首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何修复miniconda (Linux)中出现错误的无效选项" featureCounts : featureCounts -- 'r'“

在miniconda (Linux)中出现错误的无效选项" featureCounts : featureCounts -- 'r",可以尝试以下修复方法:

  1. 检查命令是否正确:首先确认输入的命令是否正确,包括选项和参数是否正确拼写和使用。在这个错误中,检查是否正确输入了选项"featureCounts"和参数"-- 'r'"。
  2. 更新miniconda:确保你的miniconda版本是最新的。可以使用以下命令更新miniconda:
  3. 更新miniconda:确保你的miniconda版本是最新的。可以使用以下命令更新miniconda:
  4. 检查软件包是否安装:确认你是否正确安装了featureCounts软件包。可以使用以下命令检查软件包是否存在:
  5. 检查软件包是否安装:确认你是否正确安装了featureCounts软件包。可以使用以下命令检查软件包是否存在:
  6. 如果软件包未安装,可以使用以下命令安装:
  7. 如果软件包未安装,可以使用以下命令安装:
  8. 检查环境变量:确认你的环境变量是否正确设置。可以使用以下命令检查环境变量:
  9. 检查环境变量:确认你的环境变量是否正确设置。可以使用以下命令检查环境变量:
  10. 确保miniconda的bin目录在环境变量中,并且在其他相关路径之前。
  11. 创建新的conda环境:如果以上方法都无效,可以尝试创建一个新的conda环境,并在该环境中重新安装featureCounts软件包。可以使用以下命令创建新环境:
  12. 创建新的conda环境:如果以上方法都无效,可以尝试创建一个新的conda环境,并在该环境中重新安装featureCounts软件包。可以使用以下命令创建新环境:
  13. 然后激活新环境并安装featureCounts:
  14. 然后激活新环境并安装featureCounts:
  15. 最后,尝试在新环境中运行featureCounts命令。

以上是修复miniconda中出现错误的无效选项"featureCounts: featureCounts -- 'r'"的一些常见方法。如果问题仍然存在,建议查阅miniconda的官方文档或寻求相关技术支持。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵流程

主要可以从Per base sequence quality 看一下测序碱基质量,Per sequence GC content 看一下GC含量,如果实际GC含量(红线)出现双峰,且导致后期序列比对很低时...Trimmomatic 过滤步骤 Trimmomatic 过滤数据步骤与命令行过滤参数顺序有关,通常过滤步骤如下: ILLUMINACLIP: 过滤 reads Illumina 测序接头和引物序列...,并决定是否去除反向互补 R1/R2 R2, 该引物序列可以在Trimmomatic软件安装目录下找到,双端通常选择TruSeq3-PE-2。...MAXINFO: 一个自动调整过滤选项,在保证 reads 长度情况下尽量降低测序错误率,最大化 reads 使用价值。 LEADING: 从 reads 开头切除质量值低于阈值碱基。...featureCounts 目前已经整合在subread,subread是一个综合软件,还包括比对工具和对应R包, featrueCounts定量效果和HTSeq差不多,但是featureCounts

3.4K52

scRNA小鼠发育Smartseq2流程—前言及上游介绍

---- 上游分析 将会对应课程全部上游分析第1-4讲 这部分和转录组分析很相似,所以也是简单带过 smartseq2得到文件和10X不一样,10X数据虽然也有R1、R2两个数据,但第一个存储是...barcode和UMI信息,而只有第二个才是真正测序信息,也就是单端测序;而smartseq2得到两个R1、R2都是测序信息,于是它操作和我们常规bulk转录组是类似的。.../anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 激活 source...如果出现了使用https下载方式,而非快速fasp下载,可以看这个:来吧,加速你下载 需要注意EBI和NCBISRA数据存储结构有些区别: NCBI文件存在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...,然后取gene_tr第二列symbol,因此match把salmon放第一个位置 names(salmon_SRR7815790) <- gene_tr[match(names(salmon_SRR7815790

1.5K31
  • CNS图表复现10—表达矩阵是如何得到

    /miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh source ~/.bashrc...linux基础哦!...然后走最简单hisat2+featureCounts流程拿到表达矩阵 我这里简单演示几个单细胞转录组样本即可,都是双端测序,如下所示: $ls -lh raw/SRR1077721* |cut -...第3阶段:元字符,通配符及shell各种扩展,从此linux操作不再神秘! 第4阶段:高级目录管理:软硬链接,绝对路径和相对路径,环境变量。 第5阶段:任务提交及批处理,脚本编写解放你双手。...第6阶段:软件安装及conda管理,让linux系统实用性放飞自我。 详见:《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》 ?

    1.1K30

    Linux:conda 安装和使用

    /Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 软链接即可 cd ~ ln -s /home/t_linux/Miniconda3-latest-Linux-x86_...64.sh ./ ## 安装,安装过程只需要输入 yes 或者按 Enter bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 重新激活环境 source ~.../.bashrc ## 查看 conda 帮助文档 conda --help 配置镜像 我们使用 conda 安装软件时,conda 会去 channel 搜索软件,如果使用服务器是在国内,channel...conda deactivate 在小环境安装生信软件 注:软件都要安装在小环境,不要安装在 base # 激活环境 conda activate rna # 安装 fastqc 软件 conda...-f R4.yaml 或者试试导入下面这个新配置文件: 从钉钉群里下载RNA.env.txt conda create --name RNA --file RNA.env.txt # 这里--name

    32710

    看优秀本科生如何一周内学会Linux进而搞定RNA-seq上游分析

    距离公布要带500个优秀本科生入门生物信息学活动不到一个月,虽然真正入选不到一百,但是培养成绩喜人,出勤率接近百分之百,大部分人在短短两个星期就完成了R基础知识学习,Linux认知,甚至看完了转录组实战水平...(比如R语言编程) 我们实验室主要是需要基于GEO或TCGA数据库转录组数据做一些下游分析,利用现成工具或R语言分析一下,算不上太难。...本来自己暂时没有计划学习Linux(因为确实畏难),但是这段时间跟着jimmy老师教学团队学习让我明白了为什么Linux是生信分析基础。...安装软件 为了避免污染Linux工作环境,推荐在conda创建各个流程安装环境,比如: conda create -n rna python=3 #创建名为rna软件安装环境 conda info...---- 错误从这里开始(几乎是从头开始?)

    7.8K47

    scRNA-seq表达矩阵构建

    该图显示了一个技术错误,导致几个碱基无法在read中心无法正确读取。但是,由于读取其余部分质量很高,因此该错误很可能对比对效率影响可以忽略不计。 ?...对于mRNA数据,我们可以使用为大量RNA-seq数据开发工具之一,例如HT-seq或FeatureCounts # include multimapping .../featureCounts -O -M -Q 30 -p -a genome.gtf -o outputfile input.bam # exclude multimapping <featureCounts_path...不同转录物不一定意味着不同分子 映射错误和/或多映射读取可能导致某些UMI被分配给错误基因/转录本。这种类型错误也会导致高估转录本数量。...4.6.4 纠正误差 如何最好地解释UMI错误仍然是一个活跃研究领域。

    1.6K30

    转录组—上游分析_如何拿到count矩阵

    过滤,Hisat2比对至基因组,FeatureCounts定量,最终得到基因表达count矩阵过程。...1 文件目录文件目录参考如下,每一个项目就在project建立相应文件夹## 示例如下:├── database # 数据库存放目录,包括参考基因组,注释文件,公共数据库等├── project.../SRR_Acc_List.txt` 命令读取SRR_Acc_List.txt 文件内容,文件可能存储了多个SRR ID,每一行一个。...do:开始一个循环体,对于 SRR_Acc_List.txt 每个 id,循环体命令将会被执行。...将所有生成命令行输出重定向到 sra2fq.sh 文件。这样,sra2fq.sh 文件中将包含针对每个 SRR ID 一系列命令,用于提取 .fastq文件并进行压缩。

    15520

    单细胞转录组数据处理之上游分析流程

    和 seurat3merge功能和cellrangeraggr整合多个10X单细胞转录组对比 我也给出了后续R代码读取10x单细胞转录组数据3个文件表达矩阵。...TPM 异同 RNAseq数据,下载GEOFPKM文件后该怎么下游分析 上游分析对大家来说比较困难,除非你有Linux基础,代码如下: hisat2=/home/jianmingzeng/biosoft...=/home/jianmingzeng/biosoft/featureCounts/subread-1.5.3-Linux-x86_64/bin/featureCounts # # # 如果使用conda...安装 subread,那么featureCounts 命令应该是在环境变量。...其实转录组数据处理流派太多了,并没有绝对权威,反正我们生信技能树粉丝流程都是从我这里教出去,走hisat2和featureCounts流程来定量拿到表达矩阵,也有文献这样写,如下: ?

    6.1K78

    获取基因有效长度N种方法

    参见生信技能树文章: 基因长度之多少 | 生信菜鸟团 (bio-info-trainee.com) 那么问题来了,在计算FPKM/RPKM时,每个基因基因有效长度数据该如何获取呢?...featureCounts和Salmon了,在这两类软件输出结果,除了基因(或转录本)counts信息外,也包含了基因有效长度信息,如featureCounts输出文件Length这一列对应就是基因有效长度...针对featureCounts输出文件 在R读取featureCounts输出文件,提取Length和对应geneid信息,再按照countsrowname(geneid)匹配排序,即可进行后续...gtf获取efflen比较 总结: 获取基因有效长度最简便方法是直接从featureCounts或salmon输出文件中提取。...但需要注意是,featureCounts基因有效长度Length即为基因非冗余外显子总长度,而salmon基因有效长度Length是目标基因转录本总长度,由于样本只有部分基因会表达其全部类型转录本

    4.6K11

    RNA-seq入门实战(三):在R里面整理表达量counts矩阵

    他前面的分享是: Counts FPKM RPKM TPM CPM 转化 获取基因有效长度N种方 下面是他对我们b站转录组视频课程详细笔记 本节概览: 从featureCounts输出文件获取...一般为了对样品进行分组注释我们还需要在GEO网站下载样品Metadata信息表SraRunTable.txt,接下来就需要在R对输出结果进行操作,转化为我们想要基因表达counts矩阵。...image.png 一、从featureCounts输出文件获取counts矩阵 1....在转换时经常会出现多个Ensembl_id对应一个gene symbol情形,此时就出现了重复gene symbol。此时就需要我们在进行基因ID转换前去除重复gene symbol。...这里只展示了获取基因表达TPM值,如果还想了解如何获得FPKM值请参考文章:获取基因有效长度N种方法第二部分内容以及Counts FPKM RPKM TPM 转化。

    17.4K45
    领券