010
之前写了很多篇推文介绍森林图,包括了常见的forestplot/forestploter/ggforestplot等多个R包:
在使用ggplot2初步绘制(ggplot2|详解八大基本绘图要素)出需要展示的图形后,还需要对标题,坐标轴(ggplot2|theme主题设置,详解绘图优化-“精雕细琢”)和legend(ggplot2 |legend参数设置,图形精雕细琢)上的对象进行一系列的设置,包括但不限于名称更改,颜色,大小,位置和角度的调整。
ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法,丰富了ggplot2文本的表现力。
该ggtext软件包为ggplot2 提供了富文本(基本HTML和Markdown)支持。 富文本可用于图注解(图标题,字幕,标题,轴标签,图例等)中并可视化文本数据,就像通常使用geom_text()。
第一步:准备数据,使用的数据包括三列,len长度,supp是分类变量,dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。
R有几种不同的系统用来产生图形,但ggplot2是最优雅而多变的那一种。ggplot2实现了图形语法,一种描述和构建图形的逻辑系统。通过ggplo2,我们能够快速学习,多处应用。
曼哈顿图可以理解成一个x对应多个y的散点图,ggplot2里做这种图的函数是geom_jitter()
修改位置有两种方式,一种是直接给出四种位置中的一个:“left”,“top”, “right”, “bottom”, “none”。
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